View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1755-Insertion-4 (Length: 837)

Name: NF1755-Insertion-4
Description: NF1755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1755-Insertion-4
NF1755-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (6-827)||(504735-505553)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (547-766)||(16702099-16702318)
chr7 (547-766)||(17676335-17676554)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 680; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 680; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 827
Target Start/End: Original strand, 504735 - 505553
Alignment:
Q  6 caattattaggtaaacaatctcacaatttagaaacaagtttgaagaagacaaaatagtagcaactgaaccttttattatagcaatttgtcgctcaaaaa- 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  504735 caattattaggcaaacaatctcacaatttagaaacaagtttgaagaagacaaaatagtagcaactgaaccttttattatagcaatttgttgctcaaaaaa 504834  T
Q  105 cagaaggnnnnnnnnnnnnnnngagacagcatcaagaaatcataccaattttctctattaatttactactaactgaatggtacattgacacaaatactct 204  Q
    |||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  504835 cagaaggaaaaaaaaagaaa--gagacagcatcaagaaatcataccaattttctctattaatttactactaactgaatggtacattgacacaaatactct 504932  T
Q  205 cttgttctctgtataatgttctctcaagttctcacatataacatgaccaaaaaggtgtttgaatgctatattccacaacaatgctatgctaactatatat 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  504933 cttgttctctgtataatgttctctcaagttctcacatataacatgaccaaaaaggtgtttgaatactatattccacaataatgctatgctaactatatat 505032  T
Q  305 gcactacatagttcctttatggaatttagatttaggagtatcccacgttcacgcattttggacatcgatggatatttgatcaagatcaagtacnnnnnnn 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  505033 gcactacatagttcctttatggaatttagatttaggagtatcccacgttcacgcattttggacatcgatggatatttgatcaagatcaagtacaaaaaa- 505131  T
Q  405 ntgcaaatttcaattttatgatttaaaataggagtttaaatatgaaccatatgattttgatcgaacgaccactaattttacgactgcatgaatgtgggga 504  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  505132 -tgcaaatttcaattttatgatttaaaataggagtttaaatatgaaccatatgattttgatcgaacggccactaatgttacgactgcatgaatgtgggga 505230  T
Q  505 atctctgaatgtagaagagtcggatcctaatttatgataaacctaggtaggcctattttggaacctaacttctgaacatcatcacgaacttgttgtctat 604  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  505231 atctctgaatatagaggagtcggatcctaatttatgataaacctaggtaggcctattttggaacctaacttctgaacatcatcacgaacttgttgtctat 505330  T
Q  605 attctttaaagctgaatttgcggtatacagagggctctttgcaactctcaatcatggtctcgtttgaagggcataagaaatacgcaacagaaaacctttc 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  505331 attctttaaagctgaatttgcggtatatagagggctctttgcaactctcaatcatggtgtcatttgaagggcataagaaatacgcaacagagaacctttc 505430  T
Q  705 tactcttgggtttgtcacaactcgatgctcaacactcttatacactccattgctccaagccttcatgcattacatcattaacaaaatatattagtctaat 804  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  505431 tactcttgggtttgtcacaactcgatgctcaacactcttatacactccattgctccaagccttcatgcattacatcattaacaacatatattagtctaat 505530  T
Q  805 attattcagagagaaaaactaga 827  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
T  505531 attatttagagagaaaaactaga 505553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 76; Significance: 1e-34; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 547 - 766
Target Start/End: Original strand, 16702099 - 16702318
Alignment:
Q  547 ctaggtaggcctattttggaacctaacttctgaacatcatcacgaacttgttgtctatattctttaaagctgaatttgcggtatacagagggctctttgc 646  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||  ||||| || |    ||| | ||| |||| |||||    
T  16702099 ctaggtaggcctattttggtccccaacttctgaacatcatctcgaacttgttgccgatattcttggaagctaaactctttgtaaagagatggctttttgc 16702198  T
Q  647 aactctcaatcatggtctcgtttgaagggcataagaaatacgcaacagaaaacctttctactcttgggtttgtcacaactcgatgctcaacactcttata 746  Q
    | ||||| ||||   |||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  16702199 agctctctatcacactctcatttgaagggcacaagaaatacgccatagagaacctttcaacttttggatttgtaacaactcgatgctcaacactcttgta 16702298  T
Q  747 cactccattgctccaagcct 766  Q
     | |||||| ||||||||||    
T  16702299 aagtccattactccaagcct 16702318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 547 - 766
Target Start/End: Original strand, 17676335 - 17676554
Alignment:
Q  547 ctaggtaggcctattttggaacctaacttctgaacatcatcacgaacttgttgtctatattctttaaagctgaatttgcggtatacagagggctctttgc 646  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||  ||||| || |    ||| | ||| |||| |||||    
T  17676335 ctaggtaggcctattttggtccccaacttctgaacatcatctcgaacttgttgccgatattcttggaagctaaactctttgtaaagagatggctttttgc 17676434  T
Q  647 aactctcaatcatggtctcgtttgaagggcataagaaatacgcaacagaaaacctttctactcttgggtttgtcacaactcgatgctcaacactcttata 746  Q
    | ||||| ||||   |||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  17676435 agctctctatcacactctcatttgaagggcacaagaaatacgccatagagaacctttcaacttttggatttgtaacaactcgatgctcaacactcttgta 17676534  T
Q  747 cactccattgctccaagcct 766  Q
     | |||||| ||||||||||    
T  17676535 aagtccattactccaagcct 17676554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University