View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17635_low_2 (Length: 675)

Name: NF17635_low_2
Description: NF17635
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17635_low_2
NF17635_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-666)||(44973544-44974189)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 576; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 666
Target Start/End: Original strand, 44973544 - 44974189
Alignment:
Q  18 ttgttaaataaaatgtatatcatttttgcatttataaacacaaaaggctcacggactatatatataagtgctgattgcttgtaatacagtataattccat 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44973544 ttgttaaataaaatgtatatgattgttgcatttataaacacaaaaggctcacggactatata----agtgctgattgcttgtaatacagtataattccat 44973639  T
Q  118 gataggaaaaatagtaggataataatgcaaccaccaaaaggtacaaaacatttttaattattcctttatttttgtctctctttatcatccacaccaacgt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44973640 gataggaaaaatagtaggataataatgcaaccaccaaaaggtacaaaacatttttaattattcctttatttttgtctctctttatcatccacaccaacgt 44973739  T
Q  218 tatacattcc-aacgcatggaaacacaaacactcattgttccatcccaccaaaaccttaatttcactccaacttctctcccttagctatggaaaaccaac 316  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44973740 tatactctcccaacgcatggaaacacaaacactcattgttccatcccaccaaaaccttaatttcactccaacttctctcccttagctatggaaaaccaac 44973839  T
Q  317 catcaccacttccaccaaaaacatacaaactaacagcaacttcaatctcttactccaaaaacctacaaacaaacaactccatcattgcaccatttctctt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44973840 catcaccacttccaccaaaaacatacaaactaacagcaacttcaatctcttactccaaaaacctacaaacaaacaacaccatcattgcaccatttctctt 44973939  T
Q  417 cttcaaacattgtacaccaannnnnnnaaactacatcctcaaagatgtttccctcacagcatacccttctgagattcttgccattgttggtccaagtggt 516  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44973940 cttcaaacattgtacaccaacccccccaaactacatcctcaaagatgtttccctcacagcatacccttctgagattcttgccattgttggtccaagtggt 44974039  T
Q  517 gcaggaaaatcaactcttctagacattctttcagctagaagattacccttaagtggtacactttcccttaactcttcacctatcactaacccttccacat 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44974040 gcaggaaaatcaactcttctagacattctttcagctagaagattacccttaagtggtacactttctcttaactcttcacctatcactaacccttctacat 44974139  T
Q  617 tcagaaaactctctgcttatgttcctcaacatgatgcatgtcttcctatg 666  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44974140 tcagaaaactctctgcttatgttcctcaacatgatgcatgtcttcctatg 44974189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University