View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1755R-Insertion-4 (Length: 605)

Name: NF1755R-Insertion-4
Description: NF1755R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1755R-Insertion-4
NF1755R-Insertion-4
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (9-605)||(40093932-40094528)
chr2 (123-605)||(40063301-40063782)
chr2 (9-605)||(40081652-40082260)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (194-470)||(22012115-22012391)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 517; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 517; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 40094528 - 40093932
Alignment:
Q  9 acatattactgcttgtgtttaaatactatgagttgattagtttattttctattattctcaccagctcaagcaacctactcacatataagtaaactatgag 108  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  40094528 acatattactacctgtgtttaaatactatgagttgattagtttattttctattattctcaccaactcaagcaacctactcacatataattaaactaagag 40094429  T
Q  109 tcatactcaacataaagtgaagcataacaaattagaaagggaacaggaatccagataaacaccttctttacaattgacagtgccttattgctgctgcagc 208  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40094428 tcatactcaacataaagtgaaccataacaaattagaaagggaacatgaatccagataaacaccttctttacaattgacagtgtcttattgctgctgcagc 40094329  T
Q  209 gtccgcggtagaagtttccacacgtccctagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaagatattacctgattatgattaggacagttgagcaacag 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40094328 gtccgcggtagaagtttccacacgtccctagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaagatattacctgattatgattaggacagttgagcaacag 40094229  T
Q  309 tgcaggccctacttttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgggcacacacacttcctagctgt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40094228 tgcaggccctacttttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgggcacacacacttcctatctgt 40094129  T
Q  409 tttgtagcaaaagatatttgtgttggatcaccaccactttcctcaaacaatacaagagtgtttccgtttggtttcaaaaacgaccgtggcacgtggtatc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40094128 tttgtagcaaaagatatttgtgttggatcaccaccactttcctcaaacaatacaagagtgtttccatttggtttcaaaaacgactgtggcacgtggtatc 40094029  T
Q  509 tgtgagatgggattaatgtcgcagtcacatcatagatcaagannnnnnnnctcatgtttaaactcttcttcattgaaaatttgcaacacttacaatg 605  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40094028 tgtgagatgagattaatgtctcaatcacatcatagatcaagattttttttctcatgtttaaactcttcttcattgaaaatttgcaacacttacaatg 40093932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 123 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 40063782 - 40063301
Alignment:
Q  123 aagtgaagcataacaaattagaaagggaacaggaatccagataaacaccttctttacaattgacagtgccttattgctgctgcagcgtccgcggtagaag 222  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40063782 aagtgaaacataacaaattagcaagggaacaagaattcagataaacaccttctttacaattgacagcgccttattgctgctgcagcgtccgcggtagaag 40063683  T
Q  223 tttccacacgtccctagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaagatattacctgattatgattaggacagttgagcaacagtgcaggccctactt 322  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40063682 tttccgcatgtccccagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaaaagattacctgattatgattaggacagttgagcaacagtgcaggccctactt 40063583  T
Q  323 ttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgggcacacacacttcctagctgttttgtagcaaaaga 422  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||     
T  40063582 ttccccatgatgttgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgggcacacaaactttctagctgttttgtagcaaaagc 40063483  T
Q  423 tatttgtgttggatcaccaccactttcctcaaacaatacaagagtgtttccgtttggtttcaaaaacgaccgtggcacgtggtatctgtgagatgggatt 522  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  40063482 tatttgtgttggatcaccgccattttcctcaaacaatacaagagtgttgccgtttggtttcaaaaacgatcgtggtacatggtatctgcgagatgggatt 40063383  T
Q  523 aatgtcgcagtcacatcatagatcaagannnnnnnnctcatgtttaaactcttcttcattgaaaatttgcaacacttacaatg 605  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||         |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40063382 aatgtctcagtcacatcgtagatcaagatttttttt-tcatgtttaaactctttttcattgaaaatttgcaacacttacaatg 40063301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 40082260 - 40081652
Alignment:
Q  9 acatattactgcttgtgtttaaatactatgagttgattagtttattttctattattctcaccagctcaagcaacctactcacatataagtaaactatgag 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  40082260 acatattactgcttgtgtttaaatacaattaattggttagttgattttctattattctgatcagctcaagcaacctactcacatatcagtaaactattag 40082161  T
Q  109 tcatactcaacata--------------aagtgaagcataacaaattagaaagggaacaggaatccagataaacaccttctttacaattgacagtgcctt 194  Q
     |||   |||||||              | ||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40082160 ccatggccaacatagtcaatctaaaccaatgtgaaacataacaaattagtaagggaacaggagttcagataaacaccttctttacaattgacagcgcctt 40082061  T
Q  195 attgctgctgcagcgtccgcggtagaagtttccacacgtccctagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaagatattacctgattatgattagga 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  40082060 attgctgctgcagcgtccgcggtagaagtttccacacgtccctaaaggtgttccatagcttgcaaatttgatggatgaaattacctgattatgattagga 40081961  T
Q  295 cagttgagcaacagtgcaggccctacttttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgggcacaca 394  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  40081960 caactgagcaacagagcaggccctacttttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgtgaacaca 40081861  T
Q  395 cacttcctagctgttttgtagcaaaagatatttgtgttggatcaccaccactttcctcaaacaatacaagagtgtttccgtttggtttcaaaaacgaccg 494  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  40081860 cactttccagctgttttgtagcaaaagatatttgggtcggatcaccgccattttcctcaaacaatacaagagtgttgccgtttggtttcaaaaacgatcg 40081761  T
Q  495 tggcacgtggtatctgtgagatgggattaatgtcgcagtcacatcatagatcaagannnnnnnnctcatgtttaaactcttcttcattgaaaatttgcaa 594  Q
    ||| || |||||||||  ||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||||         |  |||||||||| || || |||||||||||||||    
T  40081760 tggtacatggtatctgcaagatgcgattattgtctcagtaacatcatagatcaagattattttctt--tgtttaaacttttttttattgaaaatttgcaa 40081663  T
Q  595 cacttacaatg 605  Q
    |||||||||||    
T  40081662 cacttacaatg 40081652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 194 - 470
Target Start/End: Original strand, 22012115 - 22012391
Alignment:
Q  194 tattgctgctgcagcgtccgcggtagaagtttccacacgtccctagtggtgttccatagcttgcaaatttgatggaagatattacctgattatgattagg 293  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||| |||||  | || |||||| ||||||||||||| |||||||| ||  |||||||| ||| |||    
T  22012115 tattgctgctgcagcttccgtggttgtagtttccacaagtcccacgaggcgttccaaagcttgcaaatttaatggaagagatcgcctgattaggataagg 22012214  T
Q  294 acagttgagcaacagtgcaggccctacttttccccctgattctgtatcttggttccacaagtctatttgaggtgggtgagaatcagatacatgggcacac 393  Q
     || |  ||  ||||| |||| ||||| ||||   ||||||||| ||     |||||   |||||   | || |||||||| |||| |||||| | ||||    
T  22012215 gcattccagtgacagtacaggacctacctttctttctgattctgcattcgaattccatgtgtctacaggtggagggtgagattcagttacatgtgaacac 22012314  T
Q  394 acacttcctagctgttttgtagcaaaagatatttgtgttggatcaccaccactttcctcaaacaatacaagagtgtt 470  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||||||||||| ||| || || || || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  22012315 acactttctatctgttttgtaccaaaagatatttttgtagggtcgcctccgctttcctcaaacaatacaaaagtgtt 22012391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University