View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17576_low_64 (Length: 238)

Name: NF17576_low_64
Description: NF17576
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17576_low_64
NF17576_low_64
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (12-219)||(9836249-9836456)
chr5 (19-203)||(10588358-10588542)
chr5 (19-187)||(10763061-10763229)
chr5 (19-146)||(10565181-10565308)
chr5 (19-152)||(10652130-10652263)
chr5 (19-142)||(10611868-10611991)
chr5 (19-189)||(7193116-7193286)
chr5 (19-153)||(10559049-10559183)
chr5 (19-152)||(10604900-10605033)
chr5 (19-140)||(10740627-10740748)
chr5 (19-136)||(10660013-10660130)
chr5 (21-146)||(10746945-10747070)
chr5 (21-187)||(10216679-10216845)
chr5 (19-187)||(10581116-10581277)
chr5 (21-189)||(10716870-10717038)
chr5 (19-189)||(19605793-19605963)
chr5 (21-146)||(11048587-11048712)
chr5 (19-126)||(9825258-9825365)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (19-187)||(12899683-12899851)
chr6 (19-187)||(12932392-12932560)
chr6 (19-187)||(12948757-12948925)
chr6 (19-187)||(12958191-12958359)
chr6 (19-187)||(12907303-12907471)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (19-187)||(7406-7574)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-187)||(17923331-17923499)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (21-146)||(31467092-31467217)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (29-183)||(28605740-28605894)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (23-98)||(39875824-39875899)
chr1 (23-98)||(39883947-39884022)
chr1 (23-98)||(39890901-39890976)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 219
Target Start/End: Original strand, 9836249 - 9836456
Alignment:
Q  12 agataattcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9836249 agataagtcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctc 9836348  T
Q  112 acattcacaatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgttctaggacactctgaatccactgtc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9836349 acattcacaatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatggagatatttagtctttgaacaaggttcaatgttctaggatactctgaatccactgtc 9836448  T
Q  212 cagggata 219  Q
    ||||||||    
T  9836449 cagggata 9836456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Original strand, 10588358 - 10588542
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  10588358 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacgttgcttggctttatatcacaatgaaggaccacctgctcacattca 10588457  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgttctaggacactctgaat 203  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||||| ||   |||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||  ||||||||    
T  10588458 tgatgaagataatgtagtgcagaagcaatatcgatagtgatatttaatctatgaacaaggtccaacgttcttggatgctctgaat 10588542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 10763061 - 10763229
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||     
T  10763061 tcttgctattccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattct 10763160  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgtt 187  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||| | ||||||| |||| | |||||||    
T  10763161 cgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgatcaagatccaatgtt 10763229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 10565308 - 10565181
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||  ||||||||     
T  10565308 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggatattgcttggctttagatcacaatgaatgaccaattcttcacattct 10565209  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaa 146  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10565208 ctatgaagataatgtaatgcagaagcaa 10565181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 152
Target Start/End: Original strand, 10652130 - 10652263
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||  || |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10652130 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcgtcatcaagaaggacattacttggctttagatcacaatgaatgaccgcttgctcacattca 10652229  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaa 152  Q
      |||||| ||||||||| |||||||||| ||||    
T  10652230 tgatgaaggtaatgtaatacagaagcaatgtcaa 10652263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 10611991 - 10611868
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||| || ||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  10611991 tcttgctatgccaaaatcactcacatgtgcaaccatatcatcatcaagtaggacattgcttggctttatatcacaatgaaggaccaattgctcacattca 10611892  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaa 142  Q
      ||||||||||||||||||||||    
T  10611891 ttatgaagataatgtaatgcagaa 10611868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 7193286 - 7193116
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  ||||||||||| | |||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  7193286 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaatgatcgattgctcacattca 7193187  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgttct 189  Q
      |||||| ||||||||| || | ||||||||||    |||||| ||||||||| |||||| ||| |||||    
T  7193186 agatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaacgttct 7193116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 10559183 - 10559049
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||  ||||| | |||||  ||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||     
T  10559183 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaacattgtcttcatcaataaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattct 10559084  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaat 153  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10559083 cgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcaat 10559049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 10605033 - 10604900
