View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17640_high_7 (Length: 547)

Name: NF17640_high_7
Description: NF17640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17640_high_7
NF17640_high_7
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (1-532)||(6521645-6522176)
chr1 (1-517)||(6512475-6512991)
chr1 (258-521)||(6516870-6517133)
chr1 (276-517)||(6506562-6506809)
chr1 (1-188)||(6506903-6507090)
chr1 (1-171)||(6517220-6517390)
chr1 (79-196)||(47778041-47778158)
chr1 (99-196)||(47788183-47788280)
chr1 (423-497)||(47778382-47778456)
chr1 (343-497)||(47788424-47788578)
chr1 (99-192)||(47781969-47782062)
chr1 (343-383)||(47759914-47759954)
chr1 (87-164)||(6523733-6523810)
chr1 (343-383)||(47712999-47713039)
[»] scaffold0341 (4 HSPs)
scaffold0341 (276-517)||(587-834)
scaffold0341 (276-517)||(8240-8487)
scaffold0341 (1-188)||(928-1115)
scaffold0341 (1-188)||(8581-8769)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-140)||(722174-722305)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (61-111)||(28831318-28831368)
chr5 (61-113)||(28856512-28856564)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 493; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 493; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 532
Target Start/End: Original strand, 6521645 - 6522176
Alignment:
Q  1 aacgcgattggactatgtagaggagatgtcaaactcaatgattgtcaaaattgcctcaaaaattcaactgttcttctaacacaacattgtcaaaaccgaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6521645 aacgcgattggactatgtagaggagatgtcaaactcaatgattgtcaaaattgcctcaaaaattcaactgttcttctaacacaacattgtcaaaaccgaa 6521744  T
Q  101 aagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgctactcaaaccgttcaatatttggtctcaacgaaattggacctgcttattttgtttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6521745 aagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgttactcaaaccgttcaatatttggtctcaacgaaattggacctgcttattttgtttg 6521844  T
Q  201 gaatacaaacaacgcaacaaatgaggttgagtttaacaaagtggtgaannnnnnnnnggatagtttaagaaataaagctgcatcaggggacagtgacctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6521845 gaatacaaacaacgcaacaaatgaggttgagtttaacaaagtggtgaatttttttttggatagtttaagaaatagagctgcatcaggggacagtgacctt 6521944  T
Q  301 aaatatgctgtaggaagtgatgaggttggtccaaataataaccaaaccatatatggtcttgttcaatgcacacctgatttgtctaaaacattatgtgatg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6521945 aaatatgctgtaggaagtgatgaggttggtccaagtaataaccaaaccatatatggtcttgttcaatgcacacctgatttgtctaaaacattatgtgatg 6522044  T
Q  401 attgtttggttcaatctatcaaagaaatttcaaattgttgtaacaataggttaggtgctagaattgttagacccagttgtaatttgagatatgaaaccaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6522045 attgtttggttcaatctatcaaagaaatttcaaattgttgtaacaataggttaggtgctagaattgttagacccagttgtaatttgagatatgaaaccaa 6522144  T
Q  501 ttcattcttctatcaaccaacgccatcagatt 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6522145 ttcattcttctatcaaccaacgccatcagatt 6522176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 6512991 - 6512475
Alignment:
Q  1 aacgcgattggactatgtagaggagatgtcaaactcaatgattgtcaaaattgcctcaaaaattcaactgttcttctaacacaacattgtcaaaaccgaa 100  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||| ||||  |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  6512991 aacgctattggactttgtagaggagatgtcaaacccaatgattgtcaaaattgcataaagaattcatctgtctttctaacacaactttgtcaaaatcgaa 6512892  T
Q  101 aagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgctactcaaaccgttcaatatttggtctcaacgaaattggacctgcttattttgtttg 200  Q
    |||| || ||||| |||||  | || ||   |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| || |||| | |||||  |||||| |  ||    
T  6512891 aagaggctattggttggtatgatgaagatacatgcatgttgcgttactcataccgttcaatattcggtctgaatgaaactagacctttttatttaggatg 6512792  T
Q  201 gaatacaaacaacgcaacaaatgaggttgagtttaacaaagtggtgaannnnnnnnnggatagtttaagaaataaagctgcatcaggggacagtgacctt 300  Q
    || |   ||||| || |||||||| | ||| ||| | |||||  ||||         ||||| ||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||    
T  6512791 gagtttgaacaatgctacaaatgaagatgaatttgataaagtactgaaaaatttattggataatttaagaaatagagcttcatcaggtgatagtgacctt 6512692  T
Q  301 aaatatgctgtaggaagtgatgaggttggtccaaataataaccaaaccatatatggtcttgttcaatgcacacctgatttgtctaaaacattatgtgatg 400  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  6512691 aaatatgctgttggaagtgatgaggttggtcaaaataataatcaaactatatatgctcttgttcaatgcacacctgatttgtctaaatcattgtgcgatg 6512592  T
Q  401 attgtttggttcaatctatcaaagaaatttcaaattgttgtaacaataggttaggtgctagaattgttagacccagttgtaatttgagatatgaaaccaa 500  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||  |||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |    
T  6512591 attgtttggtaaaatctatcaaagcaatcccaagatgttgtaacaacaggttgggtgctagaattgttagaccaagttgttatttgagatatgaaaccga 6512492  T
Q  501 ttcattcttctatcaac 517  Q
    |||| ||||||||||||    
T  6512491 ttcactcttctatcaac 6512475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 258 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 6517133 - 6516870
Alignment:
Q  258 ggatagtttaagaaataaagctgcatcaggggacagtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgaggttggtccaaataataaccaaaccatatatggt 357  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6517133 ggataatttaagaaatagagctgcatcaggggacagtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgaggttggtccaaataataatcaaaccatatatggt 6517034  T
Q  358 cttgttcaatgcacacctgatttgtctaaaacattatgtgatgattgtttggttcaatctatcaaagaaatttcaaattgttgtaacaataggttaggtg 457  Q
    || | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||  ||||||||||| ||| |  |||    
T  6517033 ctagctcaatgcacacctgatttgtttaaaacattttgtgatgattgtttggttcaatctatcaatgaaatcgcaatatgttgtaacaacaggatgagtg 6516934  T
Q  458 ctagaattgttagacccagttgtaatttgagatatgaaaccaattcattcttctatcaaccaac 521  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  6516933 ctagagttgttagacccagttgttatttgagatatgaaaccgattcactcttttatcaaccaac 6516870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 276 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 6506809 - 6506562
Alignment:
Q  276 agctgcatcaggggacagtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgaggttggtccaaataataaccaaaccatatatggtcttgttcaatgcacacct 375  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  6506809 agctgcatcgggggaaagtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgtgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacct 6506710  T
Q  376 gatttgtctaaaacattatgtgatgattgtttggttcaatctatcaaagaaatttcaaattgttgtaac-----aataggt-taggtgctagaattgtta 469  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||| ||     ||||||| |||||| |||| || |||    
T  6506709 gatttgtctgaaacattgtgtgatgaatgtttggataaatctatcaaagaaatcccaaattgttgtgacaatagaataggtataggtggtagatttctta 6506610  T
Q  470 gacccagttgtaatttgagatatgaaaccaattcattcttctatcaac 517  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  6506609 gacccagttgttatttgagatatgaaaccaattcacttttctatcaac 6506562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 6507090 - 6506903
Alignment:
Q  1 aacgcgattggactatgtagaggagatgtcaaactcaatgattgtcaaaattgcctcaaaaattcaactgttcttctaacacaacattgtcaaaaccgaa 100  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  6507090 aacgctattggactgtgtagaggagatgtcaaacccgatgattgtcaaaattgcctccaaaattcaactgcccttctaacacaactttgtcaaaatcgaa 6506991  T
Q  101 aagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgctactcaaaccgttcaatatttggtctcaacgaaattggacctgc 188  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  6506990 aagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgtttaatatttggtatcaatgaaatgggacctgc 6506903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 6517390 - 6517220
Alignment:
Q  1 aacgcgattggactatgtagaggagatgtcaaactcaatgattgtcaaaattgcctcaaaaattcaactgttcttctaacacaacattgtcaaaaccgaa 100  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||  |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||  |||    
T  6517390 aacgcaattggactatgcagaggagatttaaaaccgaatgattgtcgaaattgtctccaaaattcaactgtgtttctaacacaacgttgtcaaaatagaa 6517291  T
Q  101 aagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgctactcaaaccgttcaatatttggtctc 171  Q
    || |||||||||| |||||| | |||||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  6517290 aacaagcaattggttggtacgatgatgatagatgcatgttgcgttactcaagccgttcaatatttggtctc 6517220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 79 - 196
Target Start/End: Original strand, 47778041 - 47778158
Alignment:
Q  79 acacaacattgtcaaaaccgaaaagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgctactcaaaccgttcaatatttggtctcaacgaaa 178  Q
    ||||||| ||||| ||||  ||| ||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||| ||||    
T  47778041 acacaactttgtccaaacaaaaaggaagcaattggttggtacgaggatgaaaaatgcatgttgcgttactcagaccgttcaatatttagcctcaatgaaa 47778140  T
Q  179 ttggacctgcttattttg 196  Q
    |||||||||| |||||||    
T  47778141 ttggacctgcatattttg 47778158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 99 - 196
Target Start/End: Original strand, 47788183 - 47788280
Alignment:
Q  99 aaaagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgctactcaaaccgttcaatatttggtctcaacgaaattggacctgcttattttg 196  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||  |||| ||||| || || ||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47788183 aaaagaagcaattggatggtacgaggatgagaaatgtatgttacgttattcagaccgttcaataatgggtctaaacgaaattggacctgcttattttg 47788280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 423 - 497
Target Start/End: Original strand, 47778382 - 47778456
Alignment:
Q  423 agaaatttcaaattgttgtaacaataggttaggtgctagaattgttagacccagttgtaatttgagatatgaaac 497  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||    
T  47778382 agaaatttcaagatgttgtaaaaataggattggtgctagaattgttagacctagctgtaatttgaggtttgaaac 47778456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 343 - 497
Target Start/End: Original strand, 47788424 - 47788578
Alignment:
Q  343 caaaccatatatggtcttgttcaatgcacacctgatttgtctaaaacattatgtgatgattgtttggttcaatctatcaaagaaatttcaaattgttgta 442  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||||    ||   ||||||||||||||| ||||||| ||    ||| ||||||  |||||||    
T  47788424 caaacaatatatggtcttgttcagtgtactcctgacttgtctggtccacagtgtgatgattgtttgcttcaatccattgctgaagtttcaagatgttgta 47788523  T
Q  443 acaataggttaggtgctagaattgttagacccagttgtaatttgagatatgaaac 497  Q
     ||||||| | |||||||||||| ||||||| || ||||||||||| | ||||||    
T  47788524 gcaataggattggtgctagaattattagaccaagctgtaatttgaggtttgaaac 47788578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 99 - 192
Target Start/End: Original strand, 47781969 - 47782062
Alignment:
Q  99 aaaagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgctactcaaaccgttcaatatttggtctcaacgaaattggacctgcttat 192  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||||| || || ||| ||||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||||    
T  47781969 aaaagaagcaattggatggtacgaggatgagaaatgcatgttacgttattcagaccgttctatattaggcctaaacgaaattgggccagcttat 47782062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 343 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 47759954 - 47759914
Alignment:
Q  343 caaaccatatatggtcttgttcaatgcacacctgatttgtc 383  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47759954 caaaccatatatggtcttgttcagtgcacacctgatttgtc 47759914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 87 - 164
Target Start/End: Original strand, 6523733 - 6523810
Alignment:
Q  87 ttgtcaaaaccgaaaagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgctactcaaaccgttcaatatt 164  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||  | |||||| ||||||||||||| || ||| ||||||| |||||    
T  6523733 ttgtccaaaccaaaaagaagcaattggttggtatgaagatgaaaaatgcatgttgcgttattcagaccgttccatatt 6523810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 343 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 47713039 - 47712999
Alignment:
Q  343 caaaccatatatggtcttgttcaatgcacacctgatttgtc 383  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  47713039 caaaccatatatggtcttgtgcagtgtacacctgatttgtc 47712999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 4)
Name: scaffold0341
Description:

Target: scaffold0341; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 276 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 834 - 587
Alignment:
Q  276 agctgcatcaggggacagtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgaggttggtccaaataataaccaaaccatatatggtcttgttcaatgcacacct 375  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  834 agctgcatcgggggaaagtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgtgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacct 735  T
Q  376 gatttgtctaaaacattatgtgatgattgtttggttcaatctatcaaagaaatttcaaattgttgtaac-----aataggt-taggtgctagaattgtta 469  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||| ||     ||||||| |||||| |||| || |||    
T  734 gatttgtctgaaacattgtgtgatgaatgtttggataaatctatcaaagaaatcccaaattgttgtgacaatagaataggtataggtggtagatttctta 635  T
Q  470 gacccagttgtaatttgagatatgaaaccaattcattcttctatcaac 517  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  634 gacccagttgttatttgagatatgaaaccaattcacttttctatcaac 587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 276 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 8487 - 8240
Alignment:
Q  276 agctgcatcaggggacagtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgaggttggtccaaataataaccaaaccatatatggtcttgttcaatgcacacct 375  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  8487 agctgcatcgggggaaagtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgtgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacct 8388  T
Q  376 gatttgtctaaaacattatgtgatgattgtttggttcaatctatcaaagaaatttcaaattgttgtaac-----aataggt-taggtgctagaattgtta 469  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||| ||     ||||||| |||||| |||| || |||    
T  8387 gatttgtctgaaacattgtgtgatgaatgtttggataaatctatcaaagaaatcccaaattgttgtgacaatagaataggtataggtggtagatttctta 8288  T
Q  470 gacccagttgtaatttgagatatgaaaccaattcattcttctatcaac 517  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  8287 gacccagttgttatttgagatatgaaaccaattcacttttctatcaac 8240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 1115 - 928
Alignment:
Q  1 aacgcgattggactatgtagaggagatgtcaaactcaatgattgtcaaaattgcctcaaaaattcaactgttcttctaacacaacattgtcaaaaccgaa 100  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  1115 aacgctattggactgtgtagaggagatgtcaaacccgatgattgtcaaaattgcctccaaaattcaactgcccttctaacacaactttgtcaaaatcgaa 1016  T
Q  101 aagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgctactcaaaccgttcaatatttggtctcaacgaaattggacctgc 188  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  1015 aagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgtttaatatttggtatcaatgaaatgggacctgc 928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 8769 - 8581
Alignment:
Q  1 aacgcgattggactatgtagaggagatgtcaaactcaatgattgtcaaaattgcctcaaaaattcaactgttcttctaacacaacattgtcaaaa-ccga 99  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||  |||    
T  8769 aacgctattggactgtgtagaggagatgtcaaacccgatgattgtcaaaattgcctccaaaattcaactgcccttctaacacaactttgtcaaaatacga 8670  T
Q  100 aaagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgctactcaaaccgttcaatatttggtctcaacgaaattggacctgc 188  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  8669 aaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgtttaatatttggtatcaatgaaatgggacctgc 8581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 140
Target Start/End: Original strand, 722174 - 722305
Alignment:
Q  8 ttggactatgtagaggagatgtcaaactcaatgattgtcaaaattgcctcaaaaattcaactgttcttctaacacaacattgtcaaaaccgaaaagaagc 107  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  722174 ttggactatgtagaggagatgttaagctcaatgattgtcaaa-ttgccacaaatattcaattgtccttctaacacaacatttataaaaccgaaaagaagc 722272  T
Q  108 aattggatggtacaacgatgaagaatgcatgtt 140  Q
    |||||||| |||| | |||||| ||||||||||    
T  722273 aattggattgtacgatgatgaaaaatgcatgtt 722305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 61 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 28831368 - 28831318
Alignment:
Q  61 aattcaactgttcttctaacacaacattgtcaaaaccgaaaagaagcaatt 111  Q
    |||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  28831368 aattcaagagttcttctaacacaaaattgtccaaaccaaaaagaagcaatt 28831318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 61 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 28856564 - 28856512
Alignment:
Q  61 aattcaactgttcttctaacacaacattgtcaaaaccgaaaagaagcaattgg 113  Q
    |||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||    
T  28856564 aattcaagagttcttctaacacaaaattgtccaaacaaaaaagaagcaattgg 28856512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University