View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1763_low_3 (Length: 1000)

Name: NF1763_low_3
Description: NF1763
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1763_low_3
NF1763_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-985)||(34083707-34084679)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 800; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 800; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 985
Target Start/End: Original strand, 34083707 - 34084679
Alignment:
Q  1 cctgttccatactttgtcttagagatgcaaacatgcgtgctacatcagattcaacgagattatggtttgcaaccatggggagagatgtgtgagtgttcaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34083707 cctgttccatactttgtcttagagatgcaaacatgcgtgctacatcagattcaacgagattaaggtttgcaaccatggggagagatgtgtgagtgttcaa 34083806  T
Q  101 gtgttgacaatgcataatatcagctataaaaatcaaacaacgttgtaatgttaaatagaataaagatgctaaaatacggtcaatggtgaccaatacgtac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34083807 gtgttgacaatgcataatatcagctataaaaatcaaacaacattataatgttaaatagaataaagatgctaaaatacggtcaatggtgaccaatacgtac 34083906  T
Q  201 cattcgtccaccttatagttgtcttataatcacatagacaaatgccctctaaatctattaaattgtgactctaaagaacaataaaagacgtgaataaaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34083907 cattcgtccaccttatagttgtcttataatgacatagacaaatgccctctaaatctattaaattgtgactctaaagaacaataaaagacgtgaataaaat 34084006  T
Q  301 aaatgccgccctcatttgtgttataccaaatggtaaggtattgaaactagaaaattaaattgtagctgcatcttaaactcgacagccaagatgtctagta 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34084007 aaatgccgccctcatttgtgttataccaaatggtaaggcattgaaactagaaaattaaattgtagctgcatcttaaactcgacagccaagatgtctggta 34084106  T
Q  401 ctctagcttcccatgtacttcaaagttacacaaaccaaatgcatgctcccaaaccaaatttttcaaataataatgtgattaaaattcgtaactgaattat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34084107 ctctagcttcccatgtacttcaaagttacacaaa--------------ccaaaccaaatttttcaaataataatgtgattaatattcgtaactgaattat 34084192  T
Q  501 aaaattcttctatgtaaaatttatcaaaattgaattctaaggattattaaaagtcataacgcgtgaacacagttccccgttaaccattgcttaatcctta 600  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34084193 aaaattcttctacgtaaaatttatcaaaattgaattctaaggattattaaaagtcataacacgtgaacacagttccccgttaaccattgcttaatcctta 34084292  T
Q  601 acctcgtcatgcaaattctgcacagccaacaacaacaagttcacatagctgctgcgaatgttgcaaattgtgttttcacatgaaannnnnnnattttaaa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||    
T  34084293 acctcgtcatgcaaattctgcacagccaacaacaacaagttcacacagctgctgcgaatgttgcaaattgtgttttcacatg-aatttttttattttaaa 34084391  T
Q  701 tcaaaggtatcattcatgtatctgcgaagactattctcttatttaagagattcacatctttgggcnnnnnnnttttcacaaaggctctagaccacattaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34084392 tcaaaggtatcattcatgtatctgcgaagacaattctcttatttaagagattcacatctttgggcaaattttttttcacaaaggctctagaccacattaa 34084491  T
Q  801 tgttattattactaatcaatagaag---nnnnnnnnnnngtcaggtaatcaatagaagttttattgtacttcacagatgctttgccaaacaaaattgtta 897  Q
    |||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34084492 tgttattattactaatcaatagaagtttttttttttttggtcaggtaatcaatagaagttttattgtacttcacagatgctttgccaaacaaaattgtta 34084591  T
Q  898 ttcacataattaaggagaataaaaattaaatgagacatacaattgcctaattcaataaaaggatggggacattgaacatgatagtata 985  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34084592 ttcacataattaaggagaataaaaattaaatgagacatacaattgcctaattcaataaaaggatggggacattgaacatgatagtata 34084679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University