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| || ||||  ||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||     
T  10605033 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatatcatcatcaagtaggacattgcttggctttagatcacaatgaatgactaattgctcacattct 10604934  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaa 152  Q
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  10604933 tgatgaagataatgcaatgcagaagcaacatcaa 10604900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 140
Target Start/End: Original strand, 10740627 - 10740748
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||| ||||||||     
T  10740627 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgttcacattct 10740726  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcag 140  Q
       |||||||||||||||||||    
T  10740727 tggtgaagataatgtaatgcag 10740748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 136
Target Start/End: Original strand, 10660013 - 10660130
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  || |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  10660013 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattacttggctttagatcacaatgaatgaccgcttgctcacattcg 10660112  T
Q  119 caatgaagataatgtaat 136  Q
      |||||| |||||||||    
T  10660113 tgatgaaggtaatgtaat 10660130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 146
Target Start/End: Original strand, 10746945 - 10747070
Alignment:
Q  21 ttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattcaca 120  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||       
T  10746945 ttgctatgccaaaatcagtcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttgagatcacagtgaatgactaattgctcacattcttg 10747044  T
Q  121 atgaagataatgtaatgcagaagcaa 146  Q
     ||||||||||||||||  |||||||    
T  10747045 gtgaagataatgtaatgttgaagcaa 10747070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 187
Target Start/End: Original strand, 10216679 - 10216845
Alignment:
Q  21 ttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattcaca 120  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||| |  ||||||||||| | |||||||||||| | || ||||||||||||       
T  10216679 ttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcattcagaagaacattgcttggctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttg 10216778  T
Q  121 atgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgtt 187  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||   ||| ||||| || ||| |||||| |||||||    
T  10216779 atgcagataatgtaatgccgaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaaggtccaatgtt 10216845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 10581277 - 10581116
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||    ||||||| |||||| |||||  || |||||||||| | ||||||| ||| ||||| ||||||||||||     
T  10581277 tcttgctgtgccaaaatcactcacatg----accatgtcatcatcaagaag--tg-tgcttggctttagatcacaacgaaggaccaattgctcacattct 10581185  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgtt 187  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||   ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  10581184 cgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatccataatgatgtttaatctatgaccaaggttcaatgtt 10581116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 21 - 189
Target Start/End: Original strand, 10716870 - 10717038
Alignment:
Q  21 ttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattcaca 120  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||  | ||| ||||||||       
T  10716870 ttgctatgccaaaatcagtcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttg 10716969  T
Q  121 atgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgttct 189  Q
     |||||||||||||||||||  || | ||| ||   ||| |||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  10716970 gtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaatctatgaccaaggtccaatgttct 10717038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 189
Target Start/End: Original strand, 19605793 - 19605963
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| || |  || || | |||||  ||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  19605793 tcttgctatgccaaaatcactcacatgtgcaacgatatcgtcgtcaataaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattca 19605892  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgttct 189  Q
      |||||| |||||||||||||||| || ||| |    |||||||||||||||  |||  |||||||||||    
T  19605893 tgatgaaggtaatgtaatgcagaagaaacatcgacaaggatatttaatctttgctcaaacttcaatgttct 19605963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 21 - 146
Target Start/End: Original strand, 11048587 - 11048712
Alignment:
Q  21 ttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattcaca 120  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  || |  ||||| |  || |||||||| | |||||||||||| | || ||||||||||||       
T  11048587 ttgcaatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcgtcgttaagaagaacattacttggctttagatcacaatgaataatcaattgctcacattcttg 11048686  T
Q  121 atgaagataatgtaatgcagaagcaa 146  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  11048687 atgcagataatgtaatgcagaagcaa 11048712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 9825365 - 9825258
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||| ||||||||||||||| | |||| ||| || |  ||||| | |||||| || |||||||| ||||||||||||| ||  | ||||||||| |||    
T  9825365 tcttgcaatgccaaaatcactcgcctgagaaacaatatcttcatcaacaaggatattacttggctttatatcacaatgaaggattaattgctcacaatca 9825266  T
Q  119 caatgaag 126  Q
    | ||||||    
T  9825265 cgatgaag 9825258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 97; Significance: 8e-48; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 12899851 - 12899683
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||     
T  12899851 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttatatcacaatgaaagactaattgctcacattct 12899752  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgtt 187  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  12899751 cgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttcaatgtt 12899683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 12932560 - 12932392
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| || | ||||||||||| ||  |  |||||||||||     
T  12932560 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggattaactgctcacattct 12932461  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgtt 187  Q
    | |||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||  ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  12932460 cgatgaaggtaatgcaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttcaatgtt 12932392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 12948925 - 12948757
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| || | ||||||||||| ||| | |||||||||||      
T  12948925 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggactaattgctcacattat 12948826  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgtt 187  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||   ||| ||||||||  ||  |||||||||||||    
T  12948825 cgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaatctacgacgaaggttcaatgtt 12948757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 12958359 - 12958191
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||| |||||||  ||||||||||| | |||||| |||| ||  |  |||||||||||     
T  12958359 tcttgctattccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcaccatcaagaaggacattgcttggctttagatcacagtgaaggattaactgctcacattct 12958260  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgtt 187  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  12958259 cgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttcaatgtt 12958191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 12907471 - 12907303
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| || | ||||||||| | ||  |  |||||||||||     
T  12907471 tcttgctatgccaaaatcactcaaatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatggaggattaactgctcacattct 12907372  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgtt 187  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||  || ||||||||||||||    
T  12907371 cgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctaagaccaaggttcaatgtt 12907303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 7574 - 7406
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||| | |||||||||||  |  | ||||||||||||     
T  7574 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaagtattaattgctcacattct 7475  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgtt 187  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||  ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  7474 cgatgaagttaatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttcaatgtt 7406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 17923331 - 17923499
Alignment:
Q  19 tcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| || | ||||||||||| ||  |  |||||||||||     
T  17923331 tcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggattaactgctcacattct 17923430  T
Q  119 caatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaatgtt 187  Q
    | |||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||  ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  17923431 cgatgaaggtaatgcaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttcaatgtt 17923499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 50; Significance: 9e-20; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 146
Target Start/End: Original strand, 31467092 - 31467217
Alignment:
Q  21 ttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattcaca 120  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||   |||||| ||||| | |||||| ||||| | |||||||||||||||   ||||| |||||||      
T  31467092 ttgctatgccaaaatcactcacatgagctaccatagaatcatcaagaagaacgttgctaggctttaaatcacaatgaatgacaggttgctgacattcatg 31467191  T
Q  121 atgaagataatgtaatgcagaagcaa 146  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||    
T  31467192 atgaagataatgaaatgccgaagcaa 31467217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 28605894 - 28605740
Alignment:
Q  29 ccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattcacaatgaagat 128  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| || ||  ||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||     |||||| ||||| | || ||||    
T  28605894 ccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcattatgaagaagaatattgcttggctttaaatcacaatgaatgattggatgctcagattcaaagtgtagat 28605795  T
Q  129 aatgtaatgcagaagcaatatcaatgcagatatttaatctttgaacaaggttcaa 183  Q
    | || | ||||||||||| |||  ||   |||||||||||||| | |||||||||    
T  28605794 agtgcattgcagaagcaacatctgtgagaatatttaatctttggagaaggttcaa 28605740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 98
Target Start/End: Original strand, 39875824 - 39875899
Alignment:
Q  23 gctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaa 98  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  |||||||| || | |||||||||||    
T  39875824 gctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39875899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 98
Target Start/End: Original strand, 39883947 - 39884022
Alignment:
Q  23 gctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaa 98  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  |||||||| || | |||||||||||    
T  39883947 gctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39884022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 98
Target Start/End: Original strand, 39890901 - 39890976
Alignment:
Q  23 gctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaa 98  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  |||||||| || | |||||||||||    
T  39890901 gctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcttcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39890976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University