View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17596_low_50 (Length: 254)

Name: NF17596_low_50
Description: NF17596
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17596_low_50
NF17596_low_50
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (14-254)||(6852921-6853161)
chr3 (14-254)||(6858024-6858264)
chr3 (14-254)||(8464745-8464985)
chr3 (14-254)||(10591264-10591504)
chr3 (14-254)||(10672907-10673147)
chr3 (14-254)||(8458306-8458547)
chr3 (14-254)||(31076371-31076611)
chr3 (14-254)||(1302213-1302454)
chr3 (14-254)||(31081476-31081716)
chr3 (14-254)||(4049802-4050043)
chr3 (14-254)||(33702568-33702809)
chr3 (14-254)||(5481457-5481697)
chr3 (19-254)||(10584827-10585062)
chr3 (14-254)||(4054936-4055177)
chr3 (14-254)||(10678020-10678262)
chr3 (14-254)||(5457980-5458221)
chr3 (19-228)||(33703299-33703509)
chr3 (14-249)||(49784491-49784716)
chr3 (14-126)||(3187551-3187663)
chr3 (14-122)||(20891054-20891162)
chr3 (14-125)||(18024246-18024357)
chr3 (14-249)||(29827424-29827633)
chr3 (175-236)||(18024167-18024228)
chr3 (174-235)||(20891182-20891243)
chr3 (187-235)||(18023560-18023607)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (14-254)||(26986958-26987198)
chr8 (14-254)||(26981844-26982085)
chr8 (14-254)||(34108224-34108466)
chr8 (14-254)||(14314880-14315120)
chr8 (14-254)||(14318584-14318824)
chr8 (14-254)||(18494146-18494385)
chr8 (21-250)||(43956823-43957051)
chr8 (14-250)||(10340940-10341166)
chr8 (14-134)||(25953248-25953368)
chr8 (14-127)||(18608724-18608837)
chr8 (20-91)||(18885065-18885136)
chr8 (169-249)||(18608624-18608703)
chr8 (49-119)||(1781869-1781939)
chr8 (187-248)||(25953150-25953211)
chr8 (169-225)||(1781968-1782024)
chr8 (214-250)||(18616167-18616203)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (14-254)||(12856784-12857024)
chr7 (14-254)||(26051016-26051256)
chr7 (14-254)||(26056129-26056369)
chr7 (14-254)||(26060375-26060615)
chr7 (14-254)||(26065488-26065728)
chr7 (14-254)||(12851669-12851911)
chr7 (14-167)||(14610359-14610512)
chr7 (19-114)||(11056625-11056720)
chr7 (14-127)||(4181478-4181590)
chr7 (19-249)||(5440274-5440492)
chr7 (19-249)||(5449284-5449502)
chr7 (14-126)||(37459938-37460050)
chr7 (169-249)||(4181377-4181457)
chr7 (14-80)||(35352434-35352500)
chr7 (202-254)||(14610512-14610564)
chr7 (169-225)||(37459861-37459917)
chr7 (14-61)||(5436692-5436739)
chr7 (169-214)||(35352330-35352375)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (14-254)||(21275768-21276008)
chr6 (17-249)||(21936660-21936886)
chr6 (14-249)||(21937565-21937796)
chr6 (14-249)||(24509698-24509930)
chr6 (14-134)||(20752207-20752327)
chr6 (14-134)||(24508917-24509037)
chr6 (14-125)||(2887485-2887596)
chr6 (14-125)||(2889207-2889318)
chr6 (14-126)||(11183263-11183375)
chr6 (169-249)||(24508834-24508914)
chr6 (169-249)||(20752112-20752192)
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (14-254)||(35096023-35096263)
chr4 (14-254)||(35090910-35091150)
chr4 (14-246)||(30019824-30020059)
chr4 (14-254)||(32429262-32429492)
chr4 (14-250)||(18670835-18671061)
chr4 (19-129)||(18737162-18737272)
chr4 (14-126)||(34279588-34279700)
chr4 (19-129)||(18716489-18716599)
chr4 (14-127)||(14643826-14643939)
chr4 (18-127)||(34128333-34128442)
chr4 (14-126)||(54859254-54859366)
chr4 (19-125)||(47071408-47071514)
chr4 (14-236)||(3424697-3424909)
chr4 (169-250)||(3409581-3409662)
chr4 (169-249)||(54859151-54859232)
chr4 (169-249)||(34128234-34128314)
chr4 (169-249)||(34279487-34279567)
chr4 (169-225)||(22118855-22118911)
chr4 (169-250)||(14643718-14643799)
chr4 (166-249)||(25618281-25618357)
chr4 (169-219)||(47071535-47071585)
chr4 (47-108)||(34602060-34602121)
chr4 (44-125)||(3409695-3409781)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (14-254)||(9877508-9877748)
chr5 (14-254)||(9872393-9872633)
chr5 (14-254)||(39903840-39904080)
chr5 (14-254)||(39908953-39909193)
chr5 (19-250)||(13556277-13556509)
chr5 (14-249)||(2022959-2023183)
chr5 (19-249)||(35368875-35369095)
chr5 (14-135)||(4555648-4555769)
chr5 (54-125)||(43540857-43540928)
chr5 (41-113)||(25184114-25184186)
chr5 (171-230)||(4555772-4555831)
chr5 (14-73)||(43378432-43378491)
chr5 (169-224)||(43540779-43540834)
chr5 (92-148)||(43378485-43378541)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (14-254)||(17720495-17720735)
chr2 (14-254)||(45120381-45120622)
chr2 (14-254)||(14917351-14917591)
chr2 (19-248)||(30283425-30283645)
chr2 (14-249)||(42780179-42780403)
chr2 (19-127)||(716267-716375)
chr2 (19-127)||(16284437-16284546)
chr2 (166-249)||(20892323-20892406)
chr2 (167-249)||(716402-716484)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (14-254)||(1988-2228)
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (14-254)||(28574292-28574532)
chr1 (14-254)||(28598304-28598544)
chr1 (14-254)||(3468062-3468303)
chr1 (14-157)||(3465468-3465611)
chr1 (14-250)||(43358748-43358974)
chr1 (19-250)||(10186554-10186783)
chr1 (14-249)||(44524005-44524231)
chr1 (21-249)||(19310826-19311043)
chr1 (19-137)||(17414621-17414740)
chr1 (30-230)||(21431675-21431865)
chr1 (19-128)||(35626172-35626281)
chr1 (14-127)||(1187823-1187935)
chr1 (14-142)||(13654330-13654461)
chr1 (14-80)||(16051201-16051267)
chr1 (169-249)||(16051335-16051415)
chr1 (178-249)||(13654468-13654539)
chr1 (173-230)||(3701491-3701548)
chr1 (171-230)||(17414561-17414620)
chr1 (14-61)||(29681585-29681632)
chr1 (14-61)||(48366213-48366260)
chr1 (169-249)||(1187961-1188041)
chr1 (183-227)||(10185832-10185876)
chr1 (169-249)||(35653227-35653307)
[»] scaffold0005 (2 HSPs)
scaffold0005 (14-127)||(173353-173466)
scaffold0005 (169-250)||(173493-173574)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (14-142)||(144091-144222)
scaffold0006 (178-249)||(144229-144300)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 6853161 - 6852921
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6853161 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 6853062  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6853061 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 6852962  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6852961 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 6852921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 6858264 - 6858024
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6858264 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 6858165  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6858164 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 6858065  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6858064 acatgagagaaatcacctctttaacttgaatcaatgccatg 6858024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 8464745 - 8464985
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8464745 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 8464844  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8464845 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 8464944  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8464945 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgtcatg 8464985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 10591504 - 10591264
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10591504 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaggaattatgttgttaa 10591405  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10591404 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 10591305  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10591304 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 10591264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 10673147 - 10672907
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10673147 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 10673048  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10673047 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 10672948  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10672947 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 10672907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 8458306 - 8458547
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8458306 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 8458405  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgccc-aaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8458406 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 8458505  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8458506 cacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatg 8458547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 31076611 - 31076371
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31076611 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 31076512  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31076511 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatgttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttataatgcattatatgactcttc 31076412  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31076411 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 31076371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 1302454 - 1302213
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1302454 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 1302355  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggt-ttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1302354 tgtaacaaaattttgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 1302255  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1302254 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 1302213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 31081716 - 31081476
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31081716 aacagtattttacagatttatggttccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 31081617  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31081616 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatgttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttataatgcattatatgactcttc 31081517  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31081516 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 31081476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 4049802 - 4050043
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4049802 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 4049901  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtgg-tttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4049902 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 4050001  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4050002 cacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatg 4050043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 33702809 - 33702568
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33702809 aacagtattttacatatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 33702710  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggt-ttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33702709 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtctattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 33702610  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33702609 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 33702568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 5481697 - 5481457
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5481697 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 5481598  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5481597 tgtaacaaaattctgtccaagttgtgtgtagttgtgtggtttttttatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 5481498  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  5481497 acatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgtcatg 5481457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 10585062 - 10584827
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10585062 tattttacagatttatggttctagctattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaggaattatgttgttaatgtaa 10584963  T
Q  119 caaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10584962 caaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatg 10584863  T
Q  219 agagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10584862 agagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatg 10584827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 4054936 - 4055177
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4054936 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattaaagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 4055035  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtgg-tttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4055036 tgtaacaaaattctatccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 4055135  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4055136 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 4055177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 10678262 - 10678020
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10678262 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 10678163  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattata--tgactct 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  10678162 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgtgactct 10678063  T
Q  212 tcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10678062 tcacatgaaagaaagcacctttttaacttgaatcaatgccatg 10678020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 5458221 - 5457980
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5458221 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 5458122  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggt-ttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5458121 tgtaacaaaattctgtccaagttgtgtgtagttgtgtggttttttttatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 5458022  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  5458021 cacatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgtcatg 5457980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 228
Target Start/End: Original strand, 33703299 - 33703509
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33703299 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaa 33703398  T
Q  119 caaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtgg-tttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacat 217  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33703399 caaaattatgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacat 33703498  T
Q  218 gagagaaagca 228  Q
    |||||||||||    
T  33703499 gagagaaagca 33703509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 249
Target Start/End: Original strand, 49784491 - 49784716
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| |  |||||||||||||||    
T  49784491 aacaatattttccagatttatggttccagcaattcactcatgaattagagaattgatagatgatttaaagtaaaagaatgagggggaattatgttgttaa 49784590  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    || |||||||||||||||||| | |||||         ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49784591 tgcaacaaaattctgtccaaaat-tgtgt---------gttgttgtatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 49784680  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||||||||||| |||   ||| |||||||||||||    
T  49784681 acatgagagaaaacactcatttgacttgaatcaatg 49784716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 14 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 3187663 - 3187551
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  3187663 aacaatattttacagatttatggttcgagcaattcactcatgcattaaagaattgatagatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaa 3187564  T
Q  114 tgtaacaaaattc 126  Q
    ||| |||||||||    
T  3187563 tgtcacaaaattc 3187551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 14 - 122
Target Start/End: Original strand, 20891054 - 20891162
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| | |||||||||||||| |    
T  20891054 aacagtattttatagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagcgaatgagggagaattatgttgttta 20891153  T
Q  114 tgtaacaaa 122  Q
    |||||||||    
T  20891154 tgtaacaaa 20891162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 14 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 18024357 - 18024246
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  18024357 aacaatattttacagatttattgttctaacaattcattcatgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaa 18024258  T
Q  114 tgtaacaaaatt 125  Q
    ||||||||||||    
T  18024257 tgtaacaaaatt 18024246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 14 - 249
Target Start/End: Original strand, 29827424 - 29827633
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| | ||||||| ||| ||||    
T  29827424 aacagtattttacagatttat-----cagcaattcactcatgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgagggagaattaggttattaa 29827518  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    || |||||||||||          ||| ||      || ||||||    || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  29827519 tgcaacaaaattct----------tgttta------tgttttttg----tcaaactaatgcccaaatgccaagcatttataatgcattatatgact-ttc 29827597  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  29827598 acatgatagaaaacacccctttgacttgaatcaatg 29827633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 175 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 18024228 - 18024167
Alignment:
Q  175 ccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctcttta 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  18024228 ccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacacctcttta 18024167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 174 - 235
Target Start/End: Original strand, 20891182 - 20891243
Alignment:
Q  174 cccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctcttt 235  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  20891182 cccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacaccccttt 20891243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 18023607 - 18023560
Alignment:
Q  187 catttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctcttt 235  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  18023607 catttataatgtattatatgac-cttcacatgagagaaaacacctcttt 18023560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 26987198 - 26986958
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26987198 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 26987099  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26987098 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 26986999  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26986998 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 26986958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 26982085 - 26981844
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26982085 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 26981986  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggt-ttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26981985 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgactctt 26981886  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26981885 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 26981844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 34108224 - 34108466
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34108224 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 34108323  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttg--tatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactct 211  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34108324 tgtaacaaaattctgtccaagttgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactct 34108423  T
Q  212 tcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34108424 tcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgtcatg 34108466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14315120 - 14314880
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14315120 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 14315021  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14315020 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 14314921  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14314920 acatgagagaaaacacctatttaacttgaatcaatgccatg 14314880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14318824 - 14318584
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14318824 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 14318725  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14318724 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 14318625  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14318624 acatgagagaaaacacctatttaacttgaatcaatgccatg 14318584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 18494385 - 18494146
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18494385 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 18494286  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18494285 tgtaacaaaattctatccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 18494186  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  18494185 acatgagagaaagcacct-tttaacttgaatcaatgtcatg 18494146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 43957051 - 43956823
Alignment:
Q  21 ttttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaaca 120  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43957051 ttttacaaatttatggtttcagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatgatgaagaattatgttgttaatgcaaca 43956952  T
Q  121 aaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgag 220  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43956951 aaattatgtccaaattgtgtgtagttgtgt-gtttttgtatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgag 43956853  T
Q  221 agaaagcacctctttaacttgaatcaatgc 250  Q
    |||||||||   ||| ||||||||||||||    
T  43956852 agaaagcactcatttgacttgaatcaatgc 43956823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10341166 - 10340940
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  10341166 aacaatattttacagatttatgattccagcaattcactcatgcattagagaatttatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaa 10341067  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    || |||||||||||||||||| |   ||||        |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10341066 tgcaacaaaattctgtccaaaat---tgta-------tgtttttatatgtccaactaatgcccaaatgccaagcatttatggtgcattatatgactcttc 10340977  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgc 250  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10340976 acatgagaaaaagcacctctttgacttgaatcaatgc 10340940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 14 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 25953368 - 25953248
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||    
T  25953368 aacagtattgtacatatttatggttcaagcaattcactcatgcattagacaattgatggatgatttagagtatgagaatgatggagaattatgttgttaa 25953269  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaa 134  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  25953268 tgtaacaaaattctgtccaaa 25953248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 14 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 18608837 - 18608724
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  18608837 aacagtattttacagatttatcgttccgtcaattaactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaa 18608738  T
Q  114 tgtaacaaaattct 127  Q
    ||||||||||||||    
T  18608737 tgtaacaaaattct 18608724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 91
Target Start/End: Original strand, 18885065 - 18885136
Alignment:
Q  20 attttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaa 91  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  18885065 attttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaa 18885136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 18608703 - 18608624
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  18608703 taatgcctaaatgccaaacatttgtagtgcattatatgac-cttcacatgagagaaaacacccctttaacttgaatcaatg 18608624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 49 - 119
Target Start/End: Original strand, 1781869 - 1781939
Alignment:
Q  49 actcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaac 119  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  1781869 actcatgaattagagaattggtggatgattttgagtaagagaatgagggataattatgttgttaatgtaac 1781939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 187 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 25953211 - 25953150
Alignment:
Q  187 catttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaat 248  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||  ||| |||| |||||||    
T  25953211 catttatagtgcattatatgaccattcacatgagagaaaacacccatttgacttaaatcaat 25953150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 225
Target Start/End: Original strand, 1781968 - 1782024
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 225  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||    
T  1781968 taatgtccaaatgtcaaacatttatagtgcagtatacgacctttcacatgagagaaa 1782024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 250
Target Start/End: Original strand, 18616167 - 18616203
Alignment:
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgc 250  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  18616167 acatgagagaaaacacccctttaacttgaatcaatgc 18616203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 12856784 - 12857024
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12856784 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 12856883  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12856884 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 12856983  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12856984 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 12857024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 26051016 - 26051256
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26051016 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 26051115  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26051116 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 26051215  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26051216 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 26051256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 26056129 - 26056369
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26056129 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 26056228  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26056229 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 26056328  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26056329 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 26056369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 26060375 - 26060615
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26060375 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 26060474  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26060475 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 26060574  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26060575 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 26060615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 26065488 - 26065728
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26065488 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 26065587  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26065588 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 26065687  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26065688 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 26065728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 12851669 - 12851911
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12851669 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 12851768  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatc--caactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactct 211  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12851769 tgtaacaaaattttgtccaaattgtgtgtagttgtatggtttttgtatatcttcaactaatgcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatatgactct 12851868  T
Q  212 tcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  12851869 tcacatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgtcatg 12851911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 167
Target Start/End: Original strand, 14610359 - 14610512
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14610359 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatgatgaagaattatgttgttaa 14610458  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaa 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14610459 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaa 14610512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 114
Target Start/End: Original strand, 11056625 - 11056720
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  11056625 tattttacagatttatggttccaacaattcactcatgcattaaagaattgatggatgatttaaagtaagagaatgataaagaattatgttgttaat 11056720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 14 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 4181590 - 4181478
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  4181590 aacagtattttacgggtttatggttcgagcaat-cactcatgcattagagaattgatggatgatttagattaagagaatgagggagaattatgttgttaa 4181492  T
Q  114 tgtaacaaaattct 127  Q
    || |||||||||||    
T  4181491 tgcaacaaaattct 4181478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 5440492 - 5440274
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  5440492 tattttacagatgtatggttccagcaatttactcaagctttagagaattgatcgatgatttagagtaagggaatgagggagaattatgttgttaatgtaa 5440393  T
Q  119 caaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatcc-aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacat 217  Q
     |||| |   ||    ||||      |  ||| |||||||| | ||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5440392 taaaaat---tc----ttgt------tcttgttgtttttgtgtgtccaaattaaagcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgacccttcacat 5440306  T
Q  218 gagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  5440305 gagagaaaacacccatttgacttgaatcaatg 5440274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 5449502 - 5449284
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  5449502 tattttacagatgtatggttccagcaatttactcaagctttagagaattgatcgatgatttagagtaagggaatgagggagaattatgttgttaatgtaa 5449403  T
Q  119 caaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatcc-aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacat 217  Q
     |||| |   ||    ||||      |  ||| |||||||| | ||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5449402 taaaaat---tc----ttgt------tcttgttgtttttgtgtgtccaaattaaagcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgacccttcacat 5449316  T
Q  218 gagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  5449315 gagagaaaacacccatttgacttgaatcaatg 5449284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 37460050 - 37459938
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | |||||||||||||| |    
T  37460050 aacaatattttacagatatatggtttcagcaattcgctaatgcatcagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgtgggagaattatgttgttca 37459951  T
Q  114 tgtaacaaaattc 126  Q
    ||||||| |||||    
T  37459950 tgtaacataattc 37459938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4181457 - 4181377
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  4181457 taatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgactcttcatatgagagaaaacaccattttgacttgaatcaatg 4181377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 14 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 35352500 - 35352434
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgattta 80  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35352500 aacagtattttatagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatggttta 35352434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 202 - 254
Target Start/End: Original strand, 14610512 - 14610564
Alignment:
Q  202 atatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14610512 atatgactcttcacatgagagaaagcacctctttgacttgaatcaatgccatg 14610564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 169 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 37459917 - 37459861
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 225  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  37459917 taatgcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatatgtccattcacatgagagaaa 37459861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 14 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 5436739 - 5436692
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattag 61  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  5436739 aacaatattttacagatttatggttcaagcaattcactaatgcattag 5436692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 169 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 35352375 - 35352330
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttca 214  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  35352375 taatgcccaaatgtcaagcatatatggtgcattatatgacccttca 35352330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 21275768 - 21276008
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21275768 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 21275867  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21275868 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 21275967  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21275968 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 21276008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 21936886 - 21936660
Alignment:
Q  17 aatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21936886 aatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatagatgatttagagtatgagaatgatggagaattatgttgttaatgt 21936787  T
Q  117 aacaaaattctgtcc-aaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcac 215  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||  || ||| ||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21936786 aacaaagttcagtccaaaattgtgtgttgttgt-tg--ttgtgt-ta---aactaatgcccaaatgttaagcatttatagtgcattatatgacccttcac 21936694  T
Q  216 atgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  21936693 atgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatg 21936660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 249
Target Start/End: Original strand, 21937565 - 21937796
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||    
T  21937565 aacaatattatacaaatttatggttccagcaattcactcatgcatttgagaattgatggatgttttagaataagagagtgatggaaaattatgttgttaa 21937664  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtcc-aaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||  ||| ||| |||  | |  |||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||    
T  21937665 tgt-acaaaattatgtccaaaattgtgtgttgt--tgttgttgttg--tgttaaactaatgcccaaatgccaaacatttatagtgcgttatatgaccctt 21937759  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||    
T  21937760 cacatgagagaaaatacccctttgacttgaatcaatg 21937796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 249
Target Start/End: Original strand, 24509698 - 24509930
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  24509698 aacagtattttacaaatttatggttccaacaattcactaatgcattagagaattgatggatgatttaaagtaaaagaatgatggagaattatgttgttaa 24509797  T
Q  114 tgtaacaaaattctgt-ccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    ||||||| |||| ||| | ||||| ||| || |  ||| ||| | |  | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  24509798 tgtaacataattttgtacaaaattatgtataat--tgttgttgtcg--tgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgaacctt 24509893  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  24509894 cacatgagagaaaacacccatttgacttgaatcaatg 24509930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 14 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 20752327 - 20752207
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  20752327 aacagtattttacagatttatggttccaacaattcactcatgcatcagagaattgatggatgacttatagtaagagaatggtgaagaattatgttgttaa 20752228  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaa 134  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  20752227 tgtaacaaaattctttccaaa 20752207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 14 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 24509037 - 24508917
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  24509037 aacagtattttacaaatttatgattccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaaaagaatgatggagaattatgttgttaa 24508938  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaa 134  Q
    ||||||| |||| ||| ||||    
T  24508937 tgtaacataattttgtacaaa 24508917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 14 - 125
Target Start/End: Original strand, 2887485 - 2887596
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||| |||    
T  2887485 aacactattttacagatttatgattccagcaattcactcatgcattagagagttgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttggtaa 2887584  T
Q  114 tgtaacaaaatt 125  Q
    || |||||||||    
T  2887585 tggaacaaaatt 2887596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 125
Target Start/End: Original strand, 2889207 - 2889318
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||| |||    
T  2889207 aacactattttacagatttatgattccagcaattcactcatgcattagagagttgatgaatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttggtaa 2889306  T
Q  114 tgtaacaaaatt 125  Q
    || |||||||||    
T  2889307 tggaacaaaatt 2889318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 11183375 - 11183263
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||   ||||||||||| |||     
T  11183375 aacagtattttacaggtttatggtttcagcaatttactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatgagagagaattatgttattat 11183276  T
Q  114 tgtaacaaaattc 126  Q
    |||||||||||||    
T  11183275 tgtaacaaaattc 11183263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 24508914 - 24508834
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| ||| ||| ||||||| |||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  24508914 taatgcccaaatgccaaacatttacagtacataatatgacccttctcatgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatg 24508834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 20752192 - 20752112
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||   ||| |||||||||||||    
T  20752192 taatgcctaaatgccaagtatttatagtgcattagatgacctttcacatgagagaaaacactcatttgacttgaatcaatg 20752112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 35096023 - 35096263
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35096023 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 35096122  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35096123 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 35096222  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35096223 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 35096263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 35090910 - 35091150
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  35090910 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaattttgatgaattatgttgttaa 35091009  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35091010 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtatggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 35091109  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35091110 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 35091150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 30020059 - 30019824
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  30020059 aacagtatttcacatatttatggttccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatggtgaagaattatgttgttaa 30019960  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtcc-aaattgtgtgtagttgtgtggt--ttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactc 210  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||  | || | | || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |    
T  30019959 tgtaacaaaattctgtccaaaattgtgtgttgttgtgttgttctgttctctgtcaaactaatgcccaaatgccaaacatttatagtgcattatatgaccc 30019860  T
Q  211 ttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatca 246  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  30019859 ttcacatgagagaaagcacccatttgacttgaatca 30019824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 32429492 - 32429262
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  32429492 aacagtattttacagatttatggttccaacaattcactcatgcattaaagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaa 32429393  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtcc-aaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    |  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||           |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32429392 tccaacaaaattctgtccaaaattgtgtgttgttgtgtg-----------tccaactaatgcacaaatgccaagcatttatagtgcattatatgactctt 32429304  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    || |||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  32429303 caaatgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatgccatg 32429262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 18670835 - 18671061
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  18670835 aacaatattttacagatttatggttccaacaagtcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaa 18670934  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatcc-aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    || |||| |||||||        || | || |||| |  || |||| | ||| || |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  18670935 tgcaacataattctg--------gtttcta-ttgtct--ttgttgtgtgtccaaattaattcccaaatgccaagcatttatagtccattatatgaccctt 18671023  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgc 250  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  18671024 cacatgagagaaagcacccatttgacttgaatcaatgc 18671061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 129
Target Start/End: Original strand, 18737162 - 18737272
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  18737162 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgaattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaa 18737261  T
Q  119 caaaattctgt 129  Q
    |||||||||||    
T  18737262 caaaattctgt 18737272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 14 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 34279700 - 34279588
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  34279700 aacagtattttacagatttatggtttcaggaattcactcatgcattagagaattgatggttgatttagagtaagagaacgaggaagaattatgttgttaa 34279601  T
Q  114 tgtaacaaaattc 126  Q
    |||||||||||||    
T  34279600 tgtaacaaaattc 34279588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 129
Target Start/End: Original strand, 18716489 - 18716599
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | |||||||||||||||||| ||    
T  18716489 tattttacagatttatggttccagcaattcactcttgtattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgggggagaattatgttgttaatgcaa 18716588  T
Q  119 caaaattctgt 129  Q
    |||||||||||    
T  18716589 caaaattctgt 18716599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 14 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 14643939 - 14643826
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||| |    
T  14643939 aacagtattttagagatttatggttccagcaattcacctatacattagagaattgatggatgatttagagtaagagaattaggaagaattatgttgttga 14643840  T
Q  114 tgtaacaaaattct 127  Q
    ||||||||||||||    
T  14643839 tgtaacaaaattct 14643826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 34128442 - 34128333
Alignment:
Q  18 atattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||| |||||||| |    
T  34128442 atattttacagatttatggtttcaacaattcactcatgcattagaaaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgatgttaatgca 34128343  T
Q  118 acaaaattct 127  Q
    ||||||||||    
T  34128342 acaaaattct 34128333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 54859366 - 54859254
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| | ||||| ||||||||||    
T  54859366 aacagtattttacggatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatggatgatttagagcaagagaatgagggagaatcatgttgttaa 54859267  T
Q  114 tgtaacaaaattc 126  Q
    ||| |||||||||    
T  54859266 tgtgacaaaattc 54859254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 47071408 - 47071514
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  47071408 tattttacaaatttatggttcaaacaattcactcattcattagagaattgatagataatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtaa 47071507  T
Q  119 caaaatt 125  Q
    |||||||    
T  47071508 caaaatt 47071514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 14 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 3424909 - 3424697
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaaga-attatgttgtta 112  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| | |||  |||||||||||    
T  3424909 aacagtattttacagatttatgtttccagtaactcactcatgcattagagaattaatggatgatttagagtaagagaatgagggagatcttatgttgtta 3424810  T
Q  113 atgtaac-aaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactct 211  Q
    | ||||| |||||| ||| ||   ||| ||| ||| ||     ||||| ||   || |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  3424809 aagtaacaaaaattttgttca---tgt-tgttgttctg-----tttgtcta---aattaatgcccaaatatcaaatatttatagtgcattatatgaccct 3424722  T
Q  212 tcacatgagagaaagcacctcttta 236  Q
    |||||||||||||| |||| |||||    
T  3424721 tcacatgagagaaaacaccccttta 3424697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 169 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 3409662 - 3409581
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgc 250  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||    
T  3409662 taatgcccaaatgtcaaatatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcctttgacttgaatcaatgc 3409581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 54859232 - 54859151
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagca-cctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||    
T  54859232 taatgcccaaatatcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacaccccctttgacttgaatcaatg 54859151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 34128314 - 34128234
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||   ||| |||||||||||||    
T  34128314 taatggccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacattagagaaaacactcatttgacttgaatcaatg 34128234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 34279567 - 34279487
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||   ||| |||||||||||||    
T  34279567 taatgctcaaatgtcgagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgacttgaatcaatg 34279487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 169 - 225
Target Start/End: Original strand, 22118855 - 22118911
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  22118855 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtatattatatgacccttcacatgagagaaa 22118911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 169 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14643799 - 14643718
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgc 250  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||  ||| ||||||||||||||    
T  14643799 taatgcacaaatatcaaacatttatagcgcattatatgacccttcacatgatagaaaacacccatttgacttgaatcaatgc 14643718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 166 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 25618357 - 25618281
Alignment:
Q  166 aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  25618357 aactaatgcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatg-------acatgagagaaaacacctctgtgacttgaatcaatg 25618281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 169 - 219
Target Start/End: Original strand, 47071535 - 47071585
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatga 219  Q
    |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  47071535 taatgcccaaatgttaaacatttatagtacattatatgacccttcacatga 47071585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 47 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 34602121 - 34602060
Alignment:
Q  47 tcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgtt 108  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||| ||||    
T  34602121 tcactcatgcataagaaaattgatggatgatttagagtaaaagaatgagggagaattgtgtt 34602060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 44 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 3409781 - 3409695
Alignment:
Q  44 aattcactcatgcattagagaatt----gatggatgatttagaataatagaatgatgaaga-attatgttgttaatgtaacaaaatt 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||| ||| ||||||| | |||  |||||||||||| ||| |||||||    
T  3409781 aattcactcatgcattagagaattaatatatggatgatttagagtaagagaatgagggagatcttatgttgttaaagtatcaaaatt 3409695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 9877748 - 9877508
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9877748 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 9877649  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9877648 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 9877549  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9877548 acatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgccatg 9877508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 9872633 - 9872393
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  9872633 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaattgtgaagaattatgttgttaa 9872534  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9872533 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 9872434  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9872433 acatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgccatg 9872393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 39903840 - 39904080
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39903840 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 39903939  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39903940 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgttttttcaactaatgccaaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 39904039  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39904040 acatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgccatg 39904080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 39908953 - 39909193
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39908953 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 39909052  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39909053 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtgatttttgttttttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 39909152  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39909153 acatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgccatg 39909193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13556509 - 13556277
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13556509 tattttacatatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 13556410  T
Q  119 caaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttt-tgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacat 217  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13556409 caaacttctgtccaaattgtgtgtagttgtgtccttttctgtatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacat 13556310  T
Q  218 gagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgc 250  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  13556309 gagagaaagcacccatttgacttgaatcaatgc 13556277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 249
Target Start/End: Original strand, 2022959 - 2023183
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  2022959 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatggtgaagaattatgttgttaa 2023058  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtcc-aaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||           ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2023059 tgtaacaaaattctgtccaaaattatgtgttgttgtgtg-----------tccaactaatgcccatatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 2023147  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  2023148 cacatgagagaaagcacc-ctttgacttgaatcaatg 2023183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 35369095 - 35368875
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| || ||| ||    
T  35369095 tattttacagatttatggttacaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgaggaagaattatgtttttgatgcaa 35368996  T
Q  119 caaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatg 218  Q
    ||||||||        |||| | | ||||||| ||| |||| | || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35368995 caaaattc--------ttgt-ttttgttgtgt-gttgttgtgtgtcaaattaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacttttcacatg 35368906  T
Q  219 agagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||| |||   ||| |||||||||||||    
T  35368905 agagaaaacactcatttgacttgaatcaatg 35368875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 135
Target Start/End: Original strand, 4555648 - 4555769
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4555648 aacattattttacagatttatggtaccaataattcactcatgcattagagaattaatggatgatttagagtaatagaatggtgaagaattatgttgttaa 4555747  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaat 135  Q
    |||||||||||| |||||||||    
T  4555748 tgtaacaaaattgtgtccaaat 4555769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 54 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 43540928 - 43540857
Alignment:
Q  54 tgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaatt 125  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  43540928 tgcattagagaattgatagatgatttagagtaagagaatgatggagaactatgttgttaatgtaacaaaatt 43540857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 41 - 113
Target Start/End: Original strand, 25184114 - 25184186
Alignment:
Q  41 agcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||    
T  25184114 agcaattcactaatacattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatggtgaagaaatatgttgttaa 25184186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 171 - 230
Target Start/End: Original strand, 4555772 - 4555831
Alignment:
Q  171 atgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacc 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  4555772 atgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactattaacatgagagaaaacacc 4555831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 14 - 73
Target Start/End: Original strand, 43378432 - 43378491
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatgga 73  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  43378432 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactaatgcattaaagaattgatgga 43378491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 169 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 43540834 - 43540779
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaa 224  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43540834 taatgcccagatgccaagtatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaa 43540779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 148
Target Start/End: Original strand, 43378485 - 43378541
Alignment:
Q  92 tgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgt 148  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||    
T  43378485 tgatggagaattatgttgataatgtaacaatattgtgtccaaattatgtgttgttgt 43378541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 17720735 - 17720495
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17720735 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 17720636  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17720635 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 17720536  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17720535 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 17720495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 45120381 - 45120622
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45120381 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattggagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 45120480  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtgg-tttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45120481 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 45120580  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45120581 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgtcatg 45120622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14917591 - 14917351
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14917591 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 14917492  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14917491 tgtaacaaaattctgtccaagttgtgtgtagttgtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 14917392  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  14917391 acatgagagaaaacagctatttaacttgaatcaatgccatg 14917351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 30283645 - 30283425
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  30283645 tattttacagatttatggttctagcaattcactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaaggatggagaattatgttgttaatgtaa 30283546  T
Q  119 caaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatg 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||         ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30283545 caaaattctgtccaaattgtgtttagttgtgtgtttt---------caactaatgcccaaatgccaaacatttatagtgcattatatgactcttcacatg 30283455  T
Q  219 agagaaagcacctctttaacttgaatcaat 248  Q
    | ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  30283454 aaagaaaacacccctttaacttgaatcaat 30283425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 249
Target Start/End: Original strand, 42780179 - 42780403
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| | |||    
T  42780179 aacagtattttacaaatttatggttccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatggtgaagaattatgtag-taa 42780277  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtcc-aaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42780278 tgtaacaaaattctgtccaaaattgtgtgttgttgtgtg-----------tccaactaatgcccaactgtcaatcatttatagtgcattatatgactctt 42780366  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  42780367 cacatgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatg 42780403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 127
Target Start/End: Original strand, 716267 - 716375
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||| | |     
T  716267 tattttacagatttagggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgaaggagaattatgttgttaaagaag 716366  T
Q  119 caaaattct 127  Q
    |||||||||    
T  716367 caaaattct 716375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 127
Target Start/End: Original strand, 16284437 - 16284546
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatga-tttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgta 117  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||| ||||||| | |||||||| ||||||||| |    
T  16284437 tattttactgatttatggtttcagcaattcactcatgcattagagagttgatgaatgattttagagtaagagaatgagggagaattatattgttaatgca 16284536  T
Q  118 acaaaattct 127  Q
    ||||||||||    
T  16284537 acaaaattct 16284546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 166 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 20892406 - 20892323
Alignment:
Q  166 aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||   ||| | |||||||||||    
T  20892406 aactaatgcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatatgactcttcacacgagagaaaacactcatttgatttgaatcaatg 20892323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 167 - 249
Target Start/End: Original strand, 716402 - 716484
Alignment:
Q  167 actaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||| || | |||| |||||||||||||    
T  716402 actaatgcccaaatgccaaacatttatagtgcattatatgacctttcatatgagagaaaacatccctttgacttgaatcaatg 716484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 2228 - 1988
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2228 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 2129  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2128 tgtaataaaattctgtccaagttgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 2029  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2028 acatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatg 1988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 28574292 - 28574532
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28574292 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 28574391  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28574392 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 28574491  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28574492 acatgagagaaaacacctatttaacttgaatcaatgccatg 28574532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 28598304 - 28598544
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28598304 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 28598403  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28598404 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 28598503  T
Q  214 acatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28598504 acatgagagaaaacacctatttaacttgaatcaatgccatg 28598544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 3468062 - 3468303
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3468062 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 3468161  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtgg-tttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3468162 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 3468261  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatg 254  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  3468262 cacatgagagaaagcacatctttaacttgaatcaatgtcatg 3468303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 157
Target Start/End: Original strand, 3465468 - 3465611
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3465468 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaa 3465567  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttt 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3465568 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttt 3465611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 43358748 - 43358974
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  43358748 aacaattttttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggataatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaa 43358847  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtcc-aaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactctt 212  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||||           ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43358848 tgtaacaaaattcagtccaaaattgtgtgttgtagtgtg-----------tccaactaatgcccaaatgccaagcatttatagtgcattataggactctt 43358936  T
Q  213 cacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgc 250  Q
    |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||    
T  43358937 cacatgagagaaagcactcatttgacttgaatcaatgc 43358974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10186783 - 10186554
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10186783 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaa 10186684  T
Q  119 caaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggt-ttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacat 217  Q
    |||||||||||||||| | | ||| ||| | || | || ||| | || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10186683 caaaattctgtccaaaat-tatgttgttat-tgttcttctgtgt-tcaaattaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgacccttcacat 10186587  T
Q  218 gagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgc 250  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||| ||||||    
T  10186586 gagagaaagcacccatttgacttgaaccaatgc 10186554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 14 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 44524231 - 44524005
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  44524231 aacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttaaagtaagagaatgatggagaattatgttgttaa 44524132  T
Q  114 tgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc 213  Q
    || ||||| ||||||| |||||||||||| ||||        ||||   || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  44524131 tgcaacaatattctgttcaaattgtgtgttgttg--------ttgt---tcaaattaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgacccttc 44524043  T
Q  214 ac--atgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||  ||||| |||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  44524042 acatatgagggaaaacacccatttgacttgaatcaatg 44524005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 249
Target Start/End: Original strand, 19310826 - 19311043
Alignment:
Q  21 ttttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaaca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  19310826 ttttacagatttatggttccagcaattcattcatgcattagagaattgatggatgatttatagtaagagaatgagggagaattatattgttaatgtaaca 19310925  T
Q  121 aaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgag 220  Q
    ||| |||||||||         | || ||| | |||||  | || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  19310926 aaactctgtccaa---------aattatgttgcttttg--tgtcaaattaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattacatgacccttcacatgag 19311014  T
Q  221 agaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||    
T  19311015 agaaagcacccctttgacttgaatcaatg 19311043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 17414740 - 17414621
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  17414740 tattttccagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtaa 17414641  T
Q  119 caaaattc-tgtccaaattg 137  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  17414640 caaaattcatgtccaaattg 17414621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 30 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 21431865 - 21431675
Alignment:
Q  30 tttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgt 129  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||       
T  21431865 tttatggttccatcaattcactgatgcattagagaattgatggatgatttagattaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattc--- 21431769  T
Q  130 ccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcac 229  Q
         |||| | | ||| | | ||| || | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21431768 -----ttgt-tcttgttttct-gttgttctctgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaagcac 21431676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 128
Target Start/End: Original strand, 35626172 - 35626281
Alignment:
Q  19 tattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaa 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  35626172 tattttatagatttatggttccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtaa 35626271  T
Q  119 caaaattctg 128  Q
    ||||||||||    
T  35626272 caaaattctg 35626281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 14 - 127
Target Start/End: Original strand, 1187823 - 1187935
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||| ||||||||||||    
T  1187823 aacaatattttacagatttatggttctaccaattcactcatgcattaaagaattgatggatgatttagagtaagagaatga-ggagatttatgttgttaa 1187921  T
Q  114 tgtaacaaaattct 127  Q
    ||||||||||||||    
T  1187922 tgtaacaaaattct 1187935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 142
Target Start/End: Original strand, 13654330 - 13654461
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaat--aatagaatgatgaagaattatgttgtt 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    || ||||||| | ||||||||||||||    
T  13654330 aacagtattttacagatttatggtttcagcaattcactcatgcattagagaattaatggatgatttagagagcaagagaatgagggagaattatgttgtt 13654429  T
Q  112 aatgtaacaaaattctgtcc-aaattgtgtgt 142  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  13654430 aatgcaacaaaattctatccaaaattgtgtgt 13654461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 14 - 80
Target Start/End: Original strand, 16051201 - 16051267
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgattta 80  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16051201 aacagtattttacagatttatggtttcagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgattta 16051267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Original strand, 16051335 - 16051415
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  16051335 taatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgaccattcacatgagtgaaaacacccttttgacttgaatcaatg 16051415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 178 - 249
Target Start/End: Original strand, 13654468 - 13654539
Alignment:
Q  178 aatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  13654468 aatgccaagtatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatg 13654539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 173 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 3701548 - 3701491
Alignment:
Q  173 gcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacc 230  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  3701548 gcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatgtgactcttcacatgagagaaaacacc 3701491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 171 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 17414620 - 17414561
Alignment:
Q  171 atgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacc 230  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  17414620 atgcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgaccattcacatgagagaaaccacc 17414561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 61
Target Start/End: Original strand, 29681585 - 29681632
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattag 61  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29681585 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactaatgcattag 29681632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 48366260 - 48366213
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattag 61  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  48366260 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactaatgcattag 48366213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Original strand, 1187961 - 1188041
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||  || ||||||||||||| |||||||||| || |||| |||| |||||||| ||||    
T  1187961 taatgcccaaatggcaagcacttattatggattatatgactctacacatgagagtaaacacccctttgacttgaattaatg 1188041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 227
Target Start/End: Original strand, 10185832 - 10185876
Alignment:
Q  183 caagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagc 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  10185832 caagcatttatagtgcattatatgaccattcatatgagagaaagc 10185876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 35653307 - 35653227
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||  ||  |||||||| |||||||||||||||| |||   ||| | |||||||||||    
T  35653307 taatgcccaaatgtcaagtgtttataaggctatatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgaattgaatcaatg 35653227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 2)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 14 - 127
Target Start/End: Original strand, 173353 - 173466
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaa 113  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||| |    
T  173353 aacagtattttagagatttatggttccagcaattcacctatacattagagaattgatggatgatttagagtaagagaattaggaagaattatgttgttga 173452  T
Q  114 tgtaacaaaattct 127  Q
    ||||||||||||||    
T  173453 tgtaacaaaattct 173466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 169 - 250
Target Start/End: Original strand, 173493 - 173574
Alignment:
Q  169 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgc 250  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||  ||| ||||||||||||||    
T  173493 taatgcacaaatatcaaacatttatagcgcattatatgacccttcacatgatagaaaacacccatttgacttgaatcaatgc 173574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 142
Target Start/End: Original strand, 144091 - 144222
Alignment:
Q  14 aacaatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaat--aatagaatgatgaagaattatgttgtt 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    || ||||||| | ||||||||||||||    
T  144091 aacagtattttacagatttatggtttcagcaattcactcatgcattagagaattaatggatgatttagagagcaagagaatgagggagaattatgttgtt 144190  T
Q  112 aatgtaacaaaattctgtcc-aaattgtgtgt 142  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  144191 aatgcaacaaaattctatccaaaattgtgtgt 144222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 178 - 249
Target Start/End: Original strand, 144229 - 144300
Alignment:
Q  178 aatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatg 249  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  144229 aatgccaagtatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatg 144300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University