View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17615_low_4 (Length: 709)

Name: NF17615_low_4
Description: NF17615
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17615_low_4
NF17615_low_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (20-693)||(14845962-14846641)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 693
Target Start/End: Original strand, 14845962 - 14846641
Alignment:
Q  20 tacatcatgatagtcacataccacattaaaaaatgtactttatatagttggtaatggacaaattaatacagacagtaggatgcagataaatgaaatagga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14845962 tacatcatgatagtcacataccacattaaaaaatgtactttatatagttggtaatggacaaattaatacagacagtaggatgcagataaatgaaatagga 14846061  T
Q  120 ctaaataaatgtgaacccaagattaattaataggggtggtagcagaactcagttagttcgagtcgattatacaatgcaaaagctttaccaaatgtggcat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14846062 ctaaataaatgtgaacccaagattaattaataggggtggtagcagaactcagttagttcgagtcgattatacaatgcaaaagctttaccaaatgtggcat 14846161  T
Q  220 ataacatttattttaaacctttcttaactaacaagtttgaaatcttctgttgaaattgaatgcatgatattattgtttcactatgtagtatactatcttc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14846162 ataacatttattttaaacctttcttaactaacaagtttgaaatcttctgttgaaattgaatgcatgatattattgtttcactatgtagtatactatcttc 14846261  T
Q  320 aatctaaaattaaatattgttctttctaaccatacttcaatattcataagtaaacaaagatgtaggtgtgcatatcttaataagctgggggcttcagaca 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14846262 aatctaaaattaaatattgttctttctaaccatacttcaatattcataagtaaacaaagatgtaggtgtgcatatcttaataagctgggggcttcagaca 14846361  T
Q  420 tttgtttgttcaaagactcagcctttcctattcaatttaattattaaatattgatatttgtactaatgtataacgcatttctgtgtattttatttcaata 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14846362 tttgtttgttcaaagactcagcctttcctattcaatttaattattaaatattgatatttgtactaatgtataacgcatttctgtgtattttatttcaata 14846461  T
Q  520 tcaactattgatttttcaacctctcacnnnnnnnctattgatgtttcaactcattaatttaactttttgtaatgcagccatgtctatatagagaagtcaa 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||       ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14846462 tcaactattgatttttcaacctctcacaaaaaaactattcatgtttcaactcattaatttaactttttgtaatgcagccatgtctatatagagaagtcaa 14846561  T
Q  620 atgtgatcaactttatccacatgcatactgtgcttcttata------ttggaattgcacaagtctaaagggaaatcaatg 693  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14846562 atgtgatcaactttacccacatgcatactgtgcttcttatattggatttggaattgcacaagtctaaagggagatcaatg 14846641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University