View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17567_high_16 (Length: 343)

Name: NF17567_high_16
Description: NF17567
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17567_high_16
NF17567_high_16
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (14-343)||(23025372-23025701)
chr3 (19-328)||(23141384-23141693)
chr3 (23-343)||(23149979-23150299)
chr3 (39-343)||(23147021-23147325)
chr3 (19-343)||(23018355-23018679)
chr3 (39-343)||(23040146-23040450)
chr3 (39-343)||(23037269-23037573)
chr3 (121-343)||(23033952-23034174)
chr3 (121-238)||(22987391-22987508)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (21-343)||(5095-5417)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (39-343)||(21781036-21781340)
chr6 (121-238)||(14307569-14307686)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (89-217)||(12638246-12638374)
chr1 (89-199)||(12611264-12611374)
chr1 (291-343)||(15884876-15884928)
chr1 (291-343)||(12611120-12611172)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (121-238)||(23611456-23611573)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 23025701 - 23025372
Alignment:
Q  14 agacccttttaacctccctaatggacctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23025701 agacccttttaacctccctaatggacctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttg 23025602  T
Q  114 gcaagagaatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatg 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23025601 gcaagagaatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatg 23025502  T
Q  214 atattaactttgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagaca 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23025501 atattaactttgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagaca 23025402  T
Q  314 gttaagaaaaatttgcacattggagctttt 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23025401 gttaagaaaaatttgcacattggagctttt 23025372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 19 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 23141693 - 23141384
Alignment:
Q  19 cttttaacctccctaatggacctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaag 118  Q
    |||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||| ||||| ||    
T  23141693 cttttaacctccctaaagggcctataaagctacctattataggaaatttacacaatctgttaagttctcaaccacataaaaaactaagagatttggctag 23141594  T
Q  119 agaatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatatt 218  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23141593 aaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagagatttccatgattgtaatttcatcacctgattgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatatt 23141494  T
Q  219 aactttgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaa 318  Q
    ||||||||||  |||||| ||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23141493 aactttgcaataaggcctaaagtcctagcttcagatttaatttcttataattccacaggcataatttcatctccttatggtaattattggagacagctaa 23141394  T
Q  319 gaaaaatttg 328  Q
    ||||||||||    
T  23141393 gaaaaatttg 23141384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 23 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 23150299 - 23149979
Alignment:
Q  23 taacctccctaatggacctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaa 122  Q
    |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||| ||| ||    
T  23150299 taacctccctaaagggcctataaagctaccaattattggaaatttacacaatctgttaagttctcaaccacatcaaaaactaagagatttggctagaaaa 23150200  T
Q  123 tatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaact 222  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |  |||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23150199 tatggacccttgatgcatcttcaacttggacagatttccatggttgtaatttcatcatctgactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgacattaact 23150100  T
Q  223 ttgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaa 322  Q
    ||||||  ||||||| |   ||| |||| |   ||||| |||| ||||| |||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  23150099 ttgcaataaggcctccatcgctagcttcggtgataatttcttataattctacaggtatagcttctgcttcttgtggtaattattggagacagctaagaaa 23150000  T
Q  323 aatttgcacattggagctttt 343  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  23149999 aatttgcacattggagctttt 23149979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 39 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 23147325 - 23147021
Alignment:
Q  39 cctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgc 138  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||||| | | ||||||||||  ||||||    
T  23147325 cctagaaagttaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccccatcaaaaattaagagacttggcgaaaaaatatggaccagtgatgc 23147226  T
Q  139 atctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactttgcaaccaggcctca 238  Q
    |||| |||||||||||| ||||   ||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| || | ||||||||    
T  23147225 atcttcaacttggagaggtttctgctatggtcatttcatcccccgagtgtgctagtgaggtgatgaaaacccatgatattcacttttcatcaaggcctca 23147126  T
Q  239 aggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggag 338  Q
    |  |||  || ||||  ||||  |||||||||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||||| || | ||||| |||||| |||||    
