View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1763_high_5 (Length: 838)

Name: NF1763_high_5
Description: NF1763
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1763_high_5
NF1763_high_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-827)||(47367806-47368615)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-566)||(5374220-5374768)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 794; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 794; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 827
Target Start/End: Original strand, 47367806 - 47368615
Alignment:
Q  18 acttccatgcccgtcatcatcccttggtgactttgattccgtgttttcatcaataggtccaaaagctgcctcgtagcctttagcaaaaaaccttgcacca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47367806 acttccatgcccgtcatcatcccttggtgactttgattccgtgttttcatcaataggtccaaaagctgcctcgtagcctttagcaaaaaaccttgcacca 47367905  T
Q  118 acaagtttcttgttacagtttgatgagttgaaggttttacctgtctcacattcccctttccagcttttgggtactggtccaagtccagtgtcatcgaagc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47367906 acaagtttcttgttacagtttgatgagttgaaggttttacctgtctcacattcccctttccagcttttgggtactggtccaagtccagtgtcatcgaagc 47368005  T
Q  218 tttttagttcaggccatacacctgtgtcaatttctccaacaatcacctcactttgttttccagaggacggtaaaagagtgattgttttctccaatccgag 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47368006 tttttagttcaggccatacacctgtgtcaattactccaacaatcacctcactttgttttccagaggacggtaaaagagtgattgttttctccaatccgag 47368105  T
Q  318 gaactctggtgttcgagttgtgtgaagctcgtatctgacatcagggataaccgagagaattcccggttgctttgtgagtaagtctgcttcttgagtagtt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47368106 gaactctggtgttcgagttgtgtgaagctcgtatctgacatcagggataaccgagagaattcccggttgctttgtgagtaagtctgcttcttgagtagtt 47368205  T
Q  418 agccttgtggagaagccatgagctacatgtttgtaggtatacatcgtctctgcagtgtctgatactgattttagtgatgaatcataccattggagatgat 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47368206 agccttgtggagaagccatgagctacatgtttgtaggtatacatcgtctctgcagtgtctgatactgattttagtgatgaatcataccattggagatgat 47368305  T
Q  518 cgtcgaaacttgctggcatgttgaacttgtccatgtgaattatgtatgtccttttaagatgctgtgttttcttttctgctacggtgaatctgctagacaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47368306 cgtcgaaacttgctggcatgttgaacttgtccatgtgaattatgtatgtccttttaagatgttgtgttttcttttctgctatggtgaatctgctagacaa 47368405  T
Q  618 aactagcagcaaagccatctgaagacacttgaaaatcagcatattcatcttttagctccagtatgagagttgtagttttggcttctttttgaatttgctt 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47368406 aactagcagcaaagccatctgaagacacttgaaaatcagcatgttcatcttttagctccagtatgagagttgtagttttggcttctttttgaatttgctt 47368505  T
Q  718 tagaattgcagggatagctggtatttattattggtttggaactattgagtctgtggagattggtagattcttttataaccaatacatatttcaattggga 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47368506 tagaattgcagggatagctggtatttattattggtttggaactattgagtctgtggagattggtagattcttttataaccaatacatatttcaattggga 47368605  T
Q  818 acagagaata 827  Q
    ||||||||||    
T  47368606 acagagaata 47368615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 5374768 - 5374220
Alignment:
Q  18 acttccatgcccgtcatcatcccttggtgactttgattccgtgttttcatcaataggtccaaaagctgcctcgtagcctttagcaaaaaaccttgcacca 117  Q
    ||||||||| || |||||||| || | ||| |||||||| ||  ||||||| || || ||||  ||||| || || |||||    ||||||||||||||     
T  5374768 acttccatgtccatcatcatctctagctgattttgattctgttgtttcatctattggaccaagtgctgcttcatacccttttaagaaaaaccttgcacct 5374669  T
Q  118 acaagtttcttgttacagtttgatgagttgaaggttttacctgtctcacattcccctttccagcttttgggtactggtccaagtccagtgtcatcgaagc 217  Q
    |  ||||| ||||| |||| |||||| || | | | ||||| || |||||| | ||||||||  |  | |||| ||| || ||||| |||||||| ||||    
T  5374668 atgagttttttgttgcagtgtgatgaattcatgttgttaccagtttcacatacacctttccaattacttggtattggacctagtcctgtgtcatctaagc 5374569  T
Q  218 tttttagttcaggccatacacctgtgtcaatttctccaacaatcacctcactttgttttccagaggacggtaaaagagtgattgttttctccaatccgag 317  Q
    ||||||| || ||||||| ||| |||||||     ||||  || || | |||||||| || ||||   |||||||||||| |||||||   ||| || ||    
T  5374568 tttttagctctggccatataccagtgtcaagaataccaatgattacttgactttgttgtctagagtgaggtaaaagagtgtttgtttttggcaaaccaag 5374469  T
Q  318 gaactctggtgttcgagttgtgtgaagctcgtatctgacatcagggataaccgagagaattcccggttgctttgtgagtaagtctgcttcttgagtagtt 417  Q
    ||||| ||||||||  ||||||||||| | ||||||||  ||||| |||||   ||||||||| || || ||||  |||   || ||||||||  |||||    
T  5374468 gaactgtggtgttcttgttgtgtgaagttggtatctgagttcaggtataacatcgagaattccgggctgttttgaaagtgtttcggcttcttggttagtt 5374369  T
Q  418 agccttgtggagaagccatgagctacatgtttgtaggtatacatcgtctctgcagtgtctgatactgattttagtgatgaatcataccattggagatgat 517  Q
    || ||||||||| | ||||||||||  |||||||| || || |   ||||||| || ||||||||||||||||| |||| |||  |||| |  || ||||    
T  5374368 agtcttgtggagtatccatgagctatgtgtttgtatgtgtatagaatctctgctgtttctgatactgattttagcgatgtatcgaaccagttaaggtgat 5374269  T
Q  518 cgtcgaaacttgctggcatgttgaacttgtccatgtgaattatgtatgt 566  Q
    |   |||  || |||||||| || | |||||||||||||||||||||||    
T  5374268 cagtgaatgtttctggcatggtggatttgtccatgtgaattatgtatgt 5374220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University