View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17522_high_24 (Length: 306)

Name: NF17522_high_24
Description: NF17522
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17522_high_24
NF17522_high_24
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-286)||(13671019-13671292)
chr4 (1-286)||(13656373-13656646)
chr4 (1-286)||(5739071-5739344)
chr4 (98-286)||(13656659-13656847)
chr4 (98-286)||(13671305-13671493)
chr4 (98-286)||(13671506-13671694)
chr4 (98-239)||(5739357-5739498)
chr4 (98-239)||(13656860-13657001)
chr4 (98-239)||(13671707-13671848)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-286)||(18662853-18663126)
chr3 (98-286)||(18663139-18663327)
chr3 (98-286)||(18663340-18663528)
chr3 (98-239)||(18663541-18663682)
[»] scaffold0014 (2 HSPs)
scaffold0014 (1-286)||(22722-22995)
scaffold0014 (98-238)||(22569-22709)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-286)||(18581714-18581987)
chr5 (98-286)||(18581513-18581701)
chr5 (112-239)||(18581359-18581486)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (1-286)||(12923988-12924261)
chr6 (6-156)||(8571353-8571499)
chr6 (98-286)||(12923589-12923777)
chr6 (98-239)||(12923435-12923576)
chr6 (9-212)||(19540399-19540602)
chr6 (98-286)||(12923790-12923975)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-286)||(37461385-37461658)
chr2 (98-286)||(37461184-37461372)
chr2 (98-212)||(37461057-37461171)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 13671019 - 13671292
Alignment:
Q  1 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccaggtacaacatcatatggtaaatgtggcgggctatgtgtattagaaagaggtggtggactaggagta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13671019 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccagatacaacatcatatggt------------ctatgtgtattagaaagatgtggtggactaggagta 13671106  T
Q  101 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13671107 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 13671206  T
Q  201 atgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaatttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13671207 atgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 13671292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 13656373 - 13656646
Alignment:
Q  1 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccaggtacaacatcatatggtaaatgtggcgggctatgtgtattagaaagaggtggtggactaggagta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13656373 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccagatacaacatcatatggt------------ctatgtgtattagaaagatgtggtggactaggagta 13656460  T
Q  101 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656461 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 13656560  T
Q  201 atgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaatttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656561 atgtttgagatatgggatgatgtttcttttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 13656646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 5739071 - 5739344
Alignment:
Q  1 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccaggtacaacatcatatggtaaatgtggcgggctatgtgtattagaaagaggtggtggactaggagta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5739071 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccagatacaacatcatatggt------------ctatgtgtattagaaagatgtggtggactaggagta 5739158  T
Q  101 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5739159 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagtatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtat 5739258  T
Q  201 atgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaatttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
     ||||||||||||| |||||||| | || ||| |||||| | | |    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5739259 gtgtttgagatatgagatgatgtgtaggctgctttgtagatagcgattgttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 5739344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 98 - 286
Target Start/End: Original strand, 13656659 - 13656847
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  13656659 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 13656758  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaat-ttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||   | |||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13656759 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgta-tatatggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 13656847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 98 - 286
Target Start/End: Original strand, 13671305 - 13671493
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  13671305 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 13671404  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaat-ttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | || ||| |||||| | | ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13671405 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatag-ggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 13671493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 98 - 286
Target Start/End: Original strand, 13671506 - 13671694
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  13671506 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 13671605  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaat-ttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | || ||| |||||| | | ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13671606 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatag-ggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 13671694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 98 - 239
Target Start/End: Original strand, 5739357 - 5739498
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5739357 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaaatttg 5739456  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtag 239  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  5739457 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtag 5739498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 98 - 239
Target Start/End: Original strand, 13656860 - 13657001
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  13656860 gtagagtggggttgttggatatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagttag 13656959  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtag 239  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  13656960 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtag 13657001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 98 - 239
Target Start/End: Original strand, 13671707 - 13671848
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  13671707 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagttag 13671806  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtag 239  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  13671807 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtag 13671848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 18662853 - 18663126
Alignment:
Q  1 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccaggtacaacatcatatggtaaatgtggcgggctatgtgtattagaaagaggtggtggactaggagta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18662853 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccagatacaacatcatatggt------------ctatgtgtattagaaagatgtggtggactaggagta 18662940  T
Q  101 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18662941 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 18663040  T
Q  201 atgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaatttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18663041 atgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 18663126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 98 - 286
Target Start/End: Original strand, 18663139 - 18663327
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  18663139 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 18663238  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaat-ttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||  | | ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18663239 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaatag-ggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 18663327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 98 - 286
Target Start/End: Original strand, 18663340 - 18663528
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  18663340 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 18663439  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaat-ttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | || ||| |||||| | | ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18663440 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatag-ggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 18663528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 98 - 239
Target Start/End: Original strand, 18663541 - 18663682
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  18663541 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagttag 18663640  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtag 239  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  18663641 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtag 18663682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 22995 - 22722
Alignment:
Q  1 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccaggtacaacatcatatggtaaatgtggcgggctatgtgtattagaaagaggtggtggactaggagta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22995 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccagatacaacatcatatggt------------ctatgtgtattagaaagatgtggtggactaggagta 22908  T
Q  101 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22907 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagagcaaaggtgggaaatttgtaa 22808  T
Q  201 atgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaatttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22807 atgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaaattggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 22722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 98 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22709 - 22569
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  22709 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggaaagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagttag 22610  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgta 238  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  22609 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgta 22569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 18581987 - 18581714
Alignment:
Q  1 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccaggtacaacatcatatggtaaatgtggcgggctatgtgtattagaaagaggtggtggactaggagta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18581987 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccagatacaacatcatatggt------------ctatgtgtattagaaagatgtggtggactaggagta 18581900  T
Q  101 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18581899 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgagagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 18581800  T
Q  201 atgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaatttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18581799 atgtttgagatatgggatgatgtttcgattgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 18581714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 98 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 18581701 - 18581513
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  18581701 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 18581602  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaat-ttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | || ||| |||||| | | ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18581601 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatag-ggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 18581513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 112 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 18581486 - 18581359
Alignment:
Q  112 ttggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagat 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||    
T  18581486 ttgggtatttgtaggtatttgagaaatgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagttagtatgtgtttgagat 18581387  T
Q  212 atgggatgatgtttcggttgccttgtag 239  Q
    |||||||||||| | |||||| ||||||    
T  18581386 atgggatgatgtgtaggttgctttgtag 18581359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 12924261 - 12923988
Alignment:
Q  1 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccaggtacaacatcatatggtaaatgtggcgggctatgtgtattagaaagaggtggtggactaggagta 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12924261 acataatgatgatgatgcatgtggatcaccaccagatacaacatcatatggt------------ctatgtgtattagaaagatgtggtggactaggagta 12924174  T
Q  101 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12924173 gagtggggagattggatatatgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 12924074  T
Q  201 atgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaatttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12924073 atgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 12923988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 6 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 8571499 - 8571353
Alignment:
Q  6 atgatgatgatgcatgtggatcaccaccaggtacaacatcatatggtaaatgtggcgggctatgtgtattagaaagaggtggtggactaggagtagagtg 105  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||    
T  8571499 atgatgatgatgcatgttaatcaccaccagatataacatcagatggtaaatgtggcaggctatgtgtattagaaaga---tgtggacttggagtagagtg 8571403  T
Q  106 gggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtaga 156  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  8571402 gggagattggatatttgtaggtatttgagaagt-ggagcatgaattgtaga 8571353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 98 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 12923777 - 12923589
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12923777 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 12923678  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaat-ttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | || ||| |||||| | | ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12923677 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatag-ggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 12923589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 98 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 12923576 - 12923435
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  12923576 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggatagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagttag 12923477  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtag 239  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  12923476 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtag 12923435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 9 - 212
Target Start/End: Original strand, 19540399 - 19540602
Alignment:
Q  9 atgatgatgcatgtggatcaccaccaggtacaacatcatatggtaaatgt----ggcgggctatgtgtattagaaagaggtggtggactaggagtagagt 104  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||||| || ||||||||| |    ||||||| |||||||||||||||| ||||   ||| |||||| |||    
T  19540399 atgatgatgcatgtggataaccaccggatacaacaccaaatggtaaatatatatggcgggcaatgtgtattagaaagatgtgg---acttggagtatagt 19540495  T
Q  105 ggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaaatgt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||| |||||| ||||| |||||| || |||||||| || ||||||||   ||| |||||  |||    
T  19540496 ggggagattggatatttgtaggtatttcagaaat-ggagtatgaatagtagaaatttgtcgacttggagtaaagtggaaaggttataaagttgtagttgt 19540594  T
Q  205 ttgagata 212  Q
    ||||||||    
T  19540595 ttgagata 19540602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 98 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 12923975 - 12923790
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12923975 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 12923876  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaat-ttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    ||  | |||||||   |||||||||| | |||||| |||||  | | ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12923875 tatttttttgaga---gggatgatgtgtaggttgctttgtaaatag-ggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 12923790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 37461658 - 37461385
Alignment:
Q  1 acatgatgatgatgatgcatgtggatcaccaccaggtacaacatcatatggtaaatgtggcgggctatgtgtattagaaagaggtggtggactaggagta 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37461658 acataatgatgatgatacatgtggatcaccacaagatacaacatcatatggt------------ctatgtgtattagaaagatgtggtggactaggagta 37461571  T
Q  101 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37461570 gagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttgtaa 37461471  T
Q  201 atgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaatttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37461470 atgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaaattggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 37461385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 98 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 37461372 - 37461184
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  37461372 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggaaagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 37461273  T
Q  198 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaat-ttggacatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 286  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | || ||| |||||   |  ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37461272 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggatgctttgta-aataaggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 37461184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 98 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 37461171 - 37461057
Alignment:
Q  98 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagatatttgtggagttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 197  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |   |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  37461171 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacattagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagttag 37461072  T
Q  198 taaatgtttgagata 212  Q
    ||  |||||||||||    
T  37461071 tatgtgtttgagata 37461057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University