View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17597_low_2 (Length: 688)

Name: NF17597_low_2
Description: NF17597
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17597_low_2
NF17597_low_2
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (22-677)||(22457238-22457893)
chr3 (22-677)||(22480219-22480874)
chr3 (344-610)||(22352605-22352884)
chr3 (337-677)||(22366652-22367004)
chr3 (337-610)||(22441540-22441825)
chr3 (337-616)||(22629232-22629523)
chr3 (337-610)||(22356785-22357070)
chr3 (337-669)||(22634194-22634538)
chr3 (337-611)||(22466742-22467028)
chr3 (388-610)||(22430008-22430222)
chr3 (337-553)||(37929608-37929836)
chr3 (24-100)||(22353141-22353217)
chr3 (337-594)||(22435442-22435711)
chr3 (393-464)||(30988255-30988326)
chr3 (24-100)||(22629772-22629845)
chr3 (22-97)||(22467280-22467355)
chr3 (22-96)||(22435961-22436035)
chr3 (393-462)||(22180856-22180925)
chr3 (392-451)||(21947071-21947130)
chr3 (395-466)||(22106161-22106232)
chr3 (395-466)||(22116535-22116606)
chr3 (22-96)||(22367254-22367328)
chr3 (393-466)||(22054153-22054226)
chr3 (398-466)||(22035970-22036038)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (287-460)||(29604388-29604561)
chr4 (100-238)||(29604613-29604751)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (399-444)||(871755-871800)
chr7 (399-444)||(1233032-1233077)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 22457893 - 22457238
Alignment:
Q  22 tcgacgcctatcaatagcaatcagatctgataatttcatggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgttaaaacattaaatgaatccctt 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457893 tcgacgcctatcaatagcaatcagatttgacaatttgatggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgttaaaacattaaatgaatccctt 22457794  T
Q  122 gcaagaagaatccctacaaaatacaggcgattgaacgtgcttgatttagagcatgtcggattgcatgatgtgcctaaagattttggatgtttgatccact 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||     
T  22457793 gcaagaagaatccctacaaaatacaggcgattaaacgtgcttgatttagagcatgttggattgcttgatgttcctaaagattttggaagtttgacccacc 22457694  T
Q  222 taaagtatttcaggtttagggaaaactttcgaggagatcgttgtgtacttcctaaagccatcggtatgctcaagaaccttgagaccttggatttaacacg 321  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22457693 taaagtattttaggtttagagagaactttcgaggagatcgttgtgtacttccaaaagccattggtatgctcaagaaccttgagacattggatttaacacg 22457594  T
Q  322 tacaagtttccaagctatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatc 421  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457593 tacaagtttccaagccatgccgaaagagatatgcaagcttagaaagttacgccatttcctaggctacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatc 22457494  T
Q  422 ggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacc 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457493 ggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacc 22457394  T
Q  522 taagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgc 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22457393 taagggaattggtcttgatcggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgc 22457294  T
Q  622 aaacggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttc 677  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457293 aaacggatatgacacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttc 22457238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 22480874 - 22480219
Alignment:
Q  22 tcgacgcctatcaatagcaatcagatctgataatttcatggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgttaaaacattaaatgaatccctt 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480874 tcgacgcctatcaatagcaatcagatttgacaatttgatggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgttaaaacattaaatgaatccctt 22480775  T
Q  122 gcaagaagaatccctacaaaatacaggcgattgaacgtgcttgatttagagcatgtcggattgcatgatgtgcctaaagattttggatgtttgatccact 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||     
T  22480774 gcaagaagaatccctacaaaatacaggcgattaaacgtgcttgatttagagcatgttggattgcttgatgttcctaaagattttggaagtttgacccacc 22480675  T
Q  222 taaagtatttcaggtttagggaaaactttcgaggagatcgttgtgtacttcctaaagccatcggtatgctcaagaaccttgagaccttggatttaacacg 321  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22480674 taaagtattttaggtttagagagaactttcgaggagatcgttgtgtacttccaaaagccattggtatgctcaagaaccttgagacattggatttaacacg 22480575  T
Q  322 tacaagtttccaagctatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatc 421  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480574 tacaagtttccaagccatgccgaaagagatatgcaagcttagaaagttacgccatttcctaggctacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatc 22480475  T
Q  422 ggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacc 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480474 ggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacc 22480375  T
Q  522 taagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgc 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22480374 taagggaattggtcttgatcggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgc 22480275  T
Q  622 aaacggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttc 677  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480274 aaacggatatgacacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttc 22480219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 344 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 22352884 - 22352605
Alignment:
Q  344 aaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctac-aa 442  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  || | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  22352884 aaggagatttgcaagcttagaaagttacgccattttttaggcaaccaaatgtctttgattcaattgaaagatggtattggaggcatgacatccctacaaa 22352785  T
Q  443 actctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatga------------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaat 530  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  || ||| ||||            ||| ||| |||||||  ||||||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  22352784 actctaagtgatgtttatttagatgaaggagaagatgaaaatgacagtagagttgtagagctaattgaagagctaggaaagctaaatcagctaagggagt 22352685  T
Q  531 tggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 610  Q
    ||||||||  |||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22352684 tggtcttgtacggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaacta 22352605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 337 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 22367004 - 22366652
Alignment:
Q  337 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 436  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||   ||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||||||    
T  22367004 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccattttttaggctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatcc 22366905  T
Q  437 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 524  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||| |||        |  ||||||||      ||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  22366904 ctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatgaagatgaaaatgataatagagtcgtagagctaattgaagagctaggaaaactaaagcagctaa 22366805  T
Q  525 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgcaaa 624  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||| | ||| | | |      
T  22366804 gggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcttcaatcaataagatgcaacaactggagaaactaaatattagtggagt 22366705  T
Q  625 cggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttc 677  Q
    || |||||  ||| | |||||  || ||||||||||||| |||||||||||||    
T  22366704 cgaatatgagacattcattgatctggatttgaattcacccccacctatgcttc 22366652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 337 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 22441825 - 22441540
Alignment:
Q  337 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 436  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||   ||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||||||    
T  22441825 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccattttttaggctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatcc 22441726  T
Q  437 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatg---gcg---gcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 524  Q
    |||||||||||| |||  ||  | ||| |||   | |   | ||||||||      ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  22441725 ctacaaactctaagtggagtacacttaaatgatagtgaacgtgaaaatgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaa 22441626  T
Q  525 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 610  Q
    || |||||| ||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  22441625 ggaaattgggcttgaccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatctttctcaatcaacgagatgcaacaattggagaaacta 22441540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 337 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 22629523 - 22629232
Alignment:
Q  337 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 436  Q
    |||||| |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||| ||||      ||||||||||||| | || || ||| |||| |||||||||||||||    
T  22629523 tatgccaaaggagatttgcatgcttagaaagctacgccattttttaggcattcgtatgtctttgattgagttgaaggatagtattggaggcatgacatcc 22629424  T
Q  437 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 524  Q
    ||||||||||||  |  ||||| ||||||||        |  ||||||||      ||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||| || ||||    
T  22629423 ctacaaactctaaatagtgtttgtttagatgataaggaagatgaaaatgataatagagtggtagagctaatcgaagatctaggaaagctaaatcagctaa 22629324  T
Q  525 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaatt 616  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  22629323 gggaattggtcttgctcggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaacaattggagaaactacaaatt 22629232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 337 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 22357070 - 22356785
Alignment:
Q  337 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 436  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||  ||||  ||  ||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||     
T  22357070 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccatttattaggcaactttatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatcg 22356971  T
Q  437 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 524  Q
    ||||||||||||  |  ||||||||||||||        |  ||||||||      ||| ||| || ||||  ||||||| |||||||||||||| || |    
T  22356970 ctacaaactctaaatagtgtttatttagatgattatgaagatgaaaatgataatagagttgtagagttaatagaagagctgggaaaactaaagcagctta 22356871  T
Q  525 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 610  Q
    ||||||||  ||||| |||| ||| ||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22356870 gggaattgagcttgagcggtcttaagagtaaatatatgagtggtatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaattggagaaacta 22356785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 337 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 22634538 - 22634194
Alignment:
Q  337 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 436  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| |||| ||  | |||||| ||||||| || || |||||||| |||||||||||||||    
T  22634538 tatgcccaaggagatttgcaagcttaaaaagctacgccattttataggctatcaaatgtctctgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatcc 22634439  T
Q  437 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaag------------tggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 524  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||||| |  |  ||| ||||||            ||||| || ||||  ||||||||||||| |||||||| || |    
T  22634438 ctacaaactctaaatgaggtttatttagacgatgatgaagatgaagatgataatagagtggtagagttaatagaagagctaggaaagctaaagcagctta 22634339  T
Q  525 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgcaaa 624  Q
    |||||||   |||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||| | ||| | | ||     
T  22634338 gggaattaagcttggtcggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaacaagatgcaacaattggagaaactaaatattagaggaat 22634239  T
Q  625 cggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacc 669  Q
    | |||||  |||| | ||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  22634238 cagatataacacattcattgatatggatttgaattcacccccacc 22634194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 337 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 22467028 - 22466742
Alignment:
Q  337 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 436  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||  ||||  |   ||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||     
T  22467028 tatgccaaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccatttattaggcgattgtatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatct 22466929  T
Q  437 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 524  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||        |  ||||||||      ||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||  |  |||    
T  22466928 ctacaaactctaagtgaagtttatttagatgagaatgaagatgaaaatgataatagagtagtagagctaattcaagagctaggaaagctaaataagataa 22466829  T
Q  525 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactac 611  Q
    |  |||||  |||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||    
T  22466828 gaaaattgagcttgataggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaatcaaatgcaacaaatggagaaactac 22466742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 388 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 22430222 - 22430008
Alignment:
Q  388 caatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggta 487  Q
    |||||||  ||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |  |  ||| ||||||         
T  22430222 caatatgcgtttgattgaattgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagggaggtttatttagacgatgatgaagatgaag----- 22430128  T
Q  488 aagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatg 587  Q
    | |  |||   |||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||| |||||||||||||     
T  22430127 atgacaat---agagctaggaaagctaaatcagctaagggaattgggcttggccggtgtttggagtaaatatatgagtgctttatgttcctcaatcaatc 22430031  T
Q  588 agatgcaaaaaatggagaaacta 610  Q
    |||||||  || |||||||||||    
T  22430030 agatgcacgaattggagaaacta 22430008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 337 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 37929836 - 37929608
Alignment:
Q  337 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 436  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||   |||| |||| |   | |||||||||||||| || || |||||||| |||||| ||||||||    
T  37929836 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgttgttttttaggctctgaaatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcctgacatcc 37929737  T
Q  437 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaa------------gtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 524  Q
    ||||||||||||  ||| || ||||||||||  |  ||| |||||            || ||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  37929736 ctacaaactctaaatgaagtatatttagatgatgatgaagatgaaaatgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaa 37929637  T
Q  525 gggaattggtcttgatcggtgttaggagt 553  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  37929636 gggaattgggcttggccggtgttaggagt 37929608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 22353217 - 22353141
Alignment:
Q  24 gacgcctatcaatagcaatcagatctgataatttcatggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||||| || ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22353217 gacgcctatcaatagcaactagttctgataagttaatgaaaagtattgaaaactcacatgttcgatcactgcttgtt 22353141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 337 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 22435711 - 22435442
Alignment:
Q  337 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 436  Q
    |||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||| |||||| ||||  |   | ||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||     
T  22435711 tatgccaaaggaggtttgcaagcttagaaagctacgtcattttttaggcgattctctgtctttgattcatttgaaggatggtattggaggcatgacatcg 22435612  T
Q  437 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaa------------gtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 524  Q
    |||||||||||| || | ||| | |||||||  || ||| |||||            || ||| ||||||||  |||||||||||| ||||  || || |    
T  22435611 ctacaaactctaagtaaagttaaattagatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtagagctaatcatagagctaggaaagctaacacagctta 22435512  T
Q  525 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgca 594  Q
    ||||||||| |||| | | ||||||  ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22435511 gggaattgggcttggttgttgttagtggtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgca 22435442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 393 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 30988326 - 30988255
Alignment:
Q  393 tgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttag 464  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  30988326 tgtctttgattcagttaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaacgctacgttatgttaatttag 30988255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 22629845 - 22629772
Alignment:
Q  24 gacgcctatcaatagcaatcagatctgataatttcatggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgcttgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||  |   |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22629845 gacgcctatcaatagcaacta---ctgataatttaatgaaaagtattgaaaactcacatgttcgatcactgcttgtt 22629772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 22467355 - 22467280
Alignment:
Q  22 tcgacgcctatcaatagcaatcagatctgataatttcatggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgctt 97  Q
    ||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22467355 tcgacgcctatcaatagaaactacctctgataatttaatgaaagttattgaaaactcacatgttcgatcactgctt 22467280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 22436035 - 22435961
Alignment:
Q  22 tcgacgcctatcaatagcaatcagatctgataatttcatggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgct 96  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||| | ||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  22436035 tcgacgcctatcaatggcaaccagttcttataatctaatggaaggtattgaaagctcacatgttcgatcactgct 22435961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 393 - 462
Target Start/End: Original strand, 22180856 - 22180925
Alignment:
Q  393 tgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttattt 462  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  |||||||||    
T  22180856 tgtctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtactgtttattt 22180925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 392 - 451
Target Start/End: Original strand, 21947071 - 21947130
Alignment:
Q  392 atgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgt 451  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  21947071 atgtctttgattcaattaaagaatggtattggagagatgaagtccctacaaactctacgt 21947130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 395 - 466
Target Start/End: Original strand, 22106161 - 22106232
Alignment:
Q  395 tctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 466  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22106161 tctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22106232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 395 - 466
Target Start/End: Original strand, 22116535 - 22116606
Alignment:
Q  395 tctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 466  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22116535 tctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22116606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 22367328 - 22367254
Alignment:
Q  22 tcgacgcctatcaatagcaatcagatctgataatttcatggaaaatattgaaaactcacaggttcgatcactgct 96  Q
    |||||||||||||||||||   || ||||||||| | ||||||  |||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  22367328 tcgacgcctatcaatagcatcaagttctgataatctaatggaaggtattgaaagctcacatgttcgatcgctgct 22367254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 393 - 466
Target Start/End: Original strand, 22054153 - 22054226
Alignment:
Q  393 tgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 466  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  ||| |||| ||||| ||| |||||| |||||||    
T  22054153 tgtctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccgtacagactctgcgtaatgtttctttagat 22054226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 398 - 466
Target Start/End: Original strand, 22035970 - 22036038
Alignment:
Q  398 ttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 466  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22035970 ttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22036038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 287 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 29604561 - 29604388
Alignment:
Q  287 atgctcaagaaccttgagaccttggatttaacacgtacaagtttccaagctatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggt 386  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||||  ||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| |    
T  29604561 atgctcgagaacctagagaccttggatttaacatatacaatgttctatgctatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctgcgccattttctaggct 29604462  T
Q  387 acaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttat 460  Q
      | |||||||| ||||||||| || |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  29604461 tgagtatgtcttggattcaattgaaggatggtcttggaggcatgacattcctacaaactctacgtgaagtttat 29604388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 100 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 29604751 - 29604613
Alignment:
Q  100 taaaacattaaatgaatcccttgcaagaagaatccctacaaaatacaggcgattgaacgtgcttgatttagagcatgtcggattgcatgatgtgcctaaa 199  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||| |||  | ||||| ||||||| ||| || ||| ||    
T  29604751 taaaacattacttgaatcctttgcaaggagaatccctacaagatacaggtggttgaaggtgcttgctttgaatcatgttggattgcttgaagttccttaa 29604652  T
Q  200 gattttggatgtttgatccacttaaagtatttcaggttt 238  Q
    |||||   | |||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  29604651 gatttgccaagtttgagccacttgaagtattttaggttt 29604613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 399 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 871800 - 871755
Alignment:
Q  399 tgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaac 444  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  871800 tgattcaattaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaac 871755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 399 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 1233077 - 1233032
Alignment:
Q  399 tgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaac 444  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  1233077 tgattcaattaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaac 1233032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University