T  23147125 aatcctggctacagaaataatgtcttacaattccacaagtatagcttttgctccttatggtaattattggagacagctacggaaaatctgcacactggag 23147026  T
Q  339 ctttt 343  Q
    |||||    
T  23147025 ctttt 23147021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 23018679 - 23018355
Alignment:
Q  19 cttttaacctccctaatggacctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaag 118  Q
    ||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||| || | |||||||| |     
T  23018679 cttttaacctcccaaaagggcctagaaagctacctattataggaaatatacacaatcttctaagctctcaaccccatagaaaattaagtgacttggccaa 23018580  T
Q  119 agaatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatatt 218  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||   |||||||||||||||| | || | ||| | |||||| |||||||| |||||||||    
T  23018579 aaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtttgcaaaggaggttatgaaaacccatgatatt 23018480  T
Q  219 aactttgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaa 318  Q
     |||||||||| |||||| ||| |||| ||   ||| ||||  |||||||||||||| ||||   || ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  23018479 cactttgcaacaaggcctaaagtcctagctatcgatataatgtcttacaattccacaagtatctctttttctccttatggtgattattggagacaggcac 23018380  T
Q  319 gaaaaatttgcacattggagctttt 343  Q
    | |||||||||||||||||||||||    
T  23018379 gtaaaatttgcacattggagctttt 23018355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 39 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 23040450 - 23040146
Alignment:
Q  39 cctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgc 138  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||| ||||||    
T  23040450 cctataaagttacctattataggaaatatacacaatctgttaacctctcaaccccatcgaaaactaagagacttggccaaaaaatatggacccctgatgc 23040351  T
Q  139 atctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactttgcaaccaggcctca 238  Q
    |||| |||||||||||| ||||   ||| ||||||||||| || || |||||| | ||||| |||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  23040350 atcttcaacttggagaggtttctgctatggtcatttcatcgcccgagtgtgctggcgaggtaatgaaaacccatgatattcactttgcatcaaggcctca 23040251  T
Q  239 aggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggag 338  Q
    |  |||  || ||||  ||||  |||||||||| |||  ||||| || | |||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  23040250 aatcctggctacagaaataatgtcttacaattctacaaatatagcttttgctccgtatggtaattattggagacagctacggaaaatttgcacattggag 23040151  T
Q  339 ctttt 343  Q
    |||||    
T  23040150 ctttt 23040146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 39 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 23037573 - 23037269
Alignment:
Q  39 cctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgc 138  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| || |||||||||| | | ||||||||||  ||||||    
T  23037573 cctataaagttacctattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccccataggaaattaagagacttggccaaaaaatatggaccagtgatgc 23037474  T
Q  139 atctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactttgcaaccaggcctca 238  Q
    |||| |||||||||||| ||||   ||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||    
T  23037473 atcttcaacttggagaggtttctaatatggtcatttcgtcacccgagtgtgccagcgaggtgatgaaaactcatgatattcacttttcatcaaggcctca 23037374  T
Q  239 aggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggag 338  Q
    |   |||    ||||  ||||  |||||||||||||| |||||| || | |||| || |||||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||    
T  23037373 aatactagtaacagaaataatctcttacaattccacaagtatagcttttgctccgtacggtaattattggagacagatacgaaaaatctgcacgttggag 23037274  T
Q  339 ctttt 343  Q
    |||||    
T  23037273 ctttt 23037269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 121 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 23034174 - 23033952
Alignment:
Q  121 aatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaa 220  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||||||||||  | || | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  23034174 aatatggatccttgatgcatcttcaacttggagaggtttctactattgtcatttcatccactgagtttgctagggaggtgatgaaaacccatgatattca 23034075  T
Q  221 ctttgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaaga 320  Q
    ||||||||| |||||||||  |||| || ||||  ||||  ||||||| ||||||  ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  23034074 ctttgcaacaaggcctcaaatcctagctacagaaataatgtcttacaactccacaaatatagctttttctccgtatggtaattattggagacagttacga 23033975  T
Q  321 aaaatttgcacattggagctttt 343  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  23033974 aaaatctgcacattggagctttt 23033952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22987508 - 22987391
Alignment:
Q  121 aatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  || |||||  |||| ||||||||   ||| ||||||||  ||||||||||||||||||     
T  22987508 aatatggacccttgatgcatctacaacttggtgagatatttttcattgttgtttcctcaccagaagttgcaagggaggtcttgaaaactcatgatattat 22987409  T
Q  221 ctttgcaaccaggcctca 238  Q
     |||||| | ||||||||    
T  22987408 atttgcatcaaggcctca 22987391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 111; Significance: 5e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 21 - 343
