View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1762_high_18 (Length: 250)

Name: NF1762_high_18
Description: NF1762
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1762_high_18
NF1762_high_18
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (8-225)||(5165273-5165491)
chr6 (9-225)||(25942203-25942420)
chr6 (9-225)||(17694281-17694498)
chr6 (9-225)||(13879273-13879490)
chr6 (9-162)||(22351348-22351501)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (10-225)||(47882318-47882534)
chr3 (9-225)||(22625409-22625626)
chr3 (9-225)||(10612207-10612424)
chr3 (9-225)||(10897539-10897756)
chr3 (9-225)||(29913385-29913602)
chr3 (13-225)||(54189048-54189261)
chr3 (9-213)||(16458000-16458205)
chr3 (9-225)||(6303845-6304062)
chr3 (9-225)||(10205121-10205338)
chr3 (9-225)||(10098225-10098442)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (9-225)||(33033175-33033391)
chr8 (9-216)||(21034402-21034610)
chr8 (9-215)||(28891298-28891505)
chr8 (9-225)||(16756690-16756907)
chr8 (9-225)||(28328442-28328659)
chr8 (12-225)||(15945189-15945409)
chr8 (126-225)||(4819669-4819769)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (9-225)||(44016095-44016312)
chr7 (9-225)||(25351886-25352103)
chr7 (9-225)||(7070329-7070546)
chr7 (9-225)||(25405948-25406165)
chr7 (9-225)||(3324217-3324434)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (9-225)||(20054190-20054407)
chr2 (9-225)||(22716663-22716880)
chr2 (8-225)||(28456933-28457151)
chr2 (9-225)||(2736739-2736956)
chr2 (9-225)||(39680580-39680797)
chr2 (53-217)||(10941948-10942113)
chr2 (53-217)||(10947817-10947982)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (9-216)||(4558842-4559050)
chr4 (9-213)||(15312852-15313057)
chr4 (8-215)||(16633023-16633231)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (9-225)||(16859-17076)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (9-216)||(9522259-9522467)
chr1 (9-225)||(2400654-2400871)
chr1 (8-225)||(14997570-14997786)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (8-225)||(31781890-31782109)
chr5 (8-225)||(10627892-10628110)
chr5 (9-225)||(25446021-25446238)
chr5 (12-155)||(28786936-28787079)
chr5 (155-216)||(28788402-28788464)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (9-90)||(16601-16682)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 8 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 5165491 - 5165273
Alignment:
Q  8 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5165491 tgagatgaatgataaagcggtcagtgctatcattctttgtcttggggataaggtttcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 5165392  T
Q  108 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgg 206  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  5165391 aaacttgattcattgtacatgaccaagtccttggcacatagacaatgtccgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggaatcaaaacctataatgg 5165292  T
Q  207 agcaactgacagaattcaa 225  Q
    | ||| ||||  |||||||    
T  5165291 atcaattgacgaaattcaa 5165273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 25942203 - 25942420
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25942203 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 25942302  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  25942303 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 25942402  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  25942403 gcaactgacggagttcaa 25942420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 17694498 - 17694281
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17694498 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 17694399  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  17694398 aacttgattaattatacataaccaagtctttggcacatagaaaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatggtggagtcaaaacctataatgga 17694299  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  17694298 gcaactgacggagttcaa 17694281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 13879273 - 13879490
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  13879273 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 13879372  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  13879373 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 13879472  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  13879473 gcaactgacggagttcaa 13879490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 9 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 22351501 - 22351348
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22351501 gagatgaatgataaagcgatcagtgctatcattctatgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 22351402  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaac 162  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| |  || |||||||| ||||||| |||||    
T  22351401 aacttgattcattatacatgaccaaatctttggcacatagtcaatgtcggaaac 22351348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 47882534 - 47882318
Alignment:
Q  10 agatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataa 109  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47882534 agatgaatgataaagcggtcagtgctatcattttgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtgaaataa 47882435  T
Q  110 acttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggag 208  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  47882434 acttgattcattgtacatgaccaagtccttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggag 47882335  T
Q  209 caactgacagaattcaa 225  Q
    |||| ||| || |||||    
T  47882334 caacagacggagttcaa 47882318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 22625626 - 22625409
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||  || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22625626 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgatagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 22625527  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  22625526 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 22625427  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  22625426 gcaactgacggagttcaa 22625409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 10612424 - 10612207
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||  | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10612424 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgttttggggataaggtgttgagaaaagtatcaagggagactattgttgtgtctatgtggaata 10612325  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | || |||||| ||||||| |||||||||    
T  10612324 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttatcaaatggtggagtcaaaacctataatgga 10612225  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  10612224 gcaactgacggagttcaa 10612207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 10897539 - 10897756
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  10897539 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 10897638  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || || ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||| ||    
T  10897639 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcccataggcaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatcga 10897738  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  10897739 gcaactgacggagttcaa 10897756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 29913602 - 29913385
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  29913602 gagatgaatgataaggcggttagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagtctactgctgtgtctatgaggaata 29913503  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  29913502 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 29913403  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  29913402 gcaactgacggagttcaa 29913385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 225
Target Start/End: Original strand, 54189048 - 54189261
Alignment:
Q  13 tgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaact 112  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  54189048 tgaatgataaggcggtcagcgctatcattatgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaaactactgctgtgtctatgtggaataaact 54189147  T
Q  113 tgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaa 211  Q
    ||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  54189148 tgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaa 54189247  T
Q  212 ctgacagaattcaa 225  Q
    ||||| || |||||    
T  54189248 ctgacggagttcaa 54189261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 213
Target Start/End: Original strand, 16458000 - 16458205
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16458000 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 16458099  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||||    
T  16458100 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccaaatggtggagtcaaaacctataatgga 16458199  T
Q  208 gcaact 213  Q
    ||||||    
T  16458200 gcaact 16458205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 6303845 - 6304062
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  6303845 gagatgaatgataaggcggtcaacgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 6303944  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  6303945 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 6304044  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  6304045 gcaactgacggagttcaa 6304062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 10205338 - 10205121
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||| | | |||||| |||||||||||||||||    
T  10205338 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagaggggctactgctgtgtctatgtggaata 10205239  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||| ||||||| |||||||||    
T  10205238 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgtatggtggagtcaaaacctataatgga 10205139  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  10205138 gcaactgacggagttcaa 10205121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 10098442 - 10098225
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  10098442 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattttgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaaggggggctactgctgtgtctatgtggaata 10098343  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||| ||||||| |||||||||    
T  10098342 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgtatggtggagtcaaaacctataatgga 10098243  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    |||| |||| || |||||    
T  10098242 gcaattgacggagttcaa 10098225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 33033175 - 33033391
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  33033175 gagatgaatgataaagcggtcagtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactactactgtgtctatgtggaata 33033274  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||| || |||| |||||||||    
T  33033275 aacttgattcattgtacatgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaagcaacaact-tacttttaccgaatggtggagtcgaaacttataatgga 33033373  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  33033374 gcaactgacggagttcaa 33033391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Original strand, 21034402 - 21034610
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| | || |||| |||||||||||  || || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21034402 gagatgaatgataaagcggtcagtgctatcattttgtggcttggggataaggtgttaagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 21034501  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  21034502 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgactgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 21034601  T
Q  208 gcaactgac 216  Q
    |||||||||    
T  21034602 gcaactgac 21034610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 9 - 215
Target Start/End: Original strand, 28891298 - 28891505
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  28891298 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctaatgctgtgtctatgtggaata 28891397  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  28891398 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 28891497  T
Q  208 gcaactga 215  Q
    ||||||||    
T  28891498 gcaactga 28891505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 16756907 - 16756690
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  16756907 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 16756808  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  16756807 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 16756708  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  16756707 gcaactgacggagttcaa 16756690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 28328442 - 28328659
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  28328442 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 28328541  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  28328542 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgcctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 28328641  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  28328642 gcaactgacggagttcaa 28328659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 225
Target Start/End: Original strand, 15945189 - 15945409
Alignment:
Q  12 atgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgtt---gtgtctatgtggaata 108  Q
    ||||||||||||| | ||||||| |||||| | |||||||  ||||||| || | | |||||| ||||||||||||||  |   ||||||||||||||||    
T  15945189 atgaatgataaagtggtcagtgccatcattttgtgtcttggagataaggagttgggagaggtatcaagggagactactactactgtgtctatgtggaata 15945288  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtgg---aatcaaaacatataat 204  Q
    ||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||   | ||||||| ||||||    
T  15945289 aacatgattcatcgtacatgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttactgaatggtggcgtactcaaaacctataat 15945388  T
Q  205 ggagcaactgacagaattcaa 225  Q
    |||| ||||||| || |||||    
T  15945389 ggagaaactgacggagttcaa 15945409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 4819769 - 4819669
Alignment:
Q  126 atgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattca 224  Q
    ||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| ||||||||||||| |||| || ||||    
T  4819769 atgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaaatgacggagttca 4819670  T
Q  225 a 225  Q
    |    
T  4819669 a 4819669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 44016312 - 44016095
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  44016312 gagatgaatgataaagcggtcagttctatcattctatgtctttgggataaggtgttgagagaggtagcaagggaaactattgttgtgtctatgtggaata 44016213  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||||||    
T  44016212 aacttgattcattgtacatgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatagtggagtcaaaacctataatgga 44016113  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  44016112 gcaactgacggagttcaa 44016095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 25351886 - 25352103
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25351886 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 25351985  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  25351986 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 25352085  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  25352086 gcaactgacggagttcaa 25352103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 7070329 - 7070546
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  7070329 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 7070428  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  7070429 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacataggcaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 7070528  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  7070529 gcaactgacggagttcaa 7070546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 25405948 - 25406165
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  25405948 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 25406047  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  25406048 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 25406147  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  25406148 gcaactgacggagttcaa 25406165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 3324434 - 3324217
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| || |||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  3324434 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggacaaggtgttgagagaagtataaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 3324335  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  3324334 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 3324235  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  3324234 gcaactgacggagttcaa 3324217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 20054407 - 20054190
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20054407 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 20054308  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  20054307 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 20054208  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  20054207 gcaactgacggagttcaa 20054190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 22716880 - 22716663
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22716880 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 22716781  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  22716780 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 22716681  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  22716680 gcaactgacggagttcaa 22716663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 8 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 28457151 - 28456933
Alignment:
Q  8 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||| || | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  28457151 tgagatgaatgataaagcgatcagtgccatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtaacatgagagactactgttgtttctatgtggaat 28457052  T
Q  108 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgg 206  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  28457051 aaacttgattcattgtacatgaccaagtccttgtcacatagacaatgtctgaaacaacaattctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgg 28456952  T
Q  207 agcaactgacagaattcaa 225  Q
    |  ||||||| || |||||    
T  28456951 aataactgacggagttcaa 28456933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 2736739 - 2736956
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||  || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  2736739 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgaaagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 2736838  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || |||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  2736839 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacataggcaatttctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 2736938  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  2736939 gcaactgacggagttcaa 2736956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 39680580 - 39680797
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  39680580 gagatgaatgataaggcagtcagcgctatcattctgtgtcttagggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 39680679  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  39680680 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgcctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 39680779  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  39680780 gcaactgacggagttcaa 39680797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 53 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 10942113 - 10941948
Alignment:
Q  53 ggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaa 152  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||  || |||| |||||||    
T  10942113 ggataaggtgttgagaaaggtagcaagggagactactgatgtgtctatatggaataaactagattcattgtatatgacaaagtctttggcacgtagacaa 10942014  T
Q  153 tgtctgaaacaacaactatactattac-cgaaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgaca 217  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||  || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10942013 tgtctgaaacaacaactctacttttactggatggtggagtcaaaatatataatggagcaactgaca 10941948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 53 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 10947982 - 10947817
Alignment:
Q  53 ggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaa 152  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||  || |||| |||||||    
T  10947982 ggataaggtgttgagaaaggtagcaagggagactactgatgtgtctatatggaataaactagattcattgtatatgacaaagtctttggcacgtagacaa 10947883  T
Q  153 tgtctgaaacaacaactatactattac-cgaaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgaca 217  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||  || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10947882 tgtctgaaacaacaactctacttttactggatggtggagtcaaaatatataatggagcaactgaca 10947817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Original strand, 4558842 - 4559050
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4558842 gagatgaatgataaagaggttagtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgtggagagaggtaggaagggagactattgttgtgtctatgtggaata 4558941  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  4558942 aacttgattcattgtacatgaccaagtacttggtacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 4559041  T
Q  208 gcaactgac 216  Q
    |||||||||    
T  4559042 gcaactgac 4559050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 9 - 213
Target Start/End: Original strand, 15312852 - 15313057
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15312852 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggagataagatgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 15312951  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| | |||| ||||||| |||||||||    
T  15312952 aacttgatttattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatgatggagtcaaaacctataatgga 15313051  T
Q  208 gcaact 213  Q
    ||||||    
T  15313052 gcaact 15313057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 215
Target Start/End: Original strand, 16633023 - 16633231
Alignment:
Q  8 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 107  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  16633023 tgagatgaatgatgaagcggtcagtgccatcattctgtgtattggggataaggtgttgagagaggcagcaagggagactactgatgtgtctatgtgaaat 16633122  T
Q  108 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgg 206  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| |||||||  | |||||    
T  16633123 aaaattgattcattgtacatgaccaagtccttggcacatacacaatgtttgaaacaacaactctacttataccgaatggtggagtcaaaacccacaatgg 16633222  T
Q  207 agcaactga 215  Q
    || ||||||    
T  16633223 agtaactga 16633231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 16859 - 17076
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16859 gagatgaatgataaagcggccagtgctatcattctgtgtcttggggacaaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 16958  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  16959 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggaatcaaaacctataatgga 17058  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  17059 gcaactgacggagttcaa 17076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Original strand, 9522259 - 9522467
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9522259 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 9522358  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  9522359 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatggtggagtcaaaacctataatgga 9522458  T
Q  208 gcaactgac 216  Q
    |||||||||    
T  9522459 gcaactgac 9522467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 2400871 - 2400654
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  2400871 gagatgaatgataaagcggtcagtgatatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaaactactgttgtgtctatatggaata 2400772  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||| ||| ||  |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||  |||||||||    
T  2400771 aacttaattcataatacatgactaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaatctataatgga 2400672  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    |||||||||||| |||||    
T  2400671 gcaactgacagagttcaa 2400654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 8 - 225
Target Start/End: Original strand, 14997570 - 14997786
Alignment:
Q  8 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 107  Q
    ||||||||||||||| | | | ||||| |||||| | ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14997570 tgagatgaatgataacgtggttagtgccatcattatgtgtcttggggataaggtattgagataggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 14997669  T
Q  108 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgg 206  Q
    | ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| ||||||| ||||||||    
T  14997670 agacttgatt--ttgtacatgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccaaatggtggagtcaaaacctataatgg 14997767  T
Q  207 agcaactgacagaattcaa 225  Q
    |||||||||| || |||||    
T  14997768 agcaactgacggagttcaa 14997786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 8 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 31782109 - 31781890
Alignment:
Q  8 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31782109 tgagatgaatgataaagcgatcagtgccatcgttctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactattgttgtgtctatgtggaat 31782010  T
Q  108 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatc-aaaacatataatg 205  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| || || |||||  ||||||    
T  31782009 aaacttgattcattgtacatgaccaagtcctggacacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtcgagtcaaaaaccaataatg 31781910  T
Q  206 gagcaactgacagaattcaa 225  Q
     |||||||||| ||||||||    
T  31781909 aagcaactgacggaattcaa 31781890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 8 - 225
Target Start/End: Original strand, 10627892 - 10628110
Alignment:
Q  8 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 107  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||| | ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10627892 tgagatgaatgataaagctgtcagtgccatcattctgtgtcttggggatacggtatagagagagttagcaagggagactattgttgtgtctatgtggaat 10627991  T
Q  108 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgg 206  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||| |||||||  |||||||    
T  10627992 aaacttgattcattgtgcatgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctactttaaccgaatggtggagtcaaaaccgataatgg 10628091  T
Q  207 agcaactgacagaattcaa 225  Q
    |||||||||| || |||||    
T  10628092 agcaactgacggagttcaa 10628110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Original strand, 25446021 - 25446238
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 108  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||    
T  25446021 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctatgtctatgtggaata 25446120  T
Q  109 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 207  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| ||||||| |||||||||    
T  25446121 aacttgattcattatacatgatcaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgaaaggtggagtcaaaacctataatgga 25446220  T
Q  208 gcaactgacagaattcaa 225  Q
    ||||||||| || |||||    
T  25446221 gcaactgacggagttcaa 25446238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 12 - 155
Target Start/End: Original strand, 28786936 - 28787079
Alignment:
Q  12 atgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaac 111  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28786936 atgaatgataaagcggtcagtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaac 28787035  T
Q  112 ttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgt 155  Q
    |||||| ||| |||||| ||||||  || |||||||||||||||    
T  28787036 ttgattcattatacatggccaagtctttggcacatagacaatgt 28787079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 155 - 216
Target Start/End: Original strand, 28788402 - 28788464
Alignment:
Q  155 tctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgac 216  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  28788402 tctgaaacaacaaccatacttttatcgaacggtggagtcaaaacctataatggagcaactgac 28788464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 9 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 16682 - 16601
Alignment:
Q  9 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactg 90  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||    
T  16682 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactg 16601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University