View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17569_low_24 (Length: 341)
Name: NF17569_low_24
Description: NF17569
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17569_low_24 |
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| [»] scaffold0046 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 29318809 - 29318487
Alignment:
| Q |
1 |
aaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatattgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgt |
100 |
Q |
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| T |
29318809 |
aaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatattgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgt |
29318710 |
T |
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| Q |
101 |
gtttgggatgcacacaaaagcatactattatgatacaaatacatgtttgttgttagtgttttctttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagag |
200 |
Q |
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| T |
29318709 |
gtttgggatgcaaacaaaagcatactattatgatacaaatacatgtttgttgttagtgttttatttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagag |
29318610 |
T |
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| Q |
201 |
catacgtttagcaagggtttctctaaattttgattagaggtttattatagatgatatacataattatatgcatcaaagatggcaatatcagaacaaaatc |
300 |
Q |
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| T |
29318609 |
catacgtttagcaagggtttctctaaattgtgattagaggtttattatagatgatatacataattatatgcatcaaagatggcaatatcagaacaaaatc |
29318510 |
T |
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| Q |
301 |
attttaattggctatccactatg |
323 |
Q |
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| T |
29318509 |
attttaattggctatccactatg |
29318487 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0046 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: scaffold0046
Description:
Target: scaffold0046; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 76225 - 75903
Alignment:
| Q |
1 |
aaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatattgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgt |
100 |
Q |
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| T |
76225 |
aaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatattgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgt |
76126 |
T |
|
| Q |
101 |
gtttgggatgcacacaaaagcatactattatgatacaaatacatgtttgttgttagtgttttctttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagag |
200 |
Q |
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| T |
76125 |
gtttgggatgcacacaaaagcttaccattatgatacaaatacatgtttgttgttagtgttttctttattgttataactcagactgtgaacaattgtagag |
76026 |
T |
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| Q |
201 |
catacgtttagcaagggtttctctaaattttgattagaggtttattatagatgatatacataattatatgcatcaaagatggcaatatcagaacaaaatc |
300 |
Q |
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| T |
76025 |
catacgtttagcaagggtttctctaaattgtgattagaggtttattatagatgatagacataattatatgcatcaaagatggcactatcagaacaaaatc |
75926 |
T |
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| Q |
301 |
attttaattggctatccactatg |
323 |
Q |
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| T |
75925 |
attttaattggctatcaactatg |
75903 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 24966904 - 24966582
Alignment:
| Q |
1 |
aaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatattgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgt |
100 |
Q |
| |
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| T |
24966904 |
aaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatattgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgt |
24966805 |
T |
|
| Q |
101 |
gtttgggatgcacacaaaagcatactattatgatacaaatacatgtttgttgttagtgttttctttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagag |
200 |
Q |
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| T |
24966804 |
gtttgggatgcacacaaaagcttaccattatgatacaaatacatgtttgttgttagtgttttctttattgttataactcagactgtgaacaattgtagag |
24966705 |
T |
|
| Q |
201 |
catacgtttagcaagggtttctctaaattttgattagaggtttattatagatgatatacataattatatgcatcaaagatggcaatatcagaacaaaatc |
300 |
Q |
| |
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| T |
24966704 |
catacgtttagcaagggtttctctaaattgtgattagaggtttattatagatgatagacataattatatgcatcaaagatggcactatcagaacaaaatc |
24966605 |
T |
|
| Q |
301 |
attttaattggctatccactatg |
323 |
Q |
| |
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| T |
24966604 |
attttaattggctatcaactatg |
24966582 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Original strand, 28468814 - 28469136
Alignment:
| Q |
1 |
aaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatattgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgt |
100 |
Q |
| |
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|
|
| T |
28468814 |
aaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatattgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacatgaattccacctgt |
28468913 |
T |
|
| Q |
101 |
gtttgggatgcacacaaaagcatactattatgatacaaatacatgtttgttgttagtgttttctttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagag |
200 |
Q |
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| T |
28468914 |
gtttgggatgcacacaaaagcttactattatgatacaaatacatgtttgttgttagtgttttctttattgttataactcagactgtgaacaattgtagag |
28469013 |
T |
|
| Q |
201 |
catacgtttagcaagggtttctctaaattttgattagaggtttattatagatgatatacataattatatgcatcaaagatggcaatatcagaacaaaatc |
300 |
Q |
| |
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| T |
28469014 |
catacgtttagcaagggtttctctaaattgtgattagaggtttattatagatgatagacataattatatgcatcaaagatggcagtatcagaacaaaatt |
28469113 |
T |
|
| Q |
301 |
attttaattggctatccactatg |
323 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| |||||| |
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| T |
28469114 |
attttaattggctatcaactatg |
28469136 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 34734920 - 34734598
Alignment:
| Q |
1 |
aaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatattgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgt |
100 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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|
| T |
34734920 |
aaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatattgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacatgaattccacctgt |
34734821 |
T |
|
| Q |
101 |
gtttgggatgcacacaaaagcatactattatgatacaaatacatgtttgttgttagtgttttctttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagag |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
34734820 |
gtttgggatgcacacaaaagcttactattatgatacaaatacatgtttgttgttagtgttttctttattgttataactcagactgtgaacaattgtagag |
34734721 |
T |
|
| Q |
201 |
catacgtttagcaagggtttctctaaattttgattagaggtttattatagatgatatacataattatatgcatcaaagatggcaatatcagaacaaaatc |
300 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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| T |
34734720 |
catacgtttagcaagggtttctctaaattgtgattagaggtttattatagatgatagacataattatatgcatcaaagatggcagtatcagaacaaaatt |
34734621 |
T |
|
| Q |
301 |
attttaattggctatccactatg |
323 |
Q |
| |
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| T |
34734620 |
attttaattggctatcaactatg |
34734598 |
T |
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