View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1762_low_5 (Length: 412)

Name: NF1762_low_5
Description: NF1762
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1762_low_5
NF1762_low_5
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-391)||(4134471-4134861)
chr8 (1-391)||(4145273-4145663)
chr8 (2-391)||(4123926-4124315)
chr8 (2-391)||(4153276-4153665)
chr8 (2-391)||(4163629-4164024)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4134861 - 4134471
Alignment:
Q  1 ctcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134861 ctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgaacaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatc 4134762  T
Q  101 aaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  4134761 aaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtatcatcatttggtcaacaaacat 4134662  T
Q  201 ttcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacac 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134661 ttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacac 4134562  T
Q  301 cctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatg 391  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  4134561 cctgcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaataaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatg 4134471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4145663 - 4145273
Alignment:
Q  1 ctcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145663 ctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatc 4145564  T
Q  101 aaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145563 aaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacat 4145464  T
Q  201 ttcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacac 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145463 ttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacac 4145364  T
Q  301 cctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatg 391  Q
    ||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  4145363 ccttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatg 4145273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 2 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4124315 - 4123926
Alignment:
Q  2 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4124315 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4124216  T
Q  102 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    || || |||||||||||||||    
T  4124215 accactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt 4124116  T
Q  202 tcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 301  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124115 tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 4124016  T
Q  302 ctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatg 391  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||  |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||| ||||    
T  4124015 ctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatg 4123926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 2 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4153665 - 4153276
Alignment:
Q  2 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4153665 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaataagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4153566  T
Q  102 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    || || |||||||||||||||    
T  4153565 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaattttataatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt 4153466  T
Q  202 tcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 301  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4153465 tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttccggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 4153366  T
Q  302 ctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatg 391  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||  |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||| ||||    
T  4153365 ctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatg 4153276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 2 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4164024 - 4163629
Alignment:
Q  2 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4164024 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4163925  T
Q  102 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 201  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  4163924 accactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatggtagcatcatttggtcaacaagcatt 4163825  T
Q  202 t------caacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttca 295  Q
    |      ||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||| | || || ||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  4163824 tcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattctagatcaacaatttgggatagtttca 4163725  T
Q  296 cacaccctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatg 391  Q
    | |||||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||  || || ||| | ||  | |||||||||||||||||||| ||||    
T  4163724 ctcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatcttttgtatcaagaaaaagtgaaaatg 4163629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University