View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1757-Insertion-2 (Length: 1016)

Name: NF1757-Insertion-2
Description: NF1757
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1757-Insertion-2
NF1757-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-991)||(45843526-45844512)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 932; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 932; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 991
Target Start/End: Original strand, 45843526 - 45844512
Alignment:
Q  8 aagctaaggggcaacctgaatttatttacatagttgcttgaaaacaataatcactgaaatggaaaaacagaatgtgaaaaacatgtagatcaagaacagc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45843526 aagctaaggggcaacctgaatttatttacatagttgcttgaaaacaataatcactgaaatggaaaaacagaatgtgaaaaaaatgtagatcaagaacagc 45843625  T
Q  108 ccactttttccaacactgacttgacaacatcgttcacgaagacatgaaagcattgccggcaacaattgggcattaaattagacttctgaaactgaatatg 207  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45843626 ccactttttccaacattgacttgacaacatcgttcacgaagacatgaaagcattgccggcaacaattgggcattaaattagacttctgaaactgaatatg 45843725  T
Q  208 gtcagtatggctgcatactgagttcgaggagtatatattagacttttgctgctcggaatggcaagcagccaagatggtatgggtggcttgccttgcaact 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45843726 gtcagtatggctgcatactgagttcgaggagtatatattagacttttgctgctcggaatggcaagcagccaagatggtatgggtggcttgccttgcaact 45843825  T
Q  308 accttgaaggtttcgacacctgcgtgacaaacaactgcatgtaaaatactttcattcaattaaaaggctattatatgcatgctaatgaatggaaatatga 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  45843826 accttgaaggtttcgacacctgcgtgacaaacaactgcatgtaaaatactttcattcaattaaaaggctattatatgcatgctaatgaatggacatatga 45843925  T
Q  408 gtattcagcgataacatggataagctaaatgttcgatgcacataccaaatgagtttatctagtgaccacaaatagattgtaaaagtgtgtgttaaacatt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  45843926 gtattcagcgataacatggataagctaaatgttcgatgcacataccaaatgagtttatctagtgaccacaaatagattgcaaaattgtgtgttaaacatt 45844025  T
Q  508 tatctataaatattatagccaacaatgatcatgtaaatatgcaggggaaaataaatttcacaatgaattagtattacctaattgtttattgatagctagg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45844026 tatctataaatattatagccaacaatgatcatgtaaatatgcaggggaaaataaatttcacaatgaattagtattacctaattgtttgttgatagctagg 45844125  T
Q  608 caattcaaatttagtttaacaagagactggatctccgtttttgcatcttcggtattttttgtgattccattcccgaagcttttagccaagctcttttctt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45844126 caattcaaatttagtttaacaagagactggatctctgtttttgcatcttcggtattttttgtgattccattcccgaagcttttagccaagctcttttctt 45844225  T
Q  708 tattgaaaatatccacatctttattagaggcgaacacactgccagattttctacttgagggtgccaaacctactgaagttaccaagtaagcagactgcct 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45844226 tattgaaaatatccacatctttattagaggcgaacacgctgccagattttctacttgagggtgccaaacctactgaagttaccaagtaagcagactgcct 45844325  T
Q  808 ttgttccttcgcggcatttctttcattgtgacagggagctctgtgtgtactagtatggaccttactgggcaatggaagttccctgtatccttctaaacga 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45844326 ttgttccttcgcggcatttctttcattgtgacagggagctctgtgtgtactagtatggaccttactgggcaatggaagttccctgtatccttctaaacga 45844425  T
Q  908 gtattatggtttctc-aatgttgtatcttctcctcacacaagaccctactttgccttttctctcc--acatcggagaacgatggttt 991  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  45844426 gtattatggtttctcaaatgttgtatcttctcctcacacaagaccctactttgccttttctctcccaacatcggagaccgatggttt 45844512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University