View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17668_low_2 (Length: 887)

Name: NF17668_low_2
Description: NF17668
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17668_low_2
NF17668_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-871)||(33834666-33835520)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 720; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 720; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 33835520 - 33834666
Alignment:
Q  11 catcatcactccaatttttcttggaattttggcttgttggagtgcaatttcggttactgcagaagaccgatatcagttcttcacatgggaaattacaaag 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33835520 catcatcactccaattttttttggaattttggcttgttggagtgcaatttcggttactgcagaagaccgatatcagttcttcacatgggaaattacaaag 33835421  T
Q  111 ggaacaatttttcctcttggtgttcctcaagaggttagtctattttaccactgctgtttgaaatgacaattctttcacatttgaaaaagttattgata-t 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  33835420 ggaacaatttttcctcttggtgttcctcaagaggttagtctattttaccactgctgtttgaaatgacaattctttcacatttgaaaaagttagtgatatt 33835321  T
Q  210 tatttactcttttaccagggtattcttatcaatggccaatttccaggccctacaattgaagccatcactaatgacaaccttgttgtgaatgtcattaaca 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33835320 tatttactcttttaccagggtattcttatcaatggccaatttccaggccctacaattgaagccatcactaatgacaacattgttgtgaatgtcattaaca 33835221  T
Q  310 agttggatgataaattcctcattacatggttagtgatctcatccactattagttcttaagtaaatcactaattcaaaccttgaaattaaagaaaatctaa 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33835220 agttggatgataaattcctcattacatggttagtg-----atccactattagttgttaagtaaatcactaattcaagccttgaaattaaagaaaatctaa 33835126  T
Q  410 aattaaaattttggatcacattaatcttttgtatcagtcaattcaacacttnnnnnnnnttccgtatacaaaagttgtttagagtctcatatatgatgag 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33835125 aattaaaattttggatcacattaatcttttgtatccgtcaattcgacacttaaaaaaaattccgtacacaaaagttgtttagagtctcatatatgatgag 33835026  T
Q  510 ataatattttaaacaaggacaattcttgacttttaaagttgatattgtaagattgagttaggtcaaatccaaattatnnnnnnntgtgattaaagattgt 609  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||| ||    
T  33835025 ataatattttaaacgaggacaattcttgacttttaaagttgatattgtaagattgagttaggtc-aatccaaattat-aaaaaatgtgattaaagatcgt 33834928  T
Q  610 aaattttagaggcatagaaccttttaaatttgttggttctaatgagttaaatccaacccaaattcacatatactaagtgttgagaagtgagaagttgcat 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33834927 aaattttagaggcatagaaccttttaaatttgttggttctaatcagttaaatccaacccaaattcacatatactaagtgttgagaagtgagaagttgcat 33834828  T
Q  710 attcgaatttacatcccaacatatcatatgtctctgcaacattttactgcataaatagtgcattaattaatttaattaattatttgtgttgtgtaacata 809  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33834827 attcgaatttgcatcccaacatatcaaatgtctctgcaacattttactgcatgaatagtgcattaattaatttaattaattatttgtgttgtgtaacata 33834728  T
Q  810 aaacaggagtggtataaaacaaagaaggacatcatggcaagatggagttttaggaaccaatt 871  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33834727 aaacaggagtggtataaaacaaagaaggacatcatggcaagatggagttttaggaaccaatt 33834666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University