View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17625_low_1 (Length: 992)

Name: NF17625_low_1
Description: NF17625
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17625_low_1
NF17625_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (121-976)||(56442136-56442989)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 761; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 761; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 121 - 976
Target Start/End: Complemental strand, 56442989 - 56442136
Alignment:
Q  121 tgaagtatgcaatgcatgaatccaatccaatccaatccaagtaaatctgcaacgtggcaaggagtgaggggtgatggcagcagcagcgataggagtgaga 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  56442989 tgaagtatgcaatgcatgaatccaatccaatccaa-----gtaaatttgcaacgtggcaaagagtgaggggtgatggcagcagtagcgataggagtgagg 56442895  T
Q  221 tgctgctgctcattgtcgtttccgtctcatcgcaaatcttcatcttcttcatgttctgattattattacagaaaaagaagtagtagaatcaacgcttctt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  56442894 tgctgctgctcattgtcgtttccgtctcatcgcaaatcttcatcttcttcatgctctgattattattacagaagaagaagtagtagaatcaacgcttctt 56442795  T
Q  321 cattgttctggggatcttctaaggacaacaacaaacataataacatttcttcttcttcttc---atcgcatcagcaacaattcagcttcaatgtgaccac 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  56442794 cattgttctggggatcttctaaggacaacaacaaacagaataacatttcttcttcttcttcttcatcgcatcagcaacaattcagcttcaatgttaccac 56442695  T
Q  418 cacaacagaatctgaagaagataaagataagattattactgtttcttttgtatcttcaatttcagatattccatccacccaatgggatgcatgtgctctt 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56442694 cacaacagaatctgaagaagataaagataaaattattactgtttcttttgtatcttcaatttcagatattccatccacccaatgggatgcatgtgctctt 56442595  T
Q  518 gatgctacaggaggaccagacaaattcaatccatttctctcacacgcatttctatcctctctagaactatcatcttcttctgttaaggaaaagggatgga 617  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56442594 gatgctactggaggaccagacaagttcaatccatttctctcacacgcttttctatcctctctagaactatcatcttcttctgttaaggaaaagggatgga 56442495  T
Q  618 ccccacaccacatcatcgctaaggatattcataatcatattctcgctgttgttcctctctatctcaagacccattcttatggtgaattcgtttttgatca 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56442494 ccccacaccacatcatcgctaaggatattcataatcatattctcgctgttgttcctctctatctcaagacccattcttatggtgaattcgtttttgatca 56442395  T
Q  718 ttcttgggccaatgcttactctcatttttatggttccaattcttattatcctaagttacaatcctgtgtccccttcacccctgtcaccggtccaaggatc 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56442394 ttcttgggccaatgcttactctcatttttatggttccaattcttattatcctaagttacaatcctgtgtccccttcacccctgtcaccggtccaaggatc 56442295  T
Q  818 ttacttcgtaacacttctttcaaacatcatgtttttgacttcattgtttctgctatcaaggatctcactgccatgtctcaactttcatccttccatgtca 917  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56442294 ttacttcgtaacacttctttcaaacatcatatttttgacttcattgtttctgctatcaaggatctcactgccatgtctcaactttcatccttccatgtca 56442195  T
Q  918 cttttcccactgaaagcgagtggcacaaattcacccagcaaggtttcctccctaggatt 976  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  56442194 cttttccctctgaaagcgagtggcacaaattcactcaacaaggtttcctccctaggatt 56442136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University