View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17648_low_1 (Length: 881)

Name: NF17648_low_1
Description: NF17648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17648_low_1
NF17648_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (13-881)||(44828470-44829337)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 804; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 804; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 881
Target Start/End: Complemental strand, 44829337 - 44828470
Alignment:
Q  13 aacctgtgagaactatcaggatgccaagcatcaacaggttacctccatatacgtcttggatacatttagccaggtgtgtttgacttataaatttcaatga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44829337 aacctgtgagaactatcaggatgccaagcatcaacaggttacctccatatacgtcttggatacatttagccaggtgtgtttgaattataaatttcaatga 44829238  T
Q  113 catgttgtgaatcctattacatgaaaatttttaggaagtgaaagtgtatgtttaatatgcatttgatgtcaaatgttattgatcaatctatgttaaattt 212  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44829237 catgttgtgaatcctcttacatgaaaatttttaggaagtgaaagtgtatgtttaatatgcatttgatgtcaaatgttattgatcaatctatgttaaattt 44829138  T
Q  213 gtgtcgtctatttactactttttgaaaacatttcttgcaaaatagaaatgaaaaaatgactgcagatcaggcagtttctagaaaaagaaatgtatattat 312  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44829137 gtgtcgtctatttactactttctgaaaacatttcttgcaaaatagaaatgaaaaaatgactgcagatcaggcagtttctagaaaaagaaatgtatattat 44829038  T
Q  313 aatcatcaggaaggtgaaacattagtatgcagtgatagtgatgaagagtcaaacgaggacaaggaagttgaacgtaaattttctcagggtgaagaccgat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44829037 aatcatcaggaaggtgaaacattagtatgcagtgatagtgatgaagagtcaaacgaggacaaggaagttgaacgtaaattttctcagggtgaagaccgat 44828938  T
Q  413 ttattaggtaaatcaaaatgtacatgttattatacttacatttagaagttctatttaatttatcagtagagttaaagatgtaaatttcttaaatttcaaa 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44828937 ttattaggtaaatcaaaatgtacatgttattatacttacatttagaagttctatttaatttatcagtagaattaaagatgtaaa-ttcttaaatttcaaa 44828839  T
Q  513 tttaattcatatgtaatacatgttttgctggacctccnnnnnnnttctacttattgtgcatcattttatctacttcattaaaataatttaagtttctcct 612  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44828838 tttaattgatatgtaatacatgttttgctggacctccaaaaaaattctacttattgtgcatcattttatctacttcattaaaataatttaagtttctcct 44828739  T
Q  613 taactaaacatattatcttgtgactatttaatatattaggacggtatttgatgaacatggtttaactgaggaagtgttgagtattgttaaggatgtcatc 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44828738 taactaaacatattatcttgtgactatttaatatattaggacggtatttgatgaacatggtttaactgaggaagtgttgagtattgttaaggatgtcatc 44828639  T
Q  713 ggaggtaccagttcagaaattcaggtaacgtagagtaatttacaagattaatatagctttgatgattgttaattctaatatgtattacaaatataagttt 812  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44828638 ggaggtaccagttcagaaattcaggtaatgtagagtaatttacaagattaatatagctttgatgattgttaattctaatatgtattacaaaaataagttt 44828539  T
Q  813 ctttgtgatatgtgttgtattaattgcgtacgagcagctaattttatgtcatggacaaatgttctcaat 881  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44828538 ctttgtgatatgtgttgtattaattacgtatgagcagctaattttatgtcatggacaaatgttctcaat 44828470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University