View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17569_high_5 (Length: 562)

Name: NF17569_high_5
Description: NF17569
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17569_high_5
NF17569_high_5
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (8-543)||(10254710-10255245)
chr5 (8-543)||(10230580-10231115)
chr5 (8-543)||(10239360-10239895)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 543
Target Start/End: Original strand, 10254710 - 10255245
Alignment:
Q  8 gacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtccttgacgaactccctc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10254710 gacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtccttgacgaactccctc 10254809  T
Q  108 caacacaatgtcaaatcatcaaaggtacactcccgccgtcacttaacggtgcttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggacccta 207  Q
    ||||||||||  || |||| ||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10254810 caacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggacccta 10254909  T
Q  208 ccacctcttcgacggtgacggcatgcttcacgccattacaatctcaaacggaaaagctacactctgtagccgttacgttcaaacttacaaatacaaaatc 307  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10254910 ccacctcttcgacggtgatggcatgcttcacgccattacaatctcaaacggaaaagctacactctgtagccgttacgttcaaacttacaaatacaaaatc 10255009  T
Q  308 gaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttatagcttctgctgcacgtggctctgtcaccgcagcacgtgtca 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10255010 gaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttatagcttctgctgcacgtggctctgtcaccgcagcacgtgtca 10255109  T
Q  408 tatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaacacaagtttggctctgtttggtaacaaactttttgctttaggagaatcagatcttcc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10255110 tatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaacacaagtttggctctgtttggtaacaaactttttgctttaggagaatcagatcttcc 10255209  T
Q  508 ttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatcca 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10255210 ttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatcca 10255245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 10231115 - 10230580
Alignment:
Q  8 gacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtccttgacgaactccctc 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10231115 gacattatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtcctagacgaactccctc 10231016  T
Q  108 caacacaatgtcaaatcatcaaaggtacactcccgccgtcacttaacggtgcttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggacccta 207  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10231015 caacacaatgtgtaatcatcaaaggtacactcccgccgtcactttacggtgcttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggacccta 10230916  T
Q  208 ccacctcttcgacggtgacggcatgcttcacgccattacaatctcaaacggaaaagctacactctgtagccgttacgttcaaacttacaaatacaaaatc 307  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||  |||| ||||| ||||||||     
T  10230915 ccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgccattacaatctcaaacgggaaagccacactatgtagccgttatgtaaaaacctacaagtacaaaatt 10230816  T
Q  308 gaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttatagcttctgctgcacgtggctctgtcaccgcagcacgtgtca 407  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| || ||    | |||||| ||      
T  10230815 gaaaacaaagctggtcaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattgctttagcggcacgtggatccgtggttgtagcacgggtgt 10230716  T
Q  408 tatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaacacaagtttggctctgtttggtaacaaactttttgctttaggagaatcagatcttcc 507  Q
    || | || || || || || |||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10230715 taaccggtcagtataacccatctaacggcattggattggtcaacacaagtttagctctgtttggtaaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttcc 10230616  T
Q  508 ttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatcca 543  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||||| |||||    
T  10230615 ttatgaagtcaaactaacaccaaacggtgacatcca 10230580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 8 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 10239895 - 10239360
Alignment:
Q  8 gacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtccttgacgaactccctc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239895 gacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactttgcaccagtccttgacgaactccctc 10239796  T
Q  108 caacacaatgtcaaatcatcaaaggtacactcccgccgtcacttaacggtgcttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggacccta 207  Q
    ||||||||||  || |||| ||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  10239795 caacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaacggaccaaaccctcagttccttccacgtggacctta 10239696  T
Q  208 ccacctcttcgacggtgacggcatgcttcacgccattacaatctcaaacggaaaagctacactctgtagccgttacgttcaaacttacaaatacaaaatc 307  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||  ||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  10239695 ccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacactatgtagccgttacgttcaaacctataaatacaaaatc 10239596  T
Q  308 gaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttatagcttctgctgcacgtggctctgtcaccgcagcacgtgtca 407  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  || |||||||| || ||  | | |||||||||      
T  10239595 gaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtttagcggcacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgt 10239496  T
Q  408 tatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaacacaagtttggctctgtttggtaacaaactttttgctttaggagaatcagatcttcc 507  Q
    || |||| || || |||||   |||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239495 taactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttggcaaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttcc 10239396  T
Q  508 ttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatcca 543  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||    
T  10239395 ttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatcca 10239360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University