View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17601_high_4 (Length: 399)

Name: NF17601_high_4
Description: NF17601
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17601_high_4
NF17601_high_4
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-383)||(28163615-28163978)
chr1 (22-383)||(28126917-28127278)
chr1 (42-383)||(267602-267943)
[»] chr6 (50 HSPs)
chr6 (22-375)||(25492561-25492914)
chr6 (22-317)||(27530543-27530838)
chr6 (22-383)||(26656544-26656905)
chr6 (22-383)||(26762515-26762876)
chr6 (22-319)||(27603946-27604243)
chr6 (19-383)||(27215031-27215395)
chr6 (22-319)||(27610362-27610659)
chr6 (22-383)||(28786817-28787178)
chr6 (22-319)||(27717741-27718038)
chr6 (22-383)||(28781680-28782041)
chr6 (22-383)||(28792938-28793299)
chr6 (22-383)||(26143447-26143808)
chr6 (73-350)||(27337388-27337665)
chr6 (73-350)||(27398128-27398405)
chr6 (60-383)||(26647058-26647381)
chr6 (60-383)||(26753026-26753349)
chr6 (22-312)||(26862230-26862520)
chr6 (22-362)||(26884670-26885010)
chr6 (22-362)||(26623871-26624211)
chr6 (22-362)||(26729848-26730188)
chr6 (134-383)||(25580301-25580550)
chr6 (86-383)||(25539122-25539419)
chr6 (64-383)||(26803025-26803344)
chr6 (22-356)||(31285165-31285499)
chr6 (64-319)||(27705688-27705943)
chr6 (111-312)||(25483709-25483910)
chr6 (134-383)||(27697940-27698189)
chr6 (112-319)||(26824462-26824669)
chr6 (22-319)||(27676862-27677159)
chr6 (85-382)||(26056502-26056799)
chr6 (85-382)||(26076472-26076769)
chr6 (112-319)||(27426944-27427151)
chr6 (22-317)||(27592263-27592558)
chr6 (64-319)||(27679593-27679848)
chr6 (85-214)||(25511640-25511769)
chr6 (134-202)||(28140295-28140363)
chr6 (134-201)||(26937790-26937857)
chr6 (134-221)||(29843341-29843428)
chr6 (109-194)||(28243563-28243648)
chr6 (134-194)||(28235333-28235393)
chr6 (148-194)||(28097811-28097857)
chr6 (260-382)||(25511518-25511640)
chr6 (134-194)||(28326246-28326306)
chr6 (134-194)||(28503882-28503942)
chr6 (134-189)||(28181890-28181945)
chr6 (148-213)||(26849461-26849526)
chr6 (134-219)||(28297094-28297179)
chr6 (134-219)||(28514894-28514979)
chr6 (111-211)||(26724319-26724419)
chr6 (134-194)||(28227720-28227780)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (22-319)||(3954-4251)
scaffold0277 (22-383)||(12917-13278)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (22-383)||(8066-8427)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (22-319)||(2781-3078)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (22-319)||(18678798-18679095)
chr4 (22-319)||(18698638-18698935)
chr4 (22-319)||(18730742-18731039)
chr4 (22-283)||(18654715-18654976)
chr4 (22-319)||(18723323-18723620)
chr4 (112-319)||(18074404-18074611)
chr4 (109-245)||(5090282-5090418)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (86-319)||(29273144-29273377)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (112-319)||(60212-60419)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (112-201)||(16691628-16691717)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (112-203)||(3280418-3280509)
[»] scaffold0038 (3 HSPs)
scaffold0038 (109-194)||(43725-43810)
scaffold0038 (134-194)||(35495-35555)
scaffold0038 (134-194)||(28218-28278)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 383
Target Start/End: Original strand, 28163615 - 28163978
Alignment:
Q  19 tgtaattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28163615 tgtaattccctcactaacacctcctaacttaatgtccgatctaactgttt-caaaaagagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattc 28163713  T
Q  119 tctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28163714 tctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtatcat 28163813  T
Q  219 aaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatg 318  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  28163814 aaagtcctaccatgtggacctcatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgagattgtaatccaacaggatattttgcaacatg 28163913  T
Q  319 tnnnnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
    |       |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28163914 taaaaaaacacgattgatcctgtcggaggtgcctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 28163978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Original strand, 28126917 - 28127278
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||    
T  28126917 aattccctcactaacacctcctaacttaatgtccaatccaactgttttcaaaaggagcttttcttggagatgtttcaaattatatggagttgaaatctct 28127016  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28127017 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccaataccataaa 28127116  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||      
T  28127117 gtcctaccatgtggacctcatcatcatatcccttatcgagaagcaaattcacttgttgtacttggtcctgtaatccaacaggatatttggcaacatgtaa 28127216  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28127217 gaaaacacgattgatcctgtcggatatgtctttgattatcttctgaataaacttgtattcat 28127278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 42 - 383
Target Start/End: Original strand, 267602 - 267943
Alignment:
Q  42 ctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaaca 141  Q
    |||||||||| ||| ||| |  |||||| | ||||||||  || |||||||||||||||||   |  || |||||| ||||||||||| |  ||||||||    
T  267602 ctaacttaatttccaatccagttgtttttaaaaggagcttctcttggagatgtttcaagttacttatagctgaattttctctcacatcatgaagaaaaca 267701  T
Q  142 taaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggacctta 241  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| ||||||  |    
T  267702 taatccttcaaattgatcagcaataaaattatagattgctcttgcaagggttgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggacccca 267801  T
Q  242 tcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgattgatcctgt 341  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| ||| || ||||||||||||       ||||| ||||| |||    
T  267802 tcatcagatccattatcaagaagcaatttcacttgttgtacttgagaccataatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctcacgactgatcttgt 267901  T
Q  342 cggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
     |||||||| ||||| ||||||   |||||||||||||||||    
T  267902 tggagatgtatttgactatctctccaataaacttgtattcat 267943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 50)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 22 - 375
Target Start/End: Original strand, 25492561 - 25492914
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| ||  |||||||  |||||  |||||| | ||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||    
T  25492561 aattccctcactaacacttcttaacttaatgtctaatctaaccattttcgaaaggagtttttcctggagatctttcaagtttcttggagttgaattctct 25492660  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25492661 ctcacatctcctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaagttatagattgattttgcaagtgttgatttacctaagcctccagtaccataaa 25492760  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||| || ||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||      
T  25492761 gtcctaccatgtggaactcatcctcagatacctcatctagaagcaatttcacgtgttgtactcgggattgtaatccaacagggtatttggcaacatgtaa 25492860  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaactt 375  Q
         ||||||||||||| || |||||||||| || ||| | || |||||||||    
T  25492861 tgaaacacgattgatcctatccgagatgtcttcgactatattctcaataaactt 25492914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 22 - 317
Target Start/End: Original strand, 27530543 - 27530838
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| |  || |||||||||||||||||   || ||| |||||| ||    
T  27530543 aattccctgactaacacctcctaacttaatgtccaatctaactgtttttaaaaggagtttctcttggagatgtttcaagttatctgaagtcgaattcact 27530642  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  27530643 ctcacattttctagaaaacataaaacttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacctatgcctccagtaccataaa 27530742  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacat 317  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||   | ||| ||| ||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27530743 gtcctaccatgtggacctcatcatcagatttttcatcaagatgccctttcacatgttgtactcgggactgtaatccaacaggatatttggcaacat 27530838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 26656905 - 26656544
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| |||||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||     ||| ||||||||||    
T  26656905 aattccctcactaacatctcctaacttaatattcactctaacagtttttgaaaggagctcctcctggagatgtttcaaattattatgagctgaattctct 26656806  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    || ||||  |  |||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26656805 ctgacattgtgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcgacaaaattataaattgctttggcaagtgttgatttacccatgcctccagtaccataaa 26656706  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
    ||||||||||| | |||| ||| | | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||| |||||||||||||||      
T  26656705 gtcctaccatgagaacctcatccttagatcccttatcaagaagcaatttcacttgttgtactcgagactctaatccaacagggtatttggcaacatgtaa 26656606  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
         ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||    
T  26656605 aaaaacacgattgatcttgtcggagatgtctttgactatattctcaataaacttgtattcat 26656544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 26762876 - 26762515
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| |||||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||     ||| ||||||||||    
T  26762876 aattccctcactaacatctcctaacttaatattcactctaacagtttttgaaaggagctcctcctggagatgtttcaaattattatgagctgaattctct 26762777  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    || ||||  |  |||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26762776 ctgacattgtgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcgacaaaattataaattgctttggcaagtgttgatttacccatgcctccagtaccataaa 26762677  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
    ||||||||||| | |||| ||| | | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||| |||||||||||||||      
T  26762676 gtcctaccatgagaacctcatccttagatcccttatcaagaagcaatttcacttgttgtactcgagactctaatccaacagggtatttggcaacatgtaa 26762577  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
         ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||    
T  26762576 aaaaacacgattgatcttgtcggagatgtctttgactatattctcaataaacttgtattcat 26762515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 22 - 319
Target Start/End: Original strand, 27603946 - 27604243
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||   |  || |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||   || || ||||||||||    
T  27603946 aattccctcactaacacctcctaacttaatttcaagttgaagtgtttttaaaaggagctcctcctggagatgtttcaatttatttgaagctgaattctct 27604045  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27604046 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctccagtaccataaa 27604145  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
    ||||||||||||||||   ||||||| |||  | ||| |||||  ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  27604146 gtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagagatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaataggataattggcaacatgt 27604243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 27215395 - 27215031
Alignment:
Q  19 tgtaattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattc 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||   ||  ||||||| ||||||| ||||| || |||||| || |||||||||||   |  ||||||||||    
T  27215395 tgtaatcccctcactaacacctcctaacttatcgtctaatctaaccgttttcataaggatcttttcctgcaggtgtttcaagttatttaaagttgaattc 27215296  T
Q  119 tctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccat 218  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||    
T  27215295 tctttcacatcttctagaaaatatgaaccttcaaactgatcagcaatgaaattaaaaattgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctccagctccat 27215196  T
Q  219 aaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatg 318  Q
     ||||||||||||||||||||  || | | ||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  27215195 gaagtcctaccatgtggacctcttccttagatcccttgtcaagaagcaattttacttgttgtatttgggtatgtaatccaacagggtgtttggcaacatg 27215096  T
Q  319 tnnnnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
    |       |||||||  || |||  ||||||||||  | ||||| || |||||||||||||||||    
T  27215095 taaaaaatcacgattcgtcttgtttgagatgtcttcaactatcttctcaataaacttgtattcat 27215031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 22 - 319
Target Start/End: Original strand, 27610362 - 27610659
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||   |  || |||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||| ||   || |||||||||||||    
T  27610362 aattccctcactaacacctccaaacttaatttcaagttgaagtgtttttaaaaggagctcctcctgaagatgtttcaatttatttgaagttgaattctct 27610461  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27610462 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctccagtaccataaa 27610561  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
    ||||||||||||||||   ||||||| |||  | ||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| || ||||||||||||    
T  27610562 gtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttcttgtacttgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgt 27610659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 28787178 - 28786817
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |  |  || |||||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||   || || ||||||||||    
T  28787178 aattccctcactaacacctcctaacttaattttcagttgaagtgtttttaaaaggagcacctcctggagatgtttcaatttatttgaagctgaattctct 28787079  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28787078 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagaaataaaattataaattgcttttccaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 28786979  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
    ||||||||||| ||||   ||||||| |||| | ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| || ||||||||||||      
T  28786978 gtcctaccatgcggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaa 28786879  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
          |||| ||||| ||| |||||||| ||||| ||| ||   |||||||||||||||||    
T  28786878 gggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatctccaataaacttgtattcat 28786817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 22 - 319
Target Start/End: Original strand, 27717741 - 27718038
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||   |  || |||||| | ||||||||| | ||| ||||||||||| ||   || |||||||||||||    
T  27717741 aattccctcactaacacctccaaacttaatttcaagttgaagtgtttttaaaaggagctccttctgaagatgtttcaatttatttgaagttgaattctct 27717840  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27717841 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctccagtaccataaa 27717940  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
    ||||||||||||||||   ||||||| |||  | ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| || ||||||||||||    
T  27717941 gtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgt 27718038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 28782041 - 28781680
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |  |  || || ||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||   || || ||||||||||    
T  28782041 aattccctcactaacacctcctaacttaattttcagttgaagtgcttttaaaaggagctcctcctggagatgtttcaatttatttgaagctgaattctct 28781942  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28781941 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaattaagttataaactgcttttacaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 28781842  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
    ||||||||||   |||   || ||||||||| | | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||      
T  28781841 gtcctaccatcctgactccattatcatatccttcaccaagaagcgatttcacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaa 28781742  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
          |||| ||||| ||| |||||||| ||||| ||| ||   |||||||||||||||||    
T  28781741 gtgctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcat 28781680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 28793299 - 28792938
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |  |  || |||||| | ||||||| | |||||||||||||||||  |   || || |||| |||||    
T  28793299 aattccctcactaacacctcctaacttaattttcagttgaagtgtttttaaaaggagcacctcctggagatgtttcaatctatttgaagctgaactctct 28793200  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28793199 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagaaataaaattataaattgcttttccaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 28793100  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
    ||||||||||| ||||   ||||||| |||| | ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| || ||||||||||||      
T  28793099 gtcctaccatgcggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaa 28793000  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
          |||| ||||| ||| |||||||| ||||| ||| ||   |||||||||||||||||    
T  28792999 gggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatctccaataaacttgtattcat 28792938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 26143808 - 26143447
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||   | | || |||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||| |||     || |||||||||||    
T  26143808 aattccctcactaacatctcctaacttatggttcaatttaactgttcttaaaaggagatcttcctggagatgtttcaggttattatgacttgaattctct 26143709  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    || ||||  |  |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  26143708 ctgacattatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcaacaaaattataaactgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctccagtaccaaaaa 26143609  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||| | ||| | || |||||||||||||||| || || | ||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |      
T  26143608 gtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttcttctattcgggactgtaatccaacagggtatttggctacatttaa 26143509  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
         || |||||||  ||| ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||    
T  26143508 aaaaacatgattgatattgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcat 26143447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 73 - 350
Target Start/End: Original strand, 27337388 - 27337665
Alignment:
Q  73 aaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaatta 172  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||     ||| |||||||||||| ||||  |  ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  27337388 aaggagctccttctggagatgtttcaagtttttacgagctgaattctctctaacattatgaagaaagcatactccttcaaattgatcagcaatgaaatta 27337487  T
Q  173 taaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttca 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||   |||||| || ||| ||| ||||||||||| |    
T  27337488 taaattgcttttgcaagtgttgattttcccaagcctctagtaccataaagtcctaccatgttgaccccttcatcagattcctcatcaagaagcaatttta 27337587  T
Q  273 cttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgattgatcctgtcggagatgt 350  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||       ||||||||||||| ||||| ||||    
T  27337588 cttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtatttggcaacgtgtagaaaaacacgattgatcctatcggaaatgt 27337665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 73 - 350
Target Start/End: Original strand, 27398128 - 27398405
Alignment:
Q  73 aaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaatta 172  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||     ||| |||||||||||| ||||  |  ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  27398128 aaggagctccttctggagatgtttcaagtttttacgagctgaattctctctaacattatgaagaaagcatactccttcaaattgatcagcaatgaaatta 27398227  T
Q  173 taaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttca 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||   |||||| || ||| ||| ||||||||||| |    
T  27398228 taaattgcttttgcaagtgttgattttcccaagcctctagtaccataaagtcctaccatgttgaccccttcatcagattcctcatcaagaagcaatttta 27398327  T
Q  273 cttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgattgatcctgtcggagatgt 350  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||       ||||||||||||| ||||| ||||    
T  27398328 cttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtatttggcaacgtgtagaaaaacacgattgatcctatcggaaatgt 27398405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 60 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 26647381 - 26647058
Alignment:
Q  60 taactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatc 159  Q
    ||||||||||   ||||||||| | ||||||||||||||||||     ||| |||||||||||| ||||  |  ||||| |||| |||||||||||||||    
T  26647381 taactgtttttgaaaggagctccttctggagatgtttcaagttattatgagctgaattctctctgacattatgaagaaagcatacaccttcaaattgatc 26647282  T
Q  160 agcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcg 259  Q
    |||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||| || | |||||     
T  26647281 agcaacaaaattataaatcgctttggcaagtgttgatttacccaaacctccagtaccataaagtcctaccatatggaccccttcatcagattctttatca 26647182  T
Q  260 agaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgatta 359  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||       ||||||||||| ||| ||||||||||| || ||    
T  26647181 agaagcaatttcacttgttctaatcgggactctaatccaacagggtatttggctacatgtaaaatgacacgattgatcttgttggagatgtcttcgacta 26647082  T
Q  360 tctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
    ||| |  |||||||||||||||||    
T  26647081 tcttcccaataaacttgtattcat 26647058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 60 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 26753349 - 26753026
Alignment:
Q  60 taactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatc 159  Q
    ||||||||||   ||||||||| | ||||||||||||||||||     ||| |||||||||||| ||||  |  ||||| |||| |||||||||||||||    
T  26753349 taactgtttttgaaaggagctccttctggagatgtttcaagttattatgagctgaattctctctgacattatgaagaaagcatacaccttcaaattgatc 26753250  T
Q  160 agcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcg 259  Q
    |||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||| || | |||||     
T  26753249 agcaacaaaattataaatcgctttggcaagtgttgatttacccaaacctccagtaccataaagtcctaccatatggaccccttcatcagattctttatca 26753150  T
Q  260 agaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgatta 359  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||       ||||||||||| ||| ||||||||||| || ||    
T  26753149 agaagcaatttcacttgttctaatcgggactctaatccaacagggtatttggctacatgtaaaatgacacgattgatcttgttggagatgtcttcgacta 26753050  T
Q  360 tctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
    ||| |  |||||||||||||||||    
T  26753049 tcttcccaataaacttgtattcat 26753026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 22 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 26862520 - 26862230
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||| | | || |||||||||| | ||| ||||| | |||||||||||||||| |     ||||||||||||||    
T  26862520 aattccctcactagcatctcctaacttaatgttcaatttaactgtttttaaaagaagctccttctggagatgtttcaagctattatgagttgaattctct 26862421  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    || || |  |  |||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  26862420 ctaactttatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcggcaacaaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttccccatgcctccagtaccataaa 26862321  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggc 312  Q
    ||||||||||||| |||   |||||| || || |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||| ||||||||    
T  26862320 gtcctaccatgtgtaccccttcatcagattccatatcaagaagcaatttcacttgttctactcgggactttaatccaacagggtatttggc 26862230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 22 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 26885010 - 26884670
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |   || ||| |||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||     |||||||||||||     
T  26885010 aattccctcactaacatctcctaacttaatgtttaatttaattgtttttaaaaggagttcctcctggagatgtttcaagttattatgagttgaattctcc 26884911  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    || || |  |  |||||||||| || |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26884910 ctgactttatgcagaaaacatacacattcaaattgatcagcaacataattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 26884811  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
     |||||||||||| |||   || | | || ||||||| ||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||| ||||||      
T  26884810 ttcctaccatgtgtaccccttcgttagattccttatcaagaagcaattttaattgttgtactcggtactgtaatccaacagggtatttggctacatgtaa 26884711  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatct 362  Q
         ||||||||||  |||||||||| |||| || |||||    
T  26884710 aacaacacgattgattttgtcggagatatcttcgactatct 26884670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 22 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 26624211 - 26623871
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    ||||||||||||||||    | |||||||| ||| ||| |  |||||| | ||||||||  || |||||||||||||||||   | ||| ||||||||||    
T  26624211 aattccctcactaacatggtccaacttaatttccaatccagttgttttaaaaaggagcttctcttggagatgtttcaagttattttgagctgaattctct 26624112  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |    
T  26624111 ctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaagttatagattgctcttgcaagtgttgatttgcccaagcctccaatcccataca 26624012  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
     ||| ||||| ||||||  ||||||| |||| ||||| |||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||      
T  26624011 ttccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaagtgatttcacttgttgtagttgagactgtaatccaacagggtatttagcaacatgtaa 26623912  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatct 362  Q
         ||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||    
T  26623911 gggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatct 26623871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 22 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 26730188 - 26729848
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    ||||||||||||||||    | |||||||| ||| ||| |  |||||| | ||||||||  || |||||||||||||||||   | ||| ||||||||||    
T  26730188 aattccctcactaacatggtccaacttaatttccaatccagttgttttaaaaaggagcttctcttggagatgtttcaagttattttgagctgaattctct 26730089  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |    
T  26730088 ctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaagttatagattgctcttgcaagtgttgatttgcccaagcctccaatcccataca 26729989  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
     ||| ||||| ||||||  ||||||| |||| ||||| |||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||      
T  26729988 ttccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaagtgatttcacttgttgtagttgagactgtaatccaacagggtatttagcaacatgtaa 26729889  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatct 362  Q
         ||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||    
T  26729888 gggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatct 26729848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 134 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 25580550 - 25580301
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgt 233  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25580550 agaaaacatacaccttcaaattgatcagcaacaaaattataaactgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgt 25580451  T
Q  234 ggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgatt 333  Q
    |||||  ||| ||| | ||| | || ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||| |||||||| || | |       || ||||    
T  25580450 ggaccacatcctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgttctattcgggactgtaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaaacatgatt 25580351  T
Q  334 gatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
    |||  ||| ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||    
T  25580350 gatattgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcat 25580301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 86 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 25539419 - 25539122
Alignment:
Q  86 tggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttg 185  Q
    |||||||||||||||||     || ||||||||||||| ||||  |  |||||||||| | ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||    
T  25539419 tggagatgtttcaagttattatgacttgaattctctctgacattatgaagaaaacatacaacttcaaattgatcagcaacaaaattaaaaactgcttttg 25539320  T
Q  186 caagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttg 285  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| | |||   || ||||||||||||||||||| || | |    
T  25539319 caagtgttgatttacccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccaagtcaagaagcaatttcacttgttctattgg 25539220  T
Q  286 ggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||| |||| |       || |||||||  ||| ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||    
T  25539219 ggactgtaatccaacagggtatttggccacatataaaaaaacatgattgatattgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcat 25539122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 64 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 26803344 - 26803025
Alignment:
Q  64 tgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagca 163  Q
    |||||| ||||| ||||  || |||||||||||||||||   | ||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26803344 tgtttttagaagaagcttctcttggagatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagca 26803245  T
Q  164 atgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaa 263  Q
    |  |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| ||||||  |||||||  ||||| ||| ||||    
T  26803244 acaaaattatagattgctcttgcaagtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaa 26803145  T
Q  264 gcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctc 363  Q
    || ||||||||| ||||||| | || || ||||||| ||| || || |||||||||        |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||    
T  26803144 gcgatttcacttcttgtactcgagagtgcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgatcttgttggagatgtatttgactatctc 26803045  T
Q  364 ctgaataaacttgtattcat 383  Q
       ||| |||||||||||||    
T  26803044 tccaatcaacttgtattcat 26803025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 31285499 - 31285165
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    ||||||||||||||||    |||||||||| ||| ||| || |||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||   |  || ||||||||||    
T  31285499 aattccctcactaacatggtctaacttaatttccaatccaattgttttcaaaaggagcttctcttggagatgtttcaagttatttttagctgaattctct 31285400  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    |||||||| |  ||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||    
T  31285399 ctcacatcatgaagaaaacataatccgtcaaattgatcaccaataaaattatagattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctcctatcccataaa 31285300  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
    ||||||||||||| |||   | || |  | ||||||| |||||||||||||||||||||| | |  |||  ||||||| ||| || ||||||||||||      
T  31285299 gtcctaccatgtgtacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatgtaa 31285200  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttga 356  Q
         ||||||||||| ||| |||||||| |||||    
T  31285199 gggcacacgattgatcttgttggagatgtatttga 31285165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 64 - 319
Target Start/End: Original strand, 27705688 - 27705943
Alignment:
Q  64 tgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagca 163  Q
    |||||| ||||| ||||  || ||||||||||||||||    | ||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27705688 tgtttttagaagaagcttctcttggagatgtttcaagtcattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagca 27705787  T
Q  164 atgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaa 263  Q
    |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||| ||||| ||||||  |||||||  ||||| ||| ||||    
T  27705788 acaaaattataaattgctcttgcaagtgttgatttacccaagcctccaatgccaaaaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaa 27705887  T
Q  264 gcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
    |  ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||  |||||||||||    
T  27705888 gtgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgt 27705943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 111 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 25483910 - 25483709
Alignment:
Q  111 ttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctcc 210  Q
    ||||||||||||| ||||  |  |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25483910 ttgaattctctctgacattatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcaagaaaattaaaaactgcttttgcaagtgttgatttacccatgcctcc 25483811  T
Q  211 agtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttg 310  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||| | ||| | || ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  25483810 agtaccaaaaagtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgttctattcgggactgtaatccaacagggtatttg 25483711  T
Q  311 gc 312  Q
    ||    
T  25483710 gc 25483709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 134 - 383
Target Start/End: Original strand, 27697940 - 27698189
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgt 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||| ||| ||||| |    
T  27697940 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaaccaaattatagattgctcttgcaagtgttgattttcccaagcctccaatcccaaaaattccaaccatat 27698039  T
Q  234 ggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgatt 333  Q
    |||||  ||||||| |||| ||||| ||||   ||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||        |||| |    
T  27698040 ggaccccatcatcagatccattatcaagaattgatttcactctttgtacttgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgact 27698139  T
Q  334 gatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
    |||| ||| |||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  27698140 gatcttgttggagatgtatttgactatctcttcaataaacttgtattcat 27698189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 112 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 26824669 - 26824462
Alignment:
Q  112 tgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctcca 211  Q
    ||||||||||||||| |  || |||||||| ||| ||||||||| |||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  26824669 tgaattctctctcacgttctcaagaaaacaaaaaacttcaaatttatcagcaatagaattaaaagttgcttttgcaagtgttgatttacctaaacctcca 26824570  T
Q  212 gtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttgg 311  Q
     |||| |||||||||||||| ||||||  ||||||| || | ||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||  || |||||||    
T  26824569 ataccgtaaagtcctaccatatggaccacatcatcagattcgttatcaagaagagatttcacttgttgtactcgggactgtaatccaaccgggtatttgg 26824470  T
Q  312 caacatgt 319  Q
    ||||||||    
T  26824469 caacatgt 26824462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 22 - 319
Target Start/End: Original strand, 27676862 - 27677159
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||| ||   |  || |||||| | ||||||||| | |||||||| |||||||||   || || |||| |||||    
T  27676862 aattccttcgctaacacttcctaacttaatttcaagttgaagtgtttttaaaaggagctcctgctggagatttttcaagttatttgaagctgaactctct 27676961  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
     |||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  27676962 ttcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgctttcgcaagtgttgattttcccaagcctccaatcccataaa 27677061  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
     ||| ||||| ||||||  || |||| |||| | ||| |||||| |||||| |||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||  |||||||||||    
T  27677062 ttccaaccatatggaccccatgatcagatccttcatcaagaagcgatttcatttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgt 27677159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 85 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 26056799 - 26056502
Alignment:
Q  85 ctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgctttt 184  Q
    ||||||||||||||||||     |||||||||||||||| ||||  |  |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||    
T  26056799 ctggagatgtttcaagttcttaagagttgaattctctctgacattatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcaatagaattaaaaactgctttt 26056700  T
Q  185 gcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtactt 284  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||| |||||| ||  ||| | ||| | || ||||||||||||||||||| || |     
T  26056699 gcaagtgttgatttacccatgcctccggtaccaaaaattcctaccatgcggacctcattctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgttctattc 26056600  T
Q  285 gggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattca 382  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||||| || | |       || |||||||| ||| ||||||| ||| || ||||| || |||||||||| |||||    
T  26056599 gggactgcaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaaacatgattgatcttgttggagatgccttcgactatcttctcaataaacttgcattca 26056502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 85 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 26076769 - 26076472
Alignment:
Q  85 ctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgctttt 184  Q
    ||||||||||||||||||     |||||||||||||||| ||||  |  |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||    
T  26076769 ctggagatgtttcaagttcttaagagttgaattctctctgacattatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcaatagaattaaaaactgctttt 26076670  T
Q  185 gcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtactt 284  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||| |||||| ||  ||| | ||| | || ||||||||||||||||||| || |     
T  26076669 gcaagtgttgatttacccatgcctccggtaccaaaaattcctaccatgcggacctcattctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgttctattc 26076570  T
Q  285 gggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattca 382  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||||| || | |       || |||||||| ||| ||||||| ||| || ||||| || |||||||||| |||||    
T  26076569 gggactgcaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaaacatgattgatcttgttggagatgccttcgactatcttctcaataaacttgcattca 26076472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 112 - 319
Target Start/End: Original strand, 27426944 - 27427151
Alignment:
Q  112 tgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctcca 211  Q
    |||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  27426944 tgaattctctctgacttgttcaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgttgatttacctgagcctcca 27427043  T
Q  212 gtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttgg 311  Q
     | ||||||| ||| ||||| ||||||  |||||||  ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||  |||    
T  27427044 atcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtgg 27427143  T
Q  312 caacatgt 319  Q
    ||||||||    
T  27427144 caacatgt 27427151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 22 - 317
Target Start/End: Original strand, 27592263 - 27592558
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||| ||   |  || |||||| | ||||||||| | |||||||| |||||||||   || || |||| |||||    
T  27592263 aattccttcgctaacacttcctaacttaatttcaagttgaagtgtttttaaaaggagctcctgctggagatttttcaagttatttgaagctgaactctct 27592362  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
     |||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  27592363 ttcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaagttataaattgctttcgcaagtgttgattttcccaagcctccaatcccataaa 27592462  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacat 317  Q
     ||| ||||| ||||||  || |||| |||| | ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||  |||||||||    
T  27592463 ttccaaccatatggaccccatgatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacat 27592558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 27679848 - 27679593
Alignment:
Q  64 tgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagca 163  Q
    |||||| | ||||||||  || ||||||| |||||||||   | ||| |||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| |||||||| |||    
T  27679848 tgtttttaaaaggagcttctcttggagatatttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacatgaaccttcgaattgatctgca 27679749  T
Q  164 atgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaa 263  Q
    |  |||||||| |||  | |||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||| ||| ||||| ||||||  ||||||  |||||| ||| ||||    
T  27679748 acaaaattatagatttgtcttgcaagtgttgatttccccaaacctccaatgccataaattccaaccatatggaccccatcatcggatccctcatcaagaa 27679649  T
Q  264 gcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
    || ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||  |||||||||||    
T  27679648 gcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgt 27679593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 85 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 25511769 - 25511640
Alignment:
Q  85 ctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgctttt 184  Q
    ||||||||||||||||||     |||||||||||||||| ||||  |  |||||||||| || ||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||    
T  25511769 ctggagatgtttcaagttcttaagagttgaattctctctgacattatgaagaaaacatacactttcaaattgatcagcaatagaattaaaaactgctttt 25511670  T
Q  185 gcaagtgttgatttacccaagcctccagta 214  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  25511669 gcaagtgttgatttacccatgcctctagta 25511640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 28140363 - 28140295
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttaccc 202  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  28140363 agaaaacacaaacattcaaattgatcggcaataaaattataaattgcttgtgcaagtgttgttttaccc 28140295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 26937857 - 26937790
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacc 201  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  26937857 agaaaacacaaactttcaaattgatcaccaatcaaattataaattgctcgtgcaagtgttgatttacc 26937790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 221
Target Start/End: Original strand, 29843341 - 29843428
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| ||||||||| || ||| | |||||||    
T  29843341 agaaaacacaaacattcaaatttatcagcaatcaaattataaattgctcgagcaagtgttgttttacccaatccaccaattccataaa 29843428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 28243648 - 28243563
Alignment:
Q  109 agttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttg 194  Q
    ||||||||| || || ||||| |  |||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  28243648 agttgaattttcccttacatcgtgaagaaaacataaacaatcaaattgatcagctatggaattataaactgctcttgcaagtgttg 28243563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 134 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 28235393 - 28235333
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttg 194  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  28235393 agaaaacacaaaccatcaaattgatcagctatggaattataaactgctcttgcaagtgttg 28235333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 148 - 194
Target Start/End: Original strand, 28097811 - 28097857
Alignment:
Q  148 ttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttg 194  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  28097811 ttcaaattgaccagcaatgaaattataaaccgcttttgcaagtgttg 28097857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 260 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 25511640 - 25511518
Alignment:
Q  260 agaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnnnnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgatta 359  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||| ||| |||||||| || |         || |||||||| ||| ||||||||||| || ||    
T  25511640 agaagcaatttcacttgttctattcgggactgcaatccaacagggtatttggctacgttcaaaaaaacatgattgatcttgttggagatgtcttcgacta 25511541  T
Q  360 tctcctgaataaacttgtattca 382  Q
    ||| || ||||||||||||||||    
T  25511540 tcttctcaataaacttgtattca 25511518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 28326306 - 28326246
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttg 194  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || ||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  28326306 agaaaacacaaaccatcaaattgatcggctatggaattataaactgctcttgcaagtgttg 28326246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 28503942 - 28503882
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttg 194  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || ||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  28503942 agaaaacacaaaccatcaaattgatcggctatggaattataaactgctcttgcaagtgttg 28503882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 134 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 28181945 - 28181890
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaag 189  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||    
T  28181945 agaaaacacaaaccatcaaattgatcagctatggaattataaactgctcttgcaag 28181890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 148 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 26849526 - 26849461
Alignment:
Q  148 ttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagt 213  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||  |||||||||| ||| ||||  ||||||||    
T  26849526 ttcaaattgatcagcaatcgaattataaactgcttgagcaagtgttgtttttcccattcctccagt 26849461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 219
Target Start/End: Original strand, 28297094 - 28297179
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccata 219  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || ||| ||||||||| |||| | ||||||||||  || ||||  |||||||| |||||    
T  28297094 agaaaacacaaaccatcaaattgatcggctatggaattataaactgctctggcaagtgttgtctttcccatccctccagtcccata 28297179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 28514979 - 28514894
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccata 219  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || ||| ||||||||| |||| | ||||||||||  || ||||  |||||||| |||||    
T  28514979 agaaaacacaaaccatcaaattgatcggctatggaattataaactgctctggcaagtgttgtctttcccatccctccagtcccata 28514894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 111 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 26724419 - 26724319
Alignment:
Q  111 ttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctcc 210  Q
    ||||||| ||||||||||  |  || ||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||   | |||||| | ||||||||| |||||    
T  26724419 ttgaattttctctcacattgtgaaggaaacacaacccttcaaattgatcagcaatcaaatcataaactgctcgagtaagtgtcgttttacccaatcctcc 26724320  T
Q  211 a 211  Q
    |    
T  26724319 a 26724319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #50
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 134 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 28227780 - 28227720
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttg 194  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || || |||||||||| |||  ||||||||||||    
T  28227780 agaaaacacaaaccatcaaattgatcggctataaaattataaactgcccttgcaagtgttg 28227720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 138; Significance: 5e-72; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 22 - 319
Target Start/End: Original strand, 3954 - 4251
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||   |  || |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||   || || ||||||||||    
T  3954 aattccctcactaacacctcctaacttaatttcaagttgaagtgtttttaaaaggagctcctcctggagatgtttcaatttatttgaagctgaattctct 4053  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4054 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattcatcagcaataaaattataaattgcttttccaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 4153  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
    |||||||||||||| |   || |||| |||| | ||| |||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  4154 gtcctaccatgtgggctccatgatcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgt 4251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Original strand, 12917 - 13278
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| | | |  |  || |||||| | |||||| || ||||||||||||||||| ||   || || ||||||||||    
T  12917 aattccctcactaacacttcctaacttagttttctgttgaagtgtttttaaaaggagttcctcctggagatgtttcaatttatttgaagctgaattctct 13016  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13017 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagaaataaaattataaattgcttttccaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 13116  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
    ||||||||||||||||   ||||||| |||| | ||| |||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||| || ||||||||||||      
T  13117 gtcctaccatgtggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaa 13216  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
          |||| ||||| ||| |||||||| ||||| ||| ||   |||||||||||||||||    
T  13217 gggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcat 13278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 8427 - 8066
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| | | |  |  || |||||| | |||||| || ||||||||||||||||| ||   || || ||||||||||    
T  8427 aattccctcactaacacttcctaacttagttttctgttgaagtgtttttaaaaggagttcctcctggagatgtttcaatttatttgaagctgaattctct 8328  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8327 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagaaataaaattataaattgcttttccaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 8228  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgtnn 321  Q
    ||||||||||||||||   ||||||| |||| | ||| |||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||| || ||||||||||||      
T  8227 gtcctaccatgtggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaa 8128  T
Q  322 nnnnncacgattgatcctgtcggagatgtctttgattatctcctgaataaacttgtattcat 383  Q
          |||| ||||| ||| |||||||| ||||| ||| ||   |||||||||||||||||    
T  8127 gggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcat 8066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 22 - 319
Target Start/End: Original strand, 2781 - 3078
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||   |  || |||||| | |||||||||   ||| ||||||||||| ||   || || ||||||||||    
T  2781 aattccctcactaacacctccaaacttaatttcaagttgaagtgtttttaaaaggagctccaactgaagatgtttcaatttatttgaagctgaattctct 2880  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2881 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaatcctccagtaccataaa 2980  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
    ||||||||||||||||   ||||||| |||  | ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||  | ||||| ||| || ||||||||||||    
T  2981 gtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagacttcattccaacagggtaattggcaacatgt 3078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 22 - 319
Target Start/End: Original strand, 18678798 - 18679095
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |  |  || |||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |    || || ||||||||||    
T  18678798 aattccctcactaacacctcctaacttaattttcagtgaaagtgtttttaaaaggagttcctcctggagatgtttcaattgatttgaagctgaattctct 18678897  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||||    
T  18678898 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaagtgttaatttacccatgcctccaatgccataaa 18678997  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
    ||||||||||| ||||   ||||| | |||  | ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| || ||||||||||||    
T  18678998 gtcctaccatgcggactccatcataagatcattcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgt 18679095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 22 - 319
Target Start/End: Original strand, 18698638 - 18698935
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |  |   | |||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |    || || ||||||||||    
T  18698638 aattccctcactaacacctcctaacttaattttcagtgctagtgtttttaaaaggagttcctcctggagatgtttcaattgatttgaagctgaattctct 18698737  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  18698738 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgctttcgcaagtgttgatttacccatgcctccaatgccataaa 18698837  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
    |||||| |||| ||||   ||||||| |||| ||||| ||||||  |||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| || ||||||||||||    
T  18698838 gtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgt 18698935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 22 - 319
Target Start/End: Original strand, 18730742 - 18731039
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |  |   | |||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |    || || ||||||||||    
T  18730742 aattccctcactaacacctcctaacttaattttcagtgctagtgtttttaaaaggagttcctcctggagatgtttcaattgatttgaagctgaattctct 18730841  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  18730842 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattactttagcaagtgttgattttcccatgcctccaataccataaa 18730941  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
    |||||| |||| ||||   | ||| | |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| || |||| ||| ||  |||||||||||    
T  18730942 gtcctatcatgcggactccaccataagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaaatggcaacatgt 18731039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 283
Target Start/End: Original strand, 18654715 - 18654976
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |  |  || |||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |    || || |||||| |||    
T  18654715 aattccctcactaacacctcctaacttaattttcagtgaaagtgtttttaaaaggagttcctcctggagatgtttcaattgatttgaagatgaattttct 18654814  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  18654815 ctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaatacaattattaattgattttgcaagtgttgattttcccatgcctccaataccataaa 18654914  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtact 283  Q
    |||||| |||| ||||   | ||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  18654915 gtcctatcatgcggactccaccatcagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtact 18654976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 319
Target Start/End: Original strand, 18723323 - 18723620
Alignment:
Q  22 aattccctcactaacacctcctaacttaatatccgatctaactgttttcagaaggagctcttcctggagatgtttcaagttggatggagttgaattctct 121  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| | |  |  || |||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |    || || ||||||||||    
T  18723323 aattctctcactaacacctcctaagttaattttcagtgaaagtgtttttaaaaggagttcctcctggagatgtttcaattgatttgaagctgaattctct 18723422  T
Q  122 ctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaa 221  Q
    ||||| | ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  18723423 ctcacgttttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattccttttgcaagtgttgattttcccatgcctccaataccataaa 18723522  T
Q  222 gtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
    |||||| |||| ||||   | ||| | |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| || |||| ||| ||  |||||||||||    
T  18723523 gtcctatcatgcggactccaccattagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaagtggcaacatgt 18723620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 112 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 18074611 - 18074404
Alignment:
Q  112 tgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctcca 211  Q
    |||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  18074611 tgaattctctctgacttgttcaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgttgatttacctgagcctcca 18074512  T
Q  212 gtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttgg 311  Q
     | ||||||| ||| ||||| ||||||  |||||||  ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||  |||    
T  18074511 atcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtgg 18074412  T
Q  312 caacatgt 319  Q
    ||||||||    
T  18074411 caacatgt 18074404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 109 - 245
Target Start/End: Original strand, 5090282 - 5090418
Alignment:
Q  109 agttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcct 208  Q
    ||||||||| ||||||||||     |||||||| | || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||  |||    
T  5090282 agttgaattttctctcacattgggaagaaaacaaagacattcaaattgatgagcaatgaaattgtaaattgcttttccaagtgtggttttacccattcct 5090381  T
Q  209 ccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcat 245  Q
    ||||| ||||| |  |||| ||| ||||| |||||||    
T  5090382 ccagtcccatagatccctagcatttggactttatcat 5090418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 86 - 319
Target Start/End: Original strand, 29273144 - 29273377
Alignment:
Q  86 tggagatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttg 185  Q
    |||||||||||||||||   |  || |||||||||||||||||| |  |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||    
T  29273144 tggagatgtttcaagttatttttagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaatcttcaaattgatcagcaaaaaaattatagattgctcttg 29273243  T
Q  186 caagtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttg 285  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||| ||| ||||| |||| |  ||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  29273244 caagggttgatttacccaagccaccaatcccataaattccaaccatatggatcccatcatcagatccattatcaagaagcgatttgacttgttgtacttg 29273343  T
Q  286 ggactgtaatccaataggatatttggcaacatgt 319  Q
     ||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  29273344 agactgtaatccaacagggtatttggcaacatgt 29273377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 112 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 60419 - 60212
Alignment:
Q  112 tgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacccaagcctcca 211  Q
    |||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  60419 tgaattctctctgacttgttcaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgttgatttacctgagcctcca 60320  T
Q  212 gtaccataaagtcctaccatgtggaccttatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgggactgtaatccaataggatatttgg 311  Q
     | ||||||| ||| ||||| ||||||  |||||||  ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||  |||    
T  60319 atcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtgg 60220  T
Q  312 caacatgt 319  Q
    ||||||||    
T  60219 caacatgt 60212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 112 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 16691717 - 16691628
Alignment:
Q  112 tgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttacc 201  Q
    |||||| |||||||| || |  |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| ||||||    
T  16691717 tgaattttctctcacgtcatgaagaaaacacaaacattcaaattgatcagcaatcaaattataaattgctcgagcaagtgttgttttacc 16691628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 3280509 - 3280418
Alignment:
Q  112 tgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttgatttaccca 203  Q
    |||||| ||||||||||  |  |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||  |||||||    
T  3280509 tgaattttctctcacattgtgaagaaaacatacacattcaaattgattagcaatgaaattataaactgctcttgcaagagttgtcttaccca 3280418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 3)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 43810 - 43725
Alignment:
Q  109 agttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttg 194  Q
    ||||||||| || || ||||| |  |||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  43810 agttgaattttcccttacatcgtgaagaaaacataaacaatcaaattgatcagctatggaattataaactgctcttgcaagtgttg 43725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 134 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 35555 - 35495
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttg 194  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  35555 agaaaacacaaaccatcaaattgatcagctatggaattataaactgctcttgcaagtgttg 35495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 134 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 28278 - 28218
Alignment:
Q  134 agaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaagtgttg 194  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || || |||||||||| |||  ||||||||||||    
T  28278 agaaaacacaaaccatcaaattgatcggctataaaattataaactgcccttgcaagtgttg 28218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University