View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17618_low_3 (Length: 327)

Name: NF17618_low_3
Description: NF17618
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17618_low_3
NF17618_low_3
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (10-313)||(8674628-8674931)
chr4 (10-313)||(8696104-8696407)
chr4 (16-313)||(8687535-8687832)
chr4 (37-313)||(8692886-8693162)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 300; Significance: 1e-169; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 10 - 313
Target Start/End: Original strand, 8674628 - 8674931
Alignment:
Q  10 ataattctcaaacaataaactacattgagtcctcttgcaacggtaccctctaccctactctatgtattcgttgccttaacaaattttccagttcaaccat 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8674628 ataactctcaaacaataaactacattgagtcctcttgcaacggtaccctctaccctactctatgtattcgttgccttaacaaattttccagttcaaccat 8674727  T
Q  110 aaatggacctcaacacttagctcaagttgccttatccgttagcctctcaagagcattgcaaacaagagggtaccttttgaatgcggcgaaggaactcaaa 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8674728 aaatggacctcaacacttagctcaagttgccttatccgttagcctctcaagagcattgcaaacaagagggtaccttttgaatgcggcgaaggaactcaaa 8674827  T
Q  210 gctattgatcacaacaacaagaggatgtacctaaccgttcaagattgtgtgaatcaaatgaatgatagtgttgatcaacttagtcaagccatcaaagaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8674828 gctattgatcacaacaacaagaggatgtacctaaccgttcaagattgtgtgaatcaaatgaatgatagtgttgatcaacttagtcaagccatcaaagaac 8674927  T
Q  310 taaa 313  Q
    ||||    
T  8674928 taaa 8674931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 10 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 8696407 - 8696104
Alignment:
Q  10 ataattctcaaacaataaactacattgagtcctcttgcaacggtaccctctaccctactctatgtattcgttgccttaacaaattttccagttcaaccat 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  | |||| ||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||    
T  8696407 ataactctcaaacaataaactacatagagtcctcttgcaatggtaccctctaccctgatttatgcattcgttgcctaaacaagttttccaaatcaaccat 8696308  T
Q  110 aaatggacctcaacacttagctcaagttgccttatccgttagcctctcaagagcattgcaaacaagagggtaccttttgaatgcggcgaaggaactcaaa 209  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8696307 aaatggacctcaacacttagcacatgttgccttattcgcgagcctctcaagagcattgcaaacaagagggtaccttttgaatgcggccaaggaactcaaa 8696208  T
Q  210 gctattgatcacaacaacaagaggatgtacctaaccgttcaagattgtgtgaatcaaatgaatgatagtgttgatcaacttagtcaagccatcaaagaac 309  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8696207 gctattgatcacaacaacaaaaggatgtatctaaccgtgcaagattgtgtgaatcaaatgaatgatagtgttgatcaacttagtcaagccatcaaagaac 8696108  T
Q  310 taaa 313  Q
    ||||    
T  8696107 taaa 8696104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 16 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 8687832 - 8687535
Alignment:
Q  16 ctcaaacaataaactacattgagtcctcttgcaacggtaccctctaccctactctatgtattcgttgccttaacaaattttccagttcaaccataaatgg 115  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  | | || |||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||    
T  8687832 ctcaaacaatgacctacatagagtcctcttgcaatggtaccctctaccctgatttgtgcattcgttgccttaagaagttttccaaatcaaccataaatgg 8687733  T
Q  116 acctcaacacttagctcaagttgccttatccgttagcctctcaagagcattgcaaacaagagggtaccttttgaatgcggcgaaggaactcaaagctatt 215  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8687732 acctcaacacttagcaaatgttgccttatccgtgagcctctcgagagcattgcaaacaagaggataccttttgaatgcggcaaaggaactcaaagctatt 8687633  T
Q  216 gatcacaacaacaagaggatgtacctaaccgttcaagattgtgtgaatcaaatgaatgatagtgttgatcaacttagtcaagccatcaaagaactaaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8687632 gatcacaacaacaagaggatgtacctaaccgtgcaagattgtgtgaatcaaattaatgatagtgttgatcaacttagtcaagccatcaaagaactaaa 8687535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 37 - 313
Target Start/End: Original strand, 8692886 - 8693162
Alignment:
Q  37 agtcctcttgcaacggtaccctctaccctactctatgtattcgttgccttaacaaattttccagttcaaccataaatggacctcaacacttagctcaagt 136  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||  | |||| ||||||||||| ||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || ||    
T  8692886 agtcctcttgcaatggtacactctaccctgatttatgcattcgttgcctaaacaagttttccaaatcaaacataaatggacctcaacacttagcacatgt 8692985  T
Q  137 tgccttatccgttagcctctcaagagcattgcaaacaagagggtaccttttgaatgcggcgaaggaactcaaagctattgatcacaacaacaagaggatg 236  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8692986 tgccttatccgtgagcttctctagagcattgcaaacaagagggtaccttttgaatgtggccaaggaactcaaagctattgatcacaacaacaaaaggatg 8693085  T
Q  237 tacctaaccgttcaagattgtgtgaatcaaatgaatgatagtgttgatcaacttagtcaagccatcaaagaactaaa 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8693086 tacctaaccgtgcaagattgtgtgaatcaaatcaatgatagtgttgatcaacttagccaagccatcaaagaactaaa 8693162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University