View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1751R-Insertion-2 (Length: 768)

Name: NF1751R-Insertion-2
Description: NF1751R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1751R-Insertion-2
NF1751R-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-665)||(29204228-29204884)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-665)||(12646992-12647648)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 657; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 665
Target Start/End: Original strand, 29204228 - 29204884
Alignment:
Q  9 gtttggacgagtttttcttgcccagaaaagatcgactggtgatttatttgctattaaggtaagcttccttaaaccgaaatgaatcaaataattactttgc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204228 gtttggacgagtttttcttgcccagaaaagatcgactggtgatttatttgctattaaggtaagcttccttaaaccgaaatgaatcaaataattactttgc 29204327  T
Q  109 agaaacaaagctagagagattgatttagcgaactatgttattaaacagtgcgtacaaaaagcatgtatctattcctgaagttgtaaaataaaactagtat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204328 agaaacaaagctagagagattgatttagcgaactatgttattaaacagtgcgtacaaaaagcatgtatctattcctgaagttgtaaaataaaactagtat 29204427  T
Q  209 tattcagtccagcaatggtgttatagcttatagaaaccattagtatagaaagtcttgtcaaattaactaactgaataattagaaaacgtttaaactattc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204428 tattcagtccagcaatggtgttatagcttatagaaaccattagtatagaaagtcttgtcaaattaactaactgaataattagaaaacgtttaaactattc 29204527  T
Q  309 tttgatatttttgtaggttctgaaaaaggcagatatgattcgtaaaaatgcagttgaaggtattttggctgagcgagacattcttatatctgttcgaaac 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204528 tttgatatttttgtaggttctgaaaaaggcagatatgattcgtaaaaatgcagttgaaggtattttggctgagcgagacattcttatatctgttcgaaac 29204627  T
Q  409 ccttttgtggtaagcaggccataccatgtcattcattacttcatttatgaagttgatgttcgttgttaacaaatctaattttcatgtatctgtgacaaac 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204628 ccttttgtggtaagcaggccataccatgtcattcattacttcatttatgaagttgatgttcgttgttaacaaatctaattttcatgtatctgtgacaaac 29204727  T
Q  509 aggtccgattttactattctttcacatgtaaagaaaatctgtatttggttatggagtacttaaatggtggagatctctattctatgttgagaaacttagg 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204728 aggtccgattttactattctttcacatgtaaagaaaatctgtatttggttatggagtacttaaatggtggagatctctattctatgttgagaaacttagg 29204827  T
Q  609 ttgcttagatgaagatatggctcgtgtatatattgcagaagttgtaagcatactggc 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204828 ttgcttagatgaagatatggctcgtgtatatattgcagaagttgtaagcatactggc 29204884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 12647648 - 12646992
Alignment:
Q  9 gtttggacgagtttttcttgcccagaaaagatcgactggtgatttatttgctattaaggtaagcttccttaaaccgaaatgaatcaaataattactttgc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647648 gtttggacgagtttttcttgcccagaaaagatcgactggtgatttatttgctattaaggtaagcttccttaaaccgaaatgaatcaaataattactttgc 12647549  T
Q  109 agaaacaaagctagagagattgatttagcgaactatgttattaaacagtgcgtacaaaaagcatgtatctattcctgaagttgtaaaataaaactagtat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647548 agaaacaaagctagagagattgatttagcaaactatgttattaaacagtgcatacaaaaagcatgtatccattcctgaagttgtaaaataaaactagtat 12647449  T
Q  209 tattcagtccagcaatggtgttatagcttatagaaaccattagtatagaaagtcttgtcaaattaactaactgaataattagaaaacgtttaaactattc 308  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647448 tattcagtccagcaacggtgttatagcttatagaaaccattagaatagaaagtcttgtcaaattaactaactgaataattagaaaacgtttaaactattc 12647349  T
Q  309 tttgatatttttgtaggttctgaaaaaggcagatatgattcgtaaaaatgcagttgaaggtattttggctgagcgagacattcttatatctgttcgaaac 408  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  12647348 cttgatatttttgtaggttctgaaaaaggcagatatgattcgtaaaaatgcagttgaaggtattttggctgagcgagacattcttatatctgttcgaaat 12647249  T
Q  409 ccttttgtggtaagcaggccataccatgtcattcattacttcatttatgaagttgatgttcgttgttaacaaatctaattttcatgtatctgtgacaaac 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647248 ccttttgtggtaagcaggccataccatgtcattcattacttcatttatgaagttgatgttcgttgttaacaaatctaattttcatgtatctgtgacaaac 12647149  T
Q  509 aggtccgattttactattctttcacatgtaaagaaaatctgtatttggttatggagtacttaaatggtggagatctctattctatgttgagaaacttagg 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647148 aggtccgattttactattctttcacatgtaaagaaaatctgtatttggttatggagtacttaaatggtggagatctctattctatgttgagaaacttagg 12647049  T
Q  609 ttgcttagatgaagatatggctcgtgtatatattgcagaagttgtaagcatactggc 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12647048 ttgcttagatgaagatatggctcgtgtatatattgcagaagttgtaagcatattggc 12646992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University