View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17515_low_17 (Length: 386)
Name: NF17515_low_17
Description: NF17515
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17515_low_17 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 10 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 30044217 - 30043881
Alignment:
| Q |
10 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgcgttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacagttttaa |
109 |
Q |
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| T |
30044217 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgcgttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacacttttaa |
30044118 |
T |
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| Q |
110 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaattttcttgcaag--atacaaataatgtatccctaaaccactaattaagtacacaca----aa |
203 |
Q |
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| T |
30044117 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaaatttcttgcaagatatacaaataatgtatccctaaacccctaattaagtacacacaaattaa |
30044018 |
T |
|
| Q |
204 |
tacaacctgcatatgcatctgatacttcaaaagctcgcacccaacgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatctgaatctcaagcatatttaaa |
303 |
Q |
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| T |
30044017 |
tacaacctgcatttgcatctgatacttcaaaagctcgcacccaacgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatcagaatctctagcatatttaaa |
30043918 |
T |
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| Q |
304 |
ggtaatttaatttcttcgtttcgttgcgtttctttga |
340 |
Q |
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| T |
30043917 |
ggtaatttaatttcttcatttcgttgcatttctttga |
30043881 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 10 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 30049380 - 30049044
Alignment:
| Q |
10 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgcgttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacagttttaa |
109 |
Q |
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| T |
30049380 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgcgttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacacttttaa |
30049281 |
T |
|
| Q |
110 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaattttcttgcaag--atacaaataatgtatccctaaaccactaattaagtacacaca----aa |
203 |
Q |
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| T |
30049280 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaaatttcttgcaagatatacaaataatgtatccctaaacccctaattaagtacacacaaattaa |
30049181 |
T |
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| Q |
204 |
tacaacctgcatatgcatctgatacttcaaaagctcgcacccaacgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatctgaatctcaagcatatttaaa |
303 |
Q |
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| T |
30049180 |
tacaacctgcatttgcatctgatacttcaaaagctcgcacccaacgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatcagaatctctagcatatttaaa |
30049081 |
T |
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| Q |
304 |
ggtaatttaatttcttcgtttcgttgcgtttctttga |
340 |
Q |
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| T |
30049080 |
ggtaatttaatttcttcatttcgttgcatttctttga |
30049044 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 10 - 366
Target Start/End: Original strand, 30075370 - 30075726
Alignment:
| Q |
10 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgcgttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacagttttaa |
109 |
Q |
| |
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| T |
30075370 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgcattgagacaagatataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacacttttaa |
30075469 |
T |
|
| Q |
110 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaattttcttgcaag--atacaaataatgtatccctaaaccactaattaagtacacacaaataca |
207 |
Q |
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| T |
30075470 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaaatttcttgcaagatatacaaataatgtatccctaaacctctaagtacacacaaattaataca |
30075569 |
T |
|
| Q |
208 |
acctgcatatgcatctgatacttcaaaagctcgcacccaacgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatctgaatctcaagcatatttaaaggta |
307 |
Q |
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|
| T |
30075570 |
acctgcatttgcatctgatacttcaaaagctcgcacccaacgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatctgaatctaaagcatatttaaaggta |
30075669 |
T |
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| Q |
308 |
atttaatttcttcgtttcgttgcgtttctttgagttatataattagaacatatttatcc |
366 |
Q |
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| T |
30075670 |
atttaatttcttcatttcgttgcgtttctttgagt--tataattagaacatatttatcc |
30075726 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 10 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 30140424 - 30140088
Alignment:
| Q |
10 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgcgttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacagttttaa |
109 |
Q |
| |
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| T |
30140424 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgcgttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacacttttaa |
30140325 |
T |
|
| Q |
110 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaattttcttgcaag--atacaaataatgtatccctaaaccactaattaagtacacaca----aa |
203 |
Q |
| |
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| T |
30140324 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaaatttcttgcaagatatacaaataatgtatccctaaacccctaattaagtacacacaaattaa |
30140225 |
T |
|
| Q |
204 |
tacaacctgcatatgcatctgatacttcaaaagctcgcacccaacgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatctgaatctcaagcatatttaaa |
303 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |
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| T |
30140224 |
tacaacctgcatttgcatctgatacttcaaaagctcgcacccaacgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatcagaatctctagcatatttaaa |
30140125 |
T |
|
| Q |
304 |
ggtaatttaatttcttcgtttcgttgcgtttctttga |
340 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |
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| T |
30140124 |
ggtaatttaatttcttcatttcgttgcatttctttga |
30140088 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 10 - 366
Target Start/End: Original strand, 30016935 - 30017269
Alignment:
| Q |
10 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgcgttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacagttttaa |
109 |
Q |
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| T |
30016935 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgctttgagacaagctataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacacttttaa |
30017034 |
T |
|
| Q |
110 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaattttcttgcaaga-tacaaataatgtatccctaaaccactaattaagtacacacaaatacaa |
208 |
Q |
| |
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| T |
30017035 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaaatttcttgcaagattacaaataatgcatccctaaatccc----taagtacacacaaatacaa |
30017130 |
T |
|
| Q |
209 |
cctgcatatgcatctgatacttcaaaagctcgcacccaacgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatctgaatctcaagcatatttaaaggtaa |
308 |
Q |
| |
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| T |
30017131 |
tctgcatttgcatctgatac-------------------cgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatctgaatctcaagcatatttaaaggtaa |
30017211 |
T |
|
| Q |
309 |
tttaatttcttcgtttcgttgcgtttctttgagttatataattagaacatatttatcc |
366 |
Q |
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| T |
30017212 |
tttaatttcttcatttcgttgcgtttctttgagttatataattagaacatatttatcc |
30017269 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 10 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 30124902 - 30124568
Alignment:
| Q |
10 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgcgttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacagttttaa |
109 |
Q |
| |
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|
| T |
30124902 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgctttgagacaagctataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacacttttaa |
30124803 |
T |
|
| Q |
110 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaattttcttgcaaga-tacaaataatgtatccctaaaccactaattaagtacacacaaatacaa |
208 |
Q |
| |
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|
|
| T |
30124802 |
gtttattaattacaatgataccaaagctaattaggcaaatttcttgcaagattacaaataatgcatccctaaatccc----taagtacacacaaatacaa |
30124707 |
T |
|
| Q |
209 |
cctgcatatgcatctgatacttcaaaagctcgcacccaacgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatctgaatctcaagcatatttaaaggtaa |
308 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30124706 |
tctgcatttgcatctgatac-------------------cgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatctgaatctcaagcatatttaaaggtaa |
30124626 |
T |
|
| Q |
309 |
tttaatttcttcgtttcgttgcgtttctttgagttatataattagaacatatttatcc |
366 |
Q |
| |
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|
|
| T |
30124625 |
tttaatttcttcatttcgttgcgtttctttgatttatataattagaacatatttatcc |
30124568 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 47 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 30088202 - 30087906
Alignment:
| Q |
47 |
gttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacagttttaagtttattaattacaatgataccaaagctaattaggca |
146 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30088202 |
gttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacacttttaagtttattaattacaatgataccaaagctaattaggca |
30088103 |
T |
|
| Q |
147 |
attttcttgcaagatacaaataatgtatccctaaaccactaattaagtacacacaaatacaacctgcatatgcatctgatacttcaaaagctcgcaccca |
246 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |
|
|
| T |
30088102 |
aatttcttgcaagatacaaataatgtatccctaaacccc----taagtacacacaaatacaacctgcatttacatctgatac------------------ |
30088025 |
T |
|
| Q |
247 |
acgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatctgaatctcaagcatatttaaaggtaatttaatttcttcgtttcgttgcgtttctttgagttata |
346 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30088024 |
-cgaagaagaaaacgaagaactgagtatttgaaatctgaatctcaagcatatttaaaggtaatttaatttcttcatttcgttgcgtttctttgagttata |
30087926 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 41 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30239420 - 30239214
Alignment:
| Q |
41 |
aaatgcgttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacagttttaagtttattaattacaatgataccaaagctaat |
140 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
30239420 |
aaattcgttgagacaagttataccaatgattcctaaaaagaagaagttataccaaagagacacttttaagtttattaattacaatgattccaaagctaat |
30239321 |
T |
|
| Q |
141 |
taggcaattttcttgcaagatacaaataatgtatccctaaaccactaattaagtacacacaaatacaacctgcatatgcatctgatacttcaaaagctcg |
240 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30239320 |
taggcaaatttcttgcaagatacaaataatgtatccctaaacctctaagtacacacaaattaatacaacctgcatttgcatctgatacttcaaaagctcg |
30239221 |
T |
|
| Q |
241 |
cacccaa |
247 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
30239220 |
cacccaa |
30239214 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 47
Target Start/End: Complemental strand, 30088298 - 30088261
Alignment:
| Q |
10 |
attatactaattaaacagaaaatccaattccaaatgcg |
47 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30088298 |
attatactaattaaacagccaatccaattccaaatgcg |
30088261 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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