View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17574_high_4 (Length: 613)

Name: NF17574_high_4
Description: NF17574
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17574_high_4
NF17574_high_4
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (19-613)||(38085512-38086103)
chr1 (283-522)||(38155614-38155853)
chr1 (247-513)||(38142277-38142539)
chr1 (310-510)||(38110714-38110914)
chr1 (319-522)||(38090586-38090789)
chr1 (19-173)||(38156064-38156218)
chr1 (19-173)||(38111769-38111923)
chr1 (56-165)||(38091537-38091646)
chr1 (19-173)||(38142750-38142904)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (53-153)||(45891705-45891805)
chr7 (310-504)||(45892272-45892466)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (91-144)||(52433379-52433432)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 38086103 - 38085512
Alignment:
Q  19 atctgatccatctacaagttctaaggtcacttccacttttcaacaagcttctcaacatggtttaaatgtaggaagaacatgggctttcaatgatggaggt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38086103 atctgatccatctacaagttctaaggtcacttccacttttcaacaagcttctcaacatggtttaaatgtaggaagaacatgggctttcaatgatggaggt 38086004  T
Q  119 tataaagctcttcaaatctctcctggttcttatgatgaaaatgttttcaaggtaannnnnnnnnnnnngagaacttgctctannnnnnngacaaaatttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||       |||||||||||    
T  38086003 tataaagctcttcaaatctctcctggttcttatgatgaaaatgttttcaaggtaattttttttttt---agaacttgctctatttttttgacaaaatttt 38085907  T
Q  219 tgaaaatgtgtagtcattccacgatatgtttttcatcattttctattttactcactggatttaattttcgttgaatacttacatttgtacataggcattg 318  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38085906 tgaaaatgtgtagtcattccactatatgtttttcatcattttctattttactcactggatttaattttcgttgaatacttacatttgtacataggcattg 38085807  T
Q  319 gattttgtgatatcagaggcaagcaaatatggagtgaaacttatacttagcttggtgaataattggaatgattttggaggcaagaacaaatatgtgcagt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38085806 gattttgtgatatcagaggcaagcaaatatggagtgaaacttatacttagcttggtgaataattggaatgattttggaggcaagaacaaatatgtgcagt 38085707  T
Q  419 gggcaaaagaacgtggtcaaaatatcaaaaacgatgatgacttctttacacaccccgttgttaagcaatactacaaaaatcatgttaaggtatcaaaatt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38085706 gggcaaaagaacgtggtcaaaatatcaaaaacgatgatgacttctttacacaccccgttgttaagcaatactacaaaaatcatgttaaggtatcaaaatt 38085607  T
Q  519 ctttcaaattatatcttgaattaccactgtaaatatatatatagttattgttaatatacaaaattcatgttaaggtaccatcattctttaattct 613  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38085606 ctttcaaattatatcttgaattagcactgtaaatatatatatagcgattgttaatatacaaaattcatgttaaggtaccataattctttaattct 38085512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 283 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 38155853 - 38155614
Alignment:
Q  283 ttttcgttgaatacttacatttgtacataggcattggattttgtgatatcagaggcaagcaaatatggagtgaaacttatacttagcttggtgaataatt 382  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  38155853 ttttcgttgaatacttgcatgtgtatgtagggtttggattttgtgatatcagaggcaagaaaatatggagtgaaacttatactgagcttagtgaataatt 38155754  T
Q  383 ggaatgattttggaggcaagaacaaatatgtgcagtgggcaaaagaacgtggtcaaaatatcaaaaacgatgatgacttctttacacaccccgttgttaa 482  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||||   ||||  |||||||    
T  38155753 ggaatgattttggaggcaaaaagaaatatgtgcagtgggcaagagaacgtggtcaaaatgtcaaaattgaagatgacttctttattaaccctcttgttaa 38155654  T
Q  483 gcaatactacaaaaatcatgttaaggtatcaaaattcttt 522  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  38155653 gcaatactacaaaaacaatgttaaggtatcataattcttt 38155614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 247 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 38142539 - 38142277
Alignment:
Q  247 tttttcatcattttctattttactcactggatttaattttcgttgaatacttacatttgtacataggcattggattttgtgatatcagaggcaagcaaat 346  Q
    |||| |||||||||| ||||||||  ||||||||    ||||||||||| || ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38142539 ttttacatcattttcaattttacttgctggattt----ttcgttgaatatttgcatgtgtacgtagggattggattttgtgatatcagaggcaaacaaat 38142444  T
Q  347 atggagtgaaacttatacttagcttggtgaataattggaatgattttggaggcaagaacaaatatgtgcagtgggcaaaagaacgtggtcaaaatatcaa 446  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  38142443 atggagtgaaacttatactgagcttagtgaataattggaatgattttggaggcaaaaagaaatatgtgcagtgggcaagagaacgtggtcaaaatgtcaa 38142344  T
Q  447 aaacgatgatgacttctttacacaccccgttgttaagcaatactacaaaaatcatgttaaggtatca 513  Q
    ||  || |||||||||||||   | ||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  38142343 aattgaagatgacttctttattaatcctcttgttaagcaatactacaaaaacaatgttaaggtatca 38142277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 310 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 38110914 - 38110714
Alignment:
Q  310 taggcattggattttgtgatatcagaggcaagcaaatatggagtgaaacttatacttagcttggtgaataattggaatgattttggaggcaagaacaaat 409  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||| |||  ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||  | ||||    
T  38110914 tagggattagattttgtgatatcagagtcaaaaaaatacggagtgcaacttatacttggcttggtgaataattggaatgctttgggaggaaaacataaat 38110815  T
Q  410 atgtgcagtgggcaaaagaacgtggtcaaaatatcaaaaacgatgatgacttctttacacaccccgttgttaagcaatactacaaaaatcatgttaaggt 509  Q
    |||| || ||||||| ||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38110814 atgtacaatgggcaagagaacgtggtcaacatgtcaaaagcgacgatgacttctttacacatcccgttgttaagcaatactacaaaaaccatgttaaggt 38110715  T
Q  510 a 510  Q
    |    
T  38110714 a 38110714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 319 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 38090789 - 38090586
Alignment:
Q  319 gattttgtgatatcagaggcaagcaaatatggagtgaaacttatacttagcttggtgaataattggaatgattttggaggcaagaacaaatatgtgcagt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |    
T  38090789 gattttgtgatatcagaggcaagcaaatatggagtgaaattgatactaagcttagccaataattggaataattttggaggcaaaaacaaatatgttcaat 38090690  T
Q  419 gggcaaaagaacgtggtcaaaatatcaaaaacgatgatgacttctttacacaccccgttgttaagcaatactacaaaaatcatgttaaggtatcaaaatt 518  Q
    |||||| |||||  ||||| || || ||||| || || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||    
T  38090689 gggcaagagaacacggtcataacataaaaaatgacgacgacttctttacacaccctcttgttaagcaatactacaaaaatcatgttaaagtaccataatt 38090590  T
Q  519 cttt 522  Q
    ||||    
T  38090589 cttt 38090586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 38156218 - 38156064
Alignment:
Q  19 atctgatccatctacaagttctaaggtcacttccacttttcaacaagcttctcaacatggtttaaatgtaggaagaacatgggctttcaatgatggaggt 118  Q
    |||||| |||||||||||    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  38156218 atctgacccatctacaagggtcaaggtcacgtccaattttcaacaagcttctcaacatggtttaaatgtgggaagaacatgggctttcaacgatggagat 38156119  T
Q  119 tataaagctcttcaaatctctcctggttcttatgatgaaaatgttttcaaggtaa 173  Q
    | |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38156118 tctaaacctcttcaaatttctcctggttcttatgatgaaaatgtcttcaaggtaa 38156064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 38111923 - 38111769
Alignment:
Q  19 atctgatccatctacaagttctaaggtcacttccacttttcaacaagcttctcaacatggtttaaatgtaggaagaacatgggctttcaatgatggaggt 118  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  38111923 atctgacccatctacaagttctaaggtcacttcaaatttccaacaagcttctcgacatggtttaaatgtaggaagaacatgggcttgcaacgatggaggt 38111824  T
Q  119 tataaagctcttcaaatctctcctggttcttatgatgaaaatgttttcaaggtaa 173  Q
    |||||||||||||| |||||||||||    || ||||||||||| |||| |||||    
T  38111823 tataaagctcttcagatctctcctggcaagtacgatgaaaatgtcttcagggtaa 38111769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 56 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 38091646 - 38091537
Alignment:
Q  56 tttcaacaagcttctcaacatggtttaaatgtaggaagaacatgggctttcaatgatggaggttataaagctcttcaaatctctcctggttcttatgatg 155  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  38091646 tttcaacaagcttcacaacatggtttaaatgtaggaagaacatgggctttcaatgatggaggctataaagcccttcaaatttctcctggtttttatgatg 38091547  T
Q  156 aaaatgtttt 165  Q
    ||| ||||||    
T  38091546 aaactgtttt 38091537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 38142904 - 38142750
Alignment:
Q  19 atctgatccatctacaagttctaaggtcacttccacttttcaacaagcttctcaacatggtttaaatgtaggaagaacatgggctttcaatgatggaggt 118  Q
    |||||| |||||||||||    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  38142904 atctgacccatctacaagggtcaaggtcacgtccaattttcaacaagcttctcaacatggtttaaatgtgggaagaacattggctttcaacgatggagat 38142805  T
Q  119 tataaagctcttcaaatctctcctggttcttatgatgaaaatgttttcaaggtaa 173  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||    || ||||||||||| ||||||||||    
T  38142804 tataaacctcttcagatctctcctggcaagtacgatgaaaatgtcttcaaggtaa 38142750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 53 - 153
Target Start/End: Original strand, 45891705 - 45891805
Alignment:
Q  53 acttttcaacaagcttctcaacatggtttaaatgtaggaagaacatgggctttcaatgatggaggttataaagctcttcaaatctctcctggttcttatg 152  Q
    ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||  | | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  45891705 acttttcaagaagcttcccaaaatggtttaaacttggcaagaacatgggccttcaatgatggaggttataaagctcttcaaatttcacctggttcctatg 45891804  T
Q  153 a 153  Q
    |    
T  45891805 a 45891805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 310 - 504
Target Start/End: Original strand, 45892272 - 45892466
Alignment:
Q  310 taggcattggattttgtgatatcagaggcaagcaaatatggagtgaaacttatacttagcttggtgaataattggaatgattttggaggcaagaacaaat 409  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| ||| | ||  |||||||| |  | ||||| || || ||||||||||||||||||| ||| || || |   |||    
T  45892272 tagggattggattttgtgatttcagaagcagggaagaatggagtgcagttgatactaagtttagtgaataattggaatgattatggtggaaaaagtcaat 45892371  T
Q  410 atgtgcagtgggcaaaagaacgtggtcaaaatatcaaaaacgatgatgacttctttacacaccccgttgttaagcaatactacaaaaatcatgtt 504  Q
    ||||  | ||||| |||||||  |||||||| ||||| || |||||||| ||||    ||| ||  ||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  45892372 atgttaaatgggccaaagaacagggtcaaaacatcaacaatgatgatgatttctacgtacatcctattgttaaacaatattacaaaaaccatgtt 45892466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 144
Target Start/End: Original strand, 52433379 - 52433432
Alignment:
Q  91 aagaacatgggctttcaatgatggaggttataaagctcttcaaatctctcctgg 144  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||  |||||||||    
T  52433379 aagaacatgggctttcagtgatggtggttataaaccccttcaatactctcctgg 52433432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University