View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17515_low_1 (Length: 872)

Name: NF17515_low_1
Description: NF17515
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17515_low_1
NF17515_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-863)||(50048600-50049461)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 745; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 745; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 50049461 - 50048600
Alignment:
Q  1 acgttgccatctctagttagaagacgttcaagtggcgaaataaggaacttggcctcaatttctagcagtcttttaccagcatttggcactaatcctgatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50049461 acgttgccatctctagttagaagacgttcaagtggcgaaataaggaacttggcctcaatttctagcagtcttttaccagcatttggcactaatcctgatg 50049362  T
Q  101 aaggttacttcgaccttaaaaaatatgttattgctccctatgatcgcagatataggtacatacatatttaatttgccttaatacaatttatttgtttata 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50049361 aaggttacttcgacctaaaaaaatatgttattgctccctatgatcgcagatataggtacatacatatttaatttgccttaatacaatttatttgtttata 50049262  T
Q  201 tcctgtgctgtggaatgacaagtttgtgatatagattgtggcaaacgttcctagtggtattggtggtgtactcagcatgggcatctccattcgagttagc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50049261 tcctgtgctgtggaatgacaagtttgtgatatagattgtggcaaacgttcctagtggtattggtggtgtactcagcatgggcatctccattcgagttagc 50049162  T
Q  301 tttcagagagatgtcaattgggtccatgttgattgctgatcttgttgttgatgccttctttgcatttgacataatcctgacattctttgtggcttacttg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50049161 tttcagagagatgtcaattgggtccatgttgattgctgatcttgttgttgatgccttctttgcatttgacataatcctgacattctttgtggcttacttg 50049062  T
Q  401 gataaatcaacttatttccttgttgatgaccataagaagattgctatcaggtgcgtatatgccatactttccacatccacacagcnnnnnnnnnntgaca 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||    
T  50049061 gataaatcaacttatttccttgttgatgaccataagaagattgctatcaggtgcgtatatgccatactttccacatccacacagcaaaaaaaaaatgaca 50048962  T
Q  501 acccaactaggtgccgcaaggtattgactgcggcttagaccctttaggatcgccgagactaatcattgactctgcaatggggcattcattttacacaccg 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  50048961 acccaactaggtgccgcaaggtattgactatagcttagaccctttgggatcgccgagactaatcattgactctgcaat-gggcattcattttacacaccg 50048863  T
Q  601 gaaattttaatactatcggtggattagtttatagttgttgtgttactcttagttgttgtcatcgatcttttgggttgaattttttcgaatgaacaatcca 700  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50048862 gaaattttaatactatctgtggattagtttatagttgttgtgttactcttagttgttgtcatcgatcttttgggttgaattttttcgaatgaacaatcca 50048763  T
Q  701 caacaatagaaacaattttaaacaatatgaaaannnnnnnnnnnnatcttatataggaaaaaatgttgtattgtagtgtaacattttttcgttcaatatt 800  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  50048762 caacaatagaaacaatattaaacaatatgaaaaaatttattttttatcttatataggaaaaaatgttgtcttttagtgtaacattttttcgttcaatatt 50048663  T
Q  801 acttacccttcacttcataattttgtaccattttatcattcatggacaataaagatgatgtcc 863  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  50048662 acttacccttcacttcataattttgtaccattttatcattcatggacaataaaaatggtgtcc 50048600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University