View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17523_low_33 (Length: 259)

Name: NF17523_low_33
Description: NF17523
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17523_low_33
NF17523_low_33
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (19-245)||(7839-8065)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (19-245)||(50305-50531)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (20-245)||(18994928-18995153)
chr6 (19-245)||(22209671-22209897)
chr6 (19-242)||(20083285-20083508)
chr6 (19-245)||(18990339-18990564)
chr6 (19-245)||(20235253-20235479)
chr6 (19-245)||(22129237-22129463)
chr6 (19-205)||(18979026-18979212)
chr6 (19-203)||(22085446-22085630)
chr6 (19-197)||(22001393-22001571)
chr6 (19-199)||(21967121-21967301)
chr6 (19-197)||(21967569-21967747)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (19-245)||(14763-14989)


Alignment Details
Target: scaffold0007 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 7839 - 8065
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7839 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 7938  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7939 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgca 8038  T
Q  219 caagaatcaagttctactcaatctgcc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  8039 caagaatcaagttctactcaatctgcc 8065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 50305 - 50531
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50305 caaatattaaagaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 50404  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50405 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgca 50504  T
Q  219 caagaatcaagttctactcaatctgcc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  50505 caagaatcaagttctactcaatctgcc 50531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 18995153 - 18994928
Alignment:
Q  20 aaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgtg 119  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18995153 aaatattaaagaagattattctgcaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgtg 18995054  T
Q  120 acagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgcac 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18995053 acagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgcac 18994954  T
Q  220 aagaatcaagttctactcaatctgcc 245  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  18994953 tagaatcaagttctactcaatctgcc 18994928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Original strand, 22209671 - 22209897
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  22209671 caaatattcaagaagattattctacaaatgaagtaattaagtacattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccggatgctagaccttcaattgc 22209770  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22209771 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattcggacgttcttgca 22209870  T
Q  219 caagaatcaagttctactcaatctgcc 245  Q
    | |||||||||||||||||||||||||    
T  22209871 ctagaatcaagttctactcaatctgcc 22209897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 20083508 - 20083285
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||| || ||    
T  20083508 caaatattaaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaacatgacccggatgccagaccttcgatcgt 20083409  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  20083408 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcagttgaattaccaactccaccagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattcaaatgttcttgca 20083309  T
Q  219 caagaatcaagttctactcaatct 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  20083308 caagaatcaagttctactcaatct 20083285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 18990564 - 18990339
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  18990564 caaatattgaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccggatgctagaccttcgatcgt 18990465  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |   ||||  |||||||||||    
T  18990464 gacagttgcttcttatcttagcatttatgcagttgaattaccaactccaccagaacctgcgtttttcttgcatggtag-agggattcaaacgttcttgca 18990366  T
Q  219 caagaatcaagttctactcaatctgcc 245  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  18990365 caagaatctagttctactcaatctgcc 18990339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 20235479 - 20235253
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||       
T  20235479 caaatattcaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaacatgacccggatgctagaccttcaatctc 20235380  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgca 218  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||  || ||||||||    
T  20235379 gacagtttcttcttaccttagcagttatgcagttgaattaccaactccgaaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaaagaattcaaacattcttgca 20235280  T
Q  219 caagaatcaagttctactcaatctgcc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  20235279 caagaatcaagttctactcaatctgcc 20235253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 22129463 - 22129237
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||       
T  22129463 caaatattcaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaacatgacccggatgctagaccttcaatctc 22129364  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgca 218  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||  || ||||||||    
T  22129363 gacagtttcttcttaccttagcagttatgcagttgaattaccaactccgaaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaaagaattcaaacattcttgca 22129264  T
Q  219 caagaatcaagttctactcaatctgcc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  22129263 caagaatcaagttctactcaatctgcc 22129237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 19 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 18979212 - 18979026
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  18979212 caaatattaaagaatatcattctacaaatgaagtcattaagtgcatttagattggtcgattatgtgttcgaaatgacccggatg-tagaccttcgattgt 18979114  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcg-tttctcttgcatggtagaacttattc 205  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||    
T  18979113 gacagttccttcttatcttagcagttatgcagttgaattaccaactccgcaagaacctgcgttttttattgcatggtagaacatattc 18979026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 22085630 - 22085446
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    |||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |    
T  22085630 caaatattaaaggagattattctaaaactgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccagaggctagaccttcaatctt 22085531  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttat 203  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| || ||||||| ||| || |||| ||||||| ||||    
T  22085530 gacaattgcttcttatcttagcagtcattcaattgagttaccaactccacaacaacctgcatttttcctgcaaggtagaaattat 22085446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 22001571 - 22001393
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    |||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |    
T  22001571 caaatattaaaggagattattctaaaactgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccagaggctagaccttcaatctt 22001472  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtaga 197  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||| || ||||||| ||| || |||| ||||||    
T  22001471 gacaattgcttcttatcttagcagtcattcaattgagttacgaactccacaacaacctgcatttttcctgcaaggtaga 22001393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 21967301 - 21967121
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    |||||||||||  ||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||  |    
T  21967301 caaatattaaaggagatttttctaaaactgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgatccagaggctagaccttcaatctt 21967202  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaac 199  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| || ||||||| ||| || |||| ||||||||    
T  21967201 gacaattgcttcttatcttagcagtcattcaattgagttaccaactccacaacaacctgcatttttcctgcaaggtagaac 21967121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 21967747 - 21967569
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    |||||||||||  ||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||  |    
T  21967747 caaatattaaaggagatttttctaaaactgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgatccagaggctagaccttcaatctt 21967648  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtaga 197  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| || ||||||| ||| || |||| ||||||    
T  21967647 gacaattgcttcttatcttagcagtcattcaattgagttaccaactccacaacaacctgcatttttcctgcaaggtaga 21967569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 19 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 14989 - 14763
Alignment:
Q  19 caaatattaaaaaagattattctacaaatgaagtcattaaatgcattcagattggtctgttatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14989 caaatattaaagaagattattctacaaatgaagtcattaagtgcattcagattggtctattatgtgttcaaaatgacccgaatgctagaccttcaattgt 14890  T
Q  119 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgaattaccaactccaaaagaacctgcgtttctcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14889 gacagttgcttcttatcttagcagttatgcaattgatttaccaactccacaagaacctgcgtttttcttgcatggtagaacttattccgacgttcttgca 14790  T
Q  219 caagaatcaagttctactcaatctgcc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  14789 caagaatcaagttctactcaatctgcc 14763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University