View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17651_low_59 (Length: 374)

Name: NF17651_low_59
Description: NF17651
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17651_low_59
NF17651_low_59
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (131-359)||(15011776-15012004)
chr1 (131-359)||(15002883-15003111)
chr1 (136-359)||(15017891-15018114)
chr1 (135-354)||(14521736-14521955)
chr1 (131-359)||(15037795-15038023)
chr1 (131-359)||(14531853-14532081)
chr1 (131-353)||(15041369-15041593)
chr1 (132-359)||(15033228-15033455)
chr1 (138-359)||(14468579-14468803)
chr1 (138-341)||(14483545-14483751)
chr1 (133-359)||(14504758-14504987)
chr1 (30-75)||(14521631-14521676)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (131-359)||(13564-13792)
scaffold0400 (133-341)||(7282-7490)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (131-359)||(14207-14435)
scaffold0365 (133-341)||(7926-8134)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (133-359)||(15676187-15676413)
chr7 (138-356)||(15664357-15664575)
chr7 (138-359)||(17849304-17849525)
chr7 (131-359)||(17825206-17825434)
chr7 (199-359)||(14606680-14606840)
chr7 (199-359)||(16025857-16026017)
chr7 (133-352)||(16173340-16173559)
chr7 (199-340)||(16103684-16103825)
chr7 (199-356)||(31103410-31103567)
chr7 (196-356)||(31159601-31159761)
chr7 (196-356)||(31241704-31241864)
chr7 (196-356)||(31058966-31059126)
chr7 (196-356)||(31140769-31140929)
chr7 (196-356)||(31184490-31184650)
chr7 (196-356)||(31216200-31216360)
[»] scaffold0289 (2 HSPs)
scaffold0289 (141-356)||(13519-13734)
scaffold0289 (235-356)||(4780-4901)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (138-310)||(17028665-17028837)
chr8 (138-310)||(17559101-17559273)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (194-310)||(37027592-37027708)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 131 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 15012004 - 15011776
Alignment:
Q  131 ggaattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatg 230  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15012004 ggaattgacctggagcggcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggatgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatg 15011905  T
Q  231 agctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagct 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15011904 agctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagct 15011805  T
Q  331 atatctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15011804 atatctttaataatattcaccctcttatt 15011776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 131 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 15003111 - 15002883
Alignment:
Q  131 ggaattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatg 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15003111 ggaattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaaatctgagacatg 15003012  T
Q  231 agctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagct 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  15003011 agctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggggaacaatcatgatgcagatagcataaagcattagct 15002912  T
Q  331 atatctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  15002911 acatctttaatgatattcaccctcttatt 15002883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 136 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 15018114 - 15017891
Alignment:
Q  136 tgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagcta 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15018114 tgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggatgaattgggatttagaaacttagatgttccaaaatctgagacatgagcta 15018015  T
Q  236 catattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatc 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15018014 catattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaactataggaggggaacaatcatgatgcagatagcataaggcattagctatatc 15017915  T
Q  336 tttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15017914 tttaataatattcaccctcttatt 15017891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 135 - 354
Target Start/End: Original strand, 14521736 - 14521955
Alignment:
Q  135 ttgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagct 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14521736 ttgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattcgatgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagct 14521835  T
Q  235 acatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatat 334  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  14521836 acacattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggtgagcagtcatgatgtagatagaataaagcattagctatat 14521935  T
Q  335 ctttaataatattcaccctc 354  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  14521936 ctttaatgatattcaccctc 14521955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 131 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 15038023 - 15037795
Alignment:
Q  131 ggaattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15038023 ggaattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagacatattggatgagttgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatg 15037924  T
Q  231 agctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagct 330  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  15037923 agctacatattccatatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggggaacaatcatgatgcagatagcataaagcattagct 15037824  T
Q  331 atatctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  15037823 atatccttaatgatattcactctcttatt 15037795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 131 - 359
Target Start/End: Original strand, 14531853 - 14532081
Alignment:
Q  131 ggaattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatg 230  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  14531853 ggaattgacctggagctgcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggatgagttgggattcagaaacttggatgttccgaagtctgagacatg 14531952  T
Q  231 agctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagct 330  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||    
T  14531953 agctacgtattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggtgagcagtcatgatgtagatagcataaagcattagct 14532052  T
Q  331 atatctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    ||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  14532053 atatctttaatgacattcaccctcctatt 14532081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 131 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 15041593 - 15041369
Alignment:
Q  131 ggaattgacctggagcagcatatccaaaggtgc--ctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagaca 228  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15041593 ggaattcacctggtgcagcatatccaaaggtgcgcctgcaaaagaagtcatattggatgaattgggatttaaaaacttagatgttccaaagtctgagaca 15041494  T
Q  229 tgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattag 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||| |||| |||||||    
T  15041493 tgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggggaacaatcatgatgtagatagcataaagcattag 15041394  T
Q  329 ctatatctttaataatattcaccct 353  Q
    ||||||||||||| | |||||||||    
T  15041393 ctatatctttaatgacattcaccct 15041369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 132 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 15033455 - 15033228
Alignment:
Q  132 gaattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatga 231  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15033455 gaattcacctggagcagtatatccaaaagtgcctgcaaaagaagtcatattggatgaattgggattgagaaacttagatgttccaaagtctgagacatga 15033356  T
Q  232 gctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagcta 331  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| || || |||||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  15033355 gctacatattccaaatccaaaatgacattcttgctggatatatcgcgatgaacaattgaaggtgaacaatcatgatgcatatagcataaagcattagcta 15033256  T
Q  332 tatctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||    
T  15033255 tatctttaataacatccaccctcctatt 15033228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 138 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 14468803 - 14468579
Alignment:
Q  138 acctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaa---gaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagct 234  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| |||||   || |||  |||||| | ||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||     
T  14468803 acctggagcagtgtatccaaaggtgcctacaaaattagaggtccaattggaagcattgggattgagaaacttagctgttccgaaatctgagacatgagcc 14468704  T
Q  235 acatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatat 334  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||| |  || ||||  ||||||||||  ||| |||  |||||||||| ||    
T  14468703 acatattccaaatccaaaacaatattcttactggatatatcgcgatgaacaattgatggtgagcgatcatgatgcatgtagtatagtgcattagctacat 14468604  T
Q  335 ctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    | ||||| | |||||||||| ||||    
T  14468603 ccttaatgacattcaccctcctatt 14468579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 138 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 14483751 - 14483545
Alignment:
Q  138 acctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaa---gaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagct 234  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| |||||   || |||  ||||||   || |||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||     
T  14483751 acctggagcagtgtatccaaaggtgcctacaaaattagaggtccaattggaattatcgggattaagaaacttagctgttccgaaatctgagacatgagcc 14483652  T
Q  235 acatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatat 334  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||| || | ||| ||||  ||||||||||  ||| |||| |||||||||| ||    
T  14483651 acatattccaaatccaaaacaatattcttactggatatatcgcgatgaactattgaaggtgagcgatcatgatgcatgtagtataaagcattagctacat 14483552  T
Q  335 ctttaat 341  Q
    |||||||    
T  14483551 ctttaat 14483545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 133 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 14504987 - 14504758
Alignment:
Q  133 aattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaa---agaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacat 229  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| |||||| ||||   ||| |||  |||||| | || |||||| |||||||||| |||||| || || |||||||    
T  14504987 aattaacctggagcagtgtatccaaacgtgcctacaaagttagaggtccaattggaagcatcgggattaagaaacttagctgttccgaaatccgagacat 14504888  T
Q  230 gagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagc 329  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||| || |||||||| ||||||||||| | ||| ||||  ||||||||||  ||| |||| ||||||||    
T  14504887 gagccacatattccaaatccaaaacaatattcttactcgatatatcgcgatgaacaattgcaggtgagcgatcatgatgcatgtagtataaagcattagc 14504788  T
Q  330 tatatctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    || |||||||||    ||||||||||||||    
T  14504787 tacatctttaatggatttcaccctcttatt 14504758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 75
Target Start/End: Original strand, 14521631 - 14521676
Alignment:
Q  30 catgaaatatagaccagacaattgtgaaatagttacattttacaag 75  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14521631 catgaaatatagactagacaattgtgaaatagttacattttacaag 14521676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 131 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 13792 - 13564
Alignment:
Q  131 ggaattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatg 230  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  13792 ggaattgacctggagctgcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatgttggatgaattgggatttaggaacttggatgttccgaagtctgagacatg 13693  T
Q  231 agctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagct 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13692 agctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggggaacaatcatgatgcagatagaataaggcattagct 13593  T
Q  331 atatctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13592 atatctttaatgatattcaccctcttatt 13564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 133 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 7490 - 7282
Alignment:
Q  133 aattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgag 232  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||  |||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||    
T  7490 aattaacctggagcagcatatccaaaggttcctacaaaacaggtccaattggaagaatcgggattaagaaacttggctgttccgaagtctgagacatgag 7391  T
Q  233 ctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctat 332  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |  ||||||| |||| |||| ||||||||||     
T  7390 ccacatattccaaatccaaaacaacattcttgctggatatatcacgatgaacaattgaaggtgagcaattgtgatgcatatagcataaagcattagctac 7291  T
Q  333 atctttaat 341  Q
    | |||||||    
T  7290 acctttaat 7282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 131 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 14435 - 14207
Alignment:
Q  131 ggaattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatg 230  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  14435 ggaattgacctggagctgcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatgttggatgaattgggatttaggaacttggatgttccgaagtctgagacatg 14336  T
Q  231 agctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagct 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14335 agctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggggaacaatcatgatgcagatagaataaggcattagct 14236  T
Q  331 atatctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14235 atatctttaatgatattcaccctcttatt 14207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 133 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 8134 - 7926
Alignment:
Q  133 aattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgag 232  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||  |||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||    
T  8134 aattaacctggagcagcatatccaaaggttcctacaaaacaggtccaattggaagaatcgggattaagaaacttggctgttccgaagtctgagacatgag 8035  T
Q  233 ctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctat 332  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |  ||||||| |||| |||| ||||||||||     
T  8034 ccacatattccaaatccaaaacaacattcttgctggatatatcacgatgaacaattgaaggtgagcaattgtgatgcatatagcataaagcattagctac 7935  T
Q  333 atctttaat 341  Q
    | |||||||    
T  7934 acctttaat 7926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 99; Significance: 9e-49; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 133 - 359
Target Start/End: Original strand, 15676187 - 15676413
Alignment:
Q  133 aattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgag 232  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||  ||||  ||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||    
T  15676187 aattaacctggagcagcatatccataggtacctgcaaatgatgtcaagttggttgaattaggatttagaagcttagctattccaaagtctgagacacgag 15676286  T
Q  233 ctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctat 332  Q
    | |||||||| |||||||  |  | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||| |||| ||||||||||     
T  15676287 ccacatattctaaatccagtaggatattcttgcttgatatatctcgatgaacaattggaggtgagcaatcatggtgcatatagtataaagcattagctac 15676386  T
Q  333 atctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  15676387 atctttaataacattcacccgcttatt 15676413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 138 - 356
Target Start/End: Original strand, 15664357 - 15664575
Alignment:
Q  138 acctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctaca 237  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||| || |||  ||||   ||||| ||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||  ||| |||    
T  15664357 acctggagaagcatatccataggtgcctgcaaatgaggtccaattgtctgaattaggattaagaagcttagccgttccaaagtctgagacacaagccaca 15664456  T
Q  238 tattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctt 337  Q
    ||||| ||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |||| |||| |||| ||||| ||||||||||    
T  15664457 tattctaaatccagaagaatattcttgcttgatatatctcgatgaacaattggaggggtgcaatcatggtgcatatagcataaagcattcgctatatctt 15664556  T
Q  338 taataatattcaccctctt 356  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  15664557 taataacattcaccctctt 15664575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 138 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 17849525 - 17849304
Alignment:
Q  138 acctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctaca 237  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||  |||||  ||||  ||||||||||  |||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  17849525 acctggagcagcatatccaatggttcctgcaaatgaggtccaattggttgaatcaggatttagaagtttagctattccaaagtcagagacatgagctaca 17849426  T
Q  238 tattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctt 337  Q
    |||||||| || | ||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||| |||  |||  |||||||||| |||||    
T  17849425 tattccaagtctagaagtatattcttgcttgatatatctcgatgaacaatcggaggtgagcaatgatgatgcatataacatagagcattagctacatctt 17849326  T
Q  338 taataatattcaccctcttatt 359  Q
    |||| | |||||||| ||||||    
T  17849325 taatgacattcacccgcttatt 17849304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 131 - 359
Target Start/End: Original strand, 17825206 - 17825434
Alignment:
Q  131 ggaattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatg 230  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||| || |||  |||||  ||||  ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||    
T  17825206 ggaatttacctggtgcagcatatccaatggttcctgcaaatgaggtccaattggttgaatcaggattaagaagcttagctattccaaagtcagagacatg 17825305  T
Q  231 agctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagct 330  Q
    ||| |||||||||||||  | ||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||| |||  |||  |||||||||    
T  17825306 agccacatattccaaatttagaagtatattcttgcttgatatatctcgatgaacaattggaggtgagcaatgatgatgcatataacatacagcattagct 17825405  T
Q  331 atatctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||    
T  17825406 atatctttaatggcattcaccctcttatt 17825434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 199 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 14606840 - 14606680
Alignment:
Q  199 agaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagc 298  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||||||||| | ||| ||||| |||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14606840 agaagcttagctgttccaaagtcagagacatgacccacacattccgaatccagaagaatattcttgcttgatatatctcgatgaacaattggaggcgagc 14606741  T
Q  299 agtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    | ||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  14606740 aatcatgatgcatgtagcataaagcattggctacatctttaatgacattcaccctcttatt 14606680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 199 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 16026017 - 16025857
Alignment:
Q  199 agaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagc 298  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||||||||| | ||| ||||| |||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16026017 agaagcttagctgttccaaagtcagagacatgacccacacattccgaatccagaagaatattcttgcttgatatatctcgatgaacaattggaggcgagc 16025918  T
Q  299 agtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctttaataatattcaccctcttatt 359  Q
    | ||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  16025917 aatcatgatgcatgtagcataaagcattggctacatctttaatgacattcaccctcttatt 16025857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 133 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 16173559 - 16173340
Alignment:
Q  133 aattgacctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgag 232  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||      |   |||| ||||  |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  16173559 aattaacctggagcagcatatccaaatgtgcatgcaaatgaagtcgaggaagttaaattaggatcaagaagcttagctgttccaaagtcagagacatgag 16173460  T
Q  233 ctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctat 332  Q
    | ||| ||||  |||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||| |||| ||||||||||     
T  16173459 ccacacattcggaatccagaagaatattcttgcttgatatatctcgatgaacaattggaggcgagcaatcatggtgcatatagcataaagcattagctac 16173360  T
Q  333 atctttaataatattcaccc 352  Q
    ||||||||| | ||||||||    
T  16173359 atctttaatgacattcaccc 16173340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 199 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 16103825 - 16103684
Alignment:
Q  199 agaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagc 298  Q
    |||| ||||| |||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||| || || ||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  16103825 agaagcttagctgttccaaagtccgagacacgagccacatattctaaatccagaagaatattcttgcttgatatatctctgtgaacaattggaggcgagc 16103726  T
Q  299 agtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctttaa 340  Q
    | ||||||||||  ||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  16103725 aatcatgatgcatgtagcataaagcattagctacatctttaa 16103684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 199 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 31103567 - 31103410
Alignment:
Q  199 agaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagc 298  Q
    |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||| || | ||  | || || ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  31103567 agaaacttagctgtcccaaagtcggagacatgagcttcatagtcaagattgagaagaatattcttgctcgatatatcacgatgaataataggaggtgagc 31103468  T
Q  299 agtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctttaataatattcaccctctt 356  Q
    | ||||||||||  ||| | || ||||| || | | |||||| || ||||||||||||    
T  31103467 aatcatgatgcaagtaggacaaagcattggcgacacctttaacaacattcaccctctt 31103410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 196 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 31159761 - 31159601
Alignment:
Q  196 tttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcg 295  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||| |||| || | ||  | ||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  31159761 tttagaaacttagccgttccaaagtcggagacttgagcttcatagtcaagattaagaaggacattcttgctcgatatatcacgatgaacaataggaggag 31159662  T
Q  296 agcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctttaataatattcaccctctt 356  Q
    | || ||||||||||  ||| | || ||||| || | | |||||| || ||||||||||||    
T  31159661 aacaatcatgatgcaagtaggacaaagcattggccacacctttaacaacattcaccctctt 31159601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 196 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 31241864 - 31241704
Alignment:
Q  196 tttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcg 295  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||| |||| || | ||  | ||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  31241864 tttagaaacttagccgttccaaagtcggagacttgagcttcatagtcaagattaagaaggacattcttgctcgatatatcacgatgaacaataggaggag 31241765  T
Q  296 agcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctttaataatattcaccctctt 356  Q
    | || ||||||||||  ||| | || ||||| || | | |||||| || ||||||||||||    
T  31241764 aacaatcatgatgcaagtaggacaaagcattggccacacctttaacaacattcaccctctt 31241704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 196 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 31059126 - 31058966
Alignment:
Q  196 tttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcg 295  Q
    |||| |||||||| ||| || ||||| || ||||||||| |||| || | ||  | || |||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||    
T  31059126 tttaaaaacttagctgtcccgaagtcggaaacatgagcttcatagtcaagattaagaagaacattcttgcttgatatatcgcgatgaattataggaggcg 31059027  T
Q  296 agcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctttaataatattcaccctctt 356  Q
    |||| ||||||||||  ||| | || ||||| || | | |||||| || ||||||||||||    
T  31059026 agcaatcatgatgcaagtaggacaaagcattggccacacctttaacaacattcaccctctt 31058966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 196 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 31140929 - 31140769
Alignment:
Q  196 tttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcg 295  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||| |||| || | ||  | ||  ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |    
T  31140929 tttagaaacttagccgttccaaagtcggagacttgagcttcatagtcaagattaagaaggacattcttgcttgatatatcacgatgaataataggaggag 31140830  T
Q  296 agcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctttaataatattcaccctctt 356  Q
    | || ||||||||||  ||| | || ||||| || | | |||||| || ||||||||||||    
T  31140829 aacaatcatgatgcaagtaggacaaagcattggccacacctttaacaacattcaccctctt 31140769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 196 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 31184650 - 31184490
Alignment:
Q  196 tttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcg 295  Q
    |||||||||||||   | || ||||| |||||||||||| |||| || | ||  | || |||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  31184650 tttagaaacttagcgatcccgaagtcggagacatgagcttcatagtcaagattgataagaacatttttactcgatatatcacgatgaacaataggaggtg 31184551  T
Q  296 agcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctttaataatattcaccctctt 356  Q
    |||| || |||||||  ||| | || ||||| || | | |||||| || ||||||||||||    
T  31184550 agcaatcgtgatgcaagtaggacaaagcattggcgacacctttaacaacattcaccctctt 31184490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 196 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 31216360 - 31216200
Alignment:
Q  196 tttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcg 295  Q
    ||||||||||| | ||||||||| ||||| |  |||||| |||||   | |||||| | |||||||||||| ||||| || || ||||| || |||||      
T  31216360 tttagaaacttggctgttccaaaatctgaaagttgagcttcatatgatatatccaagagaacattcttgcttgatatgtcacggtgaactattggaggta 31216261  T
Q  296 agcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctttaataatattcaccctctt 356  Q
     ||||||||||||||  ||| | || |||| ||| | | || ||| |||||||||||||||    
T  31216260 tgcagtcatgatgcatgtaggacaaagcatcagccacacctctaacaatattcaccctctt 31216200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 141 - 356
Target Start/End: Original strand, 13519 - 13734
Alignment:
Q  141 tggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatat 240  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||  ||||   ||||| | ||  |||| ||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  13519 tggagcagcatatccataggtgcctgcaaatgaggtccaattgtctgaattagcatcaagaagcttagctgttccaaagtccgagacacgagccacatat 13618  T
Q  241 tccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatatctttaa 340  Q
    || ||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |||| |||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  13619 tctaaatccagaagaatattcttgcttgatatatctcgatgaacaattggaggggtgcaatcatggtgcatatagcataaagcattcgctatatctttaa 13718  T
Q  341 taatattcaccctctt 356  Q
    ||| ||||||||||||    
T  13719 taacattcaccctctt 13734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 235 - 356
Target Start/End: Original strand, 4780 - 4901
Alignment:
Q  235 acatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgcagatagaataaggcattagctatat 334  Q
    |||||||| ||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |||| |||| |||| ||||| |||||||    
T  4780 acatattctaaatccagaagaatattcttgcttgatatatctcgatgaacaattggaggggtgcaatcatggtgcatatagcataaagcattcgctatat 4879  T
Q  335 ctttaataatattcaccctctt 356  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  4880 ctttaataacattcaccctctt 4901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 138 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 17028837 - 17028665
Alignment:
Q  138 acctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctaca 237  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||  |||  |||||| |||| | |||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||| |||    
T  17028837 acctggagcagtgtatccaaaggtgcctacaaaagcggtccaattggaagaatcgagattaagaaacttagctgttccgaaatctgagacatgagcaaca 17028738  T
Q  238 tattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgca 310  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |||| |||||    
T  17028737 tattccaaatccaaaacaacattcttactggatatatcacgatgaacaattgaaggtgagcaatcatcatgca 17028665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 138 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 17559273 - 17559101
Alignment:
Q  138 acctggagcagcatatccaaaggtgcctgcaaaagaagtcatattggacgaattgggatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctaca 237  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||  |||  |||||| |||| | |||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||| |||    
T  17559273 acctggagcagtgtatccaaaggtgcctacaaaagcggtccaattggaagaatcgagattaagaaacttagctgttccgaaatctgagacatgagcaaca 17559174  T
Q  238 tattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggaggcgagcagtcatgatgca 310  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |||| |||||    
T  17559173 tattccaaatccaaaacaacattcttactggatatatcacgatgaacaattgaaggtgagcaatcatcatgca 17559101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 194 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 37027708 - 37027592
Alignment:
Q  194 gatttagaaacttagatgttccaaagtctgagacatgagctacatattccaaatccaaaataacattcttgctggatatatctcgatgaacaataggagg 293  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||||||  | |||| || | |||||||| |||| |||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  37027708 gattcagaatcttagctgttccaaagtctgagatgtaagcttcacaatccaaatctaaaagaacatttttgctcgatatgtcgcgatgaacaataggagg 37027609  T
Q  294 cgagcagtcatgatgca 310  Q
     | |||  |||||||||    
T  37027608 agcgcaaccatgatgca 37027592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University