View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17522_high_2 (Length: 423)

Name: NF17522_high_2
Description: NF17522
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17522_high_2
NF17522_high_2
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (17-394)||(2974554-2974944)
chr6 (21-357)||(2965111-2965457)
chr6 (19-389)||(2983418-2983798)
chr6 (17-390)||(2935150-2935549)
chr6 (114-390)||(2929860-2930138)
chr6 (148-394)||(2996658-2996904)
chr6 (99-389)||(2938012-2938286)
chr6 (17-252)||(2986421-2986672)
chr6 (17-297)||(2954726-2955027)
chr6 (232-380)||(2927721-2927869)
chr6 (17-240)||(3002900-3003141)
chr6 (17-179)||(2927882-2928051)
chr6 (207-364)||(2658311-2658474)
chr6 (17-240)||(2952657-2952895)
chr6 (249-390)||(3003174-3003311)
chr6 (249-394)||(2952483-2952624)
chr6 (66-199)||(2658141-2658278)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-390)||(3339576-3339941)
[»] scaffold0024 (3 HSPs)
scaffold0024 (135-394)||(34513-34773)
scaffold0024 (114-199)||(43599-43687)
scaffold0024 (17-112)||(34180-34272)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (114-389)||(49618963-49619249)
chr3 (112-388)||(49613989-49614269)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 17 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2974944 - 2974554
Alignment:
Q  17 acattagtttggagtttctacctgcacccctagattttgccatccacactatcagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgcttt-- 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||      
T  2974944 acattagttaggagtttctacctgcacccctagatttttccaacaacactatcaggccaattttgttcaacaacaatacaacatgatcaagttgcttttc 2974845  T
Q  115 -----------------atttatatgaaagtacaatttcaatctaatacaacacacaaa-ataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgata 196  Q
                     |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| | ||||||||          
T  2974844 tatttagcagaactcctatttatatgaaattataatttcaatctaatgcaacacaaaaagataatgaaac-attgaaacaaacaacgtacattg------ 2974752  T
Q  197 atactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaac 296  Q
    ||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2974751 ataataatgaaaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggatgcttgtactacttgcaagacagaacaaactctttgaattatagtgagaac 2974652  T
Q  297 aagcagtaagattccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggattcctac 394  Q
    ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2974651 aagtagaaaaattccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacctatgccaaggattcctac 2974554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 21 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 2965457 - 2965111
Alignment:
Q  21 tagtttggagtttctacctgcacccctagattttgccatccacactatcagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgctttatttat 120  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2965457 tagttaggagtttctacctgaaaccctagattttgccaacaacactatcagaccaattttgttcaacaacaatacaacatgatcaagttgctttatttat 2965358  T
Q  121 atgaaagtacaatttcaatcta---atacaacacacaaa--ataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataatactaatagcaataatta 215  Q
    |||||| |||||||||||||||   | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2965357 atgaaattacaatttcaatctaaggacacaacacacaaaagataatgaaaccattgaaacaaacaacgtacattggtgataatactaatagcaataatta 2965258  T
Q  216 tgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggc---------ttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagcagtaag 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||         ||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  2965257 tgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaagcattaggttgttgtactacttgca----agaacaaactgtttgaattaaagtgagaacaagtagtaag 2965162  T
Q  307 attccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgc 357  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||| |||||||||    
T  2965161 attccagcaaaggaagcagcagcttgccaaggagtactgcagtaatcacgc 2965111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 2983798 - 2983418
Alignment:
Q  19 attagtttggagtttctacctgcacccctagattttgccatccacactat-----cagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgctt 113  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||||| |     |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2983798 attagttaggagtttttacctgcacccctagattttgcgaacaacactttaatttcagaccaattttgtttaacaacaatacaacatgatcaagttgctt 2983699  T
Q  114 tatttatatgaaagtacaatttcaatctaat---acaacacacaaaata--atgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataatactaatagca 208  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||    ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||   |||| ||    
T  2983698 tatttatatgaaattacaatttcaatctaagtacacaacacacgaaatataatgaaaccattgaaacaaacaacgtacatgggtgataatgagaataaca 2983599  T
