View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1757_low_1 (Length: 643)

Name: NF1757_low_1
Description: NF1757
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1757_low_1
NF1757_low_1
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (19-637)||(22457238-22457856)
chr3 (19-637)||(22480219-22480837)
chr3 (304-570)||(22352605-22352884)
chr3 (297-637)||(22366652-22367004)
chr3 (297-570)||(22441540-22441825)
chr3 (297-576)||(22629232-22629523)
chr3 (297-570)||(22356785-22357070)
chr3 (297-629)||(22634194-22634538)
chr3 (297-571)||(22466742-22467028)
chr3 (348-570)||(22430008-22430222)
chr3 (297-513)||(37929608-37929836)
chr3 (297-554)||(22435442-22435711)
chr3 (353-424)||(30988255-30988326)
chr3 (353-422)||(22180856-22180925)
chr3 (352-411)||(21947071-21947130)
chr3 (355-426)||(22106161-22106232)
chr3 (355-426)||(22116535-22116606)
chr3 (353-426)||(22054153-22054226)
chr3 (27-60)||(22353141-22353174)
chr3 (27-60)||(22629772-22629805)
chr3 (358-426)||(22035970-22036038)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (247-420)||(29604388-29604561)
chr4 (60-198)||(29604613-29604751)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (359-404)||(871755-871800)
chr7 (359-404)||(1233032-1233077)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 22457856 - 22457238
Alignment:
Q  19 atggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgttaaaacattaaatgaatcccttgcaagaagaatccctacaaaatacaggcgattgaacg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22457856 atggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgttaaaacattaaatgaatcccttgcaagaagaatccctacaaaatacaggcgattaaacg 22457757  T
Q  119 tgcttgatttagagcatgtcggattgcatgatgtgcctaaagattttggatgtttgatccacttaaagtatttcaggtttagggaaaactttcgaggaga 218  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  22457756 tgcttgatttagagcatgttggattgcttgatgttcctaaagattttggaagtttgacccacctaaagtattttaggtttagagagaactttcgaggaga 22457657  T
Q  219 tcgttgtgtacttcctaaagccatcggtatgctcaagaaccttgagaccttggatttaacacgtacaagtttccaagctatgccgaaggagatatgcaaa 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  22457656 tcgttgtgtacttccaaaagccattggtatgctcaagaaccttgagacattggatttaacacgtacaagtttccaagccatgccgaaagagatatgcaag 22457557  T
Q  319 cttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgttt 418  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457556 cttagaaagttacgccatttcctaggctacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgttt 22457457  T
Q  419 atttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggata 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22457456 atttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagcggata 22457357  T
Q  519 catgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgcaaacggatatggcacagttattgacatgcatttgaat 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22457356 catgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgcaaacggatatgacacagttattgacatgcatttgaat 22457257  T
Q  619 tcaccaccacctatgcttc 637  Q
    |||||||||||||||||||    
T  22457256 tcaccaccacctatgcttc 22457238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 22480837 - 22480219
Alignment:
Q  19 atggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgttaaaacattaaatgaatcccttgcaagaagaatccctacaaaatacaggcgattgaacg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22480837 atggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgttaaaacattaaatgaatcccttgcaagaagaatccctacaaaatacaggcgattaaacg 22480738  T
Q  119 tgcttgatttagagcatgtcggattgcatgatgtgcctaaagattttggatgtttgatccacttaaagtatttcaggtttagggaaaactttcgaggaga 218  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  22480737 tgcttgatttagagcatgttggattgcttgatgttcctaaagattttggaagtttgacccacctaaagtattttaggtttagagagaactttcgaggaga 22480638  T
Q  219 tcgttgtgtacttcctaaagccatcggtatgctcaagaaccttgagaccttggatttaacacgtacaagtttccaagctatgccgaaggagatatgcaaa 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  22480637 tcgttgtgtacttccaaaagccattggtatgctcaagaaccttgagacattggatttaacacgtacaagtttccaagccatgccgaaagagatatgcaag 22480538  T
Q  319 cttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgttt 418  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480537 cttagaaagttacgccatttcctaggctacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgttt 22480438  T
Q  419 atttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggata 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22480437 atttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagcggata 22480338  T
Q  519 catgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgcaaacggatatggcacagttattgacatgcatttgaat 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22480337 catgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgcaaacggatatgacacagttattgacatgcatttgaat 22480238  T
Q  619 tcaccaccacctatgcttc 637  Q
    |||||||||||||||||||    
T  22480237 tcaccaccacctatgcttc 22480219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 304 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 22352884 - 22352605
Alignment:
Q  304 aaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctac-aa 402  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  || | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  22352884 aaggagatttgcaagcttagaaagttacgccattttttaggcaaccaaatgtctttgattcaattgaaagatggtattggaggcatgacatccctacaaa 22352785  T
Q  403 actctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatga------------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaat 490  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  || ||| ||||            ||| ||| |||||||  ||||||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  22352784 actctaagtgatgtttatttagatgaaggagaagatgaaaatgacagtagagttgtagagctaattgaagagctaggaaagctaaatcagctaagggagt 22352685  T
Q  491 tggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 570  Q
    ||||||||  |||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22352684 tggtcttgtacggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaacta 22352605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 297 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 22367004 - 22366652
Alignment:
Q  297 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 396  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||   ||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||||||    
T  22367004 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccattttttaggctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatcc 22366905  T
Q  397 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 484  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||| |||        |  ||||||||      ||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  22366904 ctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatgaagatgaaaatgataatagagtcgtagagctaattgaagagctaggaaaactaaagcagctaa 22366805  T
Q  485 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgcaaa 584  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||| | ||| | | |      
T  22366804 gggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcttcaatcaataagatgcaacaactggagaaactaaatattagtggagt 22366705  T
Q  585 cggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttc 637  Q
    || |||||  ||| | |||||  || ||||||||||||| |||||||||||||    
T  22366704 cgaatatgagacattcattgatctggatttgaattcacccccacctatgcttc 22366652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 297 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 22441825 - 22441540
Alignment:
Q  297 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 396  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||   ||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||||||    
T  22441825 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccattttttaggctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatcc 22441726  T
Q  397 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatg---gcg---gcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 484  Q
    |||||||||||| |||  ||  | ||| |||   | |   | ||||||||      ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  22441725 ctacaaactctaagtggagtacacttaaatgatagtgaacgtgaaaatgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaa 22441626  T
Q  485 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 570  Q
    || |||||| ||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  22441625 ggaaattgggcttgaccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatctttctcaatcaacgagatgcaacaattggagaaacta 22441540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 297 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 22629523 - 22629232
Alignment:
Q  297 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 396  Q
    |||||| |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||| ||||      ||||||||||||| | || || ||| |||| |||||||||||||||    
T  22629523 tatgccaaaggagatttgcatgcttagaaagctacgccattttttaggcattcgtatgtctttgattgagttgaaggatagtattggaggcatgacatcc 22629424  T
Q  397 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 484  Q
    ||||||||||||  |  ||||| ||||||||        |  ||||||||      ||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||| || ||||    
T  22629423 ctacaaactctaaatagtgtttgtttagatgataaggaagatgaaaatgataatagagtggtagagctaatcgaagatctaggaaagctaaatcagctaa 22629324  T
Q  485 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaatt 576  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  22629323 gggaattggtcttgctcggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaacaattggagaaactacaaatt 22629232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 297 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 22357070 - 22356785
Alignment:
Q  297 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 396  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||  ||||  ||  ||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||     
T  22357070 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccatttattaggcaactttatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatcg 22356971  T
Q  397 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 484  Q
    ||||||||||||  |  ||||||||||||||        |  ||||||||      ||| ||| || ||||  ||||||| |||||||||||||| || |    
T  22356970 ctacaaactctaaatagtgtttatttagatgattatgaagatgaaaatgataatagagttgtagagttaatagaagagctgggaaaactaaagcagctta 22356871  T
Q  485 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 570  Q
    ||||||||  ||||| |||| ||| ||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22356870 gggaattgagcttgagcggtcttaagagtaaatatatgagtggtatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaattggagaaacta 22356785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 297 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 22634538 - 22634194
Alignment:
Q  297 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 396  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| |||| ||  | |||||| ||||||| || || |||||||| |||||||||||||||    
T  22634538 tatgcccaaggagatttgcaagcttaaaaagctacgccattttataggctatcaaatgtctctgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatcc 22634439  T
Q  397 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaag------------tggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 484  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||||| |  |  ||| ||||||            ||||| || ||||  ||||||||||||| |||||||| || |    
T  22634438 ctacaaactctaaatgaggtttatttagacgatgatgaagatgaagatgataatagagtggtagagttaatagaagagctaggaaagctaaagcagctta 22634339  T
Q  485 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgcaaa 584  Q
    |||||||   |||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||| | ||| | | ||     
T  22634338 gggaattaagcttggtcggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaacaagatgcaacaattggagaaactaaatattagaggaat 22634239  T
Q  585 cggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacc 629  Q
    | |||||  |||| | ||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  22634238 cagatataacacattcattgatatggatttgaattcacccccacc 22634194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 297 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 22467028 - 22466742
Alignment:
Q  297 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 396  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||  ||||  |   ||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||     
T  22467028 tatgccaaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccatttattaggcgattgtatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatct 22466929  T
Q  397 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 484  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||        |  ||||||||      ||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||  |  |||    
T  22466928 ctacaaactctaagtgaagtttatttagatgagaatgaagatgaaaatgataatagagtagtagagctaattcaagagctaggaaagctaaataagataa 22466829  T
Q  485 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactac 571  Q
    |  |||||  |||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||    
T  22466828 gaaaattgagcttgataggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaatcaaatgcaacaaatggagaaactac 22466742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 348 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 22430222 - 22430008
Alignment:
Q  348 caatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggta 447  Q
    |||||||  ||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |  |  ||| ||||||         
T  22430222 caatatgcgtttgattgaattgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagggaggtttatttagacgatgatgaagatgaag----- 22430128  T
Q  448 aagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatg 547  Q
    | |  |||   |||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||| |||||||||||||     
T  22430127 atgacaat---agagctaggaaagctaaatcagctaagggaattgggcttggccggtgtttggagtaaatatatgagtgctttatgttcctcaatcaatc 22430031  T
Q  548 agatgcaaaaaatggagaaacta 570  Q
    |||||||  || |||||||||||    
T  22430030 agatgcacgaattggagaaacta 22430008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 297 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 37929836 - 37929608
Alignment:
Q  297 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 396  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||   |||| |||| |   | |||||||||||||| || || |||||||| |||||| ||||||||    
T  37929836 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgttgttttttaggctctgaaatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcctgacatcc 37929737  T
Q  397 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaa------------gtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 484  Q
    ||||||||||||  ||| || ||||||||||  |  ||| |||||            || ||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  37929736 ctacaaactctaaatgaagtatatttagatgatgatgaagatgaaaatgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaa 37929637  T
Q  485 gggaattggtcttgatcggtgttaggagt 513  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  37929636 gggaattgggcttggccggtgttaggagt 37929608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 297 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 22435711 - 22435442
Alignment:
Q  297 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 396  Q
    |||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||| |||||| ||||  |   | ||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||     
T  22435711 tatgccaaaggaggtttgcaagcttagaaagctacgtcattttttaggcgattctctgtctttgattcatttgaaggatggtattggaggcatgacatcg 22435612  T
Q  397 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaa------------gtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 484  Q
    |||||||||||| || | ||| | |||||||  || ||| |||||            || ||| ||||||||  |||||||||||| ||||  || || |    
T  22435611 ctacaaactctaagtaaagttaaattagatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtagagctaatcatagagctaggaaagctaacacagctta 22435512  T
Q  485 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgca 554  Q
    ||||||||| |||| | | ||||||  ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22435511 gggaattgggcttggttgttgttagtggtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgca 22435442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 30988326 - 30988255
Alignment:
Q  353 tgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttag 424  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  30988326 tgtctttgattcagttaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaacgctacgttatgttaatttag 30988255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 353 - 422
Target Start/End: Original strand, 22180856 - 22180925
Alignment:
Q  353 tgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttattt 422  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  |||||||||    
T  22180856 tgtctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtactgtttattt 22180925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 352 - 411
Target Start/End: Original strand, 21947071 - 21947130
Alignment:
Q  352 atgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgt 411  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  21947071 atgtctttgattcaattaaagaatggtattggagagatgaagtccctacaaactctacgt 21947130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 355 - 426
Target Start/End: Original strand, 22106161 - 22106232
Alignment:
Q  355 tctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 426  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22106161 tctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22106232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 355 - 426
Target Start/End: Original strand, 22116535 - 22116606
Alignment:
Q  355 tctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 426  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22116535 tctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22116606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 426
Target Start/End: Original strand, 22054153 - 22054226
Alignment:
Q  353 tgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 426  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  ||| |||| ||||| ||| |||||| |||||||    
T  22054153 tgtctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccgtacagactctgcgtaatgtttctttagat 22054226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 22353174 - 22353141
Alignment:
Q  27 tattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgtt 60  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22353174 tattgaaaactcacatgttcgatcactgcttgtt 22353141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 22629805 - 22629772
Alignment:
Q  27 tattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgtt 60  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22629805 tattgaaaactcacatgttcgatcactgcttgtt 22629772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 358 - 426
Target Start/End: Original strand, 22035970 - 22036038
Alignment:
Q  358 ttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 426  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22035970 ttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22036038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 247 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 29604561 - 29604388
Alignment:
Q  247 atgctcaagaaccttgagaccttggatttaacacgtacaagtttccaagctatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggt 346  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||||  ||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| |    
T  29604561 atgctcgagaacctagagaccttggatttaacatatacaatgttctatgctatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctgcgccattttctaggct 29604462  T
Q  347 acaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttat 420  Q
      | |||||||| ||||||||| || |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  29604461 tgagtatgtcttggattcaattgaaggatggtcttggaggcatgacattcctacaaactctacgtgaagtttat 29604388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 29604751 - 29604613
Alignment:
Q  60 taaaacattaaatgaatcccttgcaagaagaatccctacaaaatacaggcgattgaacgtgcttgatttagagcatgtcggattgcatgatgtgcctaaa 159  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||| |||  | ||||| ||||||| ||| || ||| ||    
T  29604751 taaaacattacttgaatcctttgcaaggagaatccctacaagatacaggtggttgaaggtgcttgctttgaatcatgttggattgcttgaagttccttaa 29604652  T
Q  160 gattttggatgtttgatccacttaaagtatttcaggttt 198  Q
    |||||   | |||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  29604651 gatttgccaagtttgagccacttgaagtattttaggttt 29604613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 871800 - 871755
Alignment:
Q  359 tgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaac 404  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  871800 tgattcaattaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaac 871755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 1233077 - 1233032
Alignment:
Q  359 tgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaac 404  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  1233077 tgattcaattaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaac 1233032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University