View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17516_low_5 (Length: 553)

Name: NF17516_low_5
Description: NF17516
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17516_low_5
NF17516_low_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (28-553)||(4084125-4084655)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (28-524)||(18701642-18702145)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (24-553)||(43896012-43896541)
chr8 (24-553)||(44306465-44306995)
chr8 (23-553)||(44301353-44301890)
chr8 (45-553)||(44312253-44312753)
chr8 (367-468)||(43895568-43895669)
chr8 (367-468)||(44305992-44306093)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (25-294)||(8158816-8159085)
chr6 (316-498)||(8159128-8159313)
chr6 (234-294)||(409891-409951)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (54-524)||(35856591-35857053)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (372-413)||(15040307-15040348)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (203-259)||(10541388-10541444)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 4084655 - 4084125
Alignment:
Q  28 aactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaattgtc 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||     
T  4084655 aactatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcatgatcaaaataggaatggtgagaaagttgaattgtt 4084556  T
Q  128 tggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgttatcaag 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4084555 tggaagtattgatgcaccatttgttggaaaggctttcacatattggcataggccgtttttaaaattaacttatctaagaatctatcagggtgttatcaag 4084456  T
Q  228 aagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagacatgacgatctgattgaggatcttgatgaagctc 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||  ||  |||| |||   ||||||||||||    
T  4084455 aagggtgattttattacaaatgttaacaccggtaagaagattaagattcctcgtttgtttaagagacatgataatacgattaaggcagttgatgaagctc 4084356  T
Q  328 atgctggagaaattgtttttgt------gtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgactgctgccga 421  Q
    ||||||||||| ||||| ||||      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  4084355 atgctggagaacttgttattgtgttaaagtttgatgctattcttaaatctggagatacttttactgacgggtctattagatatacaatgacttctgccga 4084256  T
Q  422 tgttcctgcttattcggtctcaaaggattctggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattccagagaaatgatcatacttacccagctggttt 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  4084255 tgttcctgcttattcggtctcaaaggattcaggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattccagagaaatgatcctactta-ccagttggttt 4084157  T
Q  522 ggtctgttaactttactatgttttgttgctta 553  Q
    ||  ||||| |||||||||| |||||||||||    
T  4084156 ggcttgttagctttactatggtttgttgctta 4084125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 28 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 18702145 - 18701642
Alignment:
Q  28 aactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaattgtc 127  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  || || |||||||||||||||||    
T  18702145 aactattaatggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatctaaataagaatggtgagaaagttgaattgtc 18702046  T
Q  128 tggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgttatcaag 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18702045 tggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggcttttgcaaattggcatgagaggtatttcaaattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaag 18701946  T
Q  228 aagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagac-atgacgatctgattgaggatcttgatgaagct 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |   ||   || |||||  |||||||||||    
T  18701945 aagggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaagattcagattcctcgtttgggcaagagacgaagttaataaaatcgaggaagttgatgaagct 18701846  T
Q  327 catgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactg---atgggtctgttagatatacaatgactgctgccgatg 423  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  18701845 catgctggagaaattgtttttgtttttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgccaatgggtctgttagatatacaatgacttctgctgatg 18701746  T
Q  424 ttcctgcttattcggtctcaaaggattctggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattccagaga---aatgatcatacttacccagctggtt 520  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||  | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||| ||||||||| | |||||    
T  18701745 ttcctgcttattcggtctcaaaagattccgggcatacattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaataatgatcctacttaccctgttggtt 18701646  T
Q  521 tggt 524  Q
    ||||    
T  18701645 tggt 18701642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 24 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 43896541 - 43896012
Alignment:
Q  24 ttagaactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaat 123  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  43896541 ttagaactacttatggagggtgtaattaggtatttgccgggtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggtgagaaagttgaat 43896442  T
Q  124 tgtctggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgttat 223  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||  |  |||||   ||  |  | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43896441 tgtctggaagcattgatgcgccatttgttgcaaaggttttcacaaatgtgattaggaatgatggattagtaacttatctaagaatctatcagggtgttat 43896342  T
Q  224 caagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagacatgacgatctgattgaggatcttgatgaa 323  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||  |||||||||  ||||||||    
T  43896341 taagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaagattcagattcctcgtttgtttaagagacatgatgataagattgaggaagttgatgaa 43896242  T
Q  324 gctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgactgctgccgatg 423  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43896241 gctcatgctggagagattattattgtgttagatgctattcttaaatctggagatactttcactgatgggtctgttagatatacaatgacttctgccgatg 43896142  T
Q  424 ttcctgcttattcggtctcaaaggattctggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattccagagaaatgatcatacttacccagctggtttgg 523  Q
    |||||| ||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||| ||||| ||||||||||| || |||||    
T  43896141 ttcctgattattctatctcataagattctggagagaaattttcaaatggtgtggatggattcattctagggaagtgatcctacttacccagttgctttgg 43896042  T
Q  524 tctgttaactttactatgttttgttgctta 553  Q
      ||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  43896041 cttgttagctttgctatggtttgttgctta 43896012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 24 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 44306995 - 44306465
Alignment:
Q  24 ttagaactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaat 123  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  || || |||||| ||||||    
T  44306995 ttagaactacttagggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatctaaataagaatggtgagaaaattgaat 44306896  T
Q  124 tgtctggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcata---ggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgt 220  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   | ||   |||   | |||   || ||||||||||||||||||||||||||    
T  44306895 tgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctttcacaaataatcttaacaggagtgactta---ttaacttatctaagaatctatcagggtgt 44306799  T
Q  221 tatcaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagacatgacgatctgattgaggatcttgat 320  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||||||||||||| |||  ||||||| || |||||    
T  44306798 tattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagattcttaccttgtgtaagagacatgatgatgagattgagtatgttgat 44306699  T
Q  321 gaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgactgctgccg 420  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44306698 gaagctcatgctggagaaattgttatgttgttcgatgctcttcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgacttctgccg 44306599  T
Q  421 atgttcctgcttattcggtctcaaaggattctggagaga-aattttcaaatggtgtgaattgattcattccagagaaatgatcatacttacccagctggt 519  Q
    |||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||| || |    
T  44306598 atgttcctacttattctgtctcataagattctggagagagttttttcaaatggtgtgaatggattcattctagggaaatgatcctacttacccagttgct 44306499  T
Q  520 ttggtctgttaactttactatgttttgttgctta 553  Q
    ||||  ||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  44306498 ttggcttgttagctttgctatggtttgttgctta 44306465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 23 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 44301890 - 44301353
Alignment:
Q  23 attagaactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaa 122  Q
    |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||    
T  44301890 attagaactacttatggaggatgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaaagttgaa 44301791  T
Q  123 ttgtctggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaattt--acttatctaagaatctatcagggtgt 220  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||| | || |||   ||  |   |||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  44301790 ttgtctggaagtgttgatgcgccatttgtagcaaaggttttcacaaatttgtattggagtgatggattcttttaacttgtctaagaatctatcagggtgt 44301691  T
Q  221 tatcaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagacatgacgatctgattgaggatcttgat 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | | |||  |||||||||||| ||| ||||||||  | |||||    
T  44301690 tatcaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagatttatagcttgtctaagagacatgatgatgtgattgagtttgttgat 44301591  T
Q  321 gaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgactgctgccg 420  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| | |  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  44301590 gaagctcatgccggagaaattgttattgtgttagctattgttcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgtcttctgccg 44301491  T
Q  421 atgttcctgcttattcggtctcaaaggattctggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattcca-----gagaaatgatcatacttacccagc 515  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||| |||||||||||     
T  44301490 atgttcctacttattcggtgtcaaaagattctggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattccattccagtgaaatgatcctacttacccagt 44301391  T
Q  516 tggtttggtctgttaactttactatgttttgttgctta 553  Q
    | ||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  44301390 ttgtttggcttgttagctttgctatgttttgttgctta 44301353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 45 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 44312753 - 44312253
Alignment:
Q  45 gtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaattgtctggaagtattgatgcac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||||||||||||||||||||||| ||||||  |    
T  44312753 gtaattaggtatttgccaagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaaagttgaattgtctggaagtgttgatgagc 44312654  T
Q  145 catttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaa-atttacttatctaagaatctatcagggtgttatcaagaagggtgattttatta 243  Q
    ||||||| ||||||| |||| |||||  | ||||||  ||  ||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44312653 catttgtagcaaaggttttcacaaatatgtataggat-taggtacttattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttatta 44312555  T
Q  244 caaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagacatgacgatctgattgaggatcttgatgaagctcatgctggagaaattgt 343  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| | | |  |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312554 caaacgttaacactggtaagaagattaagattccttgtttgggtaagagacattatggtaagattaaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgt 44312455  T
Q  344 ttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgactgctgccgatgttcctgcttattcggtctca 443  Q
    ||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||        || ||||||    
T  44312454 ttttgtgtttggtgctattcttagatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgacttctgccgatgttc--------tccgtctca 44312363  T
Q  444 aaggattctggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattccagagaaatgatcatacttacccagctggtttggtctgttaactttactatgtt 543  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||  |||| ||||||||  |||||||| | || || |    
T  44312362 aaagtttctggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatcctacttcgccagttggtttggcttgttaactatgctttggt 44312263  T
Q  544 ttgttgctta 553  Q
    ||||||||||    
T  44312262 ttgttgctta 44312253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 367 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 43895669 - 43895568
Alignment:
Q  367 aatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgactgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaggattctggagagaaattttc 466  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||| | || ||| | ||| |||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  43895669 aatctggagatacttttgctgatgggtctgttagatattcaatgacctctgtcaatattcttacttgttcggtctcaaaagattctggagggcaattttc 43895570  T
Q  467 aa 468  Q
    ||    
T  43895569 aa 43895568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 367 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 44306093 - 44305992
Alignment:
Q  367 aatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgactgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaggattctggagagaaattttc 466  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||| | || ||| | ||| |||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  44306093 aatctggagatacttttgctgatgggtccgttagatattcaatgacctctgtcaatattcttacttgttcggtctcaaaagattctggagggcaattttc 44305994  T
Q  467 aa 468  Q
    ||    
T  44305993 aa 44305992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 25 - 294
Target Start/End: Original strand, 8158816 - 8159085
Alignment:
Q  25 tagaactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaatt 124  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  8158816 tagaagtatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagttgaatt 8158915  T
Q  125 gtctggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgttatc 224  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| ||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||     
T  8158916 gtctggaagtattgatgctccatttgttgcaaaggctttcgtaacttggtataggatgtatttaaaattaacttacctaagaatttatcagggtgttatt 8159015  T
Q  225 aagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagac 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  8159016 aagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaagattgagattcctcgtttgggtaagagac 8159085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 316 - 498
Target Start/End: Original strand, 8159128 - 8159313
Alignment:
Q  316 ttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatga---c 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||   |    
T  8159128 ttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgacttc 8159227  T
Q  413 tgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaggattctggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattccagagaaat 498  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8159228 tgctgctgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaat 8159313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 234 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 409951 - 409891
Alignment:
Q  234 gattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagac 294  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| ||  ||||||||    
T  409951 gattttattactaatgttaacactggtaagaagattaaggttcctcgtatgtttaagagac 409891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 54 - 524
Target Start/End: Original strand, 35856591 - 35857053
Alignment:
Q  54 tatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaattgtctggaagtattgatgcaccatttgttg 153  Q
    |||||||| ||||||||  || | |||||||||||||||||||||  ||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| |    
T  35856591 tatttgccgagtccaattgatttgagtaattatgctcttgatcaagctaggaatggagagaaagtagaattgtctggaagtattgatgggccgtttgtcg 35856690  T
Q  154 caaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgttatcaagaagggtgattttattacaaatgttaa 253  Q
    ||  ||||||| | |    ||||||||    ||  ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |  || || ||||||||||| ||||||||    
T  35856691 cattggctttcacga----gcataggatgctttgtaaattaacatatctaagaatctatcagggcgttattagaaaaggggattttattactaatgttaa 35856786  T
Q  254 cactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagacatgacgatctgattgaggatcttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgttt 353  Q
    ||||||||||||||||  | ||  || ||||  |||||||  |   |||   ||||| ||  || |||| |||||||||||| |||||||| |||| | |    
T  35856787 cactggtgagaagattaaggttaatcatttgtttaagagaagttgtgatggtattgatgaagttaatgaggctcatgctggacaaattgttgttgtatgt 35856886  T
Q  354 gatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgactgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaggattctg 453  Q
    |||| | ||  |  | | ||||| || ||||||||||||||||||||||   | |||||| ||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||     
T  35856887 gatgttgattgtgcaccaggagaaacatttactgatgggtctgttagatgggctatgacttctgccaatgttcttgattattcggtctcaaaagattcta 35856986  T
Q  454 gagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattccagagaaatgatcatacttacccagctggtttggt 524  Q
    | ||| ||| |||||||| ||||||| ||||     ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  35856987 gcgagcaatcttcaaatgttgtgaatggatta----cagagaaatgatcctacttacccagttggtttggt 35857053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 372 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 15040348 - 15040307
Alignment:
Q  372 ggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgact 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15040348 ggagatacttttactgatgggtctgttaaatatacaatgact 15040307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 203 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 10541444 - 10541388
Alignment:
Q  203 aagaatctatcagggtgttatcaagaagggtgattttattacaaatgttaacactgg 259  Q
    |||||||||| ||||||| ||   |||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  10541444 aagaatctatgagggtgtcattcggaagggagattttattacaaatgataacactgg 10541388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University