View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17565_low_15 (Length: 338)

Name: NF17565_low_15
Description: NF17565
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17565_low_15
NF17565_low_15
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (1-320)||(23025372-23025691)
chr3 (1-305)||(23141384-23141688)
chr3 (1-320)||(23149979-23150298)
chr3 (16-320)||(23147021-23147325)
chr3 (16-320)||(23040146-23040450)
chr3 (1-320)||(23018355-23018674)
chr3 (16-320)||(23037269-23037573)
chr3 (98-320)||(23033952-23034174)
chr3 (98-215)||(22987391-22987508)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (16-320)||(5113-5417)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (16-320)||(21781036-21781340)
chr6 (98-215)||(14307569-14307686)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (66-194)||(12638246-12638374)
chr1 (66-176)||(12611264-12611374)
chr1 (268-320)||(15884876-15884928)
chr1 (268-320)||(12611120-12611172)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (98-215)||(23611456-23611573)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 23025691 - 23025372
Alignment:
Q  1 aacctccctaatggacctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23025691 aacctccctaatggacctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaat 23025592  T
Q  101 atggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23025591 atggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactt 23025492  T
Q  201 tgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23025491 tgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaa 23025392  T
Q  301 atttgcacattggagctttt 320  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  23025391 atttgcacattggagctttt 23025372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 23141688 - 23141384
Alignment:
Q  1 aacctccctaatggacctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaat 100  Q
    ||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||| ||||| ||| |||    
T  23141688 aacctccctaaagggcctataaagctacctattataggaaatttacacaatctgttaagttctcaaccacataaaaaactaagagatttggctagaaaat 23141589  T
Q  101 atggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactt 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23141588 atggacccttgatgcatcttcaacttggagagatttccatgattgtaatttcatcacctgattgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactt 23141489  T
Q  201 tgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaa 300  Q
    |||||  |||||| ||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23141488 tgcaataaggcctaaagtcctagcttcagatttaatttcttataattccacaggcataatttcatctccttatggtaattattggagacagctaagaaaa 23141389  T
Q  301 atttg 305  Q
    |||||    
T  23141388 atttg 23141384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 23150298 - 23149979
Alignment:
Q  1 aacctccctaatggacctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaat 100  Q
    ||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||| ||| |||    
T  23150298 aacctccctaaagggcctataaagctaccaattattggaaatttacacaatctgttaagttctcaaccacatcaaaaactaagagatttggctagaaaat 23150199  T
Q  101 atggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactt 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |  |||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23150198 atggacccttgatgcatcttcaacttggacagatttccatggttgtaatttcatcatctgactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgacattaactt 23150099  T
Q  201 tgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaa 300  Q
    |||||  ||||||| |   ||| |||| |   ||||| |||| ||||| |||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23150098 tgcaataaggcctccatcgctagcttcggtgataatttcttataattctacaggtatagcttctgcttcttgtggtaattattggagacagctaagaaaa 23149999  T
Q  301 atttgcacattggagctttt 320  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  23149998 atttgcacattggagctttt 23149979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 23147325 - 23147021
Alignment:
Q  16 cctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgc 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||||| | | ||||||||||  ||||||    
T  23147325 cctagaaagttaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccccatcaaaaattaagagacttggcgaaaaaatatggaccagtgatgc 23147226  T
Q  116 atctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactttgcaaccaggcctca 215  Q
    |||| |||||||||||| ||||   ||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| || | ||||||||    
T  23147225 atcttcaacttggagaggtttctgctatggtcatttcatcccccgagtgtgctagtgaggtgatgaaaacccatgatattcacttttcatcaaggcctca 23147126  T
Q  216 aggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggag 315  Q
    |  |||  || ||||  ||||  |||||||||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||||| || | ||||| |||||| |||||    
T  23147125 aatcctggctacagaaataatgtcttacaattccacaagtatagcttttgctccttatggtaattattggagacagctacggaaaatctgcacactggag 23147026  T
Q  316 ctttt 320  Q
