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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17550_high_5 (Length: 496)
Name: NF17550_high_5
Description: NF17550
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17550_high_5 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 39211524 - 39211058
Alignment:
| Q |
13 |
ataatactataaagcatagtcataagaaagtataatgcacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
112 |
Q |
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| T |
39211524 |
ataatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
39211425 |
T |
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| Q |
113 |
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212 |
Q |
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| T |
39211424 |
atatagctgatagcataaatttgtttcatttttttctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattgacacatgttcttaattgtaacagatgcag |
39211325 |
T |
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| Q |
213 |
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310 |
Q |
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| T |
39211324 |
gatgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactgtttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataagggagaataatatattccaaat |
39211225 |
T |
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| Q |
311 |
ctcataattatgagaattgatctcagatgcaggaactc-aaaattgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcataccgaa |
409 |
Q |
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| T |
39211224 |
ctcataattataagaattgatctcagatgcaggaactcaaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcataccaaa |
39211125 |
T |
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| Q |
410 |
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476 |
Q |
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| T |
39211124 |
gataatgataatatttcctcaatacccaacttggtagcagaaagtacacaaggcaaataataagagt |
39211058 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 476
Target Start/End: Original strand, 27509416 - 27509878
Alignment:
| Q |
13 |
ataatactataaagcatagtcataagaaagtataatgcacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
112 |
Q |
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| T |
27509416 |
ataatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtactagagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcaggggaaaaact |
27509515 |
T |
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| Q |
113 |
atatagctgatatcataaatttgtttcannnnnnnctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattgacacatgttcttaattgtaacagatgcag |
212 |
Q |
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| T |
27509516 |
atataactgatagtataaatttgtttcatttttttctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattgacacatgttcttaattgtaacagatgcag |
27509615 |
T |
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| Q |
213 |
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311 |
Q |
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| T |
27509616 |
gatgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactatttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataagggaagaataatattccaaatc |
27509715 |
T |
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| Q |
312 |
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411 |
Q |
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| T |
27509716 |
tcataattatgagaatttaactcatatgcatgaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagaaagcatatcaaagac--tactcataccaaaga |
27509813 |
T |
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| Q |
412 |
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476 |
Q |
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| T |
27509814 |
taatgatagtatttccttaatacccaacttcgtagcagaaagtacacaaggcaaataataagagt |
27509878 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 27271994 - 27271526
Alignment:
| Q |
14 |
taatactataaagcatagtcataagaaagtataatgcacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
113 |
Q |
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| T |
27271994 |
taatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtatttaagtctatttcactgtgtctaattgaatcttcacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
27271895 |
T |
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| Q |
114 |
tatagctgatatcataaatttgtttcannnnnnnctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaa--ttgaca-catgttcttaattgtaacagatgc |
210 |
Q |
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| T |
27271894 |
tatagctgatagtataaatatgtttcatttttt-ctacctaaattggatgtaacagctgcagtgaatgtttgtcatcatcatcttaattgtaacagatgc |
27271796 |
T |
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| Q |
211 |
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307 |
Q |
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| T |
27271795 |
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27271696 |
T |
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| Q |
308 |
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406 |
Q |
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| T |
27271695 |
aatgtcataattatgagaattgaattcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaaatggataacatatcgaagactatacttatacc |
27271596 |
T |
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| Q |
407 |
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476 |
Q |
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| T |
27271595 |
aaagataatgataatttttccttaatgccgaacttggcagcagaaagtacataaggcaactaataagagt |
27271526 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 14 - 476
Target Start/End: Original strand, 29706863 - 29707330
Alignment:
| Q |
14 |
taatactataaagcatagtcataagaaagtataatgcacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
113 |
Q |
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| T |
29706863 |
taatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtatttaagtctatttcactgtgtctaattgaatcttcacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
29706962 |
T |
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| Q |
114 |
tatagctgatatcataaatttgtttcannnnnnnctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaa--ttgaca-catgttcttaattgtaacagatgc |
210 |
Q |
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| T |
29706963 |
tatagctgatagtataaatatgttt-aattttttctacctaaattagatgtaacaactgcagtgaatgtttttcatcatcttcttaattgtaacagatgc |
29707061 |
T |
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| Q |
211 |
agga--tgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactgtttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataaggga-gaataatattcca |
307 |
Q |
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| T |
29707062 |
aagaactgaaaattgatagcttaagaagtacataattgaggcgctaagtttcttgtatgcaaagaatttaaaaagttcataagggaagaatgatatttca |
29707161 |
T |
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| Q |
308 |
aatctcataattatgagaattgatctcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcataccg |
407 |
Q |
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| T |
29707162 |
aatctcataattatgagaattgaattcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagataacatatcgaagactatacttatacca |
29707261 |
T |
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| Q |
408 |
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476 |
Q |
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| T |
29707262 |
aagataatgataatttttccttaatacccaacttggtagcagaaagtacataaggcaactaataagagt |
29707330 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 13 - 472
Target Start/End: Original strand, 42092950 - 42093418
Alignment:
| Q |
13 |
ataatactataaagcatagtcataagaaagtataatgcacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
112 |
Q |
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| T |
42092950 |
ataatacagtaaagtatagtcataagaaggtataatatatttaagtctatttcactatgtttaattgaatcttgacaacatgtgctgcagtggaaaaact |
42093049 |
T |
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| Q |
113 |
atatagctgatatcataaatttgtttcannnnnnnc-tacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattgacac--atgttcttaattgtaacagatg |
209 |
Q |
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| T |
42093050 |
ataaagctgatggtataaatttgtttcatttttttcctactgaaattggatgtaacagccacagggcaattgatactcatgtgcctaattgtaacatatg |
42093149 |
T |
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| Q |
210 |
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306 |
Q |
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| T |
42093150 |
catgaactcaaaattgatagcatttgaagtacataattgaagcactatttttcttatatgcaaagaattgagaaagttcataagggacaaatgatattcc |
42093249 |
T |
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| Q |
307 |
aaatctcataattatgagaattgatctcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcatacc |
406 |
Q |
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| T |
42093250 |
aaatctcataattatgagaaatgaactcagatgcaggaactcaaaattgatagcataagaagtaacaaatagatagcatatcaaagac--tacttctacc |
42093347 |
T |
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| Q |
407 |
gaagataatgataatatttcctcaatac----ccaacttggtagcag-aaagtacacaaggcaaataataa |
472 |
Q |
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aaagataatgataatttttccttaatacccaaccaacttggtagcagaaaagtacataaggcaactaataa |
42093418 |
T |
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