View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1755-Insertion-8 (Length: 807)

Name: NF1755-Insertion-8
Description: NF1755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1755-Insertion-8
NF1755-Insertion-8
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (98-804)||(29500907-29501618)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 618; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 618; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 98 - 804
Target Start/End: Original strand, 29500907 - 29501618
Alignment:
Q  98 gtaactgtgaatccttcaccaaacagaaaataatcaactcaattgaagttcccaatgaatgattcgcaagtggaatttgatttggatttttagaatagaa 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29500907 gtaactgtgaatccttcaccaaacagaaaataatcaactgaattgaagttcccaatgaatgattcgcaagtggaatttgatttggatttttagaatagaa 29501006  T
Q  198 gggttattcgcgagttttatggtttgttaactgatgaattgattgttagttttgctgatagatccgattttggaatctattttagtgtttaatttaaggt 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29501007 gggttattcgcgagttttatggtttgttaactgatgaattgcttgttagttttgctgatagatccgattttggaatctattttagtgtttaatttagggt 29501106  T
Q  298 tgcatgattgtttagagatttgtttcattggattgtttggttgattagaagtgctattgaatttgattcaccactttgtttgaacctctcgattgtgttg 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29501107 tgcatgattgtttagagatttgtttcattggattgtttggttgattagaagtgctattgaatttgattcaccactttgtttgaacctctcgattgtgttg 29501206  T
Q  398 tttctgtagtgataattgtgatagactgatagtgaatggaatctggaaagtttcatttttgaaagaaatggattctctgcagttaggtgtcacaacagtt 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  29501207 tttctgtagtgataattgtgatagacttatagtgaatggaaactggaaagtttgatttttgaaagaaatggattctctgcagttaggtgtcactgcagtt 29501306  T
Q  498 actacgatgaaaattggatgtttaagattgatttttcaaacttacaatgtgagtcgtccgatacttggatttgactgttgtgatttctgacc------aa 591  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |      ||    
T  29501307 actaagatgaaaattagatgtttaagattgatttttcaaacttacaatgtgagtcgtccgatgcttggatttgactgttgtgatttctgatcggaagtaa 29501406  T
Q  592 tccggggttgattgcaaaatggtttatgtgggtcagatagtgagtacaagaacatcccaaccatccgatttttatcagcaatttataaaatgactgcatg 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29501407 tccggggttgattgcaaaatggtttatgt-ggtcagatagtgagtacaagaacatctcaaccatccgatttttatcagcaatttataaaatgactgcatg 29501505  T
Q  692 actgtaggaattttcgatgtttagggaatccaggtccgttgataagtgtagttggttccatataattaagacttaagtttttgttgttgattgttaaaag 791  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29501506 actgtaggatttttcgatgtttagggaatccaggtccgttgataagtgtagttggttccatatatttaagacttaagtttttgttgttgatcgttaaaag 29501605  T
Q  792 ctacactaatcta 804  Q
    |||||||||||||    
T  29501606 ctacactaatcta 29501618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University