View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1762_low_1 (Length: 993)
Name: NF1762_low_1
Description: NF1762
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1762_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 863; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 863; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 983
Target Start/End: Complemental strand, 43257104 - 43256125
Alignment:
| Q |
1 |
gtgcaaatagacaattgtggtttgcatcaaagcaaagtctttcttacttggatgtcaggtaaattcctacgtagttgaacaaaaaactgttgtaaggtgg |
100 |
Q |
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| T |
43257104 |
gtgcaaatagacaattgtggtttgcatcaaagcaaagtctttcttacttggatggcaggtaaattcctaagtagttgaacaaaaaactgttgtaaggtgg |
43257005 |
T |
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| Q |
101 |
atgttttgtgagtaagatttaagaatcttgagtatgcctaagtaaacagtttaatcaagtgtttattatcgtttatgattacgaataatctactttcata |
200 |
Q |
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| T |
43257004 |
atgttttgtgagtaagatttaagaatcttgagtatgcctaagtaaacagtttaatcaagtgtttattatcgtttatgattacggataatctactttcata |
43256905 |
T |
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| Q |
201 |
gttaaagatgaaactattgaacttttctatacaagttacttgttgttcatacatgttagaagnnnnnnncataaattattctaaaaaacatattgaaata |
300 |
Q |
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| T |
43256904 |
gttaaagatgaaactattgaacttttctatacaagttacttgttgttcatacatgttagaagttgttttcataaattattctaaaaaacatattgaaata |
43256805 |
T |
|
| Q |
301 |
agttaaagacaatgtaattatgaaatatttttaagttaattttacaatctcaataaattacttatgcaagtgcttgtgttgaggcataagctcagattag |
400 |
Q |
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| T |
43256804 |
agttaaagacaatgtaattatgaaatatttttaagttaattttacaatctcaataaattacttatgcaagtgcttgtgttgaggcataagctcagattag |
43256705 |
T |
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| Q |
401 |
atatgcaactttgttggataacacttgtttgagtaccaatatannnnnnnnatattacttgtggtaactttgtatggtagatgttttgtgactctaagac |
500 |
Q |
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| T |
43256704 |
atatgcaactttgttggataacacttgtttgagtaacaatatattttttt-atattacttgtggtaactttgtatggtagatgttttgtgactctaagac |
43256606 |
T |
|
| Q |
501 |
cctagaaggcttttgagannnnnnnnngattaagcacttattatatcatttatcgtttatgattttgcttaatctaattttatagttttagaggaaatca |
600 |
Q |
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| T |
43256605 |
cctagaaggcttttgagaattttttttgattaagcacttattatatcatttatcgtttatgattttgcttaatctaattttatagttgtagaggaaatga |
43256506 |
T |
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| Q |
601 |
ttaaactatttattttaataattattatacaaaacctatcgaaataatctaaagacagcttgtggacacatttaaagttatttttatagtttcatccaaa |
700 |
Q |
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| T |
43256505 |
ttaaactatttattttaataattattatacaaaacctatcgaaataatctaaagacagcttgtggacacatttaaagttatttttatagtttcatccaaa |
43256406 |
T |
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| Q |
701 |
tatttagacaattgattgtgttaatataagctcggatgcttggataacaaagcacccatattacaactatacaacatgtagatatgcatgcaactttgtt |
800 |
Q |
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| T |
43256405 |
tatttagacaagtgattgtgttaatataagctcggatgcttggataacaaagcacccatattacaactatacaacatgtagatatgcatgcaactttgtt |
43256306 |
T |
|
| Q |
801 |
gagtaacactatatgtggcaagtatgaaattgactttatttggcctcatcatcacttgcagccttcctggtgactttggatttgaccctctaggactttc |
900 |
Q |
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| T |
43256305 |
gagtaacac--tatgtgtcaagtatgaaattgactttatttggcctcatcatcacttgcagccttcctggtgactttggatttgaccctctaggactttc |
43256208 |
T |
|
| Q |
901 |
agatcctgaaggagtcggtggattcattgagccagaatggttagcatacggcgagataatcaacggccgcttcgcaatgttgg |
983 |
Q |
| |
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|
|
| T |
43256207 |
agatcctgaaggagtcggtggattcattgagccagaatggttagcatacggcgagataatcaacggccgcttcgcaatgttgg |
43256125 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 738 - 983
Target Start/End: Complemental strand, 43259634 - 43259391
Alignment:
| Q |
738 |
gcttggataacaaagcacccatattacaactatacaacatgtagatatgcatgcaactttgttgagtaacactatatgtggcaagtatgaaattgacttt |
837 |
Q |
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|
|
| T |
43259634 |
gcttggataacaaagcacccataacacaactatacaacatgtagatatgcatgcaactttgttgagtaacactatgtgt--caagtatgaaattgacttt |
43259537 |
T |
|
| Q |
838 |
atttggcctcatcatcacttgcagccttcctggtgactttggatttgaccctctaggactttcagatcctgaaggagtcggtggattcattgagccagaa |
937 |
Q |
| |
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|
| T |
43259536 |
atttggcctcatcatcacttgcagccttccgggtgactttggatttgaccctctaggactttcagatcccgaaggaaccggtggattcattgaaccaaga |
43259437 |
T |
|
| Q |
938 |
tggttagcatacggcgagataatcaacggccgcttcgcaatgttgg |
983 |
Q |
| |
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|
|
| T |
43259436 |
tggttagcatacggtgagataatcaacggccgatttgcaatgttgg |
43259391 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 43260703 - 43260440
Alignment:
| Q |
3 |
gcaaatagacaattgtggtttgcatcaaagcaaagtctttcttacttggatgtcaggtaaattcctacgtagttgaacaaaaaactgttgtaaggtggat |
102 |
Q |
| |
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| T |
43260703 |
gcaaatagacaattgtggtttgcatcaaagcaaagtctttcttacttggatggcaggtaaattcctttgtagttgaagaaaaaagtattgtaaggtggat |
43260604 |
T |
|
| Q |
103 |
gttttgtgagtaagatttaagaatcttgagtatgcctaagt-aaacagtttaatcaagtgtttattatcgtttatgattacgaataatctactttcatag |
201 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
43260603 |
gttttttgagtaagatttaagaacctagagtatgcctaagtaaaacgttttgatcaagtgtttattatcgcttatgattatttataatctactttcataa |
43260504 |
T |
|
| Q |
202 |
ttaaagatgaaactattgaacttttctatacaag---ttacttgttgttcatacatgttagaag |
262 |
Q |
| |
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|
| T |
43260503 |
ttaaagatgaaactattgaacttttttatacaagttattacttgttgttcatacatgtttgaag |
43260440 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 452 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 43260243 - 43259973
Alignment:
| Q |
452 |
atattacttgtggtaactttgtatggtagatgttttgtgactctaagaccctagaaggcttttgagannnnnnnnngattaagcacttattatatcattt |
551 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |
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|
| T |
43260243 |
atattacttgtggtaactatgtctggtagatgttttgtgagtctaagatctcagaaggcttttgcgaaatcttttcgattaagcactaattat--cattt |
43260146 |
T |
|
| Q |
552 |
atcgtttatgattttgcttaatctaattttatagttttagaggaaatcattaaactatttattttaataa-ttattatacaaaacctatcgaaataatct |
650 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
43260145 |
atcgtttatgattatgcttaatctaattttacagtagtagatgaaatgattaaactatttactttaataaattattctacaaaacctatggaaataatct |
43260046 |
T |
|
| Q |
651 |
aaagacagcttgtggacacatttaaagttatttttatagtttcatccaaatatttagacaattgattgtgtta |
723 |
Q |
| |
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|
|
| T |
43260045 |
aaagacaacttgtgaacacatttaaagttatctttatagtttcatccaaatacttagacaagtgattgcgtta |
43259973 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 300 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 43260442 - 43260340
Alignment:
| Q |
300 |
aagttaaagacaatgtaattatgaaatatttttaagttaattttacaatctcaataaattacttatgcaagtgcttgtgttgaggcataagctcagatta |
399 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
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| T |
43260442 |
aagttaaagaca-tgtaattatgaaatatttttaacttaattttgcaatctcaacaaattacttatgcaagtgcttgtgttgagccataagctcagatta |
43260344 |
T |
|
| Q |
400 |
gata |
403 |
Q |
| |
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|||| |
|
|
| T |
43260343 |
gata |
43260340 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 398 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 43260305 - 43260262
Alignment:
| Q |
398 |
tagatatgcaactttgttggataacacttg-tttgagtaccaat |
440 |
Q |
| |
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||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
43260305 |
tagatatgcaagtttgttggataacacttgttttgagtaccaat |
43260262 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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