View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1755-Insertion-10 (Length: 785)

Name: NF1755-Insertion-10
Description: NF1755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1755-Insertion-10
NF1755-Insertion-10
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-785)||(1573274-1574051)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 785
Target Start/End: Original strand, 1573274 - 1574051
Alignment:
Q  8 ttggacacatcagtaaatggaccacatgttaagcatgtgttaaaggctagtttggatgatacaagagtggatagttatgcaattgggacttattttattg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573274 ttggacacatcagtaaatggaccacatgttaagcatgtgttaaaggctagtttggatgatacaagagtggatagttatgcaattgggacttattttattg 1573373  T
Q  108 aaaatgatacatggattcctgataacccacttgaggacgtgggtattgggttgcttttggactatggaatatactatgcttcaaagactttctatgatca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573374 aaaatgatacatggattcctgataacccacttgaggatgtgggtattgggttgcttttggactatggaatatactatgcttcaaagactttctatgatca 1573473  T
Q  208 agtgnnnnnnngaaggattttgtggggatggattaatgagrctgatgctgaaagtgatgacttggaaaaaggttgggcatctcttcaggtatgtattata 307  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573474 agtgaaaaaaagaaggattttgtggggatggattaatgagactgatgctgaaagtgatgacttggaaaaaggttgggcatctcttcaggtatgtattata 1573573  T
Q  308 cataacatgctgaaattacatcaatttgccaaagctgaaatgcattgcaaaatgttggatagagcaattcataaaatcttgtacac-annnnnnncttca 406  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |       |||||    
T  1573574 cataacatactgaaattacatcaatttgccaaagctgaaatgcattgcaaaatgtttgatagagcaattcataaaaccttgtacacaatttttttcttca 1573673  T
Q  407 gacaattccaagaacagtgctttttgatcagaagactggaactaatttgcttcaatggccagtagaagaagtagaaagcttaagactgagtagtgatgaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573674 gacaattccaagaacagtgctttttgatcagaagactggaactaatttgcttcaatggccagtagaagaagtagaaagcttaagactgagtagtgatgaa 1573773  T
Q  507 tatgcagaagtagttgttacacctggctctattgttccattgaacattactcaagcaacacaggttttgtctatagcattttctaagttatcatattact 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573774 tatgcagaagtagttgttacacctggctctgttgttccattgaacattactcaagcaacacaggttttgtctatagcattttctaagttatcatattact 1573873  T
Q  607 tgannnnnnnnnnnnnnnnnnnaaggttatttctaaaaacaataaatttcttatttgtgataaaattatttgtctcaactctttcatttcctaannnnnn 706  Q
    |||                   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  1573874 tgattttttgcttttttgttttaaggttatttctaaaaccaataaatttcttatttgtgataaaattatttgtctcaactctttcatttcctaa-ttttt 1573972  T
Q  707 nnnngcagttggacatatttgccgaatttgagattgaatcattgacatctaaagaaaatattagcaatgacaatataga 785  Q
        |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573973 ttttgcagttggacatatttgctgaatttgagattgaatcattgacatctaaagaaaatattagcaatgacaatataga 1574051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University