View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17640_low_44 (Length: 262)

Name: NF17640_low_44
Description: NF17640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17640_low_44
NF17640_low_44
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (19-262)||(34980464-34980707)
chr2 (19-262)||(34992866-34993109)
chr2 (19-262)||(34984911-34985154)
chr2 (19-262)||(27542492-27542737)
chr2 (21-262)||(27581385-27581624)
chr2 (19-219)||(27543654-27543854)
chr2 (19-262)||(27582978-27583223)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Original strand, 34980464 - 34980707
Alignment:
Q  19 acataggtacgaaattcttgattatattgaatatttgaaacaatttagtcaggttgatgcatcgttaattgcaattgttaagatggttgaagttggagat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34980464 acataggtacgaaattcttgattatattgaatatttgaaacaatttagtcaggttgatgcatcgttaattgcaattgttaagatggttgaagttggagat 34980563  T
Q  119 cttgaaactatacctagttttgattcgtgtcgaaatcaaaatccaatgtcaacaaaggaagtttttggccaaggttttccgattgaagcttctcgggaca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34980564 cttgaaactatacctagttttgatttgtgtcgaaatcaaaatccaatgtcaacaaaggaagtttttggacaaggttttccgattgaagcttctcgggaca 34980663  T
Q  219 tggaattgattaagataagaccaactaaactagttgaattactt 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34980664 tggaattgattaagataagaccaactaaactagttgaattactt 34980707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Original strand, 34992866 - 34993109
Alignment:
Q  19 acataggtacgaaattcttgattatattgaatatttgaaacaatttagtcaggttgatgcatcgttaattgcaattgttaagatggttgaagttggagat 118  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||||||||||||||||||||||||||    
T  34992866 acataggtacgaaattctcgataatattgaatatttgaaacaatttagtcaggttgatgcatcattaatggagcttgttaagatggttgaagttggagat 34992965  T
Q  119 cttgaaactatacctagttttgattcgtgtcgaaatcaaaatccaatgtcaacaaaggaagtttttggccaaggttttccgattgaagcttctcgggaca 218  Q
    ||| ||||  | ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||| ||| ||||| |    
T  34992966 cttcaaacactgcctagttttgattcgtgtcgaatccaagatccaatgtcaacaaaggacgtttttggacaaggtttgcagattgaaggttcacgggata 34993065  T
Q  219 tggaattgattaagataagaccaactaaactagttgaattactt 262  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  34993066 tggcattgattaagataagtccaactaaactagttgaagtactt 34993109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Original strand, 34984911 - 34985154
Alignment:
Q  19 acataggtacgaaattcttgattatattgaatatttgaaacaatttagtcaggttgatgcatcgttaattgcaattgttaagatggttgaagttggagat 118  Q
    |||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |    ||||||||| | ||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||     
T  34984911 acataggtacgaaattctcgatgattttgaatatttgaaacaatttggctgtgttgatgcaacattattggagattgttaagttggttgaagttggagag 34985010  T
Q  119 cttgaaactatacctagttttgattcgtgtcgaaatcaaaatccaatgtcaacaaaggaagtttttggccaaggttttccgattgaagcttctcgggaca 218  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||  |||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  34985011 cttcaaactttacctagttttgatttgtgtcgaaaccaaaattcaatgtatacaatggaagtttttgaacaaggtttgcagattgaagcttctcgggaca 34985110  T
Q  219 tggaattgattaagataagaccaactaaactagttgaattactt 262  Q
     || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34985111 aggcattgattaagataagtccaactaaactagttgaattactt 34985154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 27542737 - 27542492
Alignment:
Q  19 acataggtacgaaattcttgat--tatattgaatatttgaaacaatttagtcaggttgatgcatcgttaattgcaattgttaagatggttgaagttggag 116  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||| | ||||| |  |||  || | |||||||||||||||    
T  27542737 acataggtacgaaattctcgatgatatattgaaaatttgaaacaatatggtcgggttgatgcaacattaatggagattaataggttggttgaagttggag 27542638  T
Q  117 atcttgaaactatacctagttttgattcgtgtcgaaatcaaaatccaatgtcaacaaaggaagtttttggccaaggttttccgattgaagcttctcggga 216  Q
    |  || ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||| | |||||||||| |||||||| | ||||||||||| |||| |    
T  27542637 aattttaaactttacctagttttgatttgtgtcgaaaccaaaatccaatgtacacaatgaaagtttttggacaaggtttgcagattgaagcttttcggaa 27542538  T
Q  217 catggaattgattaagataagaccaactaaactagttgaattactt 262  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  27542537 catggcattgattaagataagtccaactaaactagttgaaatactt 27542492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 21 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 27581624 - 27581385
Alignment:
Q  21 ataggtacgaaattcttgattatattgaatatttgaaacaatttagtcaggttgatgcatcgttaattgcaattgttaagatggttgaagttggagatct 120  Q
    |||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||| |  ||| ||| | |||||||||||||||| ||    
T  27581624 ataggtacaaaattctccatgatattgaatatttgaaacaatttggtcgggttgatgcaacattaatggagattattaggttggttgaagttggagagct 27581525  T
Q  121 tgaaactatacctagttttgattcgtgtcgaaatcaaaatccaatgtcaacaaaggaagtttttggccaaggttttccgattgaagcttctcgggacatg 220  Q
    | ||||| |||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||  |||| |||||||| ||| ||||||||   ||||||||| ||  ||||||||    
T  27581524 tcaaactttacctagttttgatt--tgtgaaaatcaaaatccaatgtacacaatggaagtttctggacaaggtttatagattgaagcctcgtgggacatg 27581427  T
Q  221 gaattgattaagataagaccaactaaactagttgaattactt 262  Q
    | |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  27581426 gcattggttaagataattccaactaaactagttgaattactt 27581385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 219
Target Start/End: Original strand, 27543654 - 27543854
Alignment:
Q  19 acataggtacgaaattcttgattatattgaatatttgaaacaatttagtcaggttgatgcatcgttaattgcaattgttaagatggttgaagttggagat 118  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| | ||||| |  ||||||| | || ||| |||||||||     
T  27543654 acataggtacgaaattctcgatgatattgaatatttgaaacaatttggttgggttgatgcaacattaatggagattgttaggttgcttggagttggagag 27543753  T
Q  119 cttgaaactatacctagttttgattcgtgtcgaaatcaaaatccaatgtcaacaaaggaagtttttggccaaggttttccgattgaagcttctcgggaca 218  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||| || ||||| | |||||||||||||| |||||    
T  27543754 cttcaaactttacctagttttgatttgtgtcgaaaccaaaatccaatgtacacaatggaagtttttggacatggtttgcagattgaagcttctcaggaca 27543853  T
Q  219 t 219  Q
    |    
T  27543854 t 27543854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Original strand, 27582978 - 27583223
Alignment:
Q  19 acataggtacgaaattcttgattatattgaatatttgaaacaatttagtcaggttgatgcatcgttaattgcaattgttaagatggttgaagttggagat 118  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| | | ||| |  ||||||| | |||||| |||||||||     
T  27582978 acataagtacgaaattctcgataatatttaatatttgaaacaatttggtcgggttgatgcaacatcaatggagattgttaggttggttggagttggagag 27583077  T
Q  119 cttgaaactatacctagttttgattcgtgtcgaaatcaaaatccaatgtcaacaaaggaagtttttggccaaggttttccgattgaagcttctcgggaca 218  Q
    ||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||  |||| |||| ||||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||    
T  27583078 cttcaaactttacctagttttaatttgtgtcgaaaccaaaatccaatgtacacaatggaaatttttggacaaggtttgttgattgaagcttctcgagaca 27583177  T
Q  219 tggaa--ttgattaagataagaccaactaaactagttgaattactt 262  Q
    ||| |  |||||||| ||| |  |||||||||||| ||||||||||    
T  27583178 tggcatgttgattaatatatgttcaactaaactagatgaattactt 27583223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University