View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1757-Insertion-15 (Length: 972)

Name: NF1757-Insertion-15
Description: NF1757
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1757-Insertion-15
NF1757-Insertion-15
[»] chr3 (44 HSPs)
chr3 (8-972)||(22457853-22458820)
chr3 (8-972)||(22480834-22481801)
chr3 (30-867)||(22357388-22358225)
chr3 (30-869)||(22442128-22442964)
chr3 (30-878)||(22367310-22368161)
chr3 (32-869)||(22467339-22468173)
chr3 (83-972)||(22436070-22436965)
chr3 (29-972)||(22629828-22630770)
chr3 (84-869)||(22634946-22635728)
chr3 (443-844)||(22430972-22431373)
chr3 (83-869)||(22353251-22354036)
chr3 (30-386)||(22430556-22430912)
chr3 (29-359)||(22620269-22620599)
chr3 (33-388)||(22656443-22656798)
chr3 (597-867)||(30989258-30989528)
chr3 (598-867)||(21945867-21946136)
chr3 (83-251)||(37930298-37930467)
chr3 (90-382)||(30988739-30989031)
chr3 (486-835)||(22620753-22621105)
chr3 (597-868)||(21930663-21930934)
chr3 (693-875)||(18967036-18967218)
chr3 (693-843)||(22115352-22115502)
chr3 (598-830)||(22615222-22615454)
chr3 (597-867)||(22034760-22035030)
chr3 (598-748)||(22648138-22648288)
chr3 (138-382)||(21946364-21946608)
chr3 (60-248)||(22647588-22647776)
chr3 (603-827)||(22657025-22657249)
chr3 (597-867)||(21937396-21937666)
chr3 (36-382)||(21937893-21938239)
chr3 (33-382)||(22180157-22180506)
chr3 (140-382)||(22115825-22116067)
chr3 (693-867)||(22179660-22179834)
chr3 (904-969)||(22615521-22615587)
chr3 (138-382)||(22053446-22053690)
chr3 (597-674)||(22187424-22187501)
chr3 (326-382)||(22028740-22028796)
chr3 (326-382)||(22035257-22035313)
chr3 (326-382)||(22105448-22105504)
chr3 (326-382)||(22187728-22187784)
chr3 (138-248)||(21931295-21931405)
chr3 (604-674)||(22028436-22028506)
chr3 (93-227)||(22614708-22614842)
chr3 (217-303)||(22628096-22628182)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (29-293)||(34990046-34990310)
chr1 (29-248)||(34976245-34976464)
chr1 (29-248)||(34983356-34983575)
chr1 (598-827)||(34989500-34989729)
chr1 (139-301)||(2304969-2305131)
chr1 (649-827)||(2305490-2305668)
chr1 (721-865)||(34980407-34980551)
chr1 (720-827)||(34975665-34975772)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (774-969)||(29610697-29610899)
chr4 (760-797)||(29604805-29604842)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (82-156)||(872150-872224)
chr7 (693-867)||(872774-872948)
chr7 (82-156)||(1233427-1233501)
chr7 (693-867)||(1234051-1234225)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (90-290)||(40580766-40580966)
[»] scaffold1439 (1 HSPs)
scaffold1439 (598-737)||(1547-1686)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 828; Significance: 0; HSPs: 44)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 828; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 972
Target Start/End: Original strand, 22457853 - 22458820
Alignment:
Q  8 ccatgaaattatcagatctgattgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattc 107  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457853 ccatcaaattgtcaaatctgattgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattc 22457952  T
Q  108 ttcacatttttcaaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctcta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457953 ttcacatttttcaaggatcaatgcatgcaccagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctcta 22458052  T
Q  208 ctgatcaaatctgttaaatatccatctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22458053 ctgatcaaatctgttaaatatccatctgcaacatcttccaatgtttttaccatatcatctttcacaaatccttcagccatccattgccgaatcagtatat 22458152  T
Q  308 ttgtaggaactatacaaccttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcatggtagccgagacctacaannnnnnn 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||           
T  22458153 ttgtaggaactatacaaccttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagattgtaagacagatcatggtaaccgagacctacaattttttt 22458252  T
Q  408 natcttcaaatcttcttttaactctatatttagaatttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctttgcaagataaaataccaccaatgagt 507  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458253 tatcttcaaatcttcttttaactctatatttagattttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctttgcaagataaaataccaccaatgagt 22458352  T
Q  508 acaattgctagtggcaatccattgcatttttcaacaatttttgaagatatatcaataagattttctggacaacgtccgtttaagtcgtggaatgtcttct 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458353 acaattgctagtggcaatccattgcatttttcaacaattttaaaagatatatcaataagattttctggacaacgtccgtttaagtcgtggaatgtcttct 22458452  T
Q  608 tattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacatccatgtttct 707  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  22458453 tattgaacaactccaaagattgttgttcagccaaacctttcatttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacatgcatttgcaacatccatgtttct 22458552  T
Q  708 tgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaactataaca 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  22458553 tgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagctccatacatcatcaaaaactataaca 22458652  T
Q  808 taccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggaga-ttgctccttgttgttcgt-aa 905  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  22458653 taccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaa 22458752  T
Q  906 acttgtgcaacatgtccctcagc-atccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatga 972  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458753 acttgtgcagcatgtccctcagcaagccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatga 22458820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 828; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 972
Target Start/End: Original strand, 22480834 - 22481801
Alignment:
Q  8 ccatgaaattatcagatctgattgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattc 107  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480834 ccatcaaattgtcaaatctgattgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattc 22480933  T
Q  108 ttcacatttttcaaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctcta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480934 ttcacatttttcaaggatcaatgcatgcaccagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctcta 22481033  T
Q  208 ctgatcaaatctgttaaatatccatctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22481034 ctgatcaaatctgttaaatatccatctgcaacatcttccaatgtttttaccatatcatctttcacaaatccttcagccatccattgccgaatcagtatat 22481133  T
Q  308 ttgtaggaactatacaaccttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcatggtagccgagacctacaannnnnnn 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||           
T  22481134 ttgtaggaactatacaaccttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagattgtaagacagatcatggtaaccgagacctacaattttttt 22481233  T
Q  408 natcttcaaatcttcttttaactctatatttagaatttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctttgcaagataaaataccaccaatgagt 507  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481234 tatcttcaaatcttcttttaactctatatttagattttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctttgcaagataaaataccaccaatgagt 22481333  T
Q  508 acaattgctagtggcaatccattgcatttttcaacaatttttgaagatatatcaataagattttctggacaacgtccgtttaagtcgtggaatgtcttct 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481334 acaattgctagtggcaatccattgcatttttcaacaattttaaaagatatatcaataagattttctggacaacgtccgtttaagtcgtggaatgtcttct 22481433  T
Q  608 tattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacatccatgtttct 707  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  22481434 tattgaacaactccaaagattgttgttcagccaaacctttcatttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacatgcatttgcaacatccatgtttct 22481533  T
Q  708 tgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaactataaca 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  22481534 tgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagctccatacatcatcaaaaactataaca 22481633  T
Q  808 taccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggaga-ttgctccttgttgttcgt-aa 905  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  22481634 taccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaa 22481733  T
Q  906 acttgtgcaacatgtccctcagc-atccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatga 972  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481734 acttgtgcagcatgtccctcagcaagccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatga 22481801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 867
Target Start/End: Original strand, 22357388 - 22358225
Alignment:
Q  30 tgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaat 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||| |   ||||  ||||||||| |||||| ||||| |  | |  |||||||||||||| |    
T  22357388 tgctattgataggcgtcgaatcattccagttaaagacaattgtttgccctcagtaatattctcgcaaaagcttaaatgcttatgtttttcaaggatcatt 22357487  T
Q  130 gcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatc 229  Q
     |||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||   || || ||| |||||||||    
T  22357488 tcatgcactagatcatgaacacgacaacgttttactcttccatcaatactgattgaatctacttgcaccaaacttctatgtattaactcttttaaatatc 22357587  T
Q  230 catctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttc 329  Q
    | |||||||| |||||||  ||| || | | ||  | |||||| || |||||||| |||||||| ||| ||||| | |||| | ||||| || |  ||||    
T  22357588 cttctgcaacctcttccatcgttctttccccatattgtttcacaaacccttcagcaatccattgtcgagtcaatgtctttgaatgaactttatagtcttc 22357687  T
Q  330 aggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcatggtagccgagacctacaannnnnnnnatcttcaaatcttcttttaac 429  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |  |  |||| ||        ||  |  ||| ||| | ||||    
T  22357688 aggatataatccaaaatacaagaaacatgacttgaggtagtaaggcaaatcatggtaactaaatcctaaaatttttcttattatggaatattcctctaac 22357787  T
Q  430 tctatatttagaatttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctttgcaagataaaataccaccaatgagtacaattgctagtggcaatccat 529  Q
    |||  ||||| | ||||||||||||||||||||||   || | || ||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |    
T  22357788 tctgcatttatattttcactaaacttataccattccattggaattttatctttgggagctaaaataccaccaatgactacaattgctagtggtaatcctt 22357887  T
Q  530 tgcatttttcaacaatttttgaagatatatcaataagattttctggacaacgtccgtttaagtcgtggaatgtcttcttattgaacaactccaaagattg 629  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  22357888 tgcattttttaacaattttggaagatatatcaataagattttctggacaacgtccatttaagtcatggaatgccttcttattgaacaactcaaaagattg 22357987  T
Q  630 ttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaa 729  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  22357988 ttctacagtcaaaccttttagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagtattcgcaacatccatgtttcttgtagtgattaatatcctagaa 22358087  T
Q  730 ccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagt 829  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||| | | |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  22358088 ccctttttgttatcaatcatagcaaattcaatatcatgcaaaaaatgtgactcccatacatcatcaaacactacaacataccttttttcttgcaagtagt 22358187  T
Q  830 tcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttga 867  Q
    | |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||    
T  22358188 ttctcacttcatcaactaatgactgtcgatccatttga 22358225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 294; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 30 - 869
Target Start/End: Original strand, 22442128 - 22442964
Alignment:
Q  30 tgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaat 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||| |   ||||  ||||||||| |||||| ||||| |  | |  |||||||||||||| |    
T  22442128 tgctattgataggcgtcgaatcattccagttaaagacaattgttttccctcagtaatattctcgcaaaagcttaaatgcttatgtttttcaaggatcatt 22442227  T
Q  130 gcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatc 229  Q
     |||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||  || |||||||||    
T  22442228 tcatgcactagatcatgaacacggcaactttttactcttccatcaatactggttgaaactacttgcaccaaacttctacagattaacacttttaaatatc 22442327  T
Q  230 catctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttc 329  Q
    | |||||||| | |||||||||  || | | ||  |||||||| || |||||||| |||||||| ||| ||||| | |||| |  | ||  | |  ||||    
T  22442328 cttctgcaaccttttccaatgtcctttccccatattctttcacaaacccttcagctatccattgacgagtcaatgtctttgaacaagcttcatagtcttc 22442427  T
Q  330 aggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcatggtagccgagacctacaannnnnnnnatcttcaaatcttcttttaac 429  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||| |||||||||||| | ||| |||| ||        |   |  ||| ||| || |||    
T  22442428 gggatataatccaaaatacaagaaacatgacttgaggttgcaaggcaaatcatggtaactgagtcctaaaatttttcttactatggaatattccttaaac 22442527  T
Q  430 t---ctatatttagaatttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctttgcaagataaaataccaccaatgagtacaattgctagtggcaatc 526  Q
    |   ||  ||||| | ||||| |||||| |||||||||   ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  22442528 tgatctgcatttatattttcattaaactcataccattcaattgtatttctatctttgggagctaaaataccaccaatgactacaattgctagtggtaatc 22442627  T
Q  527 cattgcatttttcaacaatttttgaagatatatcaataagattttctggacaacgtccgtttaagtcgtggaatgtcttcttattgaacaactccaaaga 626  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22442628 cattgcatttttcaacaattttggaagatataccaataagattttttggacaacgtccgtttaagtcatgaaatgccttcttattgaacaactccaaaga 22442727  T
Q  627 ttgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacatccatgtttcttgttgtgattaatatctta 726  Q
    ||||||| ||| ||||||||| ||||| ||      ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  22442728 ttgttctacagtcaaaccttttagttcgta------aacaaaagaagatttcttacaagtatttgcaacatccatgtttcttgtagtgattaatatccta 22442821  T
Q  727 caaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagt 826  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||| | | |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||    
T  22442822 gaaccctttttgttatcaatcatagcaaattcaatatcatgcaaaaaatgtgactcccatacatcatcaaacactacaacataccttttttcttgcaagt 22442921  T
Q  827 agttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatg 869  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  22442922 agtttctcacttcatcaactaatgactgtcgatccatttgatg 22442964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 30 - 878
Target Start/End: Original strand, 22367310 - 22368161
Alignment:
Q  30 tgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaat 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| || |||   ||||    |||||| ||||| |||||||||| ||||| || |||  ||| | |||||||| |    
T  22367310 tgctattgataggcgtcgaatcattccagttgaaggcaattgtctgtcctcggtaatactcttgcaaaagcttaaatcctcatgtttattaaggatcatt 22367409  T
Q  130 gcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatc 229  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||| | | |||||||||||||| | ||   | ||||| ||||||||| ||||| |||||| ||| |||||| ||    
T  22367410 gcatgcactagatcatgaacacggcaactgtctactcttccatcaatagtgatcccatctactcgcaccaaacttctacggatcaactctattaaatgtc 22367509  T
Q  230 catctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttc 329  Q
    | |||||||| |||||||||||  || | || || |||||||| || |||||||| |||||||| ||| |||||||||||| | ||||  |  |  ||||    
T  22367510 cttctgcaacctcttccaatgtcattcccctttcttctttcacaaacccttcagcaatccattgacgagtcaatatatttgaacgaacatttgagtcttc 22367609  T
Q  330 aggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcatggtagccgagacctacaannnnnnnnatcttcaaatcttcttttaac 429  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | | ||| |||||||||||| |  || |||| ||        ||| |  ||| ||| ||| ||    
T  22367610 aggatataatccaaagtacaagaaacatgacttgaggttgcaaggcaaatcatggtaactaagtcctagaattttttttatcatggaatattcctttgac 22367709  T
Q  430 t---ctatatttagaatttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctttgcaagataaaataccaccaatgagtacaattgctagtggcaatc 526  Q
    |   ||  ||||| | |||||||||||||| |||||||   || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  22367710 tgatctgcatttatattttcactaaacttagaccattcaattggattcctatctttgcaagctaaaataccaccaatgactacaattgcgagtggtaatc 22367809  T
Q  527 cattgcatttttcaacaatttttgaagatatatcaataagattttctggacaacgtccgtttaagtcgtggaatgtcttcttattgaacaactccaaaga 626  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||| ||||| | ||||||||||||||| || |||||    
T  22367810 cattgcatttttcaacaattttggaagatatatcaataagattttctggacaatatccgctcaagtcatggaacgccttcttattgaacaattctaaaga 22367909  T
Q  627 ttgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacatccatgtttcttgttgtgattaatatctta 726  Q
    || |||||||   |||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  22367910 tttttcttcacttaaaccttcaagtttatgcacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatctgcaacatcctcgtttcttgttgtgattaatatctta 22368009  T
Q  727 caaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagt 826  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| | |||||||    
T  22368010 caaccatttttgttatcaatcatagaaaattcaatatcattccaaaaatgtgagtcccatacatcatcaaacactacaacgtacctttttccttgcaagt 22368109  T
Q  827 agttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttg 878  Q
    |||| |||||||||||||| ||| ||| || || ||||||||||| ||||||    
T  22368110 agtttctcacttcatcaactaataactttccatccatttgatgaagactttg 22368161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 32 - 869
Target Start/End: Original strand, 22467339 - 22468173
Alignment:
Q  32 ctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgc 131  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||| |  |||||  |||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||| |||    
T  22467339 ctattgataggcgtcgaatcattccagttaaagacaattgtttgtcctcagtaatattcttgcaaaaacttaaatcctcatatttatcaaggatcattgc 22467438  T
Q  132 atggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatcca 231  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||| ||||||||||     
T  22467439 atgcactagatcatgaacacgacaactttttactcttccatcaatacttattgaaactacttgcaccaaacttctatggatcaactctattaaatatcct 22467538  T
Q  232 tctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttcag 331  Q
    || ||||| |||||||||||  |  | || || || ||||| || |||||||| |||||||| ||| ||||  | |||| | |||||||| |  ||||||    
T  22467539 tcagcaacctcttccaatgtcctccccctgtcttccttcacaaacccttcagcaatccattggcgagtcaacgtctttgaatgaactatatagtcttcag 22467638  T
Q  332 gatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcatggtagccgagacctacaannnnnnnnatcttcaaatcttcttttaactc 431  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||  |||| |||||| |  |  |||| ||        ||  |  ||| | | | ||||||    
T  22467639 gatataatccaaaatacaagaaacatgacttgaggttgtaaggtaaattatggtaactaaatcctaaaatttttcttattgtggaatatccctctaactc 22467738  T
Q  432 tatatttagaatttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctttgcaagataaaataccaccaatgagtacaattgctagtggcaatccattg 531  Q
    || ||||| | |||||||||| ||| |||||||   || |||||||| ||||| |||||||||| ||||  |||  ||||||||||| || ||||| |||    
T  22467739 tacatttatattttcactaaatttagaccattcaattggatttctatttttgcgagataaaatatcaccggtgacaacaattgctagaggtaatcctttg 22467838  T
Q  532 catttttcaacaatttttgaagatatatcaataagattttctggacaacgtccgtttaagtcgtggaatgtcttcttattgaacaactccaaagattgtt 631  Q
    || |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||  ||||| ||||| | |||||| || ||||| ||||| || ||||    
T  22467839 cagttttcaacaattttggaagatatgtcaaaaagattttctggacaaactccgtccaagtcatggaacgccttctttttaaacaattccaaggactgtt 22467938  T
Q  632 cttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaacc 731  Q
    ||||||  |||| || ||| |||| ||||| | |||||||   |||||||||||||| || |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22467939 cttcagataaacgttccagctcatgcactttaccaaaaga---tttcttacaagcatctgcaacaaccttgtttctcgttgtgattaatatcttacaacc 22468035  T
Q  732 ctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttc 831  Q
     ||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| | | |||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||     
T  22468036 atttttgttatcaatcatagcaaattcaatatcataccaaaaatgtgaatcccatacatcatcaaacactataacatacctttttccttgcaagtagttt 22468135  T
Q  832 ctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatg 869  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||| ||| |||||    
T  22468136 ctcacttcatcaactaatggctttcgatccatctgatg 22468173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 83 - 972
Target Start/End: Original strand, 22436070 - 22436965
Alignment:
Q  83 taatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaat 182  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  22436070 taatattcttgcaaaaacttaaatcctcatatttctcaaggatcattgcatgcactaaatcatgaacacgacaactttttactcttccatcaatacttat 22436169  T
Q  183 tgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttca 282  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| ||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||  || | || || ||||||||||| ||||||    
T  22436170 tgaaactacatgcaccaaacttctattgaccaactctattaaatatccttttgcaatatcttccaatgtccttcccctctcttctttcacgaacccttca 22436269  T
Q  283 gccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcat 382  Q
    || |||||||| ||| ||||| | |||| | |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||| ||||||||    
T  22436270 gcaatccattggcgagtcaatgtttttgaacgaactatatagtcttcaggatataatccaaaatacaagaaacacgacttgaggtagtaaggcaaatcat 22436369  T
Q  383 ggtagccgagacctacaannnnnnnnatcttcaaatcttcttttaact---ctatatttagaatttcactaaacttataccattctgatgtatttctatc 479  Q
    |||| |  |  |||| ||        ||  |  ||| ||| ||| |||   ||  ||||| | ||||||||||||| |||||||| |  | |||||||||    
T  22436370 ggtaactaaatcctagaatttttcttattatggaatattcatttgactgatctgcatttatattttcactaaacttgtaccattcagtaggatttctatc 22436469  T
Q  480 tttgcaagataaaataccaccaatgagtacaattgctagtggcaatccattgcatttttcaacaatttttgaagatatatcaataagattttctggacaa 579  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22436470 tttgcaagataaaagaccaccagtgactacaattgctagaggtaatcctttgcattttttaacaattttggaagatatatcaataagattttgtggacaa 22436569  T
Q  580 cgtccgtttaagtcgtggaatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttct 679  Q
    | |||  | ||||  ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||  |||||||  |||||||  |||||||||||||||||| |||    
T  22436570 catccactcaagttatggaatgccttcttattgaacaattctaaagatttttcttcagttaaaccttgaagttcatgtacttcaacaaaagaagatctct 22436669  T
Q  680 tacaagcatttgaaacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaa 779  Q
    || ||| ||||| ||||| ||| || |||||||||||||||| |||| |||| |||   |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| || |||    
T  22436670 taaaagaatttgcaacattcattttccttgttgtgattaataccttagaaccatttaagttatcaatcatagcaaattcaatatcattccaaatatttaa 22436769  T
Q  780 gttccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgg 879  Q
    ||||||||| || ||||| || | ||  |||||||||| |||||| |  ||  |||||||||||| ||| | |||||  ||||||| ||  ||||| ||     
T  22436770 gttccatacatcgtcaaacacgacaaagtaccttttttgctgcaactgttttatcacttcatcaatcaacggctctccgttcatttcatatatactctga 22436869  T
Q  880 gggagat-tgctccttgttgttcgtaaa-cttgtgcaacatgtccctcagc-atccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatga 972  Q
    ||  ||| |   |||||||||| ||||| || | |||| |||||||||| | ||  |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22436870 ggaggatctttcccttgttgtttgtaaatctcgagcaaaatgtccctcaacaatttttctttactgtatgattgagacactgtgatccatacatga 22436965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 29 - 972
Target Start/End: Original strand, 22629828 - 22630770
Alignment:
Q  29 ttgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaa 128  Q
    |||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||  |||| |  |||||  |||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||     
T  22629828 ttgctattgataggcgtcaaatcattccagttaaagacaattgcttgtcctcaataatattcttgcaaaaacttaaatcctcatatttctcaaggatcat 22629927  T
Q  129 tgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatat 228  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||| ||||||||    
T  22629928 tgcatgcactagatcatgtacacgacaactttttactcttccat--atacttgttgaaactacttgcaccaaacttctacggaccaactctattaaatat 22630025  T
Q  229 ccatctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaacctt 328  Q
    || ||| |||| |||||||||||| || |  |  | |||||||| || |||||||| |||||||| ||| |||| |  |||| | |||||||| |  |||    
T  22630026 ccttctccaacctcttccaatgttcttcccttgacttctttcacaaacccttcagcgatccattggcgagtcaacacctttgaacgaactatatagtctt 22630125  T
Q  329 caggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcatggtagccgagacctacaannnnnnnnatcttcaaatcttcttttaa 428  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||  ||||||||||| |  |  |||| |         ||  |  ||| ||| | |||    
T  22630126 caggatagaatccaaaatacaagaaacatgacttgaggttgtaaggtaaatcatggtaactaaatcctaaattttttcttattgtggaatattcctctaa 22630225  T
Q  429 ctctatatttagaatttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctttgcaagataaaataccaccaatgagtacaattgctagtggcaatcca 528  Q
    ||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||   || ||||||| |||||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||||| || |||||     
T  22630226 ctctacatttatattttcactaaacttagaccattcaattggatttctaactttgcgagataaaatatcaccggtgactacaattgctagaggtaatcct 22630325  T
Q  529 ttgcatttttcaacaatttttgaagatatatcaataagattttctggacaacgtccgtttaagtcgtggaatgtcttcttattgaacaactccaaagatt 628  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||  ||| |  ||||| ||||| |  ||||| || ||||| |||||||| |    
T  22630326 ttgcatttttcaacaattttggaagatatgtcaaaaagattttctggacaaaatccatccaagtcatggaacgctttctttttaaacaattccaaagact 22630425  T
Q  629 gttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttaca 728  Q
    |||||||||  |||| || ||| |||| |||||   |||   |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22630426 gttcttcagataaacgttccagctcatgcactttgccaa---aagatttcttacaagcatctgcaacatccttgtttcttgttgtgattaatatcttaca 22630522  T
Q  729 accctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaacta-taacataccttttttcctgcaagta 827  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||   | |||||| |||||||| ||||  ||| ||||||||| | ||||||||    
T  22630523 accatttttgttatcaatcatagcaaattcaatatcataccaaaattgtgcctcccatacatcatcaaacactacaaacgtacctttttccttgcaagta 22630622  T
Q  828 gttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat-tgctccttgttgttcgtaaa-cttgtgcaacatgtccctc 925  Q
    ||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| | |||||| ||  ||| |   |||||||||| ||||| || | |||| |||||||||    
T  22630623 gtttctcacttcatcaactaatggctttcgatccatttgatggagactttgaggaggatctttcccttgttgtttgtaaatctcgagcaaaatgtccctc 22630722  T
Q  926 agc-atccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatga 972  Q
    | | ||  |||||||||||||| | |||||||  |||||||| |||||    
T  22630723 aacaatgtttctatattgtatggtcgagacaccgtgatccattcatga 22630770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 84 - 869
Target Start/End: Original strand, 22634946 - 22635728
Alignment:
Q  84 aatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaatt 183  Q
    ||||||||||||||||||||| || | | |||| |||||||||| | |||| |||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  22634946 aatattcttgcaaaaacttaaatccttaaatttgtcaaggatcatttcatgcactagatcatgaacgcggcaactttttactcttccatcaatactagtt 22635045  T
Q  184 gaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcag 283  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||  ||||||||| |||||||| ||||| |||||  || | || || ||||||||||| |||||||    
T  22635046 gaaactacttgcaccaaacttctatggatcaactctactaaatatccttctgcaacctcttcaaatgtccttcccctgtcttctttcacgaacccttcag 22635145  T
Q  284 ccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcatg 383  Q
    | |||||||| ||| ||||| | |||| | |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | | | |||||||||    
T  22635146 caatccattggcgagtcaatgtttttgaacgaactatatagtcttcaggatataatccaaaatacaagaaacatgacttgaggtagcatggcaaatcatg 22635245  T
Q  384 gtagccgagacctacaannnnnnnnatcttcaaatcttcttttaactctatatttagaatttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctttg 483  Q
    ||| |  || |||| ||        ||| |  ||| ||| | |||||||  ||||| | |||||||||||||  ||||||||  || |||||||||  ||    
T  22635246 gtaactaagtcctaaaatttttcttatcatggaatattcctctaactctgcatttatattttcactaaacttcgaccattctattgaatttctatccgtg 22635345  T
Q  484 caagataaaataccaccaatgagtacaattgctagtggcaatccattgcatttttcaacaatttttgaagatatatcaataagattttctggacaacgtc 583  Q
    | ||||| |||| ||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||   |    
T  22635346 cgagatagaatatcaccaatgactacaattgctagaggtaatcctttgcatttttcgacaattttggaagatatatcaataagatattcaggaaaaatgc 22635445  T
Q  584 cgtttaagtcgtggaatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttaca 683  Q
    |||  ||| | ||||  | ||||||    ||||| ||||||||||||| |||||  |||| || ||| | || ||||| | |||   ||||||| |||||    
T  22635446 cgtccaagccatggagcgccttctttagaaacaattccaaagattgtttttcagataaacgttccagattatgcactttaccaa---aagatttattaca 22635542  T
Q  684 agcatttgaaacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttc 783  Q
    |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||| | | |    
T  22635543 agcatttgcaacatccttttttcttgttgtgattaatatcctacaactatttttgttatcaatcatagcaaattcaatatcagaccaaaaatgtgactcc 22635642  T
Q  784 catacgtcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatg 869  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||| | || |||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  22635643 catacatcatcaaacactaaaacatacctttttccttgaaagtggtttctcacttcatcaactaatgactttcgatccatttgatg 22635728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 443 - 844
Target Start/End: Original strand, 22430972 - 22431373
Alignment:
Q  443 tttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctttgcaagataaaataccaccaatgagtacaattgctagtggcaatccattgcatttttcaac 542  Q
    |||||||||||||| |||||||   || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  22430972 tttcactaaacttagaccattcaattggattcctatctttgcaagctaaaataccaccaatgactacaattgcgagtggtaatccattgcatttttcaac 22431071  T
Q  543 aatttttgaagatatatcaataagattttctggacaacgtccgtttaagtcgtggaatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaa 642  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| | ||||| |||||    |||||||||||||| || ||||||| |||||| |  |||    
T  22431072 aattttggaagatatatctataagattttctggacaatatccgctcaagtcatggaacactttcttattgaacaattctaaagatttttcttcggttaaa 22431171  T
Q  643 cctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattat 742  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  22431172 cctttaagttcatgcacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatctacaccatccttgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccatttttgttat 22431271  T
Q  743 caatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatc 842  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||| | | | |||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||||| |||| || |||    
T  22431272 caatcatagcaaattcaatatcataccaaaaatttgactcccatacatcatcaaacactacaacgtacctttttccttgcaagtagtttctcagtttatc 22431371  T
Q  843 aa 844  Q
    ||    
T  22431372 aa 22431373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 179; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 83 - 869
Target Start/End: Original strand, 22353251 - 22354036
Alignment:
Q  83 taatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaat 182  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| |||||  |||||||| | |||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |     
T  22353251 taatattcttgcaaaaacttaaatcctcatattttctaaggatcatttcatgcactagatcgtgaacacgacaactttttactcttccatcaatactgac 22353350  T
Q  183 tgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttca 282  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||  ||| || ||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||  || | |  |  |||||||| || || |||    
T  22353351 tgaatctacttgcaccaaacttctatggattaactcttttaaatatccttctgcaacctcttccattgtccttcccccgtattctttcacaaacccctca 22353450  T
Q  283 gccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaa-gacaaatca 381  Q
    || |||||||| ||| ||||| ||| || |  ||||    |  ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| | |||||||    
T  22353451 gcaatccattgacgagtcaatgtatctgaataaacttcgtagtcttcgagatataatccaaaatacaagaaacatgacttgaggtagtaaaggcaaatca 22353550  T
Q  382 tggtagccgagacctacaannnnnnnnatcttcaaatcttcttttaactctatatttagaatttcactaaacttataccattctgatgtatttctatctt 481  Q
    ||||| |  |  |||| ||        ||  |  ||| ||| | |||||||  ||||| | |||||||||||||| |||||||   || |||||||||||    
T  22353551 tggtaactaaatcctaaaatttttcttattatggaatattcctctaactctgcatttatattttcactaaacttagaccattcaattggatttctatctt 22353650  T
Q  482 tgcaagataaaataccaccaatgagtacaattgctagtggcaatccattgcatttttcaacaatttttgaagatatatcaataagattttctggacaacg 581  Q
    ||| ||||||||||  ||| |||| ||||||||| || || ||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||| || |||||||| |||||||      
T  22353651 tgcgagataaaatattacctatgactacaattgcgagaggtaatcctttgcatttttcaataatttcggaagatatataaaaaagattttttggacaaaa 22353750  T
Q  582 tccgtttaagtcgtggaatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttctta 681  Q
    |||||  |||||  |||| | |||||| || ||||| ||||||||||||| |||||  |||| || ||| |||| ||||| | | |   |||||||||||    
T  22353751 tccgtccaagtcacggaacgccttctttttaaacaaatccaaagattgtttttcagataaacgttccagctcatgcactttaccga---aagatttctta 22353847  T
Q  682 caagcatttgaaacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatt-tgatatcatcccaaaaatgtaag 780  Q
    ||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||| |     
T  22353848 caatcatctgtaacatccttgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccatttttgttatcaatcatagcaaattcaaatatcttgccaaaaatgtgac 22353947  T
Q  781 ttccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatg 869  Q
    | | |||| | |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||    
T  22353948 tcctatacattatcaaacactacaacgtacctttttccttgcaagttgtttctcacttcatcaactaatggctttcgatccatttgatg 22354036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 30 - 386
Target Start/End: Original strand, 22430556 - 22430912
Alignment:
Q  30 tgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaat 129  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||| |  |||| |  | |||| | |||| ||| ||||| ||||| || ||| |||||| |||||||| |    
T  22430556 tgctattgataggcgttgaatcattccagttaaatacaattgattgttctcggtgatatacttacaaaagcttaaatcctcatattttttaaggatcatt 22430655  T
Q  130 gcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatc 229  Q
     |||| |||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||  |||||| ||| |||||||||    
T  22430656 tcatgcactagatcatgaacacgacaacttcttactcttccatcaatacttattgaatctacttgcaccaaacttctatggatcaactctattaaatatc 22430755  T
Q  230 catctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttc 329  Q
    | |||||||| |||| ||||||  || |  | |  |||||||| || |||||||| |||||||| | | | ||| | |||| |  ||||||| |  |||     
T  22430756 cttctgcaacctctttcaatgtccttcccgttttttctttcacaaacccttcagcaatccattgacaagttaatgtctttgaataaactatatagtcttt 22430855  T
Q  330 aggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcatggta 386  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||| ||||||||||||    
T  22430856 aggatataatccaaaatacaagaaacatgacttgaggttgcaaggcaaatcatggta 22430912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 29 - 359
Target Start/End: Original strand, 22620269 - 22620599
Alignment:
Q  29 ttgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaa 128  Q
    ||||||||||||||||||||   |   ||||||||||||| ||   ||| || ||||||| ||||||||||||||  || ||||| |||||||| ||||     
T  22620269 ttgctattgataggcgtcgagtaacttcacttaaagatgaatgacaatcttcactaatatacttgcaaaaacttagatcctcacacttttcaagtatcat 22620368  T
Q  129 tgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatat 228  Q
       | | | |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| || || | ||||  |||||||||||||| ||||  |||||| |||||||| |||    
T  22620369 catacgtattagatcatgaacgcaacaactttttgtttttccatcgattcttagtgaagatacttgcaccaaacttctatggatcaactctgttaagtat 22620468  T
Q  229 ccatctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaacctt 328  Q
    || |||||||| |||||||| || ||  | || || ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||| | |||| |  |||| || || |||    
T  22620469 ccttctgcaacttcttccaaagtattccccctttcttcttttacaaacccttcagctatccattgccgaatcaatctctttgaatcaactttataatctt 22620568  T
Q  329 caggatataatccaaaatacaacaaacatga 359  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22620569 ctggatataatccaaaatacaataaacatga 22620599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 33 - 388
Target Start/End: Original strand, 22656443 - 22656798
Alignment:
Q  33 tattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgca 132  Q
    |||||||||||||||||  || ||||||| |||||| ||| ||||  | ||||||| |||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||    |    
T  22656443 tattgataggcgtcgaataattccacttatagatgaatggccatctgcactaatatgcttgcagaaacttaaatcctcacacttttcaaggatcatcata 22656542  T
Q  133 tggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccat 232  Q
    || | || |||||| |||||||||||||| | | |||| ||||| |||| |||   |||||| ||||||| ||  |  ||||| |||||||||||||| |    
T  22656543 tgtattaaatcatggacacaacaacttttagtttttccgtcaattctaactgaggatacttgtaccaaacatcggcgaatcaactctgttaaatatcctt 22656642  T
Q  233 ctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttcagg 332  Q
    ||||||| |||||||| |||||  | || || |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||| | | ||||    ||||  | || |||| ||    
T  22656643 ctgcaacttcttccaaagttttccccctttcttctttcacaaaaccttcagctatccattgccgtatcactctctttgattcaacttcataatcttctgg 22656742  T
Q  333 atataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcatggtagc 388  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||   ||| |||||||| |||||    
T  22656743 atatattccaaaatacaacaaacatgacttaagataaaaaggcaaatcatcgtagc 22656798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 597 - 867
Target Start/End: Original strand, 30989258 - 30989528
Alignment:
Q  597 gaatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaaca 696  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  || ||  |||  |||||||| | |||||||||| |||||||       ||||    
T  30989258 gaatgccttcttattgaacaactccaaagattgttgttcatttaaaggttgcaactcaagcacttcaatataagaagattttttacaagacaacacaaca 30989357  T
Q  697 tccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaa 796  Q
    || | ||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||   |||| || |||||||    
T  30989358 tctaggtttcttgttgtgataaatatcttacttccatttttattatcaattacagcaaattcaatatcatcccaaaaatgtacactccaaacatcatcaa 30989457  T
Q  797 aaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttga 867  Q
    | || |  ||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||    
T  30989458 acacaacgacatacctttttaaccgcaagtagtttctcacttcatcagtcaatgaccctcgatccatttga 30989528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 598 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 21946136 - 21945867
Alignment:
Q  598 aatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacat 697  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||| ||| |||  |||   ||||||||||| ||||||| |||   |||||    
T  21946136 aatgccttcttattaaacaactccaaagattgttcttgagttaaacattgcagctcaaacatctcagtgaaagaagattttttacaagaattcacaacat 21946037  T
Q  698 ccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaa 797  Q
     | |||| |||||||| || |||||| |||  || |||||| |||||||   ||||||||| | |||||||||||||||||   |||| || ||||||||    
T  21946036 tcttgttccttgttgttataaatatcctacttccatttttactatcaattgcagcaaatttaaaatcatcccaaaaatgtacagtccaaacatcatcaaa 21945937  T
Q  798 aactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttga 867  Q
     || | ||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||    |||| |||||||||||||||||    
T  21945936 gacgacaacatacctcttttgctgcaagtaatttctcacttcatttgtcaataactctcgattcatttga 21945867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 83 - 251
Target Start/End: Original strand, 37930298 - 37930467
Alignment:
Q  83 taatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttc-aaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaa 181  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||   | |||| || |||||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||       
T  37930298 taatattctcgcaaaaacttaaatccataaatttgtcaaaggatcatttcatgcactagatcatgaacacgacaactttttactcttccatcaataccgg 37930397  T
Q  182 ttgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgcaacatcttccaatgt 251  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||| || ||| |||||||||| || ||||| | |||||||||    
T  37930398 ttgaaactacttgcaccaaacttctacagattaactcttttaaatatccttccgcaaccttttccaatgt 37930467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 90 - 382
Target Start/End: Original strand, 30988739 - 30989031
Alignment:
Q  90 cttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaact 189  Q
    |||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||   |  | | |||||||||||||| ||||| ||| ||| | |||||||  ||||  |||  |    
T  30988739 cttgcaaaaatttaaatcctcaaatttttcaaggatcatatcgcgtattagatcatgaacacgacaacctttagctttaccatcaactctaaccgaagat 30988838  T
Q  190 acttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatcc 289  Q
    ||||||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||  | || || || |||||||| |||||||| | ||    
T  30988839 acttgcaccaagcttctatggatcaactctgttaaatatccttctgcaacgtcttccaaagtcttccctctttcctccttcacgaacccttcagctaccc 30988938  T
Q  290 attgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcat 382  Q
    |||| ||||||||| | ||||    ||||  | || |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  30988939 attgtcgaatcaatctctttgatttaacttcataatcttctggatatattccaaaatacaacaagcatgacttgagagagtaaggcaaatcat 30989031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 486 - 835
Target Start/End: Original strand, 22620753 - 22621105
Alignment:
Q  486 agataaaataccaccaatgagtacaattgctagtggcaatccattgcatttttcaacaatttttgaagatatatcaataagattttctggacaacgtccg 585  Q
    |||||||| |||||||| |  ||||||||||||||| || || |||||||||  | ||||||  |||||||||||||| |||| || |||||||| |||     
T  22620753 agataaaagaccaccaacggctacaattgctagtggtaaacccttgcattttctagcaatttcggaagatatatcaattagatcttttggacaacttcca 22620852  T
Q  586 tttaagtcgt---ggaatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttac 682  Q
    |  |||||     | |||  |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||  ||  ||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||    
T  22620853 tcaaagtcaaatcgaaataccttcttattgaacaactcaaaagattgttcctcagttaaaggttgtagttcatgcacctcaataaaagaagattttttac 22620952  T
Q  683 aagcatttgaaacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagtt 782  Q
    ||  | | | |||||||||  |||||||||| || ||||||||||  || |||||||||||||||| | ||   |  || |||| |||||||| || | |    
T  22620953 aataaatagcaacatccatacttcttgttgtaatcaatatcttactcccatttttattatcaatcacaacatgctctatttcattccaaaaatctatggt 22621052  T
Q  783 ccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctca 835  Q
    |||||| |||||||| || | ||||||||| ||||  ||||||| ||| ||||    
T  22621053 ccatacatcatcaaatacaaaaacatacctcttttgttgcaagtggtttctca 22621105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 597 - 868
Target Start/End: Complemental strand, 21930934 - 21930663
Alignment:
Q  597 gaatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaaca 696  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||  || ||  |||  || |||||  ||||||||||| |||||||       ||||    
T  21930934 gaatgccttcttattgaacaactccaaagattgttcatgagttaaaggttgcaactcaagcatttcaatgaaagaagattttttacaagacaccacaaca 21930835  T
Q  697 tccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaa 796  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||||||  || |||||| |||||||   ||||||||  |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  21930834 tccatgttccttgttgttataaatatcttacttccatttttactatcaattgcagcaaattcaatatcatcccaaaaatgtacattccaaacatcatcaa 21930735  T
Q  797 aaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgat 868  Q
    | || | ||||||||| |||| ||||||| | || ||||||||| ||  ||||||  |||||| ||||||||    
T  21930734 acacgacaacatacctctttttctgcaagcattttctcacttcagcagtcaatgatcctcgatccatttgat 21930663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 693 - 875
Target Start/End: Original strand, 18967036 - 18967218
Alignment:
Q  693 aacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtca 792  Q
    |||||||| ||| |||||||| || ||||| ||||  || |||||||||||||| | | ||||||  ||||||||||||||||||||  |||| || |||    
T  18967036 aacatccaggttccttgttgttatcaatatgttacttccttttttattatcaattacaacaaattcaatatcatcccaaaaatgtaaactccaaacatca 18967135  T
Q  793 tcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatact 875  Q
    ||||| || | ||||||||| || ||| | |||||||| || ||||||||   |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  18967136 tcaaacacaacaacatacctcttatcccgtaagtagtttcttacttcatctgtcaatgactctcgatccatttgataaatact 18967218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 693 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 22115502 - 22115352
Alignment:
Q  693 aacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtca 792  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||  || |||||| ||||||| | || |||||  |||||||||||||||||||  ||||| || |||    
T  22115502 aacatccatgtttcttgttgttataaatatcttacttccatttttactatcaattacagaaaattcaatatcatcccaaaaatgtacattccaaacatca 22115403  T
Q  793 tcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatca 843  Q
    ||||| || | ||| ||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  22115402 tcaaacacgacaacgtacctctttttctgcaagtattttctcacttcatca 22115352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 598 - 830
Target Start/End: Original strand, 22615222 - 22615454
Alignment:
Q  598 aatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacat 697  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||  || ||  |||| |||||  || || |||||| ||||||||| |  || |||||    
T  22615222 aatgccttcttattaaacaactccagagattgttcttcagttaaaggttgcaactcatgcactttgactaacgaagatctcttacaagaaagtgcaacat 22615321  T
Q  698 ccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaa 797  Q
    | || || |||||||| || ||||||||||  || |||||||||||||| | |||| |||  || |||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  22615322 ctatattccttgttgttataaatatcttacttccatttttattatcaattacagcagattcaatctcattccaaaaatgcatgttccatacatcatcaaa 22615421  T
Q  798 aactataacataccttttttcctgcaagtagtt 830  Q
     || | ||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  22615422 cacaacaacgtacctcttttgctgcaagtagtt 22615454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 597 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 22035030 - 22034760
Alignment:
Q  597 gaatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaaca 696  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||  |||  || ||| |||  ||| ||||  ||||||||||| |||||||       ||||    
T  22035030 gaatgccttcttattgaacaacttcaatgattgttcttgagttaaaggttgcagctcaagcacctcaatgaaagaagattttttacaagacaacacaaca 22034931  T
Q  697 tccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaa 796  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||  || |||||| ||||||| | || |||||  |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  22034930 tccatgtttcttgttgttataaatatcttacttccatttttactatcaattacagaaaattcaatatcatcccaaaaatgtacattccaaacatcatcaa 22034831  T
Q  797 aaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttga 867  Q
    | || | ||  |||||   || | ||||||  || ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  22034830 agacaacaaggtacctcgatttccgcaagtgatttctcacttcatcagtcaatgactcccgattcatttga 22034760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 598 - 748
Target Start/End: Original strand, 22648138 - 22648288
Alignment:
Q  598 aatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacat 697  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |  |  |||  || || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    | | |||||    
T  22648138 aatgtcttcttgttgaacaactcaaaagattgttcatttgttaaaggttgcaattcatacacttcaatgaaagaagatttcttacaatatatggcaacat 22648237  T
Q  698 ccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatca 748  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  22648238 ccatatttcttgttgtaataaatatcttactcccatttttattatcaatca 22648288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 138 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 21946608 - 21946364
Alignment:
Q  138 tagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgca 237  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||| | |||||||| |||| ||||  |||||| ||||  | ||||  |||||| |||||||||||||| |||||     
T  21946608 tagatcatgaacacgacaacctttagctttaccatcaattctaagtgaagatacttgaaccaggcttctatggatcaactctgttaaatatccttctgcc 21946509  T
Q  238 acatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttcaggatata 337  Q
    || |||||||| || ||  | || || || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| | | || |    ||||  | || |||| |||||||    
T  21946508 acttcttccaaagtcttccctctttcctccttcacaaacccttcagctatccattgtcgaatcactctcttcgatttaacttcataatcttctggatata 21946409  T
Q  338 atccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcat 382  Q
     ||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  21946408 ctccaaaataaaacaagcatgacttgagatagcaaggcaaatcat 21946364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 60 - 248
Target Start/End: Original strand, 22647588 - 22647776
Alignment:
Q  60 taaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaactt 159  Q
    |||||||||  | ||||| || ||||||| |||||| |||||||  || ||||  |||||||||||||    ||| |  |||||||||||||| ||||||    
T  22647588 taaagatgaaagatcatcttcactaatatgcttgcagaaacttatatcctcactcttttcaaggatcatcatatgtatcagatcatgaacacagcaactt 22647687  T
Q  160 tttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgcaacatcttccaa 248  Q
    || | | |||||||||| |||| ||||  |||||| ||||||| ||||  |||||| || ||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  22647688 ttagtttttccatcaattctaactgaagatacttgaaccaaacttctatggatcaactcagttaaatatcgttctgcaacttcttccaa 22647776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 603 - 827
Target Start/End: Original strand, 22657025 - 22657249
Alignment:
Q  603 cttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacatccatg 702  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| | |  |||   |  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||      | |||||||||     
T  22657025 cttcttattaaacaactcaaaagattgttctactgttaaaggatgtagttcatgcacttcaataaaagaagatttcttacaatacaccgcaacatccata 22657124  T
Q  703 tttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaacta 802  Q
    ||||||||||| || ||||||||||  || ||||||| ||||   | |||| |||  || ||||||||||||  |  ||||||||| |||||||| || |    
T  22657125 tttcttgttgtaataaatatcttactcccatttttatgatcaccaacagcatattcaatctcatcccaaaaacttttgttccatacatcatcaaacacaa 22657224  T
Q  803 taacataccttttttcctgcaagta 827  Q
     ||||||||| |||| |||||||||    
T  22657225 aaacatacctctttttctgcaagta 22657249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 597 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 21937666 - 21937396
Alignment:
Q  597 gaatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaaca 696  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||| || ||  |||   |||||||  ||||||||||| |||||||       ||||    
T  21937666 gaatgccttcttattgaacaactccaaagattgttcatgagttaaacattgcaactcaagaacttcaatgaaagaagattttttacaagacaccacaaca 21937567  T
Q  697 tccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaa 796  Q
    || ||  | |||||||| || |||||| |||  || |||||| |||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||   |||| || |||||||    
T  21937566 tcaattatccttgttgttataaatatcctacttccatttttactatcaattccagcaaattcgatatcatcccaaaaatgtagactccaaacatcatcaa 21937467  T
Q  797 aaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttga 867  Q
    | || ||||| ||||| |||    |||||||||| || | |||||| | ||||||| |||||| |||||||    
T  21937466 acacgataacgtacctctttcttcgcaagtagtttctaatttcatccatcaatgaccctcgatccatttga 21937396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 36 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 21938239 - 21937893
Alignment:
Q  36 tgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgcatgg 135  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| |||  |||  |||| || || |||| |||||||||| | || || |||  ||||||||||||||   || |     
T  21938239 tgataggcgccgaactattccacttaaggatctttgtccatcatcactgatatgcttgcaaaaattaaaatcctcatctttttcaaggatcatatcacgt 21938140  T
Q  136 actagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctg 235  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||| ||| | |||||||| |||| |||   |||||| ||||  | ||||   ||||| ||||||| |||||| ||||    
T  21938139 attagatcatgaacacgacaacctttagctttgccatcaattctaagtgaggatacttgaaccaggcttctatgtatcaactctgttagatatccctctg 21938040  T
Q  236 caacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttcaggata 335  Q
    | || |||||||  || ||| |  | || || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | | | ||||    || |  | || |||| |||||    
T  21938039 ccacttcttccatagtctttcccttttcctccttcacaaatccttcagctatccattgtcgaatgactctctttggtctaatttcaaaatcttctggata 21937940  T
Q  336 taatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcat 382  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  21937939 tactccaaaatacaacaagcatgacttgagatagtaaggcaaatcat 21937893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 22180506 - 22180157
Alignment:
Q  33 tattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgca 132  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||||| |||   ||  |||| || ||||||| |||||||||| | || || |||  ||||| ||||||||   ||    
T  22180506 tattgataggcgccgaactattccacttaaggatatctgtccatcatcactaatatgcttgcaaaaattaaaatcctcatttttttgaaggatcatatca 22180407  T
Q  133 tggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccat 232  Q
     | | |||||||||||||| ||||| ||| ||| | |||||||| ||||  |||  |||||| ||||  | ||||  |||||| ||||||| |||||| |    
T  22180406 cgtattagatcatgaacacgacaacctttagctttgccatcaattctaagcgaagatacttgaaccaggcttctatggatcaactctgttagatatccct 22180307  T
Q  233 ctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttcagg 332  Q
    |||| || ||||||| ||||||| |  | || || ||||| || |||||||| |||||||  ||| | | | | || |    ||||  | || | || ||    
T  22180306 ctgccacttcttccattgtttttcccttttcctccttcacaaacccttcagctatccattttcgagttactctcttcgatttaacttcataatcctctgg 22180207  T
Q  333 atataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcat 382  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22180206 atatactccaaaatacaacaaacatgacttgagatagtaaggcaaatcat 22180157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 22116067 - 22115825
Alignment:
Q  140 gatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgcaac 239  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||| | |||||||| ||||  |||  |||||| |||| || ||||  |||||| ||||||| |||||| ||||| ||    
T  22116067 gatcatgaacacgacaacctttagctttgccatcaattctaagcgaagatacttgaaccatacttctatggatcaactctgttatatatccctctgccac 22115968  T
Q  240 atcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttcaggatataat 339  Q
     || ||||  || ||| | || || || ||||| || |||||||| |||||||| ||| | | | | ||||    ||||  | || |||| || |||| |    
T  22115967 ttcatccatagtctttcccctttcctccttcacaaacccttcagctatccattgtcgagtgattctctttgatttaacttcaaaatcttctgggtatact 22115868  T
Q  340 ccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcat 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22115867 ccaaaatacaacaaacatgacttgagatagtaaggcaaatcat 22115825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 693 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 22179834 - 22179660
Alignment:
Q  693 aacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtca 792  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||  || |||||| |||||||   |||| |||  | ||||||||||||| ||   ||||| || |||    
T  22179834 aacatccatgttccttgttgttattaatatcttacttccatttttactatcaattgcagcagattcaacatcatcccaaaaaagttcattccaaacatca 22179735  T
Q  793 tcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttga 867  Q
    ||||| || | ||  ||| |   |||||||||||| || |||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||    
T  22179734 tcaaatacgacaatgtacttcgattcctgcaagtaatttctcacttcattagtcaatgactcccgattcatttga 22179660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 904 - 969
Target Start/End: Original strand, 22615521 - 22615587
Alignment:
Q  904 aaacttgtgcaacatgtccctcagcatcc-ttctatattgtatgattgagacactctgatccataca 969  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22615521 aaacttgcgcaacatgtccctcaacaacccttctatactgtatgattgagacactgtgatccataca 22615587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 22053690 - 22053446
Alignment:
Q  138 tagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgca 237  Q
    |||||||||||||| ||| | ||| ||| | |||||||| |||| ||||  |||||| ||||  | ||||  |||||| |||| ||||||||| |||||     
T  22053690 tagatcatgaacacgacatcctttagctttgccatcaattctaagtgaagatacttgaaccaggcttctatggatcaactctgataaatatccttctgcc 22053591  T
Q  238 acatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaatatatttgtaggaactatacaaccttcaggatata 337  Q
    || |||||||| || ||  |  | || || ||||| || ||||| || |||||||| ||||||| |   |||| |  ||||  | || |||| |||||||    
T  22053590 acttcttccaaagtcttccccttttcctccttcacaaacccttctgctatccattgtcgaatcactcgctttgaattaacttcataatcttctggatata 22053491  T
Q  338 atccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcat 382  Q
     ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  22053490 ctccaaaatacaacaagcatgactcgagatagtaaggcaaatcat 22053446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 597 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 22187501 - 22187424
Alignment:
Q  597 gaatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaaga 674  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||  || |||||||| ||| |||| |||||||||    
T  22187501 gaatgccttcttattgaacaactccaaagattgttctagagataaaggttgcagttcatgcacctcaataaaagaaga 22187424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 326 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 22028796 - 22028740
Alignment:
Q  326 cttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcat 382  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  22028796 cttctggatatactccaaaatacaacaagcatggcttgagatagtaaggcaaatcat 22028740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 326 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 22035313 - 22035257
Alignment:
Q  326 cttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcat 382  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  22035313 cttctggatatactccaaaatacaacaagcatggcttgagatagtaaggcaaatcat 22035257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 326 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 22105504 - 22105448
Alignment:
Q  326 cttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcat 382  Q
    |||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22105504 cttctggatatactccaaagtacaacaagcatgacttgagatagtaaggcaaatcat 22105448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 326 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 22187784 - 22187728
Alignment:
Q  326 cttcaggatataatccaaaatacaacaaacatgacttgagatcgtaagacaaatcat 382  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  22187784 cttctggatatactccaaaatacaacaagcatggcttgagatagtaaggcaaatcat 22187728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 138 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 21931405 - 21931295
Alignment:
Q  138 tagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgca 237  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||| | |||||||| |||| ||||  |||||| || |  | ||||  |||||| |||||||||||||| |||||     
T  21931405 tagatcatgaacacgacaacctttagctttgccatcaattctaagtgaagatacttgaacgaggcttctatggatcaactctgttaaatatccttctgcc 21931306  T
Q  238 acatcttccaa 248  Q
    || ||||||||    
T  21931305 acttcttccaa 21931295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 604 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 22028506 - 22028436
Alignment:
Q  604 ttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaaga 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||  || |||||||| ||| |||| |||||||||    
T  22028506 ttcttattgaacaactccaaagattgttctagagataaaggttgcagttcatgcacctcaataaaagaaga 22028436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 93 - 227
Target Start/End: Original strand, 22614708 - 22614842
Alignment:
Q  93 gcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactact 192  Q
    |||||||||||| || | | ||||||||| |||||   || | | |||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||| |||| |||   | |    
T  22614708 gcaaaaacttaaatccttaaatttttcaaagatcatcacacgtaatagatcatgaacacgacaacttttaacttttccatcaatattaatcgaagagatt 22614807  T
Q  193 tgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaata 227  Q
    |||||||||| |||| | ||||| |||| ||||||    
T  22614808 tgcaccaaacttctattaatcaactctgataaata 22614842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 217 - 303
Target Start/End: Original strand, 22628096 - 22628182
Alignment:
Q  217 tctgttaaatatccatctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatcaat 303  Q
    |||||||||||||| ||||  || ||||| || |||||| | || || |||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  22628096 tctgttaaatatccttctgtgacttcttcgaaagtttttcccctttcttctttcacaaatccttcagctatcaattgtcgaatcaat 22628182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 3e-23; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 29 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 34990310 - 34990046
Alignment:
Q  29 ttgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaa 128  Q
    ||||||||||||||||||  |   | |||||||||||||| || || || ||  | | || ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||     
T  34990310 ttgctattgataggcgtctgatagttccacttaaagatgaatgatcgtcatcattgaaatgcttgcaaaaacttaaatcctcacacttttcaaggatcat 34990211  T
Q  129 tgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatat 228  Q
       ||| |  ||||||||||||||||||||| | | | |||||||||| |||| |||   |||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||    
T  34990210 catatgtatcagatcatgaacacaacaacttctagtttttccatcaatgctaactgaggatacttgcaccaaacttctacgaatcaactctgttaaatat 34990111  T
Q  229 ccatctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattg 293  Q
    |  ||| |||| |||||||| || ||  | || || |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  34990110 ctttcttcaacttcttccaaagtcttcccactttcctctttcacaaacccttcagctatccattg 34990046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 29 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 34976464 - 34976245
Alignment:
Q  29 ttgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaa 128  Q
    |||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||| ||  |||| ||  | | || ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||     
T  34976464 ttgctattgataggcgtctaatagttccacttaaagatgaatgaccatcttcattgaaatgcttgcaaaaacttaaatcctcacacttttcaaggatcat 34976365  T
Q  129 tgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatat 228  Q
       | | |  ||||||||||||||||||||||| |   |||||||||| |||| |||   |||||||||||||| || ||  ||||| ||||||||||||    
T  34976364 catacgtatcagatcatgaacacaacaacttttaggctttccatcaattctaactgaggatacttgcaccaaacttcgacgaatcaactctgttaaatat 34976265  T
Q  229 ccatctgcaacatcttccaa 248  Q
    || | |||||| ||||||||    
T  34976264 ccttttgcaacttcttccaa 34976245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 29 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 34983575 - 34983356
Alignment:
Q  29 ttgctattgataggcgtcgaaccatcccacttaaagatgattggtcatcctcgctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaa 128  Q
    |||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||| ||  |||| ||  | | || ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||     
T  34983575 ttgctattgataggcgtctaatagttccacttaaagatgaatgaccatcttcattgaaatgcttgcaaaaacttaaatcctcacacttttcaaggatcat 34983476  T
Q  129 tgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatat 228  Q
       | | |  ||||||||||||||||||||||| |   |||||||||| |||| |||   |||||||||||||| || ||  ||||| ||||||||||||    
T  34983475 catacgtatcagatcatgaacacaacaacttttaggctttccatcaattctaactgaggatacttgcaccaaacttcgacgaatcaactctgttaaatat 34983376  T
Q  229 ccatctgcaacatcttccaa 248  Q
    || | |||||| ||||||||    
T  34983375 ccttttgcaacttcttccaa 34983356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 598 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 34989729 - 34989500
Alignment:
Q  598 aatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacat 697  Q
    |||| ||||||||||||||| || |  |||||||||||||  ||   ||  ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||    | | |||||    
T  34989729 aatgccttcttattgaacaaatcaattgattgttcttcagttaatggttgtagttcatgcacttcaataaatgaagatttcttacaatacatggcaacat 34989630  T
Q  698 ccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaa 797  Q
    || | |||||||| || || |||||||||| ||| |||||||||||| ||| | || |||  || ||||||||||||  |  ||||||||| ||||||||    
T  34989629 ccttatttcttgtggtaataaatatcttactaccatttttattatcactcacaacatattcaatctcatcccaaaaacttgtgttccatacatcatcaaa 34989530  T
Q  798 aactataacataccttttttcctgcaagta 827  Q
     || | ||||||||| |||| |||||||||    
T  34989529 cacaaaaacatacctctttttctgcaagta 34989500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 139 - 301
Target Start/End: Original strand, 2304969 - 2305131
Alignment:
Q  139 agatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaactacttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgcaa 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| |||| |||   |||||||||||||| || ||  ||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  2304969 agatcatgaacacaacaacttttagattttccatcaatgctaactgaggatacttgcaccaaacttcgacgaatcaactctgataaatatccttctgcaa 2305068  T
Q  239 catcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatccattgccgaatca 301  Q
    | |||||||| || ||  | || || || ||||| || |||||||| ||||| || |||||||    
T  2305069 cttcttccaaagtcttcccactttcctccttcacaaacccttcagctatccactgtcgaatca 2305131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 649 - 827
Target Start/End: Original strand, 2305490 - 2305668
Alignment:
Q  649 agttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatca 748  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    | | ||||||||| |||||||| || || |||||||||| ||| ||||||| |||| |||    
T  2305490 agttcatgcacttgaataaaagaagatttcttacaatatatggcaacatccatatttcttgtggtaataaatatcttactaccatttttatgatcactca 2305589  T
Q  749 tagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagta 827  Q
    ||||| |||  || ||||||||||||  |  ||||||||| | |||||| || | ||||||||| || | |||||||||    
T  2305590 tagcatattcaatctcatcccaaaaacttgtgttccatacattatcaaacacaaaaacatacctcttattctgcaagta 2305668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 721 - 865
Target Start/End: Complemental strand, 34980551 - 34980407
Alignment:
Q  721 atcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcct 820  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| ||| | || |||  || ||||||||||||  |  ||||||||| |||||||| || | ||||||||| |||| ||    
T  34980551 atcttactaccatttttattatcactcacaacatattcaatctcatcccaaaaacttgtgttccatacatcatcaaacacaaaaacatacctctttttct 34980452  T
Q  821 gcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcattt 865  Q
    ||||||| || ||||  |||| || |||||  ||||||| |||||    
T  34980451 gcaagtaatttctcaactcataaatcaatgcatctcgatccattt 34980407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 720 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 34975772 - 34975665
Alignment:
Q  720 tatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcc 819  Q
    |||||||| ||| |||||||||||| ||| | || |||  || ||||||||||||  |  ||||||||| |||||||| || | ||||||||| |||| |    
T  34975772 tatcttactaccatttttattatcactcacaacatattcaatctcatcccaaaaacttgtgttccatacatcatcaaacacaaaaacatacctctttttc 34975673  T
Q  820 tgcaagta 827  Q
    ||||||||    
T  34975672 tgcaagta 34975665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000006; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 774 - 969
Target Start/End: Original strand, 29610697 - 29610899
Alignment:
Q  774 atgtaagttccatacgtcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaac---caatgactctcgattcatttgatga 870  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||| ||  |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||   | | |||||||| | |||||||  |    
T  29610697 atgtaagttccatacatcgtcaaacactacaaggtaccttttctcctgcaagtaatttctcacttcatcgactaacgacgactctcgctccatttgagaa 29610796  T
Q  871 atactttgggggagat-tgctccttgttgttcgt--aaacttgtgcaacatgtccctcagc-atccttctatattgtatgattgagacactctgatccat 966  Q
    |||||||| ||  |||   |||| | ||||| ||  |||||| | ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  29610797 atactttgaggaggatcatctcccttttgtttgtaaaaacttctccaacatgccccttagcaatccttctatattgtatgattgtgatactgtgatccat 29610896  T
Q  967 aca 969  Q
    |||    
T  29610897 aca 29610899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 760 - 797
Target Start/End: Original strand, 29604805 - 29604842
Alignment:
Q  760 atatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtcatcaaa 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  29604805 atatcatcccaaaaatgtaagttccatacatcgtcaaa 29604842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 82 - 156
Target Start/End: Original strand, 872150 - 872224
Alignment:
Q  82 ctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaa 156  Q
    ||||||| |||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||| ||||    
T  872150 ctaatatgcttgcaaaaatttaaatcctcaaatttttcaaggatcaaatcatgtagtagatcatgaacacgacaa 872224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 693 - 867
Target Start/End: Original strand, 872774 - 872948
Alignment:
Q  693 aacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtca 792  Q
    ||||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | | ||||||  |||||||||  |||||||| | |||| |  |||    
T  872774 aacattcatgttcattgctgtgataaatatcttacttccctttttattatcaattacaacaaattcaatatcatccataaaatgtacgctccaaaaatca 872873  T
Q  793 tcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttga 867  Q
    | ||| || | ||| ||  | |||| ||||||||| || |||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||    
T  872874 ttaaacacaacaacgtatgtcttttgctgcaagtaatttctcacttcattagtcaatgacactcgatccatttga 872948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 82 - 156
Target Start/End: Original strand, 1233427 - 1233501
Alignment:
Q  82 ctaatattcttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaa 156  Q
    ||||||| |||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||| ||||    
T  1233427 ctaatatgcttgcaaaaatttaaatcctcaaatttttcaaggatcaaatcatgtagtagatcatgaacacgacaa 1233501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 693 - 867
Target Start/End: Original strand, 1234051 - 1234225
Alignment:
Q  693 aacatccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaaccctttttattatcaatcatagcaaatttgatatcatcccaaaaatgtaagttccatacgtca 792  Q
    ||||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | | ||||||  |||||||||  |||||||| | |||| |  |||    
T  1234051 aacattcatgttcattgctgtgataaatatcttacttccctttttattatcaattacaacaaattcaatatcatccataaaatgtacgctccaaaaatca 1234150  T
Q  793 tcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttga 867  Q
    | ||| || | ||| ||  | |||| ||||||||| || |||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||    
T  1234151 ttaaacacaacaacgtatgtcttttgctgcaagtaatttctcacttcattagtcaatgacactcgatccatttga 1234225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 90 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 40580966 - 40580766
Alignment:
Q  90 cttgcaaaaacttaattcttcacatttttcaaggatcaatgcatggactagatcatgaacacaacaactttttgctcttccatcaatactaattgaaact 189  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||    | | |  | ||| |||||| |||||||||| | | |||||||||| ||||||||   |    
T  40580966 cttgcaaaaacttaattcctcacacttttcatggatcatcatacgtatcaaatcgtgaacaaaacaacttttagtttttccatcaattctaattgaggat 40580867  T
Q  190 acttgcaccaaacctctactgatcaaatctgttaaatatccatctgcaacatcttccaatgtttttacgctatcatctttcacgaatccttcagccatcc 289  Q
    |||||||||||||  | ||  ||||| || ||||||||| | || ||||| |||||||| || ||| | || || || ||||| || |||||||| ||||    
T  40580866 acttgcaccaaactacgacgaatcaactcagttaaatatacttcagcaacttcttccaaagtctttccactttcctccttcacaaacccttcagctatcc 40580767  T
Q  290 a 290  Q
    |    
T  40580766 a 40580766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1439 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold1439
Description:

Target: scaffold1439; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 598 - 737
Target Start/End: Original strand, 1547 - 1686
Alignment:
Q  598 aatgtcttcttattgaacaactccaaagattgttcttcagccaaacctttcagttcatacacttcaacaaaagaagatttcttacaagcatttgaaacat 697  Q
    |||| ||||||||| ||||| || || |||| ||||||||  |||  ||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||      | |||||    
T  1547 aatgccttcttattaaacaaatcaaatgatttttcttcagttaaaggttgtagttcatgcacttcaataaaagaagatttcttacaatacacagcaacat 1646  T
Q  698 ccatgtttcttgttgtgattaatatcttacaacccttttt 737  Q
    |||| |||||||| || || |||||||||| ||| |||||    
T  1647 ccatatttcttgtggtaataaatatcttactaccattttt 1686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University