View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17678_low_3 (Length: 721)

Name: NF17678_low_3
Description: NF17678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17678_low_3
NF17678_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (14-721)||(10461009-10461716)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 704; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 704; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 721
Target Start/End: Original strand, 10461009 - 10461716
Alignment:
Q  14 catagggacaagattagcttttcaattttataccttttaattttaaaagttcaattttatacatgaatagcagacacacagatgcctaatactactaaag 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461009 catagggacaagattagcttttcaattttataccttttaattttaaaagttcaattttatacatgaatagcagacacacagatgcctaatactactaaag 10461108  T
Q  114 aaggggaacaaattaaaaggcctaaccgaaaaccaaaagatagcataggaaattaggacgacaagcaaaacaccatctattatgtttgaaattccaaata 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461109 aaggggaacaaattaaaaggcctaaccgaaaaccaaaagatagcataggaaattaggacgacaagcaaaacaccatctattatgtttgaaattccaaata 10461208  T
Q  214 tcaaatttacacgtaagcttctatagtttgaaattttgattattggattctgctttcctattcatcaatgagtctggccataaaatgattgtaacatcaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461209 tcaaatttacacgtaagcttctatagtttgaaattttgattattggattctgctttcctattcatcaatgagtctggccataaaatgattgtaacatcaa 10461308  T
Q  314 attatttgattcataatttaatgggaatttaataacaatatatcatgtaaataaaggacatttaggtacagagcatagtactatactgtaccttgaccac 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461309 attatttgattcataatttaatgggaatttaataacaatatatcatgtaaataaaggacatttaggtacagagcatagtactatactgtaccttgaccac 10461408  T
Q  414 acaatcttttttattttggggaacattgttcagtaatgaaatcaaaccaaacaaaaccatgttatatttaattcagggcctaaataaatgcatgtgattg 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461409 acaatcttttttattttggggaacattgttcagtaatgaaatcaaaccaaacaaaaccatgttatatttaattcagggcctaaataaatgcatgtgattg 10461508  T
Q  514 taattagtacgtcaaaacaatcatcagtgacacaagaagaagacagaattatagtgaagagtgataattaattatagtaacaagctgtaatctccaggtc 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461509 taattagtacgtcaaaacaatcatcagtgacacaagaagaagacagaattatagtaaagagtgataattaattatagtaacaagctgtaatctccaggtc 10461608  T
Q  614 atcccctgttttgtctttggatgcactgatataagacaagtatagctatagcatcaattgatatatttaagagcagaaaatattcaaaggggaattgtca 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461609 atcccctgttttgtctttggatgcactgatataagacaagtatagctatagcatcaattgatatatttaagagcagaaaatattcaaaggggaattgtca 10461708  T
Q  714 aacaatga 721  Q
    ||||||||    
T  10461709 aacaatga 10461716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University