Q  209 ataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagcagtaagat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  2983598 ataattatgaactcaacaatgaaagaaatgactaggatgcttgtactatttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagtagtaagac 2983499  T
Q  309 tccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggatt 389  Q
    |||||||| |||||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||| || ||||||    
T  2983498 tccagcaacggaagcagcaattttccaaggagtattgccataatcacgcctgagagtggccttcaacttattcctaggatt 2983418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 2935549 - 2935150
Alignment:
Q  17 acattagtttggagtttctacctgcacccctagattttgccatccaca---ctatcagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgctt 113  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||   |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||    
T  2935549 acattagttatgagtttctacctgcacccctagattttgccaacaacagtactatcagaccaattttgttcaacaacaatacaacatgatcaatatgctt 2935450  T
Q  114 t-------------------atttatatgaaagtacaatttcaatctaatacaacacacaaa-ataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtg 193  Q
    |                   |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||       
T  2935449 ttttatttaacagaacacccatttatatgaaattacaatttcaatctaatgcaacacaaaaagataatgaaaccattgaaacaaacaacgtacattgaaa 2935350  T
Q  194 ataatactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgt---actacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagt 290  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  2935349 ataatactaatagaaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgttgtacaacttgcaagacagaacaaactgattgaagtaaagt 2935250  T
Q  291 gagaacaagcagtaagattccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggattc 390  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2935249 gagaaaaagtagtaagattccagcaatggaagcagcagtttgccaaggagttttgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacttatgccaaggattc 2935150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 114 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 2930138 - 2929860
Alignment:
Q  114 tatttatatgaaagtacaatttcaatctaatacaacacacaaaataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataatactaatagcaataat 213  Q
    ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  2930138 tatttatatgaaattacaattttgatctaatacaacacacaaaataatgaaaccattgaaacaaacaacgtacattggtgataataagaataacaataat 2930039  T
Q  214 tatgaactcaacaatgaaagaaatca--ctaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagcagtaagattcc 311  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||| ||||||| |||    
T  2930038 tatgaactcaacaataaaagaaatcaagctaggaggcttgtacaacttgcaagacagaacaaactgattgaagtaaagtgagaaaaagtagtaagaatcc 2929939  T
Q  312 agcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggattc 390  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  2929938 agcaatggaagcagcagtttgccaaggagtacttcaataatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattc 2929860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 148 - 394
Target Start/End: Original strand, 2996658 - 2996904
Alignment:
Q  148 acacacaaaataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataatactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggagg 247  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2996658 acacccaaaataatgaaaccattgaaacaaacaacttacattggtgataatactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggagg 2996757  T
Q  248 cttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagcagtaagattccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgca 347  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||     
T  2996758 cttgtacaacttgcaagacagaacaaactgattgaataaaagtgagaacaagtagtacaattccagcaaaggaagcagcagcttgccaaggagtcttgcc 2996857  T
Q  348 ataatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggattcctac 394  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2996858 ataatcacgcctgagagtagccttcaacttatgccaaggattcctac 2996904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 99 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 2938286 - 2938012
Alignment:
Q  99 atgatcaagttgctttatttatatgaaagtacaatttcaatctaatacaacacacaaaataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataat 198  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||             
T  2938286 atgatcaagttgttttatttatatcaaattacattttcgatctaacacaacacacaaaataatgaaac-attgaaacaaacaacgtacatt--------- 2938197  T
Q  199 actaatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaa 298  Q
          | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||    
T  2938196 ------aacaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgtacaacttgcaagacagaacaaactgattgaagtaaagtgagaataa 2938103  T