Target Start/End: Original strand, 5095 - 5417
Alignment:
Q  21 tttaacctccctaatggacctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagag 120  Q
    |||||||| || || || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||| | ||| || | |||||||| | |     
T  5095 tttaaccttccaaaagggcctagaaagctacctattataggaaatattcacaatttgctaagctctcaaccccataggaaattaagtgacttggccaaaa 5194  T
Q  121 aatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaa 220  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||   |||||| |||||||||||||| |  ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  5195 aatatggacccgtgatgcatcttcaacttggagaaatttcaactattgttatttcatcaccagattacgctcgagaggtgatgaaaactcatgatattaa 5294  T
Q  221 ctttgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaaga 320  Q
    ||| ||||| |||||||||   ||| ||  |||  ||||  |||||||||| |||  |||| ||| | ||||||| |||||||| ||||||||  |||||    
T  5295 cttcgcaacaaggcctcaaattctagctgtagaaataatgacttacaattcaacaaatataatttttgctccttacggtaattactggagacaagtaaga 5394  T
Q  321 aaaatttgcacattggagctttt 343  Q
    ||||| |||||||| ||||||||    
T  5395 aaaatatgcacattcgagctttt 5417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 39 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 21781340 - 21781036
Alignment:
Q  39 cctagaaagctaccaattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaaccacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgc 138  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | || |||||||||| | | ||||||||||  ||||||    
T  21781340 cctagaaagttacctattataggaaatatacacaatctgttaagctctcaacccaatcgaagattaagagacttggccaaaaaatatggaccagtgatgc 21781241  T
Q  139 atctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactttgcaaccaggcctca 238  Q
    |||| |||||||||||| ||||   |||||||||| |||| || || ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||||||||    
T  21781240 atcttcaacttggagaggtttctactattgtcattacatctccggagtgtgctaaggaggtgatgaaaaccaatgatattaactttggttcaaggcctca 21781141  T
Q  239 aggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggag 338  Q
       | ||||||||||  ||||  |||| |||  ||||  |||||  |  ||||||||||| || || |||| |||| || ||||||| |||||||| |||    
T  21781140 cctcttatcttcagaaataatgacttataatggcacaaatatagcctggtctccttatggcaactactggaaacagctacgaaaaatctgcacattagag 21781041  T
Q  339 ctttt 343  Q
    |||||    
T  21781040 ctttt 21781036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 14307686 - 14307569
Alignment:
Q  121 aatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  || ||||| ||||| ||||| ||   ||||| ||||||  | ||||| ||||||||||     
T  14307686 aatatggacccttgatgcatcttcaacttggtgagatctttttcattgttatttcttcacctgaagttgctaaggaggttttaaaaacacatgatattat 14307587  T
Q  221 ctttgcaaccaggcctca 238  Q
    ||||||| | ||||||||    
T  14307586 ctttgcatcaaggcctca 14307569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 89 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12638374 - 12638246
Alignment:
Q  89 accacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgt 188  Q
    |||||||| |||| || |||| ||||| | ||  |||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||    |||||  |||| |||||||| | |    
T  12638374 accacatcaaaaattaagagatttggccaaagtgtatggacccttgatgcacttacaacttggagagatctctgcaattgttgtttcctcaccagagtat 12638275  T
Q  189 gctagggaggtgatgaaaactcatgatat 217  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12638274 gctagggaggtaatgaaaactcatgatat 12638246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 12611374 - 12611264
Alignment:
Q  89 accacatcgaaaactacgagacttggcaagagaatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgt 188  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| | |   ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||    |||||  ||||||| ||||| | |    
T  12611374 accacatcgaaaattaagagacttggcgaaaatttatggacccttgatgcacctacaacttggagagatctctgcaattgttgtttcatcgccagagtat 12611275  T
Q  189 gctagggaggt 199  Q
    |||||||||||    
T  12611274 gctagggaggt 12611264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 343
Target Start/End: Original strand, 15884876 - 15884928
Alignment:
Q  291 ccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggagctttt 343  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  15884876 ccttatggaaattattggagacatttacgaaaaatatgcacaatggagctttt 15884928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 291 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 12611172 - 12611120
Alignment:
Q  291 ccttatggtaattattggagacagttaagaaaaatttgcacattggagctttt 343  Q
    |||||||| ||||||||||||||  || ||||||| |||||| ||||||||||    
T  12611172 ccttatggaaattattggagacaactacgaaaaatatgcacaatggagctttt 12611120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 23611573 - 23611456
Alignment:
Q  121 aatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  || ||||| ||||| ||||||||   ||| | ||||||  | ||||| ||||||||||     
T  23611573 aatatggacccttgatgcatcttcaacttggtgagatctttttcattgttatttcttcaccagaagttgcaaaggaggttttaaaaacacatgatattat 23611474  T
Q  221 ctttgcaaccaggcctca 238  Q
    ||||||| | ||||||||    
T  23611473 ctttgcatcaaggcctca 23611456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University