    |||||    
T  23147025 ctttt 23147021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 23040450 - 23040146
Alignment:
Q  16 cctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgc 115  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||| ||||||    
T  23040450 cctataaagttacctattataggaaatatacacaatctgttaacctctcaaccccatcgaaaactaagagacttggccaaaaaatatggacccctgatgc 23040351  T
Q  116 atctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactttgcaaccaggcctca 215  Q
    |||| |||||||||||| ||||   ||| ||||||||||| || || |||||| | ||||| |||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  23040350 atcttcaacttggagaggtttctgctatggtcatttcatcgcccgagtgtgctggcgaggtaatgaaaacccatgatattcactttgcatcaaggcctca 23040251  T
Q  216 aggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggag 315  Q
    |  |||  || ||||  ||||  |||||||||| |||  ||||| || | |||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  23040250 aatcctggctacagaaataatgtcttacaattctacaaatatagcttttgctccgtatggtaattattggagacagctacggaaaatttgcacattggag 23040151  T
Q  316 ctttt 320  Q
    |||||    
T  23040150 ctttt 23040146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 23018674 - 23018355
Alignment:
Q  1 aacctccctaatggacctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaat 100  Q
    |||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||| || | |||||||| | | |||    
T  23018674 aacctcccaaaagggcctagaaagctacctattataggaaatatacacaatcttctaagctctcaaccccatagaaaattaagtgacttggccaaaaaat 23018575  T
Q  101 atggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactt 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||   |||||||||||||||| | || | ||| | |||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  23018574 atggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtttgcaaaggaggttatgaaaacccatgatattcactt 23018475  T
Q  201 tgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaa 300  Q
    |||||| |||||| ||| |||| ||   ||| ||||  |||||||||||||| ||||   || ||||||||||||| ||||||||||||||  | | |||    
T  23018474 tgcaacaaggcctaaagtcctagctatcgatataatgtcttacaattccacaagtatctctttttctccttatggtgattattggagacaggcacgtaaa 23018375  T
Q  301 atttgcacattggagctttt 320  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  23018374 atttgcacattggagctttt 23018355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 23037573 - 23037269
Alignment:
Q  16 cctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgc 115  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| || |||||||||| | | ||||||||||  ||||||    
T  23037573 cctataaagttacctattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccccataggaaattaagagacttggccaaaaaatatggaccagtgatgc 23037474  T
Q  116 atctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactttgcaaccaggcctca 215  Q
    |||| |||||||||||| ||||   ||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||    
T  23037473 atcttcaacttggagaggtttctaatatggtcatttcgtcacccgagtgtgccagcgaggtgatgaaaactcatgatattcacttttcatcaaggcctca 23037374  T
Q  216 aggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggag 315  Q
    |   |||    ||||  ||||  |||||||||||||| |||||| || | |||| || |||||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||    
T  23037373 aatactagtaacagaaataatctcttacaattccacaagtatagcttttgctccgtacggtaattattggagacagatacgaaaaatctgcacgttggag 23037274  T
Q  316 ctttt 320  Q
    |||||    
T  23037273 ctttt 23037269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 98 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 23034174 - 23033952
Alignment:
Q  98 aatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaa 197  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||||||||||  | || | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  23034174 aatatggatccttgatgcatcttcaacttggagaggtttctactattgtcatttcatccactgagtttgctagggaggtgatgaaaacccatgatattca 23034075  T
Q  198 ctttgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaaga 297  Q
    ||||||||| |||||||||  |||| || ||||  ||||  ||||||| ||||||  ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  23034074 ctttgcaacaaggcctcaaatcctagctacagaaataatgtcttacaactccacaaatatagctttttctccgtatggtaattattggagacagttacga 23033975  T
Q  298 aaaatttgcacattggagctttt 320  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  23033974 aaaatctgcacattggagctttt 23033952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 98 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 22987508 - 22987391
Alignment:
Q  98 aatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  || |||||  |||| ||||||||   ||| ||||||||  ||||||||||||||||||     
T  22987508 aatatggacccttgatgcatctacaacttggtgagatatttttcattgttgtttcctcaccagaagttgcaagggaggtcttgaaaactcatgatattat 22987409  T
Q  198 ctttgcaaccaggcctca 215  Q
     |||||| | ||||||||    
T  22987408 atttgcatcaaggcctca 22987391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 109; Significance: 8e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Original strand, 5113 - 5417
Alignment:
Q  16 cctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgc 115  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||| | ||| || | |||||||| | | ||||||||||| ||||||    
T  5113 cctagaaagctacctattataggaaatattcacaatttgctaagctctcaaccccataggaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccgtgatgc 5212  T
Q  116 atctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactttgcaaccaggcctca 215  Q
    |||| ||||||||||| |||||   |||||| |||||||||||||| |  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  5213 atcttcaacttggagaaatttcaactattgttatttcatcaccagattacgctcgagaggtgatgaaaactcatgatattaacttcgcaacaaggcctca 5312  T
Q  216 aggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggag 315  Q
    |   ||| ||  |||  ||||  |||||||||| |||  |||| ||| | ||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| |||    
T  5313 aattctagctgtagaaataatgacttacaattcaacaaatataatttttgctccttacggtaattactggagacaagtaagaaaaatatgcacattcgag 5412  T
Q  316 ctttt 320  Q
    |||||    
T  5413 ctttt 5417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 21781340 - 21781036
Alignment:
Q  16 cctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgc 115  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | || |||||||||| | | ||||||||||  ||||||    
T  21781340 cctagaaagttacctattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaacccaatcgaagattaagagacttggccaaaaaatatggaccagtgatgc 21781241  T
Q  116 atctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactttgcaaccaggcctca 215  Q
    |||| |||||||||||| ||||   |||||||||| |||| || || ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||||||||    
T  21781240 atcttcaacttggagaggtttctactattgtcattacatctccggagtgtgctaaggaggtgatgaaaaccaatgatattaactttggttcaaggcctca 21781141  T
Q  216 aggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggag 315  Q
       | ||||||||||  ||||  |||| |||  ||||  |||||  |  ||||||||||| || || |||| |||| || ||||||| |||||||| |||    
T  21781140 cctcttatcttcagaaataatgacttataatggcacaaatatagcctggtctccttatggcaactactggaaacagctacgaaaaatctgcacattagag 21781041  T
Q  316 ctttt 320  Q
    |||||    
T  21781040 ctttt 21781036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 14307686 - 14307569
Alignment:
Q  98 aatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  || ||||| ||||| ||||| ||   ||||| ||||||  | ||||| ||||||||||     
T  14307686 aatatggacccttgatgcatcttcaacttggtgagatctttttcattgttatttcttcacctgaagttgctaaggaggttttaaaaacacatgatattat 14307587  T
Q  198 ctttgcaaccaggcctca 215  Q
    ||||||| | ||||||||    
T  14307586 ctttgcatcaaggcctca 14307569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 12638374 - 12638246
Alignment:
Q  66 accacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgt 165  Q
    |||||||| |||| || |||| ||||| | ||  |||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||    |||||  |||| |||||||| | |    
T  12638374 accacatcaaaaattaagagatttggccaaagtgtatggacccttgatgcacttacaacttggagagatctctgcaattgttgtttcctcaccagagtat 12638275  T
Q  166 gctagggaggtgatgaaaactcatgatat 194  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12638274 gctagggaggtaatgaaaactcatgatat 12638246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 12611374 - 12611264
Alignment:
Q  66 accacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgt 165  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| | |   ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||    |||||  ||||||| ||||| | |    
T  12611374 accacatcgaaaattaagagacttggcgaaaatttatggacccttgatgcacctacaacttggagagatctctgcaattgttgtttcatcgccagagtat 12611275  T
Q  166 gctagggaggt 176  Q
    |||||||||||    
T  12611274 gctagggaggt 12611264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 320
Target Start/End: Original strand, 15884876 - 15884928
Alignment:
Q  268 ccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggagctttt 320  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  15884876 ccttatggaaattattggagacatttacgaaaaatatgcacaatggagctttt 15884928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 268 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 12611172 - 12611120
Alignment:
Q  268 ccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggagctttt 320  Q
    |||||||| ||||||||||||||  || ||||||| |||||| ||||||||||    
T  12611172 ccttatggaaattattggagacaactacgaaaaatatgcacaatggagctttt 12611120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 23611573 - 23611456
Alignment:
Q  98 aatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  || ||||| ||||| ||||||||   ||| | ||||||  | ||||| ||||||||||     
T  23611573 aatatggacccttgatgcatcttcaacttggtgagatctttttcattgttatttcttcaccagaagttgcaaaggaggttttaaaaacacatgatattat 23611474  T
Q  198 ctttgcaaccaggcctca 215  Q
    ||||||| | ||||||||    
T  23611473 ctttgcatcaaggcctca 23611456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University