View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17589_high_1 (Length: 573)

Name: NF17589_high_1
Description: NF17589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17589_high_1
NF17589_high_1
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (39-554)||(28618896-28619422)
chr2 (39-554)||(28622464-28622992)
chr2 (39-554)||(28623438-28623966)
chr2 (39-130)||(1745711-1745808)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (39-550)||(14648784-14649310)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (39-550)||(127072-127600)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (220-488)||(48974528-48974797)
chr1 (87-187)||(48973043-48973153)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (227-543)||(6764098-6764414)
chr8 (39-187)||(6764447-6764610)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (115-391)||(20026699-20026980)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 28619422 - 28618896
Alignment:
Q  39 cacttttcttttgacatttattaagaattgtttgagttactcctaaccccccttacacgaccagaatactcacggtatttaatgctttgctaagtatgtc 138  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28619422 cacttttcttttgacctttattaagaattgtttgagttacccctaaccccccttacacgaccagaatactcacggtatttaatgctttgctaagtatgtg 28619323  T
Q  139 cctacagctaaaag---------attgagatagagtcacctgaaataatatatggtaggatggnnnnnnntaagctcgtcataaaaaatttcacaagttt 229  Q
    ||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28619322 cctacagctaaaagtttgagaagattgagatagagtcacctgaaataatatatggtaggatggaaaaaaataagctcgtcataaaaaatttcacaagttt 28619223  T
Q  230 tatatgaagtaacaataaattttcagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatactttctggacactttcatcaacaattccatcc 329  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28619222 tatatgaagtaacaataaatttttagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatactttctggacactttcatcaaccattccatcc 28619123  T
Q  330 ttcttcacatgccctttcctccaccttaaacattcatcaatgtcttcttctttagatttagtctctcttagctacaaaatgacaacaaatgcataccaat 429  Q
    ||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  28619122 ttcttcacacgtccttccctccaccttaaacattcatcaatgtcttcttctttagatttagtctctcttagctacaaaatgacaaaaaatacataccaat 28619023  T
Q  430 tagaagtattgttacaatctaataggtcatggtatggtttttattagataaactcacta--nnnnnnnncctgttaagcgtgcatatcccatacgccccc 527  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28619022 tagaagtattgttacaatctaataggtcatggtatgatttttattagataaactcactatttttttttttctgttaagcgtgcatatcccatacgccccc 28618923  T
Q  528 tgtggtatggatattgggggtttgacg 554  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||    
T  28618922 tgcggtatgggtattgggggtttgacg 28618896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 39 - 554
Target Start/End: Original strand, 28622464 - 28622992
Alignment:
Q  39 cacttttcttttgacatttattaagaattgtttgagttactcctaacccc-----ccttacacgaccagaatactcacggt-atttaatgctttgctaag 132  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||  | |||||||||     ||| |||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||    
T  28622464 cacttttctttcgacctttattaagaactgtttgagtggcccctaaccccatacccctcacacgaccagaatactcacggacatttaatgttgtgctaag 28622563  T
Q  133 tatgtccctacagctaaaag---------attgagatagagtcacctgaaataatatatggtaggatggnnnnnnntaagctcgtcataaaaaatttcac 223  Q
    |||  || |||| ||| |||         ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||       |||| |||||||||||||||||||    
T  28622564 tataacc-tacaactagaagtttgagaagattgagatagagtgacctggaataatatatggtaggacggaaaaaa-taagatcgtcataaaaaatttcac 28622661  T
Q  224 aagttttatatgaagtaacaataaattttcagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatactttctggacactttcatcaacaatt 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  28622662 aagttttatatgaagtaacaataaatttttagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatattttctggacactttcatcaaccatt 28622761  T
Q  324 ccatccttcttcacatgccctttcctccaccttaaacattcatcaatgtcttcttctttagatttagtctctcttagctacaaaatgacaacaaatgcat 423  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  28622762 ccatccttcttcacacgtccttccctccaccttaaacattcatcaatgtcttcttctttagatttagtctctcttagctacaaaatgacaaaaaatacat 28622861  T
Q  424 accaattagaagtattgttacaatcta--ataggtcatggtatggttttt-attagataaactcactannnnnnnncctgttaagcgtgcatatcccata 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||         ||||||||||||||||| |||||    
T  28622862 accaattagaagtattgttacaatctaatatacgtcatggtatgatttttgattagatatactcactatttttt---ctgttaagcgtgcatataccata 28622958  T
Q  521 cgccccctgtggtatggatattgggggtttgacg 554  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  28622959 cgccccctgcggtatgggtattgggggtttgacg 28622992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 39 - 554
Target Start/End: Original strand, 28623438 - 28623966
Alignment:
Q  39 cacttttcttttgacatttattaagaattgtttgagttactcctaacccc-----ccttacacgaccagaatactcacggt-atttaatgctttgctaag 132  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||  | |||||||||     ||| |||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||    
T  28623438 cacttttctttcgacctttattaagaactgtttgagtggcccctaaccccatacccctcacacgaccagaatactcacggacatttaatgttgtgctaag 28623537  T
Q  133 tatgtccctacagctaaaag---------attgagatagagtcacctgaaataatatatggtaggatggnnnnnnntaagctcgtcataaaaaatttcac 223  Q
    |||  || |||| ||| |||         ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||       |||| |||||||||||||||||||    
T  28623538 tataacc-tacaactagaagtttgagaagattgagatagagtgacctggaataatatatggtaggacggaaaaaa-taagatcgtcataaaaaatttcac 28623635  T
Q  224 aagttttatatgaagtaacaataaattttcagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatactttctggacactttcatcaacaatt 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  28623636 aagttttatatgaagtaacaataaatttttagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatattttctggacactttcatcaaccatt 28623735  T
Q  324 ccatccttcttcacatgccctttcctccaccttaaacattcatcaatgtcttcttctttagatttagtctctcttagctacaaaatgacaacaaatgcat 423  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  28623736 ccatccttcttcacacgtccttccctccaccttaaacattcatcaatgtcttcttctttagatttagtctctcttagctacaaaatgacaaaaaatacat 28623835  T
Q  424 accaattagaagtattgttacaatcta--ataggtcatggtatggttttt-attagataaactcactannnnnnnncctgttaagcgtgcatatcccata 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||         ||||||||||||||||| |||||    
T  28623836 accaattagaagtattgttacaatctaatatacgtcatggtatgatttttgattagatatactcactatttttt---ctgttaagcgtgcatataccata 28623932  T
Q  521 cgccccctgtggtatggatattgggggtttgacg 554  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  28623933 cgccccctgcggtatgggtattgggggtttgacg 28623966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 130
Target Start/End: Original strand, 1745711 - 1745808
Alignment:
Q  39 cacttttcttttgacatttattaagaattgtttgagttactcctaacc-----ccccttacacgaccagaatactcacgg-tatttaatgctttgcta 130  Q
    ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||     |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  1745711 cacttctcttttgacctttgttaagaattgtttgagttacccctaaccccataccccttacacgaccagaatactcacggacatttaatgttttgcta 1745808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 39 - 550
Target Start/End: Original strand, 14648784 - 14649310
Alignment:
Q  39 cacttttcttttgacatttattaagaattgtttgagttactcctaacccc-----ccttacacgaccagaatactcacggt-atttaatgctttgctaag 132  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||     |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  14648784 cacttttctgatgacctttattaagaactgtttgagtgactcccaaccccataccccttacacgaccagaatactcacggacatttaatgctttgctaag 14648883  T
Q  133 tatgtccctacagctaaaag---------attgagatagagtcacctgaaataatatatggtaggatggnnnnnnntaagctcgtcataaaaaatttcac 223  Q
    |||||||||||||||| |||         ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |        |||| |||||||||||||||||||    
T  14648884 tatgtccctacagctagaagtttgacaagattgagatagagtcacctggaataatatatggtagtacg-aaaaaaataagatcgtcataaaaaatttcac 14648982  T
Q  224 aagttttatatgaagtaacaataaattttcagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatactttctggacactttcatcaacaatt 323  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||    
T  14648983 aagttttatatgaagtaccaataaattttcagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatactttctggacagtttcatcaaccgtt 14649082  T
Q  324 ccatccttcttcacatgccctttcctccaccttaaacattcatcaatgtcttcttctttagatttagtctctcttagctacaaaatgacaacaaatgcat 423  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||  || |||||||||||||| |||||| |    
T  14649083 ccatccttcttcacacgcccttccctccaccttaaacaatcatcaatgtcttcttctttagaattagtgtctgctacctacaaaatgacaaaaaatgctt 14649182  T
Q  424 accaattagaagtattgttacaatctaataggtcatggtatggttttt-attag----ataaactcactannnnnnnncctgttaagcgtgcatatccca 518  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||    ||| ||||||||         |||||||||| ||||||||||    
T  14649183 accaattagaagtattgttac-atctaatacgtcaaggtatggtttttgattagatatatatactcactatttttt---ctgttaagcgagcatatccca 14649278  T
Q  519 tacgccccctgtggtatggatattgggggttt 550  Q
    |||| |||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  14649279 tacgacccctgaggtatgggtattgagggttt 14649310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 39 - 550
Target Start/End: Original strand, 127072 - 127600
Alignment:
Q  39 cacttttcttttgacatttattaagaattgtttgagttactcctaacccc-----ccttacacgaccagaatactcacggt-atttaatgctttgctaag 132  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || || ||||||     |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  127072 cacttttcttttgacttttattaagaactgtttgagtgacccccaaccccataccccttacacgaccagaatactcacggacatttaatgttttgctaag 127171  T
Q  133 tatgtccctacagctaaaag---------attgagatagagtcacctgaaataatatatggtaggatggnnnnnnntaagctcgtcataaaaaa-tttca 222  Q
    |||||||||||||||| |||         ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |        |||| | ||||||||||| |||||    
T  127172 tatgtccctacagctagaagtttgagaagattgagatagagtcacctggaataatatatggtagtacgaaaaaaaataagattgtcataaaaaaatttca 127271  T
Q  223 caagttttatatgaagtaacaataaattttcagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatactttctggacactttcatcaacaat 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |    
T  127272 caagttttatatgaagtaacaataaattttcagaatcaaattaaataaaaataatacttatacattcttcatatactttctggacagtttcatcaactgt 127371  T
Q  323 tccatccttcttcacatgccctttcctccaccttaaacattcatcaatgtcttcttctttagatttagtctctcttagctacaaaatgacaacaaatgca 422  Q
    | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||     
T  127372 ttcatccttcttcacacgcccttccctccaccttaaacaatcatcaatgtcctcttctttagatttagtctctactagctacaaaatgacaaaaaatgct 127471  T
Q  423 taccaattagaagtattgttacaatctaataggtcatggtatggttttt-attagataaactcact-annnnnnnncctgttaagcgtgcatatcccata 520  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |   ||| |          ||||||||| ||||||||||||    
T  127472 taccaattagaagtattgttaca-tctaatacgtcatgctatggtttttgattagatatatatactcaatattttttgtgttaagcgagcatatcccata 127570  T
Q  521 cgccccctgtggtatggatattgggggttt 550  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  127571 cgccccctgaggtatgggtattgcgggttt 127600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 220 - 488
Target Start/End: Original strand, 48974528 - 48974797
Alignment:
Q  220 tcacaagttttatatgaagtaacaataaattttcagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatactttctggacactttcatcaac 319  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  48974528 tcacaaattttatatgaagtaacaataaatttttagaatcaaattaaatagaaataatacttacacattcttcatatactttctggacgctctcatcaac 48974627  T
Q  320 aattccatccttcttcacatgccctttcctccaccttaaacattcatcaatgtcttcttctttagatttagtctctcttagctacaaaatga-caacaaa 418  Q
     ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||  || |||    
T  48974628 catttcatccttcttcacacgcccttccctccaccttaaacatttatcaatgtctttttctttagatttagtctctggtagctacaaaatgataaaaaaa 48974727  T
Q  419 tgcataccaattagaagtattgttacaatctaataggtcatggtatggtttttattagataaactcacta 488  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  48974728 tgcataccaattaggagtattgttagaatctaatacgtcatgatatggttttgattatatatactcacta 48974797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 87 - 187
Target Start/End: Original strand, 48973043 - 48973153
Alignment:
Q  87 ccccttacacgaccagaatactcacggt-atttaatgctttgctaagtatgtccctacagctaaaag---------attgagatagagtcacctgaaata 176  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| |  || ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||         ||||||||||||||||||||||||    
T  48973043 ccccttgcacgaccagaatattcaccgacatgtaatgttttgctaagtatgtccctacaactagaagtttgagaagattgagatagagtcacctgaaata 48973142  T
Q  177 atatatggtag 187  Q
    |||||||||||    
T  48973143 atatatggtag 48973153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 158; Significance: 8e-84; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 227 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 6764414 - 6764098
Alignment:
Q  227 ttttatatgaagtaacaataaattttcagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatactttctggacactttcatcaacaattcca 326  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  |||||    
T  6764414 ttttatatgaagtaacaataaatgttcataatcaaattaaatagaaataatacttacacattctgcatacactttctggacactttcatcaaccgttcca 6764315  T
Q  327 tccttcttcacatgccctttcctccaccttaaacattcatcaatgtcttcttctttagatttagtctctcttagctacaaaatg--acaacaaatgcata 424  Q
    || ||| | ||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||  | || |||||||||    
T  6764314 tcattccttacacgcccttccctccactttaaacatttatcaatgtctttttctgtagatttagtctctactagctacaaaatgataaaaaaaatgcata 6764215  T
Q  425 ccaattagaagtattgttacaatctaataggtcatggtatggttttt-attagataaactcactannnnnnnncctgttaagcgtgcatatcccatacgc 523  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||          |||||||||||||||||||||||||    
T  6764214 ccaattagaagtatttttacaatctaatacgtcatgatatggtttttgattatatatactcactactttttg---tgttaagcgtgcatatcccatacgc 6764118  T
Q  524 cccctgtggtatggatattg 543  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  6764117 cccctgaggtatgggtattg 6764098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 39 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 6764610 - 6764447
Alignment:
Q  39 cacttttcttttgacatttattaagaattgtttgagttactcctaacccc-----ccttacacgaccagaatactcacggt-atttaatgctttgctaag 132  Q
    ||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||     |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  6764610 cacttctcttttgacctttgttaagagttgtttgagttacccctaaccccataccccttacacgaccagaatactcacggacatttaatgctttgctaag 6764511  T
Q  133 tatgtccctacagct---------aaaagattgagatagagtcacctgaaataatatatggtag 187  Q
    |||||||||||||||         | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6764510 tatgtccctacagctagaagtttcagaagattgagatagagtcacctgaaataatatatggtag 6764447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 115 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 20026980 - 20026699
Alignment:
Q  115 atttaatgctttgctaagtatgtccctacagcta---------aaagattgagatagagtcacctgaaataatatatggtaggatggnnnnnnntaagct 205  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||       ||||      
T  20026980 atttaatgttttactaagtatgtccctacagctagaagtttgaaaagattgagatagagtcacctgaaataatatatggtagtacggaaaaaa-taagac 20026882  T
Q  206 cgtcataaaaaattt-cacaagttttatatgaagtaacaataaattttcagaatcaaattaaataaaaataatacttacacattcttcatatactttctg 304  Q
     ||  |||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    ||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||    
T  20026881 ggttgtaaaaaaaatacacaagttttatttgaagtaacaataaattttcagaatcaaa----atagaaataattctttcacattcttcatataatttttg 20026786  T
Q  305 gacactttcatcaacaattccatccttcttcacatgccctttcctccaccttaaacattcatcaatgtcttcttctttagatttagt 391  Q
     |||||||||||||| | | |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||  || |||||||||||||||    
T  20026785 cacactttcatcaaccacttcatccttctttacatgcccttccctccaccttaaacatcgatcaatgattttttctttagatttagt 20026699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University