Q  299 gcagtaagattccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggatt 389  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2938102 gtagtaagattccagcaatggaagcagcagtttgccaaggagttttgccataatcacgcctcagagtagccttcaacttatgccaaggatt 2938012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 2986672 - 2986421
Alignment:
Q  17 acattagtttggagtttctacctgcacccctagattttgccatccacactatcagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgctttat 116  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2986672 acattagttaggagtttctagttgcacccctagattttgccaaccacactatcagacccattttgttcaacaacaatacaacatgatcaagttgatttat 2986573  T
Q  117 ttatatgaaagtacaatttcaatctaatacaacacacaaaataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataa----------------tac 200  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||                ||     
T  2986572 ttatatgaaattacaatttcgatctaacaaaacacacaaactaatgaaaccattgaaacaaacaatgtacgttggtgataataataataataataattaa 2986473  T
Q  201 taatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgt 252  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2986472 taataacaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgt 2986421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 2955027 - 2954726
Alignment:
Q  17 acattagtttggagtttctacctgcacccctagattttgccatccacactatcagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgcttta- 115  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |  |||| ||||     
T  2955027 acattagttaggagtttctacctgcaaccctagattttgccaaccacactatcagacccattttgttcaacaacaataaaacatgacctcgttgttttaa 2954928  T
Q  116 ------------------tttatatgaaagtacaatttcaatctaat---acaacacacaaaataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtga 194  Q
                      ||||||||||| |||||| || ||||||    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  2954927 tatttggcagaagacctatttatatgaaattacaatatcgatctaagtacacaacacacaaaataatgaaaccatagaaacaaacaagttacattggtga 2954828  T
Q  195 taatactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgaga 294  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| |    
T  2954827 taatactaatagcaataat-atgaactcaacattgaaagaaatcactaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaattgattgaagtaaagtgata 2954729  T
Q  295 aca 297  Q
    |||    
T  2954728 aca 2954726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 232 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 2927869 - 2927721
Alignment:
Q  232 agaaatcactaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagcagtaagattccagcaatggaagcagcagtgt 331  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  2927869 agaaatcactaggaggcttgtacaacttgcaagacagaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagtagtaagattcccgcaatggaagcagcagttt 2927770  T
Q  332 gccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacttatg 380  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  2927769 gccaaggagttttgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacttatg 2927721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 240
Target Start/End: Original strand, 3002900 - 3003141
Alignment:
Q  17 acattagtttggagtttctacctgcacccctagattttgccatccacactatcagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgct---- 112  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||        
T  3002900 acattagtttgaagtttctacctgcacccctagattttgccaaccacactatcagacccattttgttcaacaacaatacaacatgatcaagttgctcttt 3002999  T
Q  113 ---------------ttatttatatgaaagtacaatttcaatctaatacaacacacaaa-ataatgaaac-cattgaaacaaacgaggtacattggtgat 195  Q
                    ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||| | |||||||| ||||    
T  3003000 tattcagcagaacacctatttatatgaaattacaatttcaatctgatgcaacacaaaaagataatgaaacatattgaaacaaactacgtacattgatgat 3003099  T
Q  196 aatactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcac 240  Q
    |||| ||||   |||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  3003100 aataataat---aataattatgaacttaacaatgaaagacatcac 3003141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 2928051 - 2927882
Alignment:
Q  17 acattagtttggagtttctacctgcacccctagatttt--gccatccacactatcagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgcttt 114  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2928051 acattagtcaggagtttctacctgcaccccaagattttttgccaaccacgctatcagacccattttgttcaacaacaatacaacatgatcaagttgattt 2927952  T
Q  115 atttatatgaaagtacaatttcaatcta---atacaacacacaaa--ataatgaaaccattgaaacaaac 179  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||   | ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  2927951 atttatatgaaattataatttcaatctaagtacacaacacacaaaagataatgaaaccattggaacaaac 2927882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 207 - 364
Target Start/End: Original strand, 2658311 - 2658474
Alignment:
Q  207 caataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggc------ttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagc 300  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  2658311 caataattatgaaccgaacaatgaaagaaatcactaggagccattaggttgtactacttgaaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaataagt 2658410  T
Q  301 agtaagattccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgccttagag 364  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||  | |||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  2658411 agtaagattccagcaaaggaagcaccagctttccaaggagtactgcaataatcacgcctcagag 2658474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 2952895 - 2952657
Alignment:
Q  17 acattagtttggagtttctacctgcacccctagattttgccatccacactatcagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgcttt-- 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||      
T  2952895 acattagttaggaatttctacctgcacccctagattttgccaacaacactatcagaccaattttgttcaacaacaatacaacatgatcaagttgcttttt 2952796  T
Q  115 -----------------atttatatgaaagtacaatttcaatctaatacaacac--acaaaataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgat 195  Q
                     |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  | | | |||||||||||||||||||||| | ||||||   ||||    
T  2952795 tatttagcagaacacccatttatatgaaattacaatttcaatctaatgcaacacaaagagattaatgaaaccattgaaacaaacaacgtacat---tgat 2952699  T
Q  196 aatactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcac 240  Q
    |||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952698 aataataat---aataattatgaactcaacaatgaaagaaatcac 2952657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 249 - 390
Target Start/End: Original strand, 3003174 - 3003311
Alignment:
Q  249 ttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagcagtaagattccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaa 348  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  3003174 ttgtactacttgcaaga----acaaactgtttgaagtaaagtgagagcaaggagtaagattccagcaatggaagcagcagtttgccagggagttttgcaa 3003269  T
Q  349 taatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggattc 390  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  3003270 taatcacgcctgagagtagccttcaacttatgccatggattc 3003311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 249 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2952624 - 2952483
Alignment:
Q  249 ttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagcagtaagattccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaa 348  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||| || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |    
T  2952624 ttgtactacttgcaaga----acaaactgtttgaagtaaagtgagagcaaggagtacgattccagcaatggaagcagcagtttgccaaggagttttgcca 2952529  T
Q  349 taatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggattcctac 394  Q
    ||||||||||| ||||  || |||||||||| ||||||||| ||||    
T  2952528 taatcacgcctcagagtggctttcaacttattccaaggattactac 2952483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 66 - 199
Target Start/End: Original strand, 2658141 - 2658278
Alignment:
Q  66 tatcagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgctttatttatatgaaagtacaatttcaatcta---atacaacacacaaa--ataa 160  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||   | ||||||||||||  ||||    
T  2658141 tatcaaacccattttgtgcaacaacaatagaacatgatcaagttgctttatttatatgaaattacaatttcaatataagtacacaacacacaaaagataa 2658240  T
Q  161 tgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataata 199  Q
    ||||| ||||||||||||| | ||||||||| |||||||    
T  2658241 tgaaa-cattgaaacaaacaacgtacattggcgataata 2658278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 3339941 - 3339576
Alignment:
Q  17 acattagtttggagtttctacctgcacccctagattttgccatccacactatcagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgctttat 116  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||          || | |    
T  3339941 acattagttaggagtttctacatgcacccctagattttgccaaccatattatcagacccattttgttcaaaaacagtacaacat----------ctat-t 3339853  T
Q  117 ttatatgaaagtacaatttcaatctaatacaacacacaaa-ataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataatactaatagcaataatta 215  Q
      |||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||| || ||||||||| | |||||||| | |||||||||| |||||||||||    
T  3339852 agatataaaattacaatttcgatctaatgcaacacaaaaagataatgaaac-atggaaacaaacaacgtacattgataataatactaagagcaataatta 3339754  T
Q  216 tga---actcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagcagtaagattcca 312  Q
    |||   ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||  ||||||    
T  3339753 tgatgaactcaacaaagaaagaaatcactaggaggcctgtactacttgcaagacagaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagtagtacaattcca 3339654  T
Q  313 gcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggattc 390  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  3339653 gcaatggaagcagcagtttgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtggccttcaacctatgccaaggattc 3339576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 3)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 135 - 394
Target Start/End: Original strand, 34513 - 34773
Alignment:
Q  135 tcaatctaatacaacacacaaaa--taatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataatactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaa 232  Q
    |||||||||| ||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||||   ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34513 tcaatctaatgcaacaccaaaaagataatgaaac-attgaaacaaacagcgtaaattgataataatactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaa 34611  T
Q  233 gaaatcactaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagcagtaagattccagcaatggaagcagcagtgtg 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||    
T  34612 gaaatcactaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaactgattgaagcaaagtgagaacaagtagtaaaattccagcaacggaagcagcagtttg 34711  T
Q  333 ccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggattcctac 394  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  34712 ccaaggagttttgccataatcacgcctgagagaagccttcaacctattccaaggattactac 34773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 114 - 199
Target Start/End: Original strand, 43599 - 43687
Alignment:
Q  114 tatttatatgaaagtacaatttcaatctaat---acaacacacaaaataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataata 199  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  43599 tatttatatgaaattacaatttcaatctaattacacaacacacaaaataatgaaaccattgaaacaaacaacgtacattggtgataata 43687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 112
Target Start/End: Original strand, 34180 - 34272
Alignment:
Q  17 acattagtttggagtttctacctgcacccctagattttgccatccacactatcagacccattttgttcgacaacaatacaacatgatcaagttgct 112  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||| |   ||||||||||||||||    
T  34180 acattacttaggagtttctacttgcacccgtagattttgccaacaacactatcagaccaattttgttcaacaacatt---acatgatcaagttgct 34272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 114 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 49619249 - 49618963
Alignment:
Q  114 tatttatatgaaagtacaatttcaatctaatacaacacacaaaataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataatactaatagcaataat 213  Q
    ||||||||| | | || |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||   ||||  |||||||    
T  49619249 tatttatataatattagaatttcaatctaatacaacaaacatgataatgaaaccattggaacaaacaacgtaaattggtgataa---taatgtcaataat 49619153  T
Q  214 tatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggag-gct-------------tgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaag 299  Q
     ||||||||||||||||  ||| | ||||  ||  ||             ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||    
T  49619152 catgaactcaacaatgattgaacttactactagtacttacattatactgctgtacaacttgcaagatagaacaaactgattgaagtaaagagagaacaag 49619053  T
Q  300 cagtaagattccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggatt 389  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  49619052 tagtaaaattccagcaatggaagcagcagtttgccaaggagtactgccataatcacgcctgagagtagccttcagtttatgccaaggatt 49618963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 112 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 49614269 - 49613989
Alignment:
Q  112 tttatttatatgaaagtacaatttcaatctaatacaacacacaaaataatgaaaccattgaaacaaacgaggtacattggtgataatactaatagcaata 211  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||       || |||||| |||||| ||||  |||||    
T  49614269 tttatttatatgaagttgcaatttcaatctagtacaacatgcaaaataatgaaaccattgaaacact-----taaattggtaataataataatcacaata 49614175  T
Q  212 attatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggc---------ttgtactacttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagcag 302  Q
    |||||||| ||||||||||  ||| | |||| ||  |         |||||| |||||||| || | |||||||| ||||| || || ||||| ||| ||    
T  49614174 attatgaattcaacaatgattgaacttactatgaatcattatattgttgtacaacttgcaacactgcacaaactgattgaagtaaagagagaataagtag 49614075  T
Q  303 taagattccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacttatgccaaggat 388  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| || ||||  ||||||||  ||||||||||||    
T  49614074 taaaattccagcaatggaagcagcagtttgccaaggactgttgcaataatcacgtctgagagtcgccttcaatctatgccaaggat 49613989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University