View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17570_high_2 (Length: 517)

Name: NF17570_high_2
Description: NF17570
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17570_high_2
NF17570_high_2
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (4-500)||(32001481-32001974)
chr4 (4-500)||(31942522-31943015)
chr4 (127-336)||(32004565-32004779)
chr4 (4-112)||(32004889-32004999)
chr4 (335-438)||(32004254-32004361)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 32001974 - 32001481
Alignment:
Q  4 agaagaagctaaggtaacaactaagacgtgttttttggtccaaatgaagccgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactccc 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32001974 agaagaagctaaggtaacaactaagacgtgttttttggtccaaatgaagccgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactccc 32001875  T
Q  104 tatagccaaacagctactatagctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcattaaccaaacc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32001874 tatagccaaacagctactatagctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcattaaccaaacc 32001775  T
Q  204 aagtatgctattccaataatgcttattctcctcgagattcacgttatacatcatgcttccatccaaattttcc---tgattaccaccctcaagaacttga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||    
T  32001774 aagtatgctattccaataatgcttattctcctcgagattcacgttacatatcatgcttccatccaaattttcctgatgatcaccaccctcaagaacttga 32001675  T
Q  301 agaacatttgttgaaataggaggggtgttaatattattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatcatcttgctgaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32001674 agaacatttgttgaaataggaggggtgttaatattattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatcatcttgctgaa 32001575  T
Q  401 agttcaacatagtgttattgttatcatgaccatgaccatgaccaacttctgtgttatgcttagttaaattgaattgtttccatatctcatcatcatcatc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32001574 agttcaacatagtgttattgttat------catgaccatgaccaccttctgtgttatgcttagttaaattgaattgtttccatatctcattatcatcatc 32001481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 31943015 - 31942522
Alignment:
Q  4 agaagaagctaaggtaacaactaagacgtgttttttggtccaaatgaagccgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactccc 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943015 agaagaagctaaggtaacaactaagacgtgttttttggtccaaatgaagccgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactccc 31942916  T
Q  104 tatagccaaacagctactatagctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcattaaccaaacc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31942915 tatagccaaacagctactatagctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcattaaccaaacc 31942816  T
Q  204 aagtatgctattccaataatgcttattctcctcgagattcacgttatacatcatgcttccatccaaattttcc---tgattaccaccctcaagaacttga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||    
T  31942815 aagtatgctattccaataatgcttattctcctcgagattcacgttacaaatcatgcttccatccaaattttcctgatgatcaccaccctcaagaacttga 31942716  T
Q  301 agaacatttgttgaaataggaggggtgttaatattattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatcatcttgctgaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31942715 agaacatttgttgaaataggaggggtgttaatattattatcaaaaccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatcatcttgctgaa 31942616  T
Q  401 agttcaacatagtgttattgttatcatgaccatgaccatgaccaacttctgtgttatgcttagttaaattgaattgtttccatatctcatcatcatcatc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31942615 agttcaacatagtgttattgttat------catgaccatgaccaccttctgtgttatgcttagttaaattgaattgtttccatatctcataatcatcatc 31942522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 127 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 32004779 - 32004565
Alignment:
Q  127 tagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcattaaccaaaccaagtatgctattccaataatgct 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32004779 tagctagctagctctacctatgatctatagcttcattatagcataatgttcaaatcatgagattcattaaccaaaccaagt-tgctattccaataatgct 32004681  T
Q  227 tattctcctcgagattcacgttatacatcatgcttccatccaaattttcctgattaccaccctcaag------aacttgaagaacatttgttgaaatagg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||      ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  32004680 tattctcctcgagattcacgttacacatcatgcttccatccaaattttcctgatcactaccctcaagaaatttaacttcaagaatatttgttgaaatagg 32004581  T
Q  321 aggggtgttaatatta 336  Q
    ||| || |||||||||    
T  32004580 aggtgtattaatatta 32004565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 4 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 32004999 - 32004889
Alignment:
Q  4 agaagaagctaaggtaacaactaagacgtgttttttg--gtccaaatgaagccgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactc 101  Q
    |||||| |||||||||||||| || | ||  ||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32004999 agaagaggctaaggtaacaaccaataagttatttttgttgtcaaaatgaagtcgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactc 32004900  T
Q  102 cctatagccaa 112  Q
    |||||||||||    
T  32004899 cctatagccaa 32004889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 335 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 32004361 - 32004254
Alignment:
Q  335 tattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccaca------gccgccataatatcatcatcttgctgaaagttcaacatagtgttattgttatcatg 428  Q
    |||||||||||||||| | || ||||||||||||||||      ||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  32004361 tattatcaaatccaccacatgatctaaatgcttccacatgtaatgccgccataatataattatcttgctgaaagttcaac--agtgttattgttatcatg 32004264  T
Q  429 accatgacca 438  Q
    | ||||||||    
T  32004263 atcatgacca 32004254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University