View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17568_low_2 (Length: 401)

Name: NF17568_low_2
Description: NF17568
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17568_low_2
NF17568_low_2
[»] scaffold0608 (2 HSPs)
scaffold0608 (10-383)||(2377-2751)
scaffold0608 (10-383)||(7605-7980)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (10-383)||(11112169-11112544)
chr1 (10-383)||(11106939-11107312)
chr1 (10-383)||(46926746-46927119)
chr1 (12-377)||(46933617-46933982)


Alignment Details
Target: scaffold0608 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0608
Description:

Target: scaffold0608; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 383
Target Start/End: Original strand, 2377 - 2751
Alignment:
Q  10 attatacttacaagtgatagatgttggatcatatttttgtccataaactcattatccttagaaatgttgagcatggcatctagcatgtctttgcatgtgt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2377 attatacttacaagtgatagatgttggatcatatttttgtccataaactcattatccttagaaatattgagcatggcatctagcatgtctttgcatgtgt 2476  T
Q  110 ctacacttgtgcattccctcttctccaaacgttgattaatcaagtctccaaagatgtccaacacttttgttacattttttgtttgtcttctttttaggcc 209  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2477 ctacccttgtgcattccctcttctccaaacgttgattaatcaagtctccaaagatgtccaacacttttgttacattttttgtttgtcttctttttaggcc 2576  T
Q  210 ttgtggatcaagcatcttcaatacagg-nnnnnnntctgccacatttggtgttcctgcaagttttgtaatatcggtcgccaaatccttaaactctccagc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2577 ttgtggatcaagcatcttcaatacaggaaaaaaaatctgccacatttggtgttcctgcaagttttgtaatatccgtcgccaaatccttaaactctccagc 2676  T
Q  309 tgcaccattagattgaatcaaatctacagagaaaatagtgtttgataataaattgatggtagtcttgaacactat 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2677 tgcaccattagattgaatcaaatctacagagaaaatagtgtttgataataaattgatggtagtcttgaacactat 2751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0608; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 10 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 7980 - 7605
Alignment:
Q  10 attatacttacaagtgatagatgttggatcatatttttgtccataaactcattatccttagaaatgttgagcatggcatctagcatgtctttgcatgtgt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7980 attatacttacaagtgatagatggtgtatcatatttttgtccataaactcattcaacttagaaatgttgagcatggcatctaacatgtctttgcatgtgt 7881  T
Q  110 ctacacttgtgcattccctcttctccaaacgttgattaatcaagtctccaaagatgtccaacacttttgttac-attttttgtttgtcttctttttaggc 208  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7880 ctacacatgtgccttccctcatcttcaaacgttgattaatcaagtcttcaaagatgtctaacacttttcttactattttttgtttgtcttctttttaggc 7781  T
Q  209 cttgtggatcaagcatcttcaatacagg-nnnnnnntctgccacatttggtgttcctgcaagttttgtaatatcggtcgccaaatccttaaactctccag 307  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7780 cttgtggatcaagcatattcaatacaggaaaaaaaatctgccacatttggtgttcctgcaagtttggtaatatcggtcgccaaatccttaaactctccag 7681  T
Q  308 ctgcaccattagattgaatcaaatctacagagaaaatagtgtttgataataaattgatggtagtcttgaacactat 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7680 ctgcaccattagattgaatcaaatctacagagaaaatagtgtttgataataaattgatggtagtcttgaacactat 7605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 11112544 - 11112169
Alignment:
Q  10 attatacttacaagtgatagatgttggatcatatttttgtccataaactcattatccttagaaatgttgagcatggcatctagcatgtctttgcatgtgt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11112544 attatacttacaagtgatagatgttggatcatatttttgtccataaactcattatccttagaaatattgagcatggcatctagcatgtctttgcatgtgt 11112445  T
Q  110 ctacacttgtgcattccctcttctccaaacgttgattaatcaagtctccaaagatgtccaacacttttgttacattttttg-tttgtcttctttttaggc 208  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11112444 ctacccttgtgcattccctcttctccaaacgttgattaatcaagtctccaaagatgtccaacacttttgttacattttttgttttgtcttctttttaggc 11112345  T
Q  209 cttgtggatcaagcatcttcaatac-aggnnnnnnntctgccacatttggtgttcctgcaagttttgtaatatcggtcgccaaatccttaaactctccag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11112344 cttgtggatcaagcatcttcaatacaaggaaaaaaatctgccacatttggtgttcctgcaagttttgtaatatccgtcgccaaatccttaaactctccag 11112245  T
Q  308 ctgcaccattagattgaatcaaatctacagagaaaatagtgtttgataataaattgatggtagtcttgaacactat 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11112244 ctgcaccattagattgaatcaaatctacagagaaaatagtgtttgataataaattgatggtagtcttgaacactat 11112169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 10 - 383
Target Start/End: Original strand, 11106939 - 11107312
Alignment:
Q  10 attatacttacaagtgatagatgttggatcatatttttgtccataaactcattatccttagaaatgttgagcatggcatctagcatgtctttgcatgtgt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11106939 attatacttacaagtgatagatggtgtatcatatttttgtccataaactcattcaacttagaaatgttgagcatggcatctaacatgtctttgcatgtgt 11107038  T
Q  110 ctacacttgtgcattccctcttctccaaacgttgattaatcaagtctccaaagatgtccaacacttttgttacattttttgtttgtcttctttttaggcc 209  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11107039 ctacacatgtgccttccctcatcttcaaacgttgattaatcaagtcttcaaagatgtctaacacttttcttacattttttgtttgtcttctttttaggcc 11107138  T
Q  210 ttgtggatcaagcatcttcaatacaggnnnnnnntctgccacatttggtgttcctgcaagttttgtaatatcggtcgccaaatccttaaactctccagct 309  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11107139 ttgtggatcaagcatattcaatacaggaaaaaaatctgccacatttggtgttcctgcaagttttgtaatatcggtcgccaaatccttaaactctccagct 11107238  T
Q  310 gcaccattagattgaatcaaatctacagagaaaatagtgtttgataataaattgatggtagtcttgaacactat 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11107239 gcaccattagattgaatcaaatctacagagaaaatagtgtttgataataaattgatggtagtcttgaacactat 11107312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 10 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 46927119 - 46926746
Alignment:
Q  10 attatacttacaagtgatagatgttggatcatatttttgtccataaactcattatccttagaaatgttgagcatggcatctagcatgtctttgcatgtgt 109  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||    ||||    
T  46927119 attatacttacatgtgatagatgttgaatcatatttttgtccataaactcattctccttggaaatgttaagcatggcatctaacatgtctttattggtgt 46927020  T
Q  110 ctacacttgtgcattccctcttctccaaacgttgattaatcaagtctccaaagatgtccaacacttttgttacattttttgtttgtcttctttttaggcc 209  Q
    |||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||| |||    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46927019 ctacacttgtgccttccctcatttccaaacgttggttaaccaagtcttcaaagatgtctaacaatttcccaacattttttgtttgtcttctttttaggcc 46926920  T
Q  210 ttgtggatcaagcatcttcaatacaggnnnnnnntctgccacatttggtgttcctgcaagttttgtaatatcggtcgccaaatccttaaactctccagct 309  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||       || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||  ||| ||| ||||||||| ||||| |||    
T  46926919 ttgtgggtcaagcaacttcaatacaggaaaaaaatcagccacatttggtgttccagcaagtttggttatattcgtcaccacatccttaaattctcctgct 46926820  T
Q  310 gcaccattagattgaatcaaatctacagagaaaatagtgtttgataataaattgatggtagtcttgaacactat 383  Q
    |||||||| || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  46926819 gcaccatttgagtgaatcaaatccatagagaaaatggtgtttgatagtaaatttatggtagtcttgaacactat 46926746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 46933982 - 46933617
Alignment:
Q  12 tatacttacaagtgatagatgttggatcatatttttgtccataaactcattatccttagaaatgttgagcatggcatctagcatgtctttgcatgtgtct 111  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||    
T  46933982 tatacgtacatgtgatagatgttggatcatgtttttgtccataaactcgttatctttggaaatgttgagcatggcatctaacatgtctttgttggtgtct 46933883  T
Q  112 acacttgtgcattccctcttctccaaacgttgattaatcaagtctccaaagatgtccaacacttttgttacattttttgtttgtcttctttttaggcctt 211  Q
    ||||   ||  |||||||  || ||||||||| |||| ||||||| ||||||| || ||||||||  ||||||| |||| |||| ||||||||| |||||    
T  46933882 acaccgttggcttccctcaccttcaaacgttggttaaccaagtcttcaaagatatctaacactttccttacattctttgcttgttttctttttacgcctt 46933783  T
Q  212 gtggatcaagcatcttcaatacaggnnnnnnntctgccacatttggtgttcctgcaagttttgtaatatcggtcgccaaatccttaaactctccagctgc 311  Q
    |||| |||||||||||||||| |||       |||||||||||||| |  ||  | |||||||||||||  ||| |||| ||||| |||||||| ||| |    
T  46933782 gtgggtcaagcatcttcaatataggaaaaaaatctgccacatttggcgagccaacgagttttgtaatattagtcaccaagtccttgaactctcctgcttc 46933683  T
Q  312 accattagattgaatcaaatctacagagaaaatagtgtttgataataaattgatggtagtcttgaa 377  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || | ||| ||||| ||||||||    
T  46933682 accattagactgaatcaaatccacagagaaaattgtgtttgacaacagatttatggtggtcttgaa 46933617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University