View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17588_high_20 (Length: 351)

Name: NF17588_high_20
Description: NF17588
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17588_high_20
NF17588_high_20
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (7-332)||(5197107-5197432)
chr4 (7-331)||(5215253-5215577)
chr4 (7-331)||(5161426-5161750)
chr4 (7-331)||(5183709-5184033)
chr4 (18-331)||(5174367-5174680)
chr4 (18-332)||(4840842-4841156)
chr4 (7-331)||(4855337-4855661)
chr4 (125-332)||(7143571-7143777)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (128-166)||(32745008-32745046)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (128-166)||(4912000-4912038)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 7 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 5197432 - 5197107
Alignment:
Q  7 tccaagaatatgttatcatgtccacaacagtttccttttcctcattgtcatttgattgtgatgaaggcaaagactcatcacgttcacacttttgattaag 106  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||   || |||  |||||||||||||| || | ||    
T  5197432 tccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcctcttcttcattgtcattggattgggatgatggtggaggctcgacacgttcacactttcgactgag 5197333  T
Q  107 gagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgac 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197332 gagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttatcctcatcaaagtttgcaaactggcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgac 5197233  T
Q  207 acattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctatttcgataagat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  5197232 acattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaagactctctatttgggtaagat 5197133  T
Q  307 tggaaaatttgattggaataggacct 332  Q
    | |||||  |||||||||| ||||||    
T  5197132 ttgaaaaagtgattggaatgggacct 5197107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 7 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 5215577 - 5215253
Alignment:
Q  7 tccaagaatatgttatcatgtccacaacagtttccttttcctcattgtcatttgattgtgatgaaggcaaagactcatcacgttcacacttttgattaag 106  Q
    ||||| || |||||||||||||||| |  |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||  ||    
T  5215577 tccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgatagag 5215478  T
Q  107 gagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgac 206  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||   | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  5215477 gagtggtccacaaagaccgggattacctctgtaactgtcctcatcaaaacctccaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaagttgttgtatgat 5215378  T
Q  207 acattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctatttcgataagat 306  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||    
T  5215377 acattgaaggttgataaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctatttgggtaagat 5215278  T
Q  307 tggaaaatttgattggaataggacc 331  Q
    | |||||  | ||||||||||||||    
T  5215277 ttgaaaaagtaattggaataggacc 5215253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 7 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 5161750 - 5161426
Alignment:
Q  7 tccaagaatatgttatcatgtccacaacagtttccttttcctcattgtcatttgattgtgatgaaggcaaagactcatcacgttcacacttttgattaag 106  Q
    ||||| || |||||||||||||||||   ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||   ||| |||||||||| | |  ||    
T  5161750 tccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacaccttcacactttcggtcgag 5161651  T
Q  107 gagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgac 206  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161650 gagtgatccacaaagaccgggattacctctgtagctgtcctcaacgaaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgac 5161551  T
Q  207 acattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctatttcgataagat 306  Q
    || ||||||||||| |||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  5161550 acgttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagctcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctatttcggtaagat 5161451  T
Q  307 tggaaaatttgattggaataggacc 331  Q
    | |||||  | ||||||||||||||    
T  5161450 ttgaaaacgtaattggaataggacc 5161426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 7 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 5184033 - 5183709
Alignment:
Q  7 tccaagaatatgttatcatgtccacaacagtttccttttcctcattgtcatttgattgtgatgaaggcaaagactcatcacgttcacacttttgattaag 106  Q
    ||||| || |||||||||||||||| |  |||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||| ||    
T  5184033 tccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttgcttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgatttag 5183934  T
Q  107 gagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgac 206  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5183933 gagttgtccgcaaagaccgggattacctctgtagttgtactcatcaaagtttgcaaattgtcttgtgctaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgac 5183834  T
Q  207 acattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctatttcgataagat 306  Q
    ||||||||| ||   ||| || ||| || ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| |    
T  5183833 acattgaagatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctatttgggtaagtt 5183734  T
Q  307 tggaaaatttgattggaataggacc 331  Q
    | |||||  | ||||||||||||||    
T  5183733 ttgaaaaagttattggaataggacc 5183709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 5174680 - 5174367
Alignment:
Q  18 gttatcatgtccacaacagtttccttttcctcattgtcatttgattgtgatgaaggcaaagactcatcacgttcacacttttgattaaggagtggtccac 117  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||  | | |||||| ||||||||||| |   |||||||  || ||||||||||| |||| | || ||||||||    
T  5174680 gttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactttcgattgacgaatggtccac 5174581  T
Q  118 aaagactgggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaaggt 217  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||| |||||| |||||  | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174580 aaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaaggt 5174481  T
Q  218 tgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctatttcgataagattggaaaatttg 317  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||  ||    
T  5174480 tgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtg 5174381  T
Q  318 attggaataggacc 331  Q
    |||||||| |||||    
T  5174380 attggaatgggacc 5174367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 332
Target Start/End: Original strand, 4840842 - 4841156
Alignment:
Q  18 gttatcatgtccacaacagtttccttttcctcattgtcatttgattgtgatgaaggcaaagactcatcacgttcacacttttgattaaggagtggtccac 117  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||  | | |||||| ||||||||||| |   |||||||  || ||||||||||| |||| |||| ||||||||    
T  4840842 gttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactttcgattgaggaatggtccac 4840941  T
Q  118 aaagactgggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaaggt 217  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||| |||||| |||||  | |||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  4840942 aaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagagaggttgttgtatgacacattgaagat 4841041  T
Q  218 tgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctatttcgataagattggaaaatttg 317  Q
    |   |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||  ||    
T  4841042 ttctaaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtg 4841141  T
Q  318 attggaataggacct 332  Q
    |||||||| ||||||    
T  4841142 attggaatgggacct 4841156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 7 - 331
Target Start/End: Original strand, 4855337 - 4855661
Alignment:
Q  7 tccaagaatatgttatcatgtccacaacagtttccttttcctcattgtcatttgattgtgatgaaggcaaagactcatcacgttcacacttttgattaag 106  Q
    ||||| || |||||||||||||||||   ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||   ||| |||||||||| | |  ||    
T  4855337 tccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgag 4855436  T
Q  107 gagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgac 206  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||   ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855437 gagtggtccacaaagatcgggattacctctgtagctgtcctcaatgaaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgac 4855536  T
Q  207 acattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctatttcgataagat 306  Q
    ||||||||  ||   ||| || ||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||    
T  4855537 acattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctttctatttgggtaagat 4855636  T
Q  307 tggaaaatttgattggaataggacc 331  Q
    | |||||  | ||||||||||||||    
T  4855637 ttgaaaaagtaattggaataggacc 4855661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 125 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 7143777 - 7143571
Alignment:
Q  125 gggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaaggttgacaaa 224  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||  | | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    | |    
T  7143777 gggattacctctgtagttgtccttaacaaagcctccgat-tgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtaagacacattgaagatatctata 7143679  T
Q  225 aagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctatttcgataagattggaaaatttgattggaa 324  Q
    ||| |||  ||  |||||| |  || || |||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||||    
T  7143678 aaggtcaagtgacttagttgagaagctaccttaccattcaagttactctatgataagtcaagactctctatttgggtaagattggaaaaagtgattggaa 7143579  T
Q  325 taggacct 332  Q
    ||||||||    
T  7143578 taggacct 7143571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 128 - 166
Target Start/End: Original strand, 32745008 - 32745046
Alignment:
Q  128 attacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactg 166  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32745008 attacctctatagttgttctcatcaaagtttgcaaactg 32745046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 128 - 166
Target Start/End: Original strand, 4912000 - 4912038
Alignment:
Q  128 attacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactg 166  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4912000 attacctctatagttgttctcatcaaagtttgcaaactg 4912038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University