View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17574_low_3 (Length: 636)

Name: NF17574_low_3
Description: NF17574
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17574_low_3
NF17574_low_3
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (10-618)||(31605034-31605639)
chr5 (57-615)||(31595270-31595828)
chr5 (112-612)||(31579411-31579911)
chr5 (78-555)||(31563931-31564411)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 571; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 31605639 - 31605034
Alignment:
Q  10 gcacagagacaagcaaattcaaggaaagatagttcttctatagattcgatgacaatttgtttgctggctatgattgctttcacaatatgtgttttacgtc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605639 gcacagagacaagcaaattcaaggaaagatagttcttctatagattcgatgacaatttgtttgctggctatgattgctttcacaatatgtgttttacgtc 31605540  T
Q  110 ccataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatattttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttatt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605539 ccataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatactttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttatt 31605440  T
Q  210 tagtgaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattg 309  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605439 tagtgaggttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattg 31605340  T
Q  310 gaaacaatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatagtggtgctagtttcaaaattttcataattgatgctcgtacctttgcaattgtac 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605339 gaaacaatggtgtcaacaatatttttgccattgtactttctttatagtggtgctagtttcaaatttttcgtaattgatgctcgtacctttgcaattgtac 31605240  T
Q  410 aagttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatgttgccttcaatttattggaagatgccagttaatgatgttctatttttaggact 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605239 aagttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatgttgccttcaatttattcgaagatgccagttaatgatgttctatttttaggact 31605140  T
Q  510 acttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaagattcaatatacccttcttctaattttccattatg 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  31605139 acttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaagattcaatatac---tcttctaattttccattatg 31605043  T
Q  610 tatgtgatt 618  Q
    |||||||||    
T  31605042 tatgtgatt 31605034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 57 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 31595828 - 31595270
Alignment:
Q  57 gatgacaatttgtttgctggctatgattgctttcacaatatgtgttttacgtcccataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaatt 156  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  31595828 gatgacaatttgtttgctagctatgattgccttcacaatatgtgttctacgtcccataatgttgtggatggtaagacaaacacccgaagggcaaccaatt 31595729  T
Q  157 aaagaatcgtacatattttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttatttagtgaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttg 256  Q
    |||||||| ||| || |||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||  || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||    
T  31595728 aaagaatcatacgtactttcggtaattttaatgttattggggtgctcattatttatggaggttattggagaacattttacgcttgggcctgtaattcttg 31595629  T
Q  257 gcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattggaaacaatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatag 356  Q
    || ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |    
T  31595628 gcttggctgtacctgacgggcctccattaggatcagcattgactgaaagattggaaacaatggtgtcaaaaatatttttgccattgtactttcttttttg 31595529  T
Q  357 tggtgctagtttcaaaattttcataattgatgctcgtacctttgcaattgtacaagttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatg 456  Q
    |||||| ||||||||| | ||  |||||||| |||||  ||||| || ||| ||| || |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  31595528 tggtgcaagtttcaaattgtttttaattgattctcgttgctttgtaactgtgcaaattattgctgtatttgcatttttgggaaaggttggtggtactatg 31595429  T
Q  457 ttgccttcaatttattggaagatgccagttaatgatgttctatttttaggactacttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagactt 556  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31595428 ctgccttcaatttatttgaagatgccacttactgatgttctatctttaggactactcatgagttgtcaaggcatcacacaattactttacttgcagactt 31595329  T
Q  557 ctttcaacctttatgtaagattcaatatacccttcttctaattttccattatgtatgtg 615  Q
    || |   |||| | ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  31595328 ctatagcccttgaagtaagattccatatacccttcttttagttttccattatgtatgtg 31595270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 112 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 31579911 - 31579411
Alignment:
Q  112 ataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatattttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttattta 211  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||| |||||||    
T  31579911 ataatgttttggatgataagaaaaacacctgaaggaaaaccaatcaaagaatcatacatattttcagtgtttttaatgatattgggctgctcattattta 31579812  T
Q  212 gtgaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattgga 311  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31579811 gtgaggttattggagaacattatatgattggtcctgtaattttaggtctggctgtacctgatgggcctccattaggatcagcattgactgaaaggttgga 31579712  T
Q  312 aacaatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatagtggtgctagtttcaaaattttcataattgatgctcgtacctttgcaattgtacaa 411  Q
      |||| |||||| |  | || |||||| |||| || |||| || |||||||| |||||| |||||  ||||| || |||||| ||||| ||| || |||    
T  31579711 tgcaattgtgtcagcggttttcttgccattgtatttcctttttaatggtgctaatttcaatatttttctaattaatactcgtagctttgtaatagtgcaa 31579612  T
Q  412 gttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatgttgccttcaatttattggaagatgccagttaatgatgttctatttttaggactac 511  Q
     |||||||| || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  31579611 attgttgctatatttgcatctttggggaaggttgctggaactatgttgccttcaatttattggaagatgccagttactgatgttctatctttaggactac 31579512  T
Q  512 ttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaagattcaatatacccttcttctaattttccattatgta 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| || |  | ||| |||||||| ||| ||||   |||||||| ||||| || |||||    
T  31579511 ttatgagtgctcaaggcatcacacaattgatttacttgcagactgctctatatcttcatgtaagaatcactataattttcttctatttttcaatcatgta 31579412  T
Q  612 t 612  Q
    |    
T  31579411 t 31579411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 78 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 31564411 - 31563931
Alignment:
Q  78 tatgattgctttcacaatatgtgttttacgtcccataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatattttcg 177  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||| |  | ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||| | ||     
T  31564411 tatggttgttttcataatatgtgttcttagacccataatgctttggatggtaagaaaaacaccagaaggaaaaccaatcaaagaatcatacataatgtct 31564312  T
Q  178 gtatttttaatgttattaggctgctcgttatttagtgaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggac 277  Q
    || |||||||||||| | |||||| | ||  |||||||  | || |||||||||| | |  | ||  |||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  31564311 gtgtttttaatgttactcggctgcgcatttgttagtgagttaatcggagaacattatttagtcgggactgttattttcggtatggctgtacctgatggac 31564212  T
Q  278 cgccattaggatcagcattgactgaaagattggaaacaatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatagtggtgctagtttcaaaatttt 377  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||  || | |  |||||| |||| ||||||||||  | |  ||  |||||| | ||    
T  31564211 ctccattaggatcagcattgactgatagattggatacaatggtatcggcattttacttgccattgtattttctttatatggctaataaattcaaattgtt 31564112  T
Q  378 cataattgatgctcgtacctttgcaattgtacaagttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatg---ttgccttcaatttattgg 474  Q
      ||||||| ||||||| ||||  ||| ||||||| | ||||| || |||||  |||||||||| ||| ||| ||||||   ||||||||||||| ||||    
T  31564111 tctaattgacgctcgtagctttttaatagtacaagctattgctataattgcaactttggggaagattgctggaactatgatgttgccttcaattttttgg 31564012  T
Q  475 aagatgccagttaatgatgttctatttttaggactacttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagact 555  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||  | |||||| |  ||||||||||||||    
T  31564011 aagatgccagttagtgatgttctatctttaggactacttatgagtgctaatggacttacacaattcatttacttgcagact 31563931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University