View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1751_low_1 (Length: 684)

Name: NF1751_low_1
Description: NF1751
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1751_low_1
NF1751_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (31-667)||(54472110-54472760)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 506; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 667
Target Start/End: Original strand, 54472110 - 54472760
Alignment:
Q  31 ccctcgaacaacggcaacaatacaaatgataacaatgggaatcaattgagcgtgggtggtataatagcagttgcaggtgcagcttgtataatcctccttg 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472110 ccctcgaacaacggcaacaatacaaatgataacaatgggaatcaattgagcgtgggtggtataatagcagttgcaggtgcagcttgtataatcctccttg 54472209  T
Q  131 tcattatcctactctgcgttatatgtacaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactccagcacacggtatatattttta 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472210 tcattatcctactctgcgttatatgtacaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactccagcacacggtatatattttta 54472309  T
Q  231 tatatctcctatttcnnnnnnnaataggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttataatagttaatggaggaag------------ttaattaatta 318  Q
    |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||            |||||||||||    
T  54472310 tatatctcctatttctttttttaataggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttagaatagttaatgggggaagctaattaattaattaattaatta 54472409  T
Q  319 atgattcatagcctattcttannnnnnngatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatc 418  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472410 atgattcatagcctattcttatttttttgatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatc 54472509  T
Q  419 ttatgtagctacaatatggtgttgcaaatgtagaaaccgttagatat--nnnnnnnnngttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaa 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472510 ttatgtagctacaatatggtgttgcaaatgtagaaactgtaagatataaaaaaaaaatgttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaa 54472609  T
Q  517 tttgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtcttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatg 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472610 tttgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtgttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatg 54472709  T
Q  617 cctttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgtggggtgattag 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  54472710 cctttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgaggggtgattag 54472760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University