View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17560_low_1 (Length: 1086)

Name: NF17560_low_1
Description: NF17560
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17560_low_1
NF17560_low_1
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (41-1069)||(53430034-53431079)
chr3 (90-686)||(53422468-53423068)
chr3 (92-676)||(26094828-26095415)
chr3 (89-710)||(48374785-48375406)
chr3 (90-709)||(53307259-53307870)
chr3 (461-710)||(53319356-53319607)
chr3 (772-864)||(26093483-26093573)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 937; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 937; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 1069
Target Start/End: Complemental strand, 53431079 - 53430034
Alignment:
Q  41 aatgtatgtatgtaaatgtaatcctatctatcaactcataaattcctattttttctaaattcagcaactcaagttaacaacttgaaggatcccattacaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53431079 aatgtatgtatgtaaatgtaatcctatctatcaactcataaattcctattttttctaaattcagcaactcaagttaacaacttgaaggatcccattacaa 53430980  T
Q  141 cagatttagggtcgattgccacaccttatgactatggagcaggtgaaataacaccaactgaatcataccgaccaggtcttgtttatgaaaccagcaccat 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53430979 cagatttagggtcgattgccacaccttatgactatggagcaggtgaaataacaccaactgaatcataccgaccaggtcttgtttatgaaaccagcaccat 53430880  T
Q  241 tgactacttgaacttcttgtgttacataggatataacacaacaactattaaggttatttcaaaaactgtccctgataatttcaattgccctaaggattcg 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  53430879 tgactacttgaacttcttgtgttacataggatataacacaacaactattaaggttatttcaaaaactgtccctgataatttcaactgccctaaggattcg 53430780  T
Q  341 actcgtgatcatatttccaatattaattacccttccatagcaatctctaacttcactgggataggaagtgtgaatgtaagtagaactgttacaaacgtcg 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53430779 actcgtgatcatatttccaatattaattacccttccatagcaatctccaacttcactgggataggaagtgtgaatgtaagtagaactgttacaaacgtcg 53430680  T
Q  441 gtgaagaggatgaaacagtctactccgccatcgttgatgctcctagtggggtgaaagtccaattgattccagagaaactccaatttacaaaaagtagcaa 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53430679 gtgaagaggatgaaacagtctactccgccatcgttgatgctcctagtggggtgaaagtccaattgattccagagaaactccaatttacaaaaagtagcaa 53430580  T
Q  541 agtaataagctaccaagttatcttctccaatttaacctcgctaaaggaagatctatttggatccattacatggagaaatgataaatatagggttcgaagt 640  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  53430579 tagaataagctaccaagttatcttctccaatttaacctcgctaaaggaagatctatttggatccattacatggagaaatgataaatatagtgttcgaagt 53430480  T
Q  641 ccttttgtaat---atctatgtaactaaatgaaaagaaatgataaataataaatacaagcagagttcttgtagttgtttatgttatttacacattttaaa 737  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53430479 ccttttgtaatatcatctatgtaactaaatgaaaagaaatgataaataataaatacaagcagagttcttgtagttgtttatgttatttacacattttaaa 53430380  T
Q  738 --------------ttctcaaaacatcactctagccccaaagttaatctcaaaatccataatagtcatgcataatgaatttaataatgtgaaccaaacat 823  Q
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53430379 ttctcaaaatttacttctcaaaacatcactctagccccaaagttaatctcaaaatccataatagtcatgcataatgaatttaataatgtgaaccaaacat 53430280  T
Q  824 gttttgagtcaaatagaaaaacaaaatacgataacaatcaagtcttatcctacaaagtgagtcggatatattgatcaaataacgtcacaaccttctatca 923  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53430279 gctttgagtcaaatagaaaaacaaaatacgataacaatcaagtcttatcctacaaagtgagtcggatatatggatcaaataacgtcacaaccttctatca 53430180  T
Q  924 aatatcatatttctaacgacaaaataaaacaatgaaagccaaaatcatggtttgagggtatccaatggagaaatcaaaatgctacggtaatagcaattag 1023  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53430179 aatatcatatttctaatgacaaagtaaaataatgaaagccaaaatcatggtttgagggtatccaatggagaaatcaaaatgctacggaaatagcaattag 53430080  T
Q  1024 aagaagaaaagaatcacaagagctaattagaccaaatcatttaagt 1069  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53430079 aagaagaaaagaatcacaagagctaattagaccaaatcatttaagt 53430034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 90 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 53423068 - 53422468
Alignment:
Q  90 tttttctaaattcagcaactcaagttaacaacttgaaggatcccattacaacagatttagggtcgattgccacaccttatgactatggagcaggtgaaat 189  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53423068 tttttcaaaatgcagcaactcaaattaacaatatgaaggatcccattacaacggatttagggtcaattgccacaccttatgactatggagcaggggaaat 53422969  T
Q  190 aacaccaactgaatcataccgaccaggtcttgtttatgaaaccagcaccattgactacttgaacttcttgtgttacataggatataacacaaca-actat 288  Q
     |||  | ||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || |||||  || ||    
T  53422968 tacaatatctgaatcattccaaccagggctagtttatgaaaccagcaccattgactacttgaactacttgtgttacctaggatacaatacaacccacaat 53422869  T
Q  289 taaggttatttcaaaaactgtccctgataatttcaattgccctaaggattcgactcgtgatcatatttccaatattaattacccttccatagcaatctct 388  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||     
T  53422868 taaggctatctcaaaaaccgtccctggtagtttcagttgccctaaggattcaactcctgatcatatttccaatatcaactatccttcaatagcaatctcc 53422769  T
Q  389 aacttcactgggataggaagtgtgaatgtaagtagaactgttacaaacgtcggtgaagaggatgaaacagtctactccgccatcgttgatgctcctagtg 488  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53422768 aacttcactgggagaggaagtgtgaatgtgagtagaactgttacaaatgttggtgaagaggatgaaacagtctactccgccatcgttgatgctcctagtg 53422669  T
Q  489 gggtgaaagtccaattgattccagagaaactccaatttacaaaaagtagcaaagtaataagctaccaagttatcttctc---caatttaacctcgctaaa 585  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||   || ||||| | |||| ||    
T  53422668 gggtgaaagtccaattgattccagagaaactccaatttacaaaaagtagcaaaaaaataagctaccaagttattttctcctacactttaatcccgctgaa 53422569  T
Q  586 ggaagatctatttggatccattacatggagaaatgataaatatagggttcgaagtccttttgtaatatctatgtaactaaatgaaaagaaatgataaata 685  Q
     || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  53422568 cgatgatctctttggatccattacatggagaaatgataaatatagtgttcgaagtccttttgtactatctccgtagctaaatgaaaagaaacgataaata 53422469  T
Q  686 a 686  Q
    |    
T  53422468 a 53422468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 92 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 26095415 - 26094828
Alignment:
Q  92 tttctaaattcagcaactcaagttaacaacttgaaggatcccattacaacagatttagggtcgattgccacaccttatgactatggagcaggtgaaataa 191  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || |  ||||    
T  26095415 tttctaaatgcagcaactcaaattaacaatatgaagggtcccattgcaacagatttagggttaattgccacaccttatgactatggagctggggggataa 26095316  T
Q  192 caccaactgaatcataccgaccaggtcttgtttatgaaaccagcaccattgactacttgaacttcttgtgttacataggatataacacaacaactattaa 291  Q
    || |||||||| ||  || |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  26095315 caacaactgaaccactccaaccagggctcgtttatgaaaccagcaccattgactacttgaacttcttgtgttatataggatataacacaaccaccattaa 26095216  T
Q  292 ggttatttcaaaaactgtccctgataatttcaattgccctaaggattcgactcgtgatcatatttccaatattaattacccttccatagcaatctctaac 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  26095215 ggttatttcaaaaactgtccctgatagtttcaactgccctaaggattcgacgcgtgatcatatttccaatatcaattacccttccatcgcaatctctaac 26095116  T
Q  392 ttcactgggataggaagtgtgaatgtaagtagaactgttacaaacgtcggtgaagaggatgaaacagtctactccgccatcgttgatgctcctagtgggg 491  Q
    |||  ||||| ||||   |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||  ||||||| |||||||    
T  26095115 ttcggtgggaaaggatcggtgaatgtcagtagaattgttacaaacgtcggtgaagaggaggaaatagtctactcagccgtcgtcaatgctccgagtgggg 26095016  T
Q  492 tgaaagtccaattgattccagagaaactccaatttacaaaaagtagcaaagtaataagctaccaagttatcttctcc---aatttaacctcgctaaagga 588  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||  |  |||||| |||||||| ||||||   |||||||| || || |||||    
T  26095015 tgaaagtccagttgattccggagaagcttcaatttacaaaaagaagcaaaaaacaaagctatcaagttattttctcctctaatttaacatcactcaagga 26094916  T
Q  589 agatctatttggatccattacatggagaaatgataaatatagggttcgaagtccttttgtaatatctatgtaactaaatgaaaagaaa 676  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| || ||| ||||| |||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||    
T  26094915 agatctatttggattcattacttggagaagtggtaagtatagtgttcgaagtccttttgtactaactgtgtagctaaatgaaaagaaa 26094828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 289; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 89 - 710
Target Start/End: Original strand, 48374785 - 48375406
Alignment:
Q  89 ttttttctaaattcagcaactcaagttaacaacttgaaggatcccattacaacagatttagggtcgattgccacaccttatgactatggagcaggtgaaa 188  Q
    ||||||| | || ||||||| ||| |||| ||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  48374785 ttttttcgatatgcagcaacacaaattaataatatgaaggctcccattactacagatttagggtcagttgccacaccttatgactatggagcaggggaca 48374884  T
Q  189 taacaccaactgaatcataccgaccaggtcttgtttatgaaaccagcaccattgactacttgaacttcttgtgttacataggatataacacaacaactat 288  Q
    ||||| ||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  48374885 taacaacaattgaatcattccaaccaggtctcgtttatgaaactagcaccattgactacttgaattacttgtgttacataggatacaacacaaccactat 48374984  T
Q  289 taaggttatttcaaaaactgtccctgataatttcaattgccctaaggattcgactcgtgatcatatttccaatattaattacccttccatagcaatctct 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||     
T  48374985 taaggttatttcaaaaactgtccctgatactttcaactgccccaaggaatcaactcctgatcatatttccaatatcaattatccttccatagcaatttcc 48375084  T
Q  389 aacttcactgggataggaagtgtgaatgtaagtagaactgttacaaacgtcggtgaagaggatgaaacagtctactccgccatcgttgatgctcctagtg 488  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||  || |||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  48375085 aacttcactgggaaagaaactgtgaatgtgagtagaactgttacaaacgttggcgaagaggatgaagtagcctactctgccatagttaatgctcctagtg 48375184  T
Q  489 gggtgaaagtccaattgattccagagaaactccaatttacaaaaagtagcaaagtaataagctaccaagttatcttct---ccaatttaacctcgctaaa 585  Q
    | |||||||| ||  |||||||||||||||| ||||| |||||||| |  |||  |  ||||||||||| ||| ||||   | | |||||||||| | ||    
T  48375185 gtgtgaaagttcagctgattccagagaaactacaattcacaaaaagcaataaaaaacaaagctaccaagctattttctctactactttaacctcgttgaa 48375284  T
Q  586 ggaagatctatttggatccattacatggagaaatgataaatatagggttcgaagtccttttgtaatatctatgtaactaaatgaaaagaaatgataaata 685  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||| ||||   |    
T  48375285 ggaagatctgtttggatccattacatggagtaacggtaaatatagtgttcgaagtccttttgtactaactatgtagctaaatggaaagaaacgata---a 48375381  T
Q  686 ataaatacaagcagagttcttgtag 710  Q
    ||||||||||||  |||||||||||    
T  48375382 ataaatacaagctaagttcttgtag 48375406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 90 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 53307870 - 53307259
Alignment:
Q  90 tttttctaaattcagcaactcaagttaacaacttgaaggatcccattacaacagatttagggtcgattgccacaccttatgactatggagcaggtgaaat 189  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||  |||||| ||||||||| ||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53307870 tttttataaatgcagcagctcaaattaacaatatgaaggctcccattaccacgaatttggggtcaattgccacaccttatgactatggagcaggagaaat 53307771  T
Q  190 aacaccaactgaatcataccgaccaggtcttgtttatgaaaccagcaccattgactacttgaacttcttgtgttacataggatataacacaacaactatt 289  Q
    |||| |||||||| ||| || ||| || || ||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||  || ||||| ||  |     
T  53307770 aacaacaactgaaccattccaacccgggctagtttatgaaactagcaccattgactacctaaactacttgtgttacataggattgaatacaaccacggtg 53307671  T
Q  290 aaggttatttcaaaaactgtccctgataatttcaattgccctaaggattcgactcgtgatcatatttccaatattaattacccttccatagcaatctcta 389  Q
    ||| |||| || ||||| | |||||||| |||||| ||||| |||||||| |||  ||||||| | || || || || |||||||||||||||||||| |    
T  53307670 aagattatctctaaaaccgcccctgatagtttcaactgccccaaggattcaactattgatcatgtctcgaacatcaactacccttccatagcaatctcca 53307571  T
Q  390 acttcactgggataggaagtgtgaatgtaagtagaactgttacaaacgtcggtgaagaggatgaaacagtctactccgccatcgttgatgctcctagtgg 489  Q
    |||||| ||| | || ||    |||||| || |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||   |||||||| |||||||| | |||    
T  53307570 acttcattggtaaagaaacaaagaatgtgagcagaattgtcacaaaagtcggtgaagaggatgaaatagtctacatggccatcgtcgatgctcccaatgg 53307471  T
Q  490 ggtgaaagtccaattgattccagagaaactccaatttacaaaaagtagcaaagtaataagctaccaagttatcttctc---caatttaacctcgctaaag 586  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |  | |||||||||| || |       |||||| |||| |||| |||||    | |||| |||| |||||     
T  53307470 ggtgaaaatccaattgattccagagaaattagagtttacaaaaaatatc-------taagctgccaaattattttctcgtgtactttaccctctctaaaa 53307378  T
Q  587 gaagatctatttggatccattacatggagaaatgataaatatagggttcgaagtccttttgtaatatctatgtaactaaatgaaaagaaatgataaat-a 685  Q
    |||||| | ||||||||     ||||||| ||||  |||||||  ||||| |||||||||||| || |  ||||| |||||||||||||| ||||||| |    
T  53307377 gaagatttgtttggatc-----catggagtaatgggaaatataatgttcggagtccttttgtattaaccgtgtaattaaatgaaaagaaacgataaataa 53307283  T
Q  686 ataaatacaagcagagttcttgta 709  Q
    |||||||||||   ||||||||||    
T  53307282 ataaatacaagtttagttcttgta 53307259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 461 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 53319607 - 53319356
Alignment:
Q  461 tactccgccatcgttgatgctcctagtggggtgaaagtccaattgattccagagaaactccaatttacaaaaagtagcaaagtaataagctaccaagtta 560  Q
    |||||| ||||  |||||||||| |  |||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||  | ||||||||||| |||    
T  53319607 tactcctccattattgatgctcccaacggggtgaaagtcgacttgattccagataaacttcaatttacagaaaatagcaaaacactaagctaccaaatta 53319508  T
Q  561 tcttctcc-----aatttaacctcgctaaaggaagatctatttggatccattacatggagaaatgataaatatagggttcgaagtccttttgtaatatct 655  Q
    | ||||||     | |||||||||  | ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||| || ||    
T  53319507 ttttctcctccacactttaacctcaatgaaggaagatttgtttggatccattacatggagtaatggtaaatatactgttcgaagtccttttgtattagct 53319408  T
Q  656 atgtaactaaatgaaaagaaatgataaataataaatacaagcagagttcttgtag 710  Q
     ||||  ||||||||||||||  |||   ||||||||||||  ||||||||||||    
T  53319407 gtgtagataaatgaaaagaaacaata---aataaatacaagttgagttcttgtag 53319356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 772 - 864
Target Start/End: Complemental strand, 26093573 - 26093483
Alignment:
Q  772 tcaaaatccataatagtcatgcataatgaatttaataatgtgaaccaaacatgttttgagtcaaatagaaaaacaaaatacgataacaatcaa 864  Q
    ||||||||| ||| | || ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||   ||||||||| |||| | |||||||||    
T  26093573 tcaaaatccttaacactcgtgcataatgcatttaataatgagaactaaacatactttgagtcaa--tgaaaaacaagatacaacaacaatcaa 26093483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University