View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17596_high_11 (Length: 560)

Name: NF17596_high_11
Description: NF17596
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17596_high_11
NF17596_high_11
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (10-545)||(37640414-37640949)
chr5 (10-560)||(37712166-37712716)
chr5 (10-560)||(37824437-37824987)
chr5 (10-560)||(37697329-37697879)
chr5 (10-560)||(37533642-37534192)
chr5 (10-545)||(37703210-37703745)
chr5 (10-545)||(37594866-37595401)
chr5 (10-560)||(37399880-37400430)
chr5 (10-560)||(37436249-37436799)
chr5 (101-548)||(37392041-37392485)
chr5 (10-548)||(37381415-37381953)
chr5 (157-391)||(37412513-37412747)
chr5 (213-557)||(37429486-37429834)
chr5 (438-560)||(37412382-37412504)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-560)||(16841944-16842494)
chr4 (21-557)||(24216817-24217347)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (198-560)||(14553768-14554130)
chr3 (10-122)||(14553652-14553764)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 545
Target Start/End: Original strand, 37640414 - 37640949
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37640414 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttaaagtaaagtgataaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctac 37640513  T
Q  110 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaa 209  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  37640514 cgctaaagttattaaatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccattaagtttattaaatgaaaggtccaa 37640613  T
Q  210 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatg 309  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37640614 atatgttagttgggtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatctgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatg 37640713  T
Q  310 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  37640714 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgat 37640813  T
Q  410 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaaga 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  37640814 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttttcgtagactaagagaaaccaaaga 37640913  T
Q  510 ggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctc 545  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  37640914 ggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctc 37640949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 560
Target Start/End: Original strand, 37712166 - 37712716
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  37712166 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgctaaatatttcaatttgattaaatttccataaacatttgggatgctac 37712265  T
Q  110 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaa 209  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  37712266 cgctaaagttattatatgcaagataacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattcaatgaaaggtccaa 37712365  T
Q  210 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatg 309  Q
    || ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37712366 atgtgttagttgggtgagattccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatg 37712465  T
Q  310 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 409  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  ||  ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  37712466 gaataaggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgat 37712565  T
Q  410 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaaga 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  37712566 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtctcgtagactaagagaaaccaaaga 37712665  T
Q  510 ggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacat 560  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37712666 ggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacat 37712716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 560
Target Start/End: Original strand, 37824437 - 37824987
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  37824437 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacatttgggatgctac 37824536  T
Q  110 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaa 209  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||| |||    
T  37824537 cgctaaagttattctctgcaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagcttattttgtgaaaggtccaa 37824636  T
Q  210 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatg 309  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37824637 atatgttagttgggtgaggttccacaaagatagaggaacaatcccatcaaaattgcaatatgaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatg 37824736  T
Q  310 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 409  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  ||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37824737 gaataaggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggtccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatgat 37824836  T
Q  410 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaaga 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37824837 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttcgtagactaagagaaaccaaaga 37824936  T
Q  510 ggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacat 560  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||    
T  37824937 ggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctctccgattgaagacat 37824987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 560
Target Start/End: Original strand, 37697329 - 37697879
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37697329 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctac 37697428  T
Q  110 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaa 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||    
T  37697429 cgctaaagttattatttgcaagattacaatcaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatttgaaagatccaa 37697528  T
Q  210 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatg 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||   |||||   ||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  37697529 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaccatgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattgacctatg 37697628  T
Q  310 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||  |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  37697629 gaataaggaatttcacctgagaaagcagtgtaagagaggtctaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgat 37697728  T
Q  410 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaaga 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37697729 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttcgtagactaagagaaaccaaaga 37697828  T
Q  510 ggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacat 560  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||    
T  37697829 ggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctctccgattgaagacat 37697879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 560
Target Start/End: Original strand, 37533642 - 37534192
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  37533642 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgataaatattccaatttgattaaatttccataaacatttgggatgctag 37533741  T
Q  110 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaa 209  Q
    | |||||||||||  || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||    
T  37533742 cactaaagttattcaatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatgtgaaagatccaa 37533841  T
Q  210 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatg 309  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37533842 atatgttagttgggtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatcaaaattgcagaatgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatg 37533941  T
Q  310 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 409  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37533942 gaataaggaatttcacctgaaaaagcagagaaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 37534041  T
Q  410 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaaga 509  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||    
T  37534042 tagatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaaccaaaga 37534141  T
Q  510 ggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacat 560  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37534142 ggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacat 37534192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 545
Target Start/End: Original strand, 37703210 - 37703745
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |    
T  37703210 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttagcttgttagaggaaagtgataaatattccaatttgtttaaatttccataaacaattgggatgcctc 37703309  T
Q  110 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaa 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37703310 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaa 37703409  T
Q  210 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatg 309  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37703410 atatgttagttgggtgagattccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatgtgaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatg 37703509  T
Q  310 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 409  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  ||  ||||| |||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37703510 gaataaggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggttcaagtatcttagaggagagctccagttggattttggaagttgaccactaaggttataat 37703609  T
Q  410 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaaga 509  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||    
T  37703610 tgaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaaccaaaga 37703709  T
Q  510 ggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctc 545  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  37703710 ggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctc 37703745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 545
Target Start/End: Original strand, 37594866 - 37595401
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37594866 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttaaaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctac 37594965  T
Q  110 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaa 209  Q
    ||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||  ||||    
T  37594966 cgctaaagttattatctgtaagatcataatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgtcaagcttattatatgaaagactcaa 37595065  T
Q  210 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatg 309  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||   |||||   ||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  37595066 atatgttagttgggtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaatggcaccatgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattgacctatg 37595165  T
Q  310 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 409  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37595166 gaataaggaatttcacctgaaaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctcaagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 37595265  T
Q  410 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaaga 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  37595266 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttcgtagaagaagagaaaccaaaga 37595365  T
Q  510 ggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctc 545  Q
    |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  37595366 ggatgaaaaattctttagcatggacaaagagctctc 37595401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 37400430 - 37399880
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37400430 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctac 37400331  T
Q  110 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaa 209  Q
      |||||||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37400330 tactaaagttattaaatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaa 37400231  T
Q  210 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatg 309  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||   ||||  |||||||| |||||||||| ||||||    
T  37400230 atatgttagttgggtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaccgtgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattggcctatg 37400131  T
Q  310 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 409  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||  ||  ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  37400130 gaatagggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgat 37400031  T
Q  410 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaaga 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||    
T  37400030 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaaccaaaga 37399931  T
Q  510 ggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacat 560  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  37399930 ggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgagggaagacat 37399880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 560
Target Start/End: Original strand, 37436249 - 37436799
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  37436249 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggctgttggaggaaagtgataaatattccaatttggttaaattttgataaacatttggaatgctac 37436348  T
Q  110 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaa 209  Q
    ||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||| ||  | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||| |||    
T  37436349 cgctaaagttattatatccaaggtcacaataaatgaggtgtgaggggtttgaaagtaatggtgaaatctcactgttaagtttatttcttgaaaggtccaa 37436448  T
Q  210 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatg 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37436449 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaacctaaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatg 37436548  T
Q  310 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  37436549 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgat 37436648  T
Q  410 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaaga 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||  || |||||||||||||||||||||    
T  37436649 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactgagtggatgctagactaagagaaaccaaaga 37436748  T
Q  510 ggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacat 560  Q
     |||||||||||| ||| || | |||||||||||||||  |||||||||||    
T  37436749 agatgacaaattcgttaacaacgacaaagagctctctccaattgaagacat 37436799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 101 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 37392485 - 37392041
Alignment:
Q  101 ggatgctaccgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatga 200  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||    
T  37392485 ggatgttaccgctaaagtaattatatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggttcaaaaataatggtgagatctcaccgttaagtttattttgtga 37392386  T
Q  201 aaggttcaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaat 300  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||     
T  37392385 aaggtccaaatgtgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatatgaaaggactaattgagtaagatacttcaaa 37392286  T
Q  301 tgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagat-aaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccacta 399  Q
    || ||||| || |  |||||||||||||||||||  |||   |   |||| |||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||| |||    
T  37392285 tggcctatagatttgggaatttcacctgagaaag-tgatgccagataggtccaagtaccttagaggagtgctccagtttgattttggaagtttaccgcta 37392187  T
Q  400 aggttatcattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagag 499  Q
    ||    ||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| || | | |  ||| |||||||    
T  37392186 ag---ttcattatttgacaaatctagtctttgaagattaggtaaagagaggatggcacttgacaaatttccttgcaacccaatttctcctagcctaagag 37392090  T
Q  500 aaaccaaagaggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctct 548  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  37392089 aaaccaaagaggatgacacattctttagcatagacaaagagctctctct 37392041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 10 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 37381953 - 37381415
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||||  |||| || |||  ||| | | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  37381953 agattaaacagtgatgatggaactaggccacttagattattaccggagaatcctaaatattctaatttgattaaattttcaaaaacatttgggatgctac 37381854  T
Q  110 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaa 209  Q
    ||||||||||||||||   ||||| | | | | ||||| || | || ||||||||| ||| || ||||||||| ||||| || ||   |  || |  |||    
T  37381853 cgctaaagttattatactgaagatcaaagtaagtgaggtgtgtaagttttgaaagtgatgatgggatctcacctttaagattgttgctttgaaagaacaa 37381754  T
Q  210 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatg 309  Q
      |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  || || ||||||||   |  |||| |||| ||||| ||||||||||| || ||||||    
T  37381753 ggatgtgagttgagtgaggttccccaaagatggaggaatcaacccgtcaaaattgcacatttcaaggtctaattgagttagagacttcaactggcctatg 37381654  T
Q  310 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |    |  ||||| ||||||||| | || ||||||||||||||| || ||||||||||  || || |  | ||    
T  37381653 gaataaggaatttcacctgagaaaggggtgcgagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggatttcggaagttgactgctcagatatttat 37381554  T
Q  410 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaaga 509  Q
    || |||| ||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| | |  ||||| |||||||||||||||    
T  37381553 tagatgataaatctagtgtttggagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtttctcctagaccaagagaaaccaaaga 37381454  T
Q  510 ggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctct 548  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||    
T  37381453 ggatgacaaattctttagcatagataaagagctcgctct 37381415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 157 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 37412747 - 37412513
Alignment:
Q  157 tttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccat 256  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||    
T  37412747 tttgaaagtaatgatgggatttcaccgttaagtttgttaaatgaaaggtccaaatgtgttagttgagtgaggttccataaagattgaggaatcaatccat 37412648  T
Q  257 ctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagta 356  Q
      ||||  ||  ||  |||   ||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||  ||| | ||||||    
T  37412647 gcaaatcacatgctttaagcgataactggttgagagacttcaactgacctatggaataaggaatttcacctgagaaaaaagttaaagagagatccaagta 37412548  T
Q  357 ccttagagaagtgctccagttggactttggaagtt 391  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  37412547 ccttagaggagtgctccagttgaacattggaagtt 37412513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 213 - 557
Target Start/End: Original strand, 37429486 - 37429834
Alignment:
Q  213 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |   |||  ||||| || | ||||||| ||||||| |||||| ||||||| |  |||||||||    
T  37429486 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaagaacagcatagaaattacagtttgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaa 37429585  T
Q  313 taaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaa 412  Q
    || ||||||||| | ||||| || |   |   ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||  |||||||    
T  37429586 tagggaatttcatccgagaaggcggtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaa 37429685  T
Q  413 atgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtca----cttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaag 508  Q
    | |||||||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||||    ||||  | |||| |||||||  ||||| ||| ||||  |||||  |||||||    
T  37429686 aagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaattttcttgcaagccagtgattgatagatcaagagcgaccaaag 37429785  T
Q  509 aggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaaga 557  Q
    |||| || |||||| |||||| | ||||||| |||||||||||| ||||    
T  37429786 aggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattaaaga 37429834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 438 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 37412504 - 37412382
Alignment:
Q  438 aggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcatcaacaaa 537  Q
    |||||||||| | |||||||||| || ||||||||||||   ||||||   |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  37412504 aggtaaagagggaatgtcacttgctaaatttccttgcaaactagtgttccctagactaagagagaccagagaggatgacaaattctttagcagcgacaaa 37412405  T
Q  538 gagctctctctgattgaagacat 560  Q
    ||  |||||||||| ||||||||    
T  37412404 gaattctctctgatggaagacat 37412382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 16842494 - 16841944
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16842494 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttagactgttagaggaaagtgatagatattctaatttgcttaaatttccataaacaattgggatgctac 16842395  T
Q  110 cgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaa 209  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||    
T  16842394 cgctaaagttattaaatacaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatttgaaagatccaa 16842295  T
Q  210 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatg 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16842294 atatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaaaatgaaaggactaaatgagtaagagactttaattgacctatg 16842195  T
Q  310 gaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat 409  Q
    ||||| |  ||||| |||||||||||||    |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||    
T  16842194 gaataggagatttctcctgagaaagcagtatgagagaggtacaagtaccttagaggagtgctccagttggattttggaagttgaccactaaggtcttgat 16842095  T
Q  410 taaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaaga 509  Q
    ||  ||||||||| | |||||||||||| |  |||||||| ||||||||| | | ||||||||||||  ||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  16842094 tatgtgacaaatctagtctttgaagatttgacaaagagagtatgtcacttaacaaatttccttgcaaaccagtgtttgctagatgaagagaaaccaaaga 16841995  T
Q  510 ggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacat 560  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||    
T  16841994 ggatgacaaattgtttagcattgacaaagagctctctccaattgaagacat 16841944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 21 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 24217347 - 24216817
Alignment:
Q  21 tgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagtta 120  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||  | ||| | |||||||||||| | |  |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  ||||||||    
T  24217347 tgatgatggaatttggccacttagactattaaaagaaagtgctaaaaagtttaatttgattaaattttcaaaaacatttgggatgttaccattaaagtta 24217248  T
Q  121 ttatatgcaagattacaatgaa-tgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagt 219  Q
    |||  |  |||||   || ||| ||||| || |||||||||||||||||| || |||||| || ||||| || ||   ||||||| | ||  |||| |||    
T  24217247 ttaatttgaagatct-aaggaagtgaggtgtgtgaggtttgaaagtaatgatgggatctcgcctttaagattgttgtttgaaaggcttaagaatgtgagt 24217149  T
Q  220 tgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaa 319  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||| | |||||| || |||||  | | ||||  ||| |||| |||| ||||||| ||||| || || || | ||    
T  24217148 tgagtgagcttccacaaagatgaaggaacaaatccatcaaatttgcaccccgtaagggataagtgagcaagaaacttcaactgaccaatagagtatgaaa 24217049  T
Q  320 tttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaa 419  Q
    |||||||||||||| |||| |||  ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||  | |||  |||||||    
T  24217048 tttcacctgagaaaccagagaaagagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaaatttaccacgaaggtcttgattcgatgacaa 24216949  T
Q  420 atccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaa 519  Q
    ||| | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24216948 atctagtttttgaagatttggtaaagagaggatgtcacttgacatatttccttgcaatccagtggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaa 24216849  T
Q  520 ttctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaaga 557  Q
    ||||||||      ||||||||||||||||||||||||    
T  24216848 ttctttag------caaagagctctctctgattgaaga 24216817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 198 - 560
Target Start/End: Original strand, 14553768 - 14554130
Alignment:
Q  198 tgaaaggttcaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttc 297  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14553768 tgaaaggtccaaatgtgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttc 14553867  T
Q  298 aattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccac 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14553868 aattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagagtaatggaggtacaagtaccttagaggagtactccagttggattttggaagttgaccac 14553967  T
Q  398 taaggttatcattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaag 497  Q
    ||||   |||||||  |  |||||| | | |||||||||| || |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| | ||||||| |||||||||    
T  14553968 taagaccatcattacctaccaaatctagtttttgaagatttggcaaagagagtatgtcacttgacaaatttccttgcaacccggtgtttgctagactaag 14554067  T
Q  498 agaaaccaaagaggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacat 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14554068 agaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacat 14554130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 10 - 122
Target Start/End: Original strand, 14553652 - 14553764
Alignment:
Q  10 agatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctac 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||| |    
T  14553652 agattaaaaagtgatgatggaacttggcctgctaggttgttagagaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaacatctgggatgctcc 14553751  T
Q  110 cgctaaagttatt 122  Q
     ||| ||||||||    
T  14553752 agcttaagttatt 14553764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University