View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17615_high_15 (Length: 473)

Name: NF17615_high_15
Description: NF17615
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17615_high_15
NF17615_high_15
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (1-463)||(41835311-41835768)
chr4 (143-463)||(28537787-28538100)
chr4 (147-463)||(49951189-49951500)
chr4 (143-399)||(21321399-21321655)
chr4 (143-463)||(55734881-55735196)
chr4 (143-463)||(18442147-18442460)
chr4 (143-428)||(51735002-51735286)
chr4 (143-463)||(2064725-2065040)
chr4 (143-463)||(37245852-37246167)
chr4 (143-427)||(56065501-56065785)
chr4 (143-463)||(29655666-29655980)
chr4 (143-439)||(32577067-32577361)
chr4 (159-463)||(43840306-43840606)
chr4 (143-463)||(51259529-51259845)
chr4 (143-372)||(28426068-28426284)
chr4 (143-372)||(49119486-49119702)
chr4 (295-463)||(47226330-47226493)
chr4 (314-440)||(44936100-44936226)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (143-439)||(88431-88727)
chr2 (142-439)||(12130657-12130954)
chr2 (143-433)||(34695929-34696217)
chr2 (143-433)||(34718341-34718629)
chr2 (143-390)||(18345555-18345801)
chr2 (156-308)||(44017468-44017620)
chr2 (273-463)||(1417981-1418166)
chr2 (159-320)||(26198575-26198742)
chr2 (343-465)||(22845608-22845725)
chr2 (252-340)||(9709910-9709998)
chr2 (321-433)||(13109894-13110006)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (151-463)||(25730688-25730995)
chr5 (175-433)||(11375538-11375796)
chr5 (143-462)||(4267971-4268285)
chr5 (143-463)||(15988749-15989064)
chr5 (143-463)||(20204827-20205142)
chr5 (145-433)||(8387960-8388248)
chr5 (143-462)||(27292306-27292620)
chr5 (143-439)||(22767276-22767572)
chr5 (161-463)||(26597457-26597754)
chr5 (142-468)||(41940732-41941053)
chr5 (165-439)||(12660210-12660484)
chr5 (143-433)||(27532931-27533222)
chr5 (143-308)||(30222949-30223114)
chr5 (174-397)||(37448028-37448251)
chr5 (212-463)||(34652254-34652499)
chr5 (147-207)||(16074612-16074672)
chr5 (143-186)||(34653864-34653907)
chr5 (386-439)||(30222857-30222910)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (143-462)||(44527125-44527439)
chr1 (144-463)||(48949724-48950038)
chr1 (143-463)||(5609211-5609526)
chr1 (143-438)||(4395031-4395325)
chr1 (143-462)||(52109326-52109639)
chr1 (142-415)||(25682522-25682795)
chr1 (143-431)||(51113187-51113475)
chr1 (149-463)||(16816797-16817108)
chr1 (147-463)||(36733570-36733883)
chr1 (183-439)||(48166149-48166405)
chr1 (143-305)||(24538382-24538544)
chr1 (364-463)||(2885316-2885410)
chr1 (390-433)||(21031268-21031311)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (143-462)||(23853804-23854118)
chr8 (161-433)||(13414913-13415185)
chr8 (143-439)||(40588749-40589030)
chr8 (142-433)||(8451148-8451439)
chr8 (143-427)||(7127095-7127379)
chr8 (142-430)||(478084-478372)
chr8 (251-463)||(185591-185797)
chr8 (190-306)||(37711998-37712114)
chr8 (212-280)||(42899047-42899110)
chr8 (364-433)||(33642789-33642858)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (143-462)||(53496904-53497218)
chr3 (143-463)||(55199383-55199698)
chr3 (143-439)||(42340296-42340591)
chr3 (143-433)||(46007173-46007461)
chr3 (143-326)||(2615365-2615548)
chr3 (184-360)||(647309-647485)
chr3 (163-399)||(48227305-48227542)
chr3 (191-323)||(27941129-27941261)
chr3 (315-440)||(647181-647306)
chr3 (359-463)||(27608903-27609002)
chr3 (359-433)||(34497397-34497471)
chr3 (349-433)||(24176848-24176932)
chr3 (394-433)||(19117745-19117784)
chr3 (147-216)||(1070889-1070958)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (143-463)||(16731805-16732120)
chr7 (143-463)||(17709939-17710254)
chr7 (143-439)||(1581487-1581784)
chr7 (163-439)||(16098382-16098658)
chr7 (143-463)||(22289113-22289428)
chr7 (143-439)||(9328621-9328916)
chr7 (142-376)||(17877279-17877513)
chr7 (143-463)||(29200955-29201264)
chr7 (163-433)||(30493635-30493904)
chr7 (364-463)||(3601745-3601839)
chr7 (209-299)||(34578437-34578527)
chr7 (363-433)||(44480892-44480962)
chr7 (163-376)||(30824557-30824769)
chr7 (357-412)||(3275120-3275175)
chr7 (293-335)||(3601683-3601725)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (143-428)||(14680031-14680319)
chr6 (143-463)||(15605994-15606309)
chr6 (143-463)||(28107011-28107326)
chr6 (218-439)||(29368075-29368294)
chr6 (203-439)||(15053194-15053430)
chr6 (248-463)||(30801991-30802201)
chr6 (264-443)||(19690894-19691073)
chr6 (144-306)||(11731818-11731963)
chr6 (386-433)||(34104490-34104537)
[»] scaffold0446 (1 HSPs)
scaffold0446 (143-427)||(58-342)
[»] scaffold0922 (1 HSPs)
scaffold0922 (287-463)||(264-434)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 41835768 - 41835311
Alignment:
Q  1 ttccatttttgcacacttcattttagtcttcaaaatattgtgatttagcaattttgnnnnnnnagctgcttttaaattatgtaaaatccagagattcggg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  41835768 ttccatttttgcacacttcattttagtcttcaaaatattgtgatttagcaattttgtttttttagctgcttttaaattatgtaaaatcacaagattcggg 41835669  T
Q  101 gacaaaagtgagaaactaatctaaaaccaaataaacacaatatttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  41835668 gacaaaagtgagaaactaatctaaaaccgaataaacacaatatttgggagaaatcgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccacgttccttga 41835569  T
Q  201 acgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttg 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41835568 acgtaaccatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactctcgcagacaatttattcgggctcaaacaaaatgacagctggcaaatatgacagttttg 41835469  T
Q  301 gagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaa 400  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41835468 gagggggatgcagtagccttactcgagacccttcattttgcggatgcaaacagatgggaccgggttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaa 41835369  T
Q  401 cgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattgtttctagtattat 463  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||    
T  41835368 cgctatcgtctccgggccatggtgattcggaatcct-----atgctattgtttctagtattat 41835311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 28538100 - 28537787
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  28538100 tttgggagaaaccgaacgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgatcgtaaccatattacatattttgcgtgttgtgttagagactc 28538001  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
       | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||     
T  28538000 ccacgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggaaaatatgatagttt--gagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgtt 28537903  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||| ||| ||| ||| ||||||||| |||||||| | |||||||||| || ||||||||||||  ||| ||     |    
T  28537902 gatgcgaacagatgggaccgggttgtgttcaagtccgactcatctactttagtgcaagctctatcgtctctgggccatggtgattcaaaattct-----a 28537808  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  28537807 tgctattgtttctagtattat 28537787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 147 - 463
Target Start/End: Original strand, 49951189 - 49951500
Alignment:
Q  147 ggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgc 246  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||| ||| ||    
T  49951189 ggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcattccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgctgtgttagagattctcgc 49951288  T
Q  247 aggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatg 346  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  49951289 ggccaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatg 49951388  T
Q  347 caaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgct 446  Q
    | ||||||||| || ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| |  |||| ||| ||| || ||||||||| |||| ||      ||||    
T  49951389 cgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctttatcatcttcgggccgtggtgattcagaattct-----ctgct 49951483  T
Q  447 attgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||    
T  49951484 attgtttctagtattat 49951500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 143 - 399
Target Start/End: Original strand, 21321399 - 21321655
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  21321399 tttgggagaaatcgagcgaaacgtggttgaagtgcaatgtggatgttgcgttccatgaccgtaaccatattacaacttttgcatgttgtattagagactc 21321498  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||| |||       
T  21321499 tcgcgggaaatttattcgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgacagttttggagggggagacaatagccttactcgaggcccttcacttttct 21321598  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaa 399  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  21321599 gatgctaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaa 21321655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Original strand, 55734881 - 55735196
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  55734881 tttgggagaaaccgagcgagatgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgcgctccatgatctcaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactc 55734980  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
          ||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||     
T  55734981 ccatgagcaatttgttcgggctcaaacgaaatggaagcgagcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgtt 55735080  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    | ||| |||| |||| || | ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||     |    
T  55735081 gttgcgaacacatggaaccgggttattttcgagtccgattcatctactctagtgcaagctctatcgtcttcggaccatggtgattcagaattct-----a 55735175  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  55735176 tgctattgtttctagtattat 55735196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 18442460 - 18442147
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18442460 tttgggagaaaccgagcgagacgtggttgaagtgcaatgcggatgtcgcgttccatgaccgcaaccatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 18442361  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||      
T  18442360 ccatgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggaagcgggaaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccctacactttgct 18442261  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    | ||| ||||||||| || | ||| | ||||||| ||| |||||||  ||||||||| |  ||||||||  || |||||||||||| |||| ||     |    
T  18442260 gttgcgaacagatggaaccgggttattttcgagtgcgactcatcta--ctagtgcaagctatatcgtctttggcccatggtgattcagaattct-----a 18442168  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  18442167 tgctattgtttctagtattat 18442147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 143 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 51735286 - 51735002
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||     
T  51735286 tttgggcgaaaccgagcgagacgtggttgaagtgcaacgtggatgccgcgttccatgattgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagagactt 51735187  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  | ||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||| ||||      
T  51735186 ccgttgacaatttattcgggcttaaacgaaatgacagcgtgcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgct 51735087  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattc 428  Q
    ||||  || |||| |||| |||||||||||||||  |  || ||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  51735086 gatgtgaatagataggac-gagttgtcttcgagtcaggctcctctactctagtgcaagctctatcgtctctggaccatggtgattc 51735002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Original strand, 2064725 - 2065040
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||    
T  2064725 tttgggagaaactgagcgagtcgtggttgaagtgcaatgtggacgccacgttccatgaccgtaaccatattacatcctctgcgtgttgtgttagagactc 2064824  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      || |  ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||      
T  2064825 ccgcggataatttattcgggctcaaacaaaatgacagcgggcaaatatgacagtattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcactttgct 2064924  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||  |||||||||    | |||||||| ||||  || |||||||||||||  ||| | ||||||||||| |  |||||||||||| |||  |||   |    
T  2064925 gatgagaacagatggagtcgggttgtctttgagtcggactcatctactctagcccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaat--tat---a 2065019  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2065020 tgctattgtttctagtattat 2065040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 37246167 - 37245852
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   | ||||| | | ||| |||||||||||||||||    
T  37246167 tttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaatcgtcttacatcctctgcatgttgtgttagagactc 37246068  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  || ||||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||  |||| ||||      
T  37246067 ccgagggaaatttattcgggcacaaacgaaatggaaacgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgctattcactttgct 37245968  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
     |||  |||||||||||| | |||||||||||||  || ||  ||||| |||||||| | || ||||||| || |||||||||||| |||| ||     |    
T  37245967 tatgtgaacagatgggaccgggttgtcttcgagtctgactctgctactttagtgcaagctctttcgtctctgggccatggtgattcagaattct-----a 37245873  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  37245872 tgctattgtttctagtattat 37245852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 143 - 427
Target Start/End: Original strand, 56065501 - 56065785
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||| |  |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  56065501 tttgggagaaactgtgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgtgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgttttagagactc 56065600  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  ||||||| |||||||||||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| |||| ||||      
T  56065601 ccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgct 56065700  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgatt 427  Q
    | ||  || | ||||||| | ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  56065701 gttgggaatatatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccagaccatggtgatt 56065785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 29655980 - 29655666
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    ||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| ||||||  ||||||||||||| |||    
T  29655980 tttggaagaaaccgagtgagacatggttgaagtgtaatgtggatgccgcgttccatgatcgtaaccctcttacatcttttgt-tgttgtgttagaggctc 29655882  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||||| | | |||| ||||      
T  29655881 ccgtgggcaatttattcgggctcaaacaaaatggcagcgggcaaatatgactgttttggagggagaggcagtagccttactcgatgtcattcactttgct 29655782  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||  ||||||||| || | |||||||||||||  || |   |||||||||||||| | ||||| ||| ||| |||||||||||| |||| ||||||      
T  29655781 gatgtgaacagatggaaccgtgttgtcttcgagtctgactacgctactctagtgcaagctctatcatcttcgggccatggtgattcagaattctatgt-- 29655684  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
       ||||||||||||||||||    
T  29655683 ---tattgtttctagtattat 29655666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 143 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 32577361 - 32577067
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  32577361 tttgggagaaaccgag-gagacatggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccttaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagattc 32577263  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| | | ||||||||||||  ||  || | ||||      
T  32577262 ccgg-ggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgactgttttggagggggaggtactagccttactcgctgctatttactttgct 32577164  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||  || ||  |||||||||||||| | | ||||||  |||  ||||||||||| |||| |||||    
T  32577163 gatgtaaacatatgggactgggttgtcttcgagtctgactctgctactctagtgcaagctcaatcgtcagcgggacatggtgattcagaattctatg 32577067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 159 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 43840606 - 43840306
Alignment:
Q  159 cgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttatt 258  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| | |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||  |  | |||||||||    
T  43840606 cgagacgtggttgaagttcaacgtggatgccgcgttctatgagcataaccatcttacatcttttgcgttttgtgttagagactcccgtggacaatttatt 43840507  T
Q  259 cgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggaggggga-tgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgg 357  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||   ||  | | |||||||| ||| |||| ||||  ||||  |||| |||     
T  43840506 cggggtcaaacgaaatggcagcggacaaatatgacagtgttggagggggagacaacaacctttactcgatgccattcactttgctgatgtgaacaaatga 43840407  T
Q  358 gactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattgtttctag 457  Q
    ||| |  |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||     ||||||||||||||||    
T  43840406 gaccggtttgtcttcgagttcgactcagctactctaatgcaagctctatcgtcttcggaccatggtgattcggaattct-----atgctattgtttctag 43840312  T
Q  458 tattat 463  Q
    ||||||    
T  43840311 tattat 43840306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 51259845 - 51259529
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |  |||||||| |||| |  |||||||||||||||||    
T  51259845 tttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaactgcaatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgtatgttgtgttagagactc 51259746  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggag-ggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgt 341  Q
    | |  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| | | |||| ||||     
T  51259745 tcgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggaggggggaggcagttgccttactcgatgtcattcactttgc 51259646  T
Q  342 ggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtc 441  Q
     | ||  | ||| | ||||   ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||  |||||     
T  51259645 tgttgggatcagttcggaccaggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtcttcgggccatggtgattcagaattttatgt- 51259547  T
Q  442 atgctattgtttctagtattat 463  Q
        ||||||||||||||||||    
T  51259546 ----tattgtttctagtattat 51259529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 143 - 372
Target Start/End: Original strand, 28426068 - 28426284
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    ||||||| ||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||        
T  28426068 tttgggataaaccaagcgagacatggctgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagag---- 28426163  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
             |||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||  |||| ||||      
T  28426164 ---------attccttcgggctcaaacgaaatggcaacaggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgct 28426254  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttc 372  Q
    |||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  28426255 gatgtaaacagatgggaccgggttgtcttc 28426284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 143 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 49119702 - 49119486
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    ||||||| ||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||        
T  49119702 tttgggataaaccaagcgagacatggctgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagag---- 49119607  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
             |||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||  |||| ||||      
T  49119606 ---------attccttcgggctcaaacgaaatggcaacaggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgct 49119516  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttc 372  Q
    |||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  49119515 gatgtaaacagatgggaccgggttgtcttc 49119486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 295 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 47226493 - 47226330
Alignment:
Q  295 gttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctag 394  Q
    |||||||||||||| | | ||| ||||||||||||  |||| ||||  ||||| |||||||| ||  ||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||    
T  47226493 gttttggagggggaggtaatagtcttactcgaggcttttcactttgctgatgcgaacagatgagatcgagttgtgttcgagtccgactcatctactttag 47226394  T
Q  395 tgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattgtttctagtattat 463  Q
     |||| | ||||||||| | | |||||||||||| || |  |||   ||||||||||||||||||||||    
T  47226393 agcaagctctatcgtcttcaggccatggtgattcagatt--tat---atgctattgtttctagtattat 47226330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 44936226 - 44936100
Alignment:
Q  314 tagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctcc 413  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||||   |||||||||||||  | || ||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||| | |    
T  44936226 tagccttactcgagatcctttactttgctaatgcaaacagatgaaattgggttgtgttcgagtccgactcatttactctagtgcaaactctatcgttttc 44936127  T
Q  414 ggaccatggtgattcggaatcctatgt 440  Q
    || ||| |||||||  |||| ||||||    
T  44936126 gggccacggtgatttagaattctatgt 44936100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 143 - 439
Target Start/End: Original strand, 88431 - 88727
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  88431 tttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccgtaaccatattacaacttttgcatgttgtgttagagactc 88530  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
    | || ||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||     
T  88531 tcgcgggcaatttattcgggctcaaatgaaatggcaatgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgtt 88630  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||  || ||||||||||| |||| |||||    
T  88631 gatgctaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcaagatcatggtgattcagaattctatg 88727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 142 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 12130954 - 12130657
Alignment:
Q  142 atttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagact 241  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||  | |||||| |||||||||||||||||    
T  12130954 atttgggagaaatcgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagact 12130855  T
Q  242 cttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgt 341  Q
    |  || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||| ||||     
T  12130854 cccgcgggcaaattattcgggctcaaacgaaatgacagcgagcaaatatgatagtgttggagggggaggcagtagccttacttgaggctcttcactttgc 12130755  T
Q  342 ggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
     |||||||| |||||| |  | ||| |||||||||  || |||||||||||||| ||| | ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| |||||    
T  12130754 tgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatg 12130657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 143 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 34696217 - 34695929
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||| | |||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  34696217 tttgggagaaactgcgcgagtcgtggttgaagtacaacgtggatgccacattccatgaccataagcatattacatcttttgcgtgttgcgttagagactc 34696118  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  |||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||| ||||      
T  34696117 ccgtgggcaatttattcgggctcaatcga--tggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcaaggccattcactttgct 34696020  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
    ||||  || ||||||||  | ||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  34696019 gatgtcaatagatgggaacgggttgtcttcgagtccgactccgctactctagtgcaagcgttatcgtctccgggtcatggtgattcagaat 34695929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 143 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 34718629 - 34718341
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||| | |||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  34718629 tttgggagaaactgcgcgagtcgtggttgaagtacaacgtggatgccacattccatgaccataagcatattacatcttttgcgtgttgcgttagagactc 34718530  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  |||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||| ||||      
T  34718529 ccgtgggcaatttattcgggctcaatcga--tggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcaaggccattcactttgct 34718432  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
    ||||  || ||||||||  | ||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  34718431 gatgtcaatagatgggaacgggttgtcttcgagtccgactccgctactctagtgcaagcgttatcgtctccgggtcatggtgattcagaat 34718341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 143 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 18345801 - 18345555
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    ||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||     
T  18345801 tttggaagaaaccgaacgagacatggttgaagtgcaatgtggacgcaacgttccatgagcgtaaccatattacttcttttgcgtgttgtgttagagactt 18345702  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  || |||||||| |  |||||||||||||| | | | |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||      
T  18345701 ccgtgggtaatttatttgaactcaaacgaaatggtaacggacaaatatgacagtttt-gagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgct 18345603  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctact 390  Q
    ||||| |||||||||||  || |||||||||| | ||| |||||||||    
T  18345602 gatgctaacagatgggatcgaattgtcttcgaatccgactcatctact 18345555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 156 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 44017620 - 44017468
Alignment:
Q  156 gagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaattt 255  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | || ||||||||  ||| | | || || ||||| |||| ||||||||||||||||||||  |  ||||||||    
T  44017620 gagcgagacatggttgaagtgcaatgcgaattccgcgttctgtgatcatgaccatcttacatctttcgcgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattt 44017521  T
Q  256 attcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggaggggga 308  Q
    |||||||||||||  ||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  44017520 attcgggctcaaataaaatgacaccgtgcaaatatgacagttttggaggggga 44017468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 273 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 1418166 - 1417981
Alignment:
Q  273 atggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttc 372  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||| || |||| ||   |||||||||||||||||   ||   ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1418166 atggtagcgggcaaatatgacggttatgaagggagagacagtagccttactcgaggtaatttgatttgctgatgcaaacagatgggactgggttgtcttc 1418067  T
Q  373 gagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattgtttctagtattat 463  Q
    ||||  || |||||||||||||| ||| | |||| ||||| |||| |||||||||| |||| ||     ||||||||||||||||||||||    
T  1418066 gagtctgactcatctactctagttcaagctctattgtctctggactatggtgattcagaattct-----atgctattgtttctagtattat 1417981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 159 - 320
Target Start/End: Original strand, 26198575 - 26198742
Alignment:
Q  159 cgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatg------aacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaa 252  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||       | | |||  ||||| || |||||| ||| |||||||||||||| ||  |||||    
T  26198575 cgagacgtggttgaagtgtattgtggatgtcgcgttccattttcattaccataatcatattgcatcttttgtgtgctgtgttagagactcatgtgggcaa 26198674  T
Q  253 tttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagcctt 320  Q
    |||||||| |||||||  |||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26198675 tttattcgagctcaaataaaatggtagcgaacaaatatgacagttttggagggggatgcagtagcctt 26198742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 343 - 465
Target Start/End: Original strand, 22845608 - 22845725
Alignment:
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||| | | | |||||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||| |||| ||     |    
T  22845608 gatgcgaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccaactaatctactctagtgcaagctctatcgtctccagatcatggtgattcagaattct-----a 22845702  T
Q  443 tgctattgtttctagtattatct 465  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  22845703 ggctattgtttctagtattatct 22845725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 252 - 340
Target Start/End: Original strand, 9709910 - 9709998
Alignment:
Q  252 atttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttg 340  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| |||| ||||    
T  9709910 atttattcaggctcaaacgaaatggcaacgaacaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttg 9709998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 321 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 13110006 - 13109894
Alignment:
Q  321 actcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccat 420  Q
    ||||||||||||||| || |  ||||| | ||||||||||   ||||||||||||| ||| || |||||||||||| || | ||||||||| ||| ||||    
T  13110006 actcgaggcccttcacttagctgatgcgatcagatgggacatggttgtcttcgagtccgactcttctactctagtggaagctctatcgtcttcgggccat 13109907  T
Q  421 ggtgattcggaat 433  Q
    ||||||| |||||    
T  13109906 ggtgatttggaat 13109894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 173; Significance: 8e-93; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 151 - 463
Target Start/End: Original strand, 25730688 - 25730995
Alignment:
Q  151 aaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggc 250  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||| |||  || ||     
T  25730688 aaaccgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggattccgcgttccatgaccgtaaccatattacaattttcacgtgttgtgttagagtctcacgcggga 25730787  T
Q  251 aatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaa 350  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||    
T  25730788 aatttattcgagctcaaacgaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaa 25730887  T
Q  351 cagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattg 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||  ||||||||||  |||| ||||||     |||||    
T  25730888 cagatgggactgagttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcagggtcatggtgattaagaattctatgt-----tattg 25730982  T
Q  451 tttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||    
T  25730983 tttctagtattat 25730995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 175 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 11375796 - 11375538
Alignment:
Q  175 tgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaat 274  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  11375796 tgcaatgtggatgctgcgttccatgaacgtaaccatattacaacttttgcatgttgtgttagagactctcgcaggtgatttattcggactcaaacgaaat 11375697  T
Q  275 ggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcga 374  Q
    ||||||  | ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| | |||||||| ||    
T  11375696 ggcagcgagtaaatatgacagttttggagggggagacagtagccttactcgaggcccttcattttgcggatgcaaatatatgggaccgggttgtctttga 11375597  T
Q  375 gttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
    ||  |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11375596 gtctgattcatctattctagtgcaagctctatcgtctccggtccatggtgattcggaat 11375538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 143 - 462
Target Start/End: Original strand, 4267971 - 4268285
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| || |||| | ||||| |||||||| ||||| |||||||| | |||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4267971 tttgggagaaaccgaacgagtcatggttaaagtgcaacgtggacgccgcgtttcttgattgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactc 4268070  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
    | |  |||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||      
T  4268071 tcgtgggcaatttattcaggctcaaacaaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgct 4268170  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||| ||||| |||||| | ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||     |    
T  4268171 gatgctaacaggtgggaccgggttttcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcggaattct-----a 4268265  T
Q  443 tgctattgtttctagtatta 462  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  4268266 tgctattgtttctagtatta 4268285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 15989064 - 15988749
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||     
T  15989064 tttgggagaaaccgagcgagacgttgttgaagtgaaatatggatgtcgcgttccatgaccgcaaccatattacaacttttgcgtgttatgtcagagactt 15988965  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
    | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||      
T  15988964 tcgcgagcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtaaccttactcgaggccctttactttgct 15988865  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||| |||| ||||||| | ||||||||| ||| ||  ||| |||||||||||||| | ||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||      
T  15988864 gatgcgaacatatgggaccgggttgtcttcaagtccgtctcagctactctagtgcaatctctatcgtcttcaggccatggtgattcggaattctatgt-- 15988767  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
       ||||||||||||||||||    
T  15988766 ---tattgtttctagtattat 15988749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Original strand, 20204827 - 20205142
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    ||||||||||||  |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||| | | ||||| |||||||||    
T  20204827 tttgggagaaaccaaatgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccataaccatattacatcttttacattttgtgctagagactc 20204926  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      || || ||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| |||||     
T  20204927 ccgcgggaaatttatccaggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcactttgtt 20205026  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    | ||| ||||||||| || ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||  |||||||||||  ||| ||     |    
T  20205027 gttgcgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcctctccgggtcatggtgattcaaaattct-----a 20205121  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  20205122 tgctattgtttctagtattat 20205142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 145 - 433
Target Start/End: Original strand, 8387960 - 8388248
Alignment:
Q  145 tgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactctt 244  Q
    |||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||     
T  8387960 tgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtacaatgtggatgccgcgtttcatgaccgttaaaatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactctc 8388059  T
Q  245 gcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtgga 344  Q
    |  ||||||| |||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| |||| |||| ||     
T  8388060 gtgggcaattcattcaggctcaaacgaaatggcaacgaacaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgcggt 8388159  T
Q  345 tgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
    ||  |||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  8388160 tgggaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccaggccatggtgattcagaat 8388248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 143 - 462
Target Start/End: Original strand, 27292306 - 27292620
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||||    
T  27292306 tttgggagaaaccgaacgagtcatggttgaagtgcaatgtggatgtcacgttccatgatagtaaccatattacatattttgcatgttgtgttagagactc 27292405  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
    | |  |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||| |  |||||| ||||||| | | |||||||||| || |||||||| ||||      
T  27292406 tcgtgggcaatttattcgggctcaaacaaaatggcagcggacaaatattattgttttgaagggggaggcaatagccttactagatgcccttcactttgct 27292505  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||  |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||     || | |    
T  27292506 gatgataacagatgggaccgggttgtcttcgagttcgactcatctgctctagtgcaaactctatcgtctccaggccatggtgatttgga-----atttta 27292600  T
Q  443 tgctattgtttctagtatta 462  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  27292601 tgctattgtttctagtatta 27292620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 143 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 22767572 - 22767276
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  || ||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  22767572 tttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgacagtaatcatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagattc 22767473  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||  |||| ||||      
T  22767472 ccgggggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgct 22767373  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
    |||| ||||||||||||| | |||||||||||||| || ||   ||||||||||||| | ||||||||  |||  |||||| |||| |||| |||||    
T  22767372 gatgtaaacagatgggaccgggttgtcttcgagtttgactctgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcagaattctatg 22767276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 161 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 26597754 - 26597457
Alignment:
Q  161 agacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcg 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | |  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |  | ||||| |||||    
T  26597754 agacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgatcatcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactcccgtggacaattcattcg 26597655  T
Q  261 ggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggac 360  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| |||| ||||  | ||  || ||||| |||    
T  26597654 ggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacaattttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgcagttgggaatagatgagac 26597555  T
Q  361 tgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattgtttctagtat 460  Q
     | ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||     |||||||||||||||    
T  26597554 cgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgt-----tattgtttctagtat 26597460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 142 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 41941053 - 41940732
Alignment:
Q  142 atttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagact 241  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||| |||||| |||||    
T  41941053 atttgggagaaaccgagcgagatgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaactatcttacatcttttgtgtgtagtgttaaagact 41940954  T
Q  242 cttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagct-ggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttg 340  Q
    |  |  || |||||||||| |||||||||||||| ||  | |  ||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||| | | | |||| ||||    
T  41940953 cccgtgggaaatttattcgagctcaaacgaaatgacatatagaaaaatatgacagttttggagggggagacaatagccttactcaatgtcattcactttg 41940854  T
Q  341 tggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgt 440  Q
       |||  |||| |  |||| | ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||        
T  41940853 ctcatgtgaaca-actggaccgggttgtcttcgagtccgactcaactactctagtgcaaactctatcgtctctggaccattgtgattcagaattct---- 41940759  T
Q  441 catgctattgtttctagtattatctacc 468  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||    
T  41940758 -atgctattgtttctagtattatttacc 41940732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 165 - 439
Target Start/End: Original strand, 12660210 - 12660484
Alignment:
Q  165 gtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggct 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |    | |||||||||||||||    
T  12660210 gtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagactttcatggacaatttattcgggct 12660309  T
Q  265 caaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgag 364  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| |||| | ||||| ||||||||| | | |||| ||||   |||  |||| ||| ||| | |    
T  12660310 caaacgaaatggcagcgggcaaatatgacagtgttagagcgggaggcagtagtcttactcgatgtcattcactttgctaatgtgaacaaatgagaccgtg 12660409  T
Q  365 ttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
    || || ||||||  || ||| |||||||||||||| | ||||||||| ||| ||| |||||||| |||| |||||    
T  12660410 ttatcgtcgagtctgactcagctactctagtgcaagctctatcgtcttcgggccacggtgattcagaattctatg 12660484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 143 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 27533222 - 27532931
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaactttt-gcgtgttgtgttagagact 241  Q
    |||||||||||  | |||||||| |  ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||| |  ||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  27533222 tttgggagaaatcgcgcgagacgcgactgaagtgtaatgtggatgtcgcgttccatgatcgtaaccagtttacatctttttgcgtgttgtgttagagact 27533123  T
Q  242 cttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgt 341  Q
    |  |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| ||||||||||||||||| | | |||| ||| |||| | | |||| ||||     
T  27533122 cccgtgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggtagcaggaaaatataacagttttggagggggaggcaatagctttattcgatgtcattcactttgc 27533023  T
Q  342 ggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
     ||||  || ||||||||| | ||||| ||||||| ||| |   || || ||||||| ||  ||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  27533022 tgatgtgaatagatgggaccgggttgttttcgagtccgactttgcttctttagtgcagactttatcgtctccgggtcatggtgattcagaat 27532931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 143 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 30223114 - 30222949
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||  ||||||||  |||| | ||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  30223114 tttgggagaaaccgtgcgagacgtggtcaaagtgcaacatggacgtcgcgttccatgactgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactt 30223015  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggaggggga 308  Q
         ||||||||||||||||||||||||| | |||||  || ||| |||||||||||||| ||||    
T  30223014 ccatgggcaatttattcgggctcaaacgaatttgcagcaagcgaatttgacagttttggagaggga 30222949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 174 - 397
Target Start/End: Original strand, 37448028 - 37448251
Alignment:
Q  174 gtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaa 273  Q
    |||| ||||||||| || ||||||||| | |||| || ||||| | |||   |||||||||||||||||| |  | |||| ||||||| ||||||| |||    
T  37448028 gtgcgatgtggatgtcgtgttccatgaccataaccatcttacatcgtttatatgttgtgttagagactctcgtggacaatgtattcggactcaaacaaaa 37448127  T
Q  274 tggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcg 373  Q
    |||||||  ||||| |||||||| ||| | ||||| |  |||||||||||||| | | |||| ||||  ||||  ||||||||| || | ||||||||||    
T  37448128 tggcagcgtgcaaacatgacagtgttgaaaggggaggcggtagccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatggaaccgggttgtcttcg 37448227  T
Q  374 agttcgattcatctactctagtgc 397  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  37448228 agttcaattcaactactctagtgc 37448251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 212 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 34652499 - 34652254
Alignment:
Q  212 ttacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatga 311  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||  |  |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||  |||||||||||||| ||| | |||||       
T  34652499 ttacatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgggcaatttatccggtctcaaacaaaa-ggcagcgagcaaatatgacagtgttgtaaggggagat 34652401  T
Q  312 agtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtct 411  Q
    | || |||||||||| ||| |||| ||||  ||||  |||||||||||  | ||||||||||||  ||| ||  |||||||||||||| | ||| |||||    
T  34652400 aataaccttactcgatgccattcactttgccgatgtgaacagatgggatcgggttgtcttcgagcccgactcgactactctagtgcaagctctaccgtct 34652301  T
Q  412 ccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattgtttctagtattat 463  Q
    | || |||||||||||| ||||  |||||     ||||||||||||||||||    
T  34652300 ctgggccatggtgattcagaattatatgt-----tattgtttctagtattat 34652254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 147 - 207
Target Start/End: Original strand, 16074612 - 16074672
Alignment:
Q  147 ggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaac 207  Q
    |||||||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16074612 ggagaaaccgtgcgagacgtggtcaaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaac 16074672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 34653907 - 34653864
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggat 186  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34653907 tttgggagaaaccgcacgagacgtggttgaagtgcaatgtggat 34653864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 386 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 30222910 - 30222857
Alignment:
Q  386 ctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||  || ||||||||||||| |||||    
T  30222910 ctactctagtgcaagcgctatcgtcttcgggtcacggtgattcggaattctatg 30222857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 172; Significance: 3e-92; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 143 - 462
Target Start/End: Original strand, 44527125 - 44527439
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| || |||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44527125 tttgggagaaaccgaccgagtcatggttaaagtgcaatgtggacgccgcgttccatgactgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactc 44527224  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
    |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||      
T  44527225 ttgtgggcaatttattcgggctcaaacaaaatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgct 44527324  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||     |    
T  44527325 gatgctaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcatctactcttgtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcggaattct-----a 44527419  T
Q  443 tgctattgtttctagtatta 462  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  44527420 tgctattgtttctagtatta 44527439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 144 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 48950038 - 48949724
Alignment:
Q  144 ttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactct 243  Q
    ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  48950038 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactcc 48949939  T
Q  244 tgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtgg 343  Q
     |  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||  |||| ||||| |    
T  48949938 cgttggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgaaagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgcgattcactttgttg 48949839  T
Q  344 atgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcat 443  Q
     ||  |||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||     || | ||    
T  48949838 ttgggaacagatgggaccgggttgtcttcgagttcaactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcgga-----attttat 48949744  T
Q  444 gctattgtttctagtattat 463  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  48949743 gctattgtttctagtattat 48949724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Original strand, 5609211 - 5609526
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||    
T  5609211 tttgggagaaaccgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgcgttccatgactgtaaccatattacaactttcgcgtgctgtgctagagactc 5609310  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
       |  |||||||||||||||||||||   ||| |||| | ||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||      
T  5609311 acacgagcaatttattcgggctcaaactctatgacagcggacaaatatgatagttttgaagggggaggcagtagccttactcgaggtccttcactttgat 5609410  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    | ||| |||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||||||| |||| ||     |    
T  5609411 gttgcgaacagatgagatcgggttgtcttcgagttcgactcatctactctagtgcaaactctatcgtctcagggtcatggtgattcagaattct-----a 5609505  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  5609506 tgctattgtttctagtattat 5609526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 143 - 438
Target Start/End: Original strand, 4395031 - 4395325
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  4395031 tttgggagaaaccgagcgagacgtggctgaagtgcaatgtggaagccgcgttccatgaccgtaaccatatcacaacttttgcatgctgtgttagagactc 4395130  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
    | |  |||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||| | | |||||||||||||||||||||| ||||      
T  4395131 tcgtgggcaatttatccgggctcaatcgaaatggcagcgggcaaatatgagagtttt-gaaggggaggcactagccttactcgaggcccttcactttgct 4395229  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctat 438  Q
    ||||| || |||||||||   ||| ||||||||| | | |||||||||||||||||| | ||||||||||  |  ||||||||||| |||| ||||    
T  4395230 gatgcgaatagatgggaccaggttatcttcgagtccaactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcaaggtcatggtgattcagaattctat 4395325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 143 - 462
Target Start/End: Original strand, 52109326 - 52109639
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||   |||||||||||||||| |||||||| |  | ||||||||| |||||  || ||| | ||||||| |||||||||||||||||    
T  52109326 tttgggagaaaccgacaaagacgtggttgaagtgtaatgtggacgttgtgttccatgaccgtaatcatcttatatcttttgcatgttgtgttagagactc 52109425  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
     ||  | |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||      
T  52109426 ctgtggacaatttattcaggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatatgatcattttggagggggatgcagtagccttactcgaggtccttcactttgct 52109525  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  52109526 gatgctaacagatggga-tgggttgtctttgagtgtgattcatctactctagtacaagctctattgtctccggaccatggtgattcggaattctatgt-- 52109622  T
Q  443 tgctattgtttctagtatta 462  Q
       |||||||||||||||||    
T  52109623 ---tattgtttctagtatta 52109639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 142 - 415
Target Start/End: Original strand, 25682522 - 25682795
Alignment:
Q  142 atttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagact 241  Q
    ||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25682522 atttgggagaaaccgtgtgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgtgtttcatgaacgtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagact 25682621  T
Q  242 cttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgt 341  Q
    |  |  ||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| | | |||| ||||     
T  25682622 cccgtgggcaatttatctgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgatgtcattcactttgc 25682721  T
Q  342 ggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccgg 415  Q
      |||  |||||||||||| | | |||||||||||| || ||| |||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  25682722 taatgtgaacagatgggaccgggctgtcttcgagtttgactcagctactctagtacaagctctatcgtctccgg 25682795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 143 - 431
Target Start/End: Original strand, 51113187 - 51113475
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||  | | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  51113187 tttgggagaaatcgtgtgagacgtggttaaagtgcaatgtggatgccgtgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactc 51113286  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  ||||||| |||||| |||||||||||||||| |  |||||||| || |||||||||||||| | ||| ||||||||||| | | |||| |||||     
T  51113287 ccgtgggcaattcattcggactcaaacgaaatggcaacgagcaaatataaccgttttggagggggaggcagttgccttactcgatgtcattcactttgtt 51113386  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcgga 431  Q
    | ||  |||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  51113387 gttgggaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctctgggccatggtgattcgga 51113475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 149 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 16817108 - 16816797
Alignment:
Q  149 agaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcag 248  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||   ||||| |||||||| |||||| || |||| ||||||||||| ||      
T  16817108 agaaaccgagtgagatgtggttgaagtgcaatgcggacgccgcgttccatgtctgtaaccatattacatcttttgtgtattgttttagagactctcgcgt 16817009  T
Q  249 gcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgca 348  Q
    |||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  16817008 gcaatttattcgagctcaatcaaaatggcagtgggcaaatatgacaattttgga-ggggaggcagtagccttactcgaggcccttcattttgctgatgca 16816910  T
Q  349 aacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatg---gtgattcggaatcctatgtcatgc 445  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||   ||| ||||||||  |||||   |||||||||||| ||     | ||    
T  16816909 aacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcgtctactctagttcaagttctaccgtctccgagccatggacgtgattcggaattct-----acgc 16816815  T
Q  446 tattgtttctagtattat 463  Q
    ||||||||||||||||||    
T  16816814 tattgtttctagtattat 16816797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 147 - 463
Target Start/End: Original strand, 36733570 - 36733883
Alignment:
Q  147 ggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaat--gtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactctt 244  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| |||||   |||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||     
T  36733570 ggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatatgtggatgccgcgtttcatgactataaccatcttacaccttttgtgtgttgtgttagagactctc 36733669  T
Q  245 gcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtgga 344  Q
    |  | |||||||||||||||||||| ||||| || | || ||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||| | |   |||| ||||  ||    
T  36733670 gtggacaatttattcgggctcaaacaaaatgacaacgggtaaatatggcagttttggagggggaggcagtagtcttactcaatgttattcactttgctga 36733769  T
Q  345 tgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatg 444  Q
    ||  |||| ||||||| | |||||||||||||  || ||    |||||||||||| |  |||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||||        
T  36733770 tgtgaacaaatgggaccgggttgtcttcgagtctgactctataactctagtgcaagctatatcgtctccgggccatgatgattcataattctatgt---- 36733865  T
Q  445 ctattgtttctagtattat 463  Q
     ||||||||||||||||||    
T  36733866 -tattgtttctagtattat 36733883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 183 - 439
Target Start/End: Original strand, 48166149 - 48166405
Alignment:
Q  183 ggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctg 282  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||  |  | ||||||||||||||||||| |||||||||||      
T  48166149 ggatgccacgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggtcaatttattcgggctcaaatgaaatggcagcga 48166248  T
Q  283 gcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgatt 382  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||   | ||||||||||||| | | |||| ||||   |||  || | ||||||  | |||||||||||||  ||||    
T  48166249 gcaaatatgacagttttggagtgggagacaatagccttactcgatgtcattcactttgcttatgtgaatatatgggatcgggttgtcttcgagtctgatt 48166348  T
Q  383 catctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
    || |||||||| ||||| | |||| ||||  |||| |||||||| | |||| |||||    
T  48166349 cagctactctattgcaagctctatagtcttgggacgatggtgatacagaattctatg 48166405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 143 - 305
Target Start/End: Original strand, 24538382 - 24538544
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||| |||||||  || ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| |  ||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  24538382 tttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttctataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactc 24538481  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggaggg 305  Q
      |  |  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  24538482 ccgtggataatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttggaggg 24538544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 364 - 463
Target Start/End: Original strand, 2885316 - 2885410
Alignment:
Q  364 gttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||  || ||| |||||||||||||| | ||||||||| ||| | ||||||||||||| |  |||   ||||||||||||||||||||||    
T  2885316 gttgtcttcgagtcagactcagctactctagtgcaagctctatcgtcttcgggctatggtgattcggagt--tat---atgctattgtttctagtattat 2885410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 390 - 433
Target Start/End: Original strand, 21031268 - 21031311
Alignment:
Q  390 tctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21031268 tctagtgcaagctctatcgtctccggactatggtgattcggaat 21031311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 168; Significance: 7e-90; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 143 - 462
Target Start/End: Original strand, 23853804 - 23854118
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  23853804 tttgggagaaaccgaacgagacgtggttgaagtgcgatgtggacgccgcgttccatgaccgtaactatattacatcttttgcgtgttatgttagagactc 23853903  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||| |||| |||||     
T  23853904 ccgtgggcaatttattcgggttcaaacgaaatgacagcggaaaaatatgacagttttggagggtgaggcagtagccttacttgaggccattcactttgtt 23854003  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||     |    
T  23854004 gatgctaacagatgagactgagttgtcttcgagtccgactcatcaactctagtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcagaattct-----a 23854098  T
Q  443 tgctattgtttctagtatta 462  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  23854099 tgctattgtttctagtatta 23854118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 161 - 433
Target Start/End: Original strand, 13414913 - 13415185
Alignment:
Q  161 agacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcg 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||| | || |||||||||||||    
T  13414913 agacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgtgttccatgaacgtaaccatattacaacttttgtgtgtttttttagagactttcgcgggcaatttattcg 13415012  T
Q  261 ggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggac 360  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  13415013 ggctcaaacgaaatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttccttttgcggatgcaaacagatgggat 13415112  T
Q  361 tgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
     |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||    ||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  13415113 cgagttgtctttgagtccgattcttctactctagtgcaaggtatatcgtccccgggccatggtgattctgaat 13415185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 143 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 40589030 - 40588749
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |                
T  40589030 tttgggagaaaccgagtgagacgtggttgaagtgcaacgtggatgccgcgttccatgaacgtaaccatataacaacttttgcttgtag------------ 40588943  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||| |    
T  40588942 ---caggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatataacagttttggagggggaggcagtagccgtactcgaggcccttcgttttgcg 40588846  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||| |||||| |||| |||||    
T  40588845 gatgcaaacagatgagaccgggttgtctttgagtctgattcatctactctagtgtaaactctatcgtccccgggccatgatgattctgaattctatg 40588749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 142 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8451439 - 8451148
Alignment:
Q  142 atttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagact 241  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  8451439 atttgggagaaaccgtgcgagacgtggttgaagtgtaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccattttacatcttttggatgttgtgttagagact 8451340  T
Q  242 cttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgt 341  Q
    ||||  | |||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||  || |||| || |     
T  8451339 cttgtggacaatttattcgggctcaaacaaaaaggaagcgggcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagctttactcgattccattcacttcgc 8451240  T
Q  342 ggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
     ||||  ||| |||||||| | |||||||||||||  || ||||||||| |||||||| |  |||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  8451239 tgatgtgaacggatgggaccgggttgtcttcgagtctgactcatctactttagtgcaagctttatcgtctccaggtcatggtgattcggaat 8451148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 143 - 427
Target Start/End: Original strand, 7127095 - 7127379
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| | | ||| |||||||||||||||||    
T  7127095 tttgggagaagccgagcgagacatggttgaagtggaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaaccgtcttacatcctctgcatgttgtgttagagactc 7127194  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
    | |  || |||||||||| || |||| ||||||| | | ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||  |||| ||||      
T  7127195 tcgggggaaatttattcgtgcacaaatgaaatggaaacgggcaaatatgaaagttttggagggggaggtagtagccttactcgatgctattcactttgct 7127294  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgatt 427  Q
    ||||  |||||||||||| | |||| ||||||||  || |   ||||| |||||||| | || |||||||||| |||||||||||    
T  7127295 gatgtgaacagatgggaccgggttgccttcgagtctgactatgctactttagtgcaagctctttcgtctccgggccatggtgatt 7127379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 142 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 478372 - 478084
Alignment:
Q  142 atttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagact 241  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |  ||| || | ||| |||||| ||||||||||||||| |    
T  478372 atttgggagaaaccaagcgagatgtggttgaagtgtaatgtggatgcaacgttccatgaccacaaccatctaacatcttttgtgtgttgtgttagagatt 478273  T
Q  242 cttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgt 341  Q
          | |||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||| ||||     
T  478272 tccatggtcaatttatccgggctcaaacaaaatggcaacgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgc 478173  T
Q  342 ggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcgg 430  Q
      |||  || ||||||||| | ||| ||||||| |  || ||  |||||||||||||| | |||||||||||||   ||||||||||||    
T  478172 taatgtgaatagatgggaccgggttatcttcgaatctgactctactactctagtgcaagctctatcgtctccgggttatggtgattcgg 478084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 251 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 185797 - 185591
Alignment:
Q  251 aatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaa 350  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |  |||| ||||| ||||  ||    
T  185797 aatttatctgggctcaaacgaaatggaaacgggcaaatatgacagttttgga-ggggaggaagtagccttactcgatactattcactttgttgatgtgaa 185699  T
Q  351 cagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattg 450  Q
     |||||| || | ||||||| |||||  || ||  ||||| |||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||| ||     |||||||||    
T  185698 tagatggaaccgggttgtctacgagtctgactctgctactttagtgcaagctctttcgtctccggaccatggtgattcagaattct-----atgctattg 185604  T
Q  451 tttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||    
T  185603 tttctagtattat 185591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 190 - 306
Target Start/End: Original strand, 37711998 - 37712114
Alignment:
Q  190 gcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaata 289  Q
    |||| ||||||  |||| ||| |||||  ||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||| | ||| |||||||||| |||| || |||||    
T  37711998 gcgtaccatgactgtaattatcttacattttttgcgtgttgtgttagaaactcgtgtgggcaatttatttgagctaaaacgaaatgacagcgggaaaata 37712097  T
Q  290 tgacagttttggagggg 306  Q
    ||||||||||| |||||    
T  37712098 tgacagttttgaagggg 37712114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 212 - 280
Target Start/End: Original strand, 42899047 - 42899110
Alignment:
Q  212 ttacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagc 280  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||     |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  42899047 ttacaacttttgcatgttgtgttagagactc-----ggcaatttatacgggctcaaacaaaatgacagc 42899110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 364 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 33642858 - 33642789
Alignment:
Q  364 gttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
    ||||||||| ||| | | |||||||||||| ||||| | || |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  33642858 gttgtcttcaagtccaactcatctactctaatgcaagctctgtcgtctccgggccatggtgattcagaat 33642789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 168; Significance: 7e-90; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 143 - 462
Target Start/End: Original strand, 53496904 - 53497218
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| || |||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  53496904 tttgggagaaaccgaccgagtcatggttaaagtgcaatgtggacgccgcgttccatgaccgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactc 53497003  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
    |||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||      
T  53497004 ttgtgggcaatttattcgggctcaaacaaaatgacagcggacaaatgtgacagtttttgagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgct 53497103  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||     |    
T  53497104 gatgctaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcatctactcttgtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcggaattct-----a 53497198  T
Q  443 tgctattgtttctagtatta 462  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  53497199 tgctattgtttctagtatta 53497218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Original strand, 55199383 - 55199698
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| | | |||| |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  55199383 tttgggagaaaccgcgtgagatgtggttgacgtgcaatgtggatgccacgtttcatgaccgtcaatatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactc 55199482  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| |||| |||||     
T  55199483 ccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatgacagctgataaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgtt 55199582  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    | || ||||||||||||| | ||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||     || | |    
T  55199583 gttggaaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctggtgcaagcgctatcgtctacgggtcatggtgattcgga-----atttta 55199677  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  55199678 tgctattgtttctagtattat 55199698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 143 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 42340591 - 42340296
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||   | ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42340591 tttgagagaaaccgtgcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgttg-gttctatgtcggcaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagactc 42340493  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
    | |  | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| | | ||||| ||||||| | | |||| ||||      
T  42340492 tcgtggacaatttattcgggctcaaacaaaatggcagcgggcagatatgacagtgttggagggggaggcaatagccctactcgatgtcattcactttgca 42340393  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||||||||  || ||| ||||| |||||||| | || |||||||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  42340392 gatgtgaacagatgggaccgagttgtcttcgagtcagactcagctactttagtgcaagctctgtcgtctccgggccatggtgattcagaattctatg 42340296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 143 - 433
Target Start/End: Original strand, 46007173 - 46007461
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtg-ttagagact 241  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||| || ||| | |||||||||||| || |||||||||    
T  46007173 tttgggaaaaacaaagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgtgttccattattgtaaccatcttatatcttttgcgtgttttgtttagagact 46007272  T
Q  242 cttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgt 341  Q
    || |  |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||  |||||||   |||||||||||| || ||| |||| |||||    
T  46007273 ctcgtggaaaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatacgacaattttttagggggagacagtagccttacttgatgccattcactttgt 46007372  T
Q  342 ggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
     |||   ||||||||||     | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  46007373 cgatatgaacagatggg---cgggtgtcttcgagtccgattcaactactctagtgcaaactatatcgtctccgggccatggcgattcggaat 46007461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 143 - 326
Target Start/End: Original strand, 2615365 - 2615548
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||  | || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||  ||||| | |||||||||||| ||     
T  2615365 tttgggagaaatcgtgcaagacgtggttgaaatgcaatgtggataccgcgtttcatgatcataaccatattacattttttgtgcgttgtgttagaggctt 2615464  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcga 326  Q
    |||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  2615465 ttgtgggcaattcattcgggctcaaacgaattggcagcgggcaaatatgatagttttggagggggaggcagtagccttactcga 2615548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 184 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 647485 - 647309
Alignment:
Q  184 gatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctgg 283  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||    
T  647485 gatgccgcgttccatgagcgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagacttctctaggcaatttttccgggctcaaacgaaatggcagcggg 647386  T
Q  284 caaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggac 360  Q
    | |||||||||||| |||||||||| | || |||||||||||| | | |||| ||||  ||||  ||||||||||||    
T  647385 ctaatatgacagttatggagggggaggcagcagccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgggac 647309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Original strand, 48227305 - 48227542
Alignment:
Q  163 acgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcggg 262  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| | |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  48227305 acgtggttgaagtacaatgtggatgccgcatttcattaccgtaaccatgttacatcttttgcgtgttgtgttagagactctcgcgggcaatttattcggg 48227404  T
Q  263 ctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgag-gcccttcattttgtggatgcaaacagatgggact 361  Q
    || ||||||||  ||||  || ||| ||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||  ||| ||| ||||  ||||  ||  |||   ||     
T  48227405 cttaaacgaaacagcagtgggaaaacatgactgtattggagtgggatgcagtagccttactcgagaccccatcactttgctgatgtgaatggataaaacc 48227504  T
Q  362 gagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaa 399  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  48227505 gagttgtctttgagtccgactcatctactctagtgcaa 48227542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 191 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 27941261 - 27941129
Alignment:
Q  191 cgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatat 290  Q
    |||| ||||| |||||| |||||| |  ||||||||||||| ||||||| ||| |  | |||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||||    
T  27941261 cgtttcatgatcgtaaccatattatattttttgcgtgttgtattagagattctcgaggacaatttattcggactcaaacaaaatggcagcggacaaatat 27941162  T
Q  291 gacagttttggagggggatgaagtagccttact 323  Q
    || ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  27941161 gatagttttggagggggaggcagtagccttact 27941129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 315 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 647306 - 647181
Alignment:
Q  315 agccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccg 414  Q
    |||||||||||| | | |||| ||||  ||||  |||||||| ||| ||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  647306 agccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgtgaccgagttatcttcgagtctgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctccg 647207  T
Q  415 gaccatggtgattcggaatcctatgt 440  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||    
T  647206 ggccatggtgattcggaattctatgt 647181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 359 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 27609002 - 27608903
Alignment:
Q  359 actgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattgtttctagt 458  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||     || | |||||||||||||||||    
T  27609002 actgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcgga-----attttatgctattgtttctagt 27608908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 359 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 34497471 - 34497397
Alignment:
Q  359 actgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34497471 actgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaat 34497397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 349 - 433
Target Start/End: Original strand, 24176848 - 24176932
Alignment:
Q  349 aacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
    |||||||| || || |||||||||||||  ||  || |||||||||||||| | |||||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  24176848 aacagatgagattgggttgtcttcgagtctgacacaactactctagtgcaagctctatcgtctctgggtcatggtgattcggaat 24176932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 394 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 19117784 - 19117745
Alignment:
Q  394 gtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19117784 gtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaat 19117745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 216
Target Start/End: Original strand, 1070889 - 1070958
Alignment:
Q  147 ggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattaca 216  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||||  || |||||||| |||||| || |||||    
T  1070889 ggagaaaccgcgcgagacatggttgaactgcaatgtggatgttgccttccatgatcgtaaccatcttaca 1070958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Original strand, 16731805 - 16732120
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||    
T  16731805 tttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgtgttccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgttgtgttagagattc 16731904  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| | ||      
T  16731905 ccgcgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagagggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcactctgct 16732004  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||          
T  16732005 gatgcgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcagaattct-----c 16732099  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  16732100 tgctattgtttctagtattat 16732120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Original strand, 17709939 - 17710254
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||    
T  17709939 tttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgtgttccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgttgtgttagagattc 17710038  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| | ||      
T  17710039 ccgcgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagagggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcactctgct 17710138  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||          
T  17710139 gatgcgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcagaattct-----c 17710233  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  17710234 tgctattgtttctagtattat 17710254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 143 - 439
Target Start/End: Original strand, 1581487 - 1581784
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  1581487 tttgggagaaactgagcgagatgtggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccataaccatattacatcttttgcgtgttgtgctagagactc 1581586  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttgga-gggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgt 341  Q
      || |  | ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||     
T  1581587 cagcggatagtttatccgggctcaaacgaaatggcagagggcaaatattatagtttttgaggggggatgcagtagccttactcgaggcccttcactttgc 1581686  T
Q  342 ggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
     ||||| |||||||| ||  | ||| | || |||| | | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  1581687 tgatgcgaacagatgagatcgggttctattggagtccaactcatctacactaatgcaaactctatcgtctccggaccatggtgattcgaaattctatg 1581784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 163 - 439
Target Start/End: Original strand, 16098382 - 16098658
Alignment:
Q  163 acgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcggg 262  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  16098382 acgtggttgaagtgcaatgtggacgcatcgttccatgaccgtaaccatattacttcttttgcgtgttgtgttagagactcccataggcaatttattcggg 16098481  T
Q  263 ctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactg 362  Q
    |||||||||||||| | |   ||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||| |||| ||||||| |    
T  16098482 ctcaaacgaaatggaaacgaacaaatatgacaattttggagggagaggtagtagccttactagaggcccttcaatttgctgatgctaacaaatgggaccg 16098581  T
Q  363 agttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
     ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| | | ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  16098582 ggttgtcttcgagtccgactcatctactctagtacaagctccatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatg 16098658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Original strand, 22289113 - 22289428
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||| | | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |  |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||    
T  22289113 tttgggagaagccgcgtgagacgtggtttaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagagattc 22289212  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  ||||||| |||||| |||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||||| ||| |||| ||||      
T  22289213 ccgtgggcaattcattcggactcagacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggtggttgccttactcgatgccattcactttgcc 22289312  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    | ||  |||| ||||||| | | ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||     || | |    
T  22289313 gttgggaacaaatgggaccgggctgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcaga-----atttta 22289407  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  22289408 tgctattgtttctagtattat 22289428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 143 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 9328916 - 9328621
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| | |||||||||||||||||||| ||    
T  9328916 tttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgtaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcatttgcgtgttgtgttagagattc 9328817  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  | ||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||  |||| ||||      
T  9328816 ccg-ggacaatttattcgagctcaaacgaaatggcaacgggaaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgct 9328718  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
    |||| ||||||||||||| | |||||||| ||||  || ||   ||||||||||||| | ||||||||  |||  |||||| |||| |||| |||||    
T  9328717 gatgtaaacagatgggaccgggttgtcttggagtctgactctgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcagaattctatg 9328621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 142 - 376
Target Start/End: Original strand, 17877279 - 17877513
Alignment:
Q  142 atttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagact 241  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||  | |||||||| | |||| |||||    
T  17877279 atttgggagaaaccgagcgagacgtggttgaaatgcaatgtggatgtcgcgttccatgattgtaaccatattacatttgttgcgtgtggcgttatagact 17877378  T
Q  242 cttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgt 341  Q
    |     || | || ||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||      
T  17877379 cccatgggaagttcattcgtgctcaaacgaaatcgcagcggggaaatatgacagtattggagggggaggaagtagccttactcaaggcccttcactttac 17877478  T
Q  342 ggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagt 376  Q
      |||| ||||||||| |  | |||||||||||||    
T  17877479 aaatgcgaacagatggaatcgggttgtcttcgagt 17877513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 29201264 - 29200955
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||        | |||||| | ||||||| |||||| ||||||||||    
T  29201264 tttgggagaaaccgcacgagacgtggttgaagtgcaatgttgatgccgctttccat--------ccatattatatcttttgcatgttgtattagagactc 29201173  T
Q  243 ttgcagg--caatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttg 340  Q
     ||   |  || ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| | || |   ||||| || | | |||| ||||    
T  29201172 atgtgtggccagtttattcgggctcaaacgaaatgacagcggacaaatatgacagttttggagggggaggtagcatgtttacttgatgtcattcactttg 29201073  T
Q  341 tggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgt 440  Q
      ||||  ||||||||| |  | |||||||||||||  || ||| |||||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||| |||| ||        
T  29201072 ctgatgtgaacagatggaaacgggttgtcttcgagtctgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctgggccatggtgattcagaattct---- 29200977  T
Q  441 catgctattgtttctagtattat 463  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  29200976 -atgctattgtttctagtattat 29200955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 30493904 - 30493635
Alignment:
Q  163 acgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcggg 262  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||  ||||| |  |||||  ||||||||||||||||||| | |||    ||||||||| || ||    
T  30493904 acgtggttaaagtgcaatatggatgtcgcattccatgactgtaaccaacttacatattttgcgtgttgtgttagaaattctcatgggcaatttactcagg 30493805  T
Q  263 ctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactg 362  Q
    |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| || | | |||| || |  |||   |||||||| |||      
T  30493804 ctcaaacgaaatggcagcagacaagtatgacagttttgga-ggggaggcagtagccttacttgatgtcgttcacttagctgatatgaacagatgagacca 30493706  T
Q  363 agttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
     ||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  30493705 ggttgtcttcgagtccgactcaattactctagtgcaagctctatcgtcttcgggccatggtgattcagaat 30493635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 364 - 463
Target Start/End: Original strand, 3601745 - 3601839
Alignment:
Q  364 gttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattgtttctagtattat 463  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||| ||     || | ||||||||||||||||||||||    
T  3601745 gttgttttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctttatcgtctctggaccatggtgattcaga-----attttatgctattgtttctagtattat 3601839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 209 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 34578527 - 34578437
Alignment:
Q  209 atattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagtttt 299  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || | ||  |  ||||||||||||||||||| |||||||| || |  |||||||||||||||||    
T  34578527 atattacatcttttgcgtgttgtgttcgaaattcccgtgggcaatttattcgggctcagacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtttt 34578437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 363 - 433
Target Start/End: Original strand, 44480892 - 44480962
Alignment:
Q  363 agttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
    |||||||||||||| ||| ||  |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  44480892 agttgtcttcgagtccgactccgctactctactgcaaacgttatcgtctccgggtcatggtgattcggaat 44480962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 163 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 30824769 - 30824557
Alignment:
Q  163 acgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcggg 262  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  | || |||||  |||   |||||||| ||||||| ||||||||||||||||   ||    ||||||||||||    
T  30824769 acgtgattgaagtgcaatgtggatgctacatttcatgactgtagtcatattacatcttttgcatgttgtgttagagactgccgcgaataatttattcggg 30824670  T
Q  263 ctcaaacgaaatgg-cagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggact 361  Q
    || |||  |||  | |||| |  |||||||||||||||| |||| |  | |||||||||||||||||||||||| |||    |||| |||||||||||      
T  30824669 ctaaaaaaaaaaagacagcggataaatatgacagttttgaagggag--gcagtagccttactcgaggcccttcacttttctaatgcgaacagatgggatc 30824572  T
Q  362 gagttgtcttcgagt 376  Q
      |||||||||||||    
T  30824571 aggttgtcttcgagt 30824557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 357 - 412
Target Start/End: Original strand, 3275120 - 3275175
Alignment:
Q  357 ggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctc 412  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  3275120 ggactgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctc 3275175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 293 - 335
Target Start/End: Original strand, 3601683 - 3601725
Alignment:
Q  293 cagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttca 335  Q
    |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  3601683 cagttttggagggggaggtggtagccttactcgaggcccttca 3601725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 143 - 428
Target Start/End: Original strand, 14680031 - 14680319
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  14680031 tttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggataccgcgttccatgaccgcaaccacattacatcttttgcatgttgtgttagagactc 14680130  T
Q  243 ttgcag---gcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcatttt 339  Q
      || |   ||||||||||  |||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |    
T  14680131 ccgcggcgggcaatttattatggctcaaatgaaatggcagcgggaaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactct 14680230  T
Q  340 gtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattc 428  Q
    |  ||||||||||||||| || |||||||||| || | ||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||| |  |||||||||    
T  14680231 gctgatgcaaacagatggaaccgagttgtctttgattccgactcgtctactctattgcaagctctatcatctccgggcagtggtgattc 14680319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 15606309 - 15605994
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  15606309 tttgggagaaaccgcacgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcatttcacgatcgtaaccatattacatctttttcgtgttgtgttagagactc 15606210  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
         ||||| |||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||| |||||     
T  15606209 ccatgggcaacttattcgggctcaaacaaaatggcagcgggaaaacatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgtt 15606110  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
    ||||  |||| ||||||| | ||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||  |  ||||||||||| |||  ||     |    
T  15606109 gatgggaacaaatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctaggtcatggtgattcagaacact-----a 15606015  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  15606014 tgctattgtttctagtattat 15605994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 143 - 463
Target Start/End: Original strand, 28107011 - 28107326
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||| |||||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||    
T  28107011 tttgggagaaaccaaacgagacgtggttgaagtgcaacgaggaagccacgttccatgatcgtaaccatcttacatctttcgtgtgttgtgttagagactc 28107110  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  | |||||||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||| |||| ||||      
T  28107111 ccgtggacaatttattcaggctcaaacgaaatggcagcggacagatatgacagttttggagggggaggcagtagccttacttgatgccattcactttgca 28107210  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtca 442  Q
     ||   || ||||||||    |||||||||||||   | ||  |||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||      
T  28107211 aatatgaatagatgggatcacgttgtcttcgagtctaactccgctactctagtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgt-- 28107308  T
Q  443 tgctattgtttctagtattat 463  Q
       ||||||||||||||||||    
T  28107309 ---tattgtttctagtattat 28107326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 218 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 29368294 - 29368075
Alignment:
Q  218 cttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagc 317  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |  | |||||||||||  |||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| | | || |    
T  29368294 cttttgcgtgttgtgtttgagactctcgtggacaatttattcg--ctcaaaagaaatggcagcggataaatatgacagttttggagggggaggcaatatc 29368197  T
Q  318 cttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggac 417  Q
    |||||||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||||  |  ||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||||      
T  29368196 cttactcgaggcccttcactttgctgatgctaatagatgggacctaactgttttcgagtccgactcatctactatagtgcaagctctatcgtctccgggt 29368097  T
Q  418 catggtgattcggaatcctatg 439  Q
    ||| |||||||| ||| |||||    
T  29368096 catagtgattcgtaattctatg 29368075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 203 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 15053430 - 15053194
Alignment:
Q  203 gtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttgga 302  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||   |  | |||||||||||||||||||| | ||| |||| || |||||||| ||| |||||    
T  15053430 gtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagacttcagtggacaatttattcgggctcaaacaagatgacagcgggtaaatatgatagtgttgga 15053331  T
Q  303 gggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacg 402  Q
    |||||| | ||||||||||||||| ||| |||   |||  || |  || | ||| |||   ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||    
T  15053330 gggggaggcagtagccttactcgatgccattcgccttgctgacgtgaaaaaatgagacaaggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaaacg 15053231  T
Q  403 ctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatg 439  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  15053230 ctatcgtcttcgggccatggtgattcggaattctatg 15053194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 248 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 30802201 - 30801991
Alignment:
Q  248 ggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgc 347  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| || ||| || | ||||  ||||     
T  30802201 ggcaatttattcgggcttaaacaaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggtgggggaggcagtagccttactagatgccatttactttgcagatgt 30802102  T
Q  348 aaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgcta 447  Q
     || | ||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| | ||||||| ||||  ||||||||| | ||||| ||||||     ||    
T  30802101 gaaaaaatgggactaggttgtcttcgagtccgattcagctactttagtgcaagctctatcgtttccgagccatggtgacttggaattctatgt-----ta 30802007  T
Q  448 ttgtttctagtattat 463  Q
    ||||||||||||||||    
T  30802006 ttgtttctagtattat 30801991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 264 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 19691073 - 19690894
Alignment:
Q  264 tcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactga 363  Q
    |||||||||||| || | | |||||||||| |||||||| ||||| | | |||||||| |||| | | |||| ||||  ||||  |||||||| ||| ||    
T  19691073 tcaaacgaaatgacaacggacaaatatgaccgttttggaaggggaggcaatagccttattcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgtgaccga 19690974  T
Q  364 gttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcat 443  Q
    |||||||||||||  || ||| ||||| |||||||| | |||||||||| |   |||||||||| ||||| |||||||||    
T  19690973 gttgtcttcgagtctgactcagctactttagtgcaagctctatcgtctctgagtcatggtgatttggaattctatgtcat 19690894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 144 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 11731963 - 11731818
Alignment:
Q  144 ttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactct 243  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||  ||||| |||||||| |||||  ||||||                 
T  11731963 ttgggagaaactgagcgagacgtggtggaagtgcaatgtagatgacgcattccatgactgtaacaatattacatcttttaagtgttg------------- 11731877  T
Q  244 tgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggg 306  Q
        || ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11731876 ----gggaatttatccgggctcaaacaaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggagggg 11731818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 386 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 34104537 - 34104490
Alignment:
Q  386 ctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaat 433  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34104537 ctactctagtgcaagcgctatcgtctccggaccatggtgattcagaat 34104490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0446 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0446
Description:

Target: scaffold0446; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 143 - 427
Target Start/End: Original strand, 58 - 342
Alignment:
Q  143 tttgggagaaacagagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaactatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 242  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||| |  ||||   | |||| ||||||||| ||||||||||    
T  58 tttgggagaaactgtgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgtgtttcatgaccgtcaacatatacnatctttcgcgtgttgttttagagactc 157  T
Q  243 ttgcaggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagctggcaaatatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtg 342  Q
      |  ||||||| |||||||||||||||||||| || |  |||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||| ||| |||| ||||      
T  158 ccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtttgggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgct 257  T
Q  343 gatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgatt 427  Q
    | ||  || | ||||||| | ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  258 gttgggaatatatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccagaccatggtgatt 342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0922 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0922
Description:

Target: scaffold0922; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 287 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 434 - 264
Alignment:
Q  287 atatgacagttttggagggggatgaagtagccttactcgaggcccttcattttgtggatgcaaacagatgggactgagttgtcttcgagttcgattcatc 386  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||||||||  | ||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||   | || | ||||||| ||| |||||    
T  434 atatgacagttttggagggg-aggtagtagccttgttggaggccctttattttgctgatgcaaacaaatgggatccaattattttcgagtccgactcatc 336  T
Q  387 tactctagtgcaaacgctatcgtctccggaccatggtgattcggaatcctatgtcatgctattgtttctagtattat 463  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||| |  |||||| |||| |||| ||     ||||||||||||||||||||||    
T  335 tactctagtgcaagctctatcatctccaggtcatggtaattcagaattct-----atgctattgtttctagtattat 264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University