View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17518_high_6 (Length: 663)
Name: NF17518_high_6
Description: NF17518
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17518_high_6 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 17813108 - 17812475
Alignment:
| Q |
11 |
ttatactctatttgttagtgaaccattgatgagcactcataatatgactgcaactcatgctgacattgaatgtctttgtcctgaaaaaccaataaaagat |
110 |
Q |
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| T |
17813108 |
ttatactctatttgttagtgaaccattgatgagcactcataatatgactgcaactcgtgctgacattgaatgtctttgtcctgaaaaaccaataaaagat |
17813009 |
T |
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| Q |
111 |
gtggttagtataacatgttgtagaggaattttaatatcttatgtattttgttaaaaaatatatattaatatgctttaatatgataggttctcacttatgt |
210 |
Q |
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| T |
17813008 |
gtggttactgtaa-atgttgcagaggaactttaatatcttatgtattttgttaaaagttatatattaatctgctttaatatgataggttctcacttatgt |
17812910 |
T |
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| Q |
211 |
tgctgaaaaaacatgttgggttcnnnnnnntcttaatcacaatgttgtttgggtgatgccaccaacttttcatatgagtaattagtaaaacaaaacaata |
310 |
Q |
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| T |
17812909 |
tgcttaaaaaccatgttgggttcaaaagaattttaatcacaatgttgtttgggtgatgccaccaacttttcatatgagtaattagtaaaacaaaacaata |
17812810 |
T |
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| Q |
311 |
atataaatctgtattatgtcaaaggaaaatataatgatataacaaataaatgtacaagaagatgtttttaatggatctatattttatgaacttatggata |
410 |
Q |
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| T |
17812809 |
atataaatatgtattatgtcaaaggaaaatataatgatataacaaataaatgcacaggaagatgtttttaatg-atctatattttatgaacttatggata |
17812711 |
T |
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| Q |
411 |
gatatacaaggcattggatggaaccatttcagacattgaaataagtgagtgaatttgaatacatgttttttatttgaatggtttcttcttgataagcatt |
510 |
Q |
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| T |
17812710 |
aatatacaaggcattggatggaaccatttcagacattgaaataagtgagtgaatttgaatacatgttttttatttgaatggtttcttcttgataagcatt |
17812611 |
T |
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| Q |
511 |
tataaaaatttagtgtcactgcatttatcatcctcattataaaagatatatatttcggtcaagaacattctcatcatccaacggtatcttatggtggttt |
610 |
Q |
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| T |
17812610 |
tataaaaatttagtgtcactgcatttatcatcctcattataaaagatatatatttcggtcaagaacattctcatcaaccaacggtatcttatggtggttt |
17812511 |
T |
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| Q |
611 |
ctctcaaagatgaaattctgtatcaattggattaat |
646 |
Q |
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| T |
17812510 |
ctctcaaagatgaaattctgtatcaattggattaat |
17812475 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 9417625 - 9416998
Alignment:
| Q |
14 |
tactctatttgttagtgaaccattgatgagcactcataatatgactgcaactcatgctgacattgaatgtctttgtcctgaaaaaccaataaaagatgtg |
113 |
Q |
| |
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| T |
9417625 |
tactctatttttcagtgaaccattgatgaccactcataatatggttgcaactcgtgctgacattgaatgtctttgtcctggaaaaccaataaaagatgtg |
9417526 |
T |
|
| Q |
114 |
gttagtataacatgttgtagaggaattttaatatcttatgtattttgttaaaaaa--tatatattaatatgctttaatatgataggttctcacttatgtt |
211 |
Q |
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| T |
9417525 |
gttagtattacacgttgtagaggaattttaatatcttatgtattttgttaaaaaaagtatatatcaatctgctttaatatgataggttctcagttatgtt |
9417426 |
T |
|
| Q |
212 |
gctgaaaaaacatgttgggttcnnnnnnntcttaatcacaatgttgtttgggtgatgccaccaacttttcatatgagtaattagtaaaacaaaacaataa |
311 |
Q |
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| T |
9417425 |
gctggaaaaacatgctgggttcaaaagaatcttagtcacaatgctgtttgggtgatgccgccaacttttcatgtgagtagttagtaaaa--aaacaataa |
9417328 |
T |
|
| Q |
312 |
tataaatctgtattatgtcaaaggaaaatataatgatataacaaataaatgtacaagaagatgtttttaatggatctatattttatgaacttatggatag |
411 |
Q |
| |
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|
| T |
9417327 |
tataaatatgtattatgtcaaaggaaaatataataacataacaaataaatg--caggaagatgtttttaatggagctacactttatgaacttatggataa |
9417230 |
T |
|
| Q |
412 |
atatacaaggcattggatggaaccatttcagacattgaaataagtgagtgaatttgaatacatgttttttatttgaatggtttcttcttgataagcattt |
511 |
Q |
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|
| T |
9417229 |
ctatacaaggcattggatggtctcatttcagacattgaaatatgtgagtgaatgtgaatacatgttttttatttgaatggtttcttctttataagcattt |
9417130 |
T |
|
| Q |
512 |
ataaaaatttagtgtcactgcatttatcatcctcattataaaagatatatatttcggtcaagaacattctcatcatccaacggtatcttatggtggtttc |
611 |
Q |
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||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |
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| T |
9417129 |
ataaaaatttaacgccactacatttatcatcctcattataaaagatatacattccggtcaagaacattctcatcaaccattggtatctcatggtggtttc |
9417030 |
T |
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| Q |
612 |
tctcaaagatgaaattctgtatcaattggatt |
643 |
Q |
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| T |
9417029 |
tctcaaagatgaaactgtgtatcaattggatt |
9416998 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 73; Significance: 5e-33; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 11 - 119
Target Start/End: Original strand, 12003929 - 12004037
Alignment:
| Q |
11 |
ttatactctatttgttagtgaaccattgatgagcactcataatatgactgcaactcatgctgacattgaatgtctttgtcctgaaaaaccaataaaagat |
110 |
Q |
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| T |
12003929 |
ttatactctatttttcagtgaaccattgatgaccactcataatatggttgcaactcgtgttgacattgaatgtctttgtcctagaaaaccaataaaagat |
12004028 |
T |
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| Q |
111 |
gtggttagt |
119 |
Q |
| |
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| T |
12004029 |
gtggttagt |
12004037 |
T |
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