View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17514_high_6 (Length: 387)

Name: NF17514_high_6
Description: NF17514
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17514_high_6
NF17514_high_6
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-387)||(24493181-24493567)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (1-384)||(92549-92932)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 24493567 - 24493181
Alignment:
Q  1 ggatcgtgtgatgggtctcaaaaattcagaggatgacgttgatatgcgctccaatggtggtgtggtttgtgatgaggatgtaagcgtgggtgaaggtgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493567 ggatcgtgtgatgggtctcaaaaattcagaggatgacgttgatatgcgctccaatggtggtgtggtttgtgatgaggatgtaagcgtgggtgaaggtgat 24493468  T
Q  101 ggttgaatgctatttgtgtttgaaggagtgggttgggttgatggaggtgtggttgaattatggattatggtttctgaggttctaggctgatgtgggtggg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493467 ggttgaatgctatttgtgtttgaaggagtgggttgggttgatggaggtgtggttgaattatggattatggtttctgaggttctaggctgatgtgggtggg 24493368  T
Q  201 ccaagatattagggagtgggagccacggatgttgggaagtgggcagtaatggaggtgaggtttgggggttttgatgggagaaaggaaactggtcttcaac 300  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493367 aaaagatattagggagtgggagccacggatgttgggaagtgagcagtaatggaggtgaggtttgggggttttgatgggagaaaggaaactggtcttcaac 24493268  T
Q  301 aaaaacaacatgacgagataaatgcactcttcgagtggctcggtctagacaaatgtaagagtgatattgtgtagaataaccaaggaa 387  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24493267 aaaaacaacatgacgagataaatgcactcttcgagtggctcggtctagacaaatataagagtgatattgtgtagaataaccaaggaa 24493181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 92932 - 92549
Alignment:
Q  1 ggatcgtgtgatgggtctcaaaaattcagaggatgacgttgatatgcgctccaatggtggtgtggtttgtgatgaggatgtaagcgtgggtgaaggtgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  92932 ggatcgtgtgatgggtctcaaatattcagaggatgacgttgatatgcgctccaatggtggtgtggtttgtgatgaggatgtaagcgtgagtgaaggtgat 92833  T
Q  101 ggttgaatgctatttgtgtttgaaggagtgggttgggttgatggaggtgtggttgaattatggattatggtttctgaggttctaggctgatgtgggtggg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  92832 ggttgaatgctatttgtgtttgaaggagtgggtttggttgatggaggtgtggttgaattatggattatggtttctgaggttctaggctgatgtgggtggg 92733  T
Q  201 ccaagatattagggagtgggagccacggatgttgggaagtgggcagtaatggaggtgaggtttgggggttttgatgggagaaaggaaactggtcttcaac 300  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  92732 ttaagatattagggagtgggagccacggatgttggggagtgggcagtaatggaggtgaggtttgggggttttgatgggagaaaggaaactggtcttcaac 92633  T
Q  301 aaaaacaacatgacgagataaatgcactcttcgagtggctcggtctagacaaatgtaagagtgatattgtgtagaataaccaag 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  92632 aaaaacaacatgacgagataaatgcactcttcgagtggctcgatctagacaaatgtaagagtgatattgtgtagaataaccaag